# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.282 0.092 0.022 0.122 0.036 0.045 0.120 0.048 0.152 0.032 2 D 0.126 0.282 0.110 0.013 0.311 0.004 0.005 0.076 0.024 0.021 0.028 3 R 0.006 0.008 0.003 0.001 0.009 0.002 0.011 0.539 0.414 0.004 0.004 4 K 0.004 0.015 0.004 0.001 0.007 0.004 0.034 0.809 0.072 0.044 0.006 5 L 0.042 0.019 0.002 0.001 0.021 0.002 0.019 0.587 0.235 0.047 0.026 6 L 0.009 0.011 0.002 0.001 0.015 0.007 0.026 0.743 0.164 0.016 0.006 7 H 0.015 0.010 0.002 0.001 0.022 0.003 0.035 0.772 0.118 0.020 0.003 8 L 0.032 0.064 0.010 0.001 0.075 0.003 0.084 0.538 0.124 0.057 0.012 9 L 0.196 0.080 0.018 0.004 0.245 0.009 0.049 0.202 0.048 0.087 0.062 10 C 0.091 0.175 0.091 0.055 0.164 0.057 0.057 0.115 0.036 0.109 0.050 11 S 0.130 0.206 0.147 0.018 0.310 0.009 0.015 0.050 0.033 0.055 0.027 12 P 0.032 0.086 0.039 0.008 0.079 0.010 0.037 0.273 0.385 0.037 0.014 13 D 0.042 0.044 0.023 0.011 0.061 0.020 0.104 0.215 0.215 0.226 0.039 14 T 0.089 0.240 0.089 0.010 0.201 0.009 0.023 0.095 0.062 0.136 0.046 15 R 0.077 0.091 0.060 0.050 0.103 0.050 0.068 0.180 0.110 0.152 0.060 16 Q 0.034 0.353 0.253 0.034 0.126 0.018 0.019 0.081 0.035 0.036 0.013 17 P 0.198 0.090 0.015 0.003 0.301 0.005 0.021 0.197 0.095 0.045 0.030 18 L 0.146 0.163 0.023 0.004 0.346 0.010 0.019 0.162 0.059 0.037 0.032 19 S 0.124 0.209 0.031 0.007 0.303 0.014 0.019 0.179 0.040 0.033 0.043 20 L 0.112 0.079 0.017 0.004 0.152 0.008 0.023 0.368 0.104 0.082 0.049 21 L 0.035 0.101 0.037 0.009 0.077 0.015 0.044 0.507 0.094 0.060 0.021 22 E 0.034 0.057 0.048 0.015 0.040 0.017 0.051 0.495 0.120 0.095 0.027 23 S 0.013 0.062 0.033 0.014 0.020 0.013 0.024 0.645 0.121 0.041 0.014 24 K 0.003 0.068 0.023 0.011 0.007 0.017 0.051 0.706 0.082 0.026 0.006 25 G 0.012 0.016 0.006 0.004 0.010 0.004 0.011 0.456 0.120 0.313 0.047 26 L 0.009 0.013 0.002 0.001 0.010 0.001 0.004 0.708 0.222 0.024 0.006 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.878 0.100 0.002 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.899 0.055 0.016 0.001 29 L 0.003 0.022 0.003 0.001 0.006 0.001 0.009 0.844 0.085 0.024 0.003 30 N 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.009 0.838 0.121 0.015 0.004 31 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.867 0.111 0.009 0.001 32 A 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 0.843 0.079 0.033 0.001 33 I 0.012 0.016 0.009 0.001 0.012 0.002 0.022 0.769 0.127 0.026 0.006 34 A 0.014 0.011 0.011 0.015 0.011 0.032 0.138 0.618 0.080 0.061 0.011 35 S 0.013 0.412 0.152 0.079 0.038 0.042 0.088 0.102 0.019 0.045 0.010 36 G 0.028 0.022 0.030 0.062 0.025 0.015 0.009 0.058 0.050 0.464 0.237 37 T 0.147 0.184 0.032 0.003 0.273 0.005 0.019 0.166 0.081 0.053 0.036 38 V 0.167 0.161 0.024 0.007 0.296 0.011 0.043 0.169 0.047 0.036 0.040 39 Q 0.132 0.182 0.039 0.014 0.264 0.026 0.046 0.176 0.038 0.046 0.038 40 R 0.132 0.093 0.147 0.019 0.140 0.015 0.037 0.235 0.056 0.057 0.068 41 A 0.034 0.032 0.069 0.084 0.029 0.098 0.071 0.408 0.082 0.065 0.027 42 D 0.005 0.488 0.132 0.118 0.019 0.059 0.117 0.039 0.010 0.010 0.004 43 G 0.017 0.011 0.015 0.066 0.010 0.011 0.004 0.017 0.030 0.580 0.240 44 S 0.046 0.415 0.091 0.009 0.158 0.009 0.017 0.113 0.071 0.045 0.025 45 I 0.174 0.115 0.027 0.013 0.205 0.015 0.041 0.204 0.078 0.067 0.061 46 Q 0.097 0.120 0.051 0.032 0.130 0.048 0.085 0.222 0.096 0.071 0.046 47 N 0.089 0.088 0.068 0.044 0.113 0.046 0.045 0.196 0.078 0.167 0.067 48 Q 0.059 0.305 0.132 0.017 0.146 0.014 0.018 0.159 0.062 0.064 0.025 49 S 0.069 0.147 0.055 0.010 0.128 0.010 0.034 0.330 0.114 0.063 0.039 50 L 0.055 0.048 0.013 0.003 0.061 0.007 0.034 0.464 0.203 0.078 0.035 51 H 0.024 0.061 0.021 0.011 0.045 0.024 0.062 0.530 0.155 0.051 0.017 52 E 0.023 0.036 0.016 0.008 0.033 0.013 0.038 0.531 0.227 0.063 0.013 53 A 0.033 0.066 0.017 0.003 0.066 0.006 0.040 0.443 0.218 0.092 0.017 54 L 0.097 0.099 0.025 0.003 0.185 0.006 0.047 0.344 0.089 0.075 0.031 55 I 0.130 0.182 0.044 0.009 0.188 0.019 0.050 0.115 0.039 0.166 0.057 56 T 0.042 0.442 0.281 0.022 0.118 0.006 0.007 0.038 0.014 0.015 0.016 57 R 0.011 0.032 0.017 0.009 0.019 0.015 0.053 0.541 0.266 0.028 0.009 58 D 0.035 0.063 0.033 0.008 0.061 0.009 0.029 0.351 0.164 0.221 0.027 59 R 0.065 0.051 0.010 0.002 0.073 0.005 0.032 0.356 0.291 0.078 0.037 60 K 0.031 0.051 0.016 0.009 0.060 0.023 0.076 0.489 0.166 0.059 0.020 61 Q 0.111 0.068 0.016 0.005 0.168 0.010 0.046 0.357 0.125 0.066 0.028 62 V 0.119 0.076 0.026 0.006 0.168 0.014 0.080 0.259 0.083 0.116 0.053 63 F 0.091 0.364 0.084 0.009 0.325 0.010 0.011 0.053 0.010 0.023 0.020 64 R 0.225 0.178 0.029 0.003 0.439 0.003 0.007 0.052 0.013 0.021 0.028 65 I 0.135 0.100 0.067 0.009 0.143 0.012 0.043 0.264 0.128 0.043 0.053 66 E 0.033 0.031 0.034 0.112 0.037 0.182 0.128 0.272 0.087 0.058 0.026 67 D 0.021 0.404 0.135 0.094 0.065 0.055 0.102 0.048 0.021 0.045 0.011 68 S 0.021 0.017 0.021 0.052 0.017 0.017 0.009 0.011 0.026 0.563 0.246 69 I 0.028 0.630 0.127 0.008 0.152 0.007 0.009 0.009 0.012 0.010 0.009 70 P 0.200 0.164 0.018 0.004 0.550 0.007 0.012 0.010 0.011 0.010 0.015 71 V 0.183 0.167 0.050 0.004 0.507 0.007 0.010 0.008 0.010 0.019 0.034 72 L 0.057 0.458 0.191 0.018 0.169 0.022 0.017 0.004 0.004 0.023 0.037 73 L 0.005 0.579 0.386 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 P 0.007 0.133 0.043 0.003 0.019 0.002 0.011 0.209 0.559 0.010 0.006 75 E 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 0.003 0.022 0.489 0.453 0.016 0.001 76 E 0.012 0.024 0.008 0.001 0.019 0.003 0.026 0.559 0.202 0.135 0.010 77 A 0.049 0.059 0.005 0.001 0.069 0.002 0.010 0.567 0.097 0.121 0.021 78 I 0.036 0.043 0.011 0.007 0.067 0.013 0.020 0.636 0.107 0.036 0.022 79 A 0.026 0.026 0.008 0.003 0.036 0.006 0.024 0.717 0.118 0.027 0.011 80 T 0.035 0.027 0.005 0.001 0.036 0.003 0.027 0.690 0.107 0.052 0.018 81 I 0.051 0.065 0.011 0.003 0.078 0.009 0.035 0.585 0.114 0.033 0.015 82 Q 0.055 0.055 0.007 0.002 0.086 0.007 0.030 0.608 0.094 0.041 0.015 83 I 0.074 0.028 0.006 0.002 0.083 0.006 0.041 0.515 0.150 0.071 0.023 84 A 0.041 0.114 0.040 0.018 0.107 0.033 0.123 0.334 0.116 0.048 0.025 85 N 0.113 0.063 0.045 0.021 0.122 0.020 0.071 0.155 0.066 0.248 0.076 86 F 0.067 0.310 0.180 0.020 0.191 0.013 0.019 0.061 0.040 0.072 0.027 87 P 0.066 0.251 0.120 0.024 0.153 0.019 0.048 0.142 0.110 0.041 0.026 88 D 0.054 0.071 0.047 0.023 0.071 0.024 0.065 0.230 0.226 0.148 0.042 89 K 0.057 0.178 0.095 0.026 0.125 0.026 0.056 0.156 0.115 0.127 0.038