# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.41067 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.054 0.074 0.153 0.198 0.176 0.114 0.074 0.037 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 2 D 0.073 0.072 0.099 0.167 0.197 0.177 0.112 0.056 0.026 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 3 R 0.265 0.239 0.181 0.153 0.075 0.051 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.156 0.268 0.236 0.147 0.082 0.058 0.034 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.017 0.009 0.016 0.045 0.105 0.204 0.218 0.230 0.112 0.029 0.009 0.005 0.001 0.001 6 L 0.034 0.048 0.073 0.116 0.172 0.191 0.194 0.106 0.042 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 7 H 0.248 0.276 0.214 0.115 0.058 0.036 0.029 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 8 L 0.038 0.024 0.053 0.106 0.177 0.187 0.169 0.119 0.065 0.027 0.015 0.015 0.005 0.001 9 L 0.035 0.019 0.031 0.067 0.110 0.173 0.202 0.198 0.097 0.040 0.017 0.007 0.002 0.001 10 C 0.090 0.080 0.085 0.116 0.162 0.132 0.114 0.103 0.056 0.032 0.016 0.008 0.004 0.002 11 S 0.107 0.106 0.133 0.155 0.152 0.134 0.080 0.061 0.034 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 12 P 0.120 0.086 0.122 0.159 0.172 0.134 0.109 0.046 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 13 D 0.126 0.125 0.146 0.192 0.162 0.113 0.059 0.035 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 14 T 0.218 0.137 0.129 0.124 0.129 0.116 0.074 0.037 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 15 R 0.159 0.140 0.135 0.169 0.136 0.106 0.062 0.040 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 16 Q 0.166 0.127 0.119 0.139 0.122 0.103 0.081 0.054 0.048 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 17 P 0.059 0.051 0.076 0.128 0.172 0.154 0.145 0.105 0.054 0.028 0.015 0.008 0.004 0.002 18 L 0.039 0.035 0.051 0.050 0.078 0.101 0.137 0.134 0.118 0.118 0.076 0.038 0.021 0.005 19 S 0.172 0.138 0.132 0.154 0.138 0.087 0.069 0.052 0.033 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 20 L 0.044 0.032 0.059 0.108 0.148 0.165 0.130 0.113 0.087 0.061 0.031 0.014 0.006 0.003 21 L 0.058 0.074 0.126 0.193 0.192 0.153 0.107 0.054 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 22 E 0.327 0.254 0.146 0.099 0.070 0.042 0.034 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 23 S 0.414 0.253 0.136 0.079 0.055 0.028 0.019 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.561 0.254 0.091 0.046 0.027 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 G 0.181 0.204 0.191 0.169 0.118 0.067 0.039 0.016 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.042 0.035 0.081 0.118 0.199 0.198 0.180 0.088 0.035 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 27 E 0.435 0.239 0.113 0.079 0.054 0.030 0.023 0.012 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 28 A 0.228 0.233 0.160 0.130 0.096 0.057 0.037 0.024 0.020 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 29 L 0.026 0.027 0.058 0.094 0.162 0.195 0.174 0.125 0.063 0.037 0.018 0.014 0.005 0.001 30 N 0.105 0.123 0.155 0.156 0.157 0.117 0.090 0.051 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 31 K 0.402 0.208 0.110 0.096 0.076 0.039 0.024 0.018 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 32 A 0.229 0.154 0.115 0.152 0.137 0.085 0.052 0.032 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 33 I 0.077 0.065 0.109 0.144 0.151 0.165 0.140 0.070 0.041 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 34 A 0.199 0.145 0.124 0.121 0.118 0.094 0.078 0.053 0.037 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 35 S 0.221 0.178 0.124 0.123 0.098 0.079 0.063 0.044 0.036 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 36 G 0.115 0.091 0.114 0.120 0.135 0.123 0.103 0.075 0.053 0.032 0.019 0.012 0.005 0.002 37 T 0.101 0.106 0.112 0.159 0.168 0.118 0.093 0.068 0.041 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 38 V 0.044 0.036 0.070 0.093 0.134 0.163 0.146 0.135 0.075 0.053 0.029 0.013 0.007 0.002 39 Q 0.205 0.150 0.126 0.145 0.135 0.087 0.061 0.042 0.028 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 40 R 0.255 0.163 0.127 0.122 0.102 0.078 0.054 0.036 0.035 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 41 A 0.191 0.129 0.126 0.137 0.128 0.111 0.087 0.043 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 42 D 0.298 0.208 0.149 0.114 0.083 0.055 0.048 0.022 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 43 G 0.333 0.180 0.133 0.113 0.098 0.058 0.036 0.021 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 44 S 0.358 0.194 0.121 0.115 0.092 0.050 0.034 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 45 I 0.125 0.083 0.140 0.167 0.165 0.139 0.090 0.049 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 46 Q 0.206 0.147 0.153 0.159 0.138 0.089 0.059 0.026 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 47 N 0.392 0.195 0.131 0.099 0.081 0.045 0.029 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.467 0.220 0.118 0.085 0.052 0.029 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 S 0.355 0.210 0.153 0.104 0.075 0.045 0.034 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.121 0.098 0.143 0.174 0.182 0.125 0.079 0.043 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 51 H 0.297 0.181 0.126 0.141 0.107 0.065 0.041 0.020 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 52 E 0.277 0.190 0.135 0.118 0.095 0.073 0.052 0.027 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 53 A 0.116 0.092 0.112 0.140 0.163 0.128 0.098 0.072 0.043 0.017 0.010 0.004 0.003 0.001 54 L 0.053 0.035 0.063 0.089 0.150 0.147 0.133 0.129 0.086 0.055 0.033 0.018 0.008 0.002 55 I 0.059 0.054 0.071 0.117 0.167 0.155 0.120 0.108 0.072 0.041 0.021 0.009 0.005 0.002 56 T 0.190 0.124 0.144 0.147 0.122 0.093 0.090 0.039 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 57 R 0.190 0.185 0.175 0.182 0.117 0.069 0.044 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 58 D 0.278 0.224 0.158 0.118 0.091 0.056 0.043 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 59 R 0.149 0.136 0.167 0.171 0.152 0.110 0.056 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 60 K 0.376 0.244 0.116 0.096 0.066 0.039 0.030 0.015 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.115 0.095 0.126 0.155 0.161 0.126 0.089 0.060 0.040 0.016 0.008 0.004 0.003 0.001 62 V 0.053 0.039 0.066 0.100 0.153 0.156 0.142 0.116 0.077 0.045 0.030 0.015 0.007 0.002 63 F 0.063 0.058 0.065 0.084 0.128 0.123 0.121 0.128 0.090 0.063 0.042 0.020 0.012 0.004 64 R 0.122 0.095 0.107 0.151 0.147 0.116 0.091 0.076 0.049 0.023 0.014 0.006 0.003 0.002 65 I 0.036 0.028 0.039 0.066 0.113 0.121 0.136 0.143 0.113 0.085 0.061 0.039 0.014 0.007 66 E 0.140 0.120 0.120 0.150 0.126 0.111 0.090 0.059 0.038 0.023 0.014 0.006 0.002 0.002 67 D 0.103 0.088 0.109 0.126 0.123 0.121 0.102 0.080 0.063 0.041 0.022 0.012 0.007 0.003 68 S 0.085 0.083 0.094 0.110 0.139 0.135 0.124 0.095 0.069 0.034 0.018 0.007 0.005 0.002 69 I 0.041 0.035 0.044 0.071 0.114 0.142 0.172 0.140 0.105 0.069 0.036 0.018 0.009 0.004 70 P 0.050 0.043 0.059 0.086 0.120 0.138 0.154 0.128 0.094 0.066 0.036 0.016 0.007 0.005 71 V 0.132 0.060 0.069 0.079 0.104 0.110 0.113 0.105 0.082 0.058 0.043 0.028 0.011 0.006 72 L 0.084 0.055 0.064 0.088 0.123 0.145 0.123 0.122 0.084 0.048 0.034 0.018 0.009 0.004 73 L 0.026 0.023 0.031 0.064 0.096 0.164 0.192 0.186 0.120 0.060 0.024 0.009 0.003 0.002 74 P 0.048 0.078 0.109 0.162 0.176 0.166 0.119 0.070 0.040 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 75 E 0.305 0.283 0.186 0.104 0.055 0.033 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.061 0.087 0.160 0.197 0.180 0.157 0.082 0.043 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 77 A 0.045 0.026 0.046 0.079 0.146 0.205 0.187 0.157 0.075 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 78 I 0.094 0.115 0.126 0.160 0.197 0.132 0.090 0.049 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 79 A 0.245 0.173 0.179 0.149 0.097 0.071 0.044 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 80 T 0.065 0.051 0.080 0.149 0.197 0.173 0.133 0.079 0.040 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 81 I 0.103 0.061 0.077 0.118 0.167 0.161 0.124 0.092 0.054 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 82 Q 0.239 0.169 0.144 0.138 0.117 0.080 0.054 0.030 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 83 I 0.080 0.045 0.073 0.108 0.148 0.156 0.128 0.114 0.070 0.042 0.020 0.011 0.004 0.001 84 A 0.116 0.085 0.104 0.150 0.159 0.143 0.104 0.067 0.038 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 85 N 0.271 0.181 0.165 0.135 0.102 0.062 0.043 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 86 F 0.120 0.098 0.138 0.184 0.179 0.137 0.073 0.038 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 87 P 0.320 0.174 0.152 0.119 0.100 0.062 0.047 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.576 0.221 0.092 0.051 0.030 0.014 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.577 0.201 0.092 0.058 0.037 0.017 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001