# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.005 0.032 0.031 0.058 0.004 0.064 0.054 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.041 0.032 0.190 0.083 0.132 0.252 0.002 2 D 0.002 0.003 0.021 0.016 0.046 0.004 0.030 0.146 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.023 0.027 0.105 0.049 0.168 0.342 0.001 3 R 0.001 0.001 0.018 0.003 0.009 0.002 0.013 0.250 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.631 0.021 0.013 0.016 0.001 4 K 0.001 0.003 0.006 0.005 0.004 0.032 0.099 0.757 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.065 0.005 0.004 0.004 0.001 5 L 0.003 0.008 0.003 0.010 0.011 0.008 0.101 0.734 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 0.009 0.060 0.010 0.009 0.007 0.001 6 L 0.005 0.007 0.010 0.010 0.010 0.004 0.021 0.739 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.023 0.006 0.127 0.007 0.004 0.005 0.001 7 H 0.003 0.011 0.005 0.010 0.015 0.020 0.073 0.731 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 0.011 0.049 0.010 0.004 0.007 0.001 8 L 0.010 0.009 0.014 0.016 0.019 0.018 0.084 0.512 0.059 0.008 0.002 0.002 0.004 0.015 0.024 0.008 0.167 0.011 0.006 0.011 0.001 9 L 0.012 0.013 0.038 0.027 0.036 0.034 0.168 0.276 0.016 0.006 0.002 0.002 0.003 0.013 0.056 0.022 0.108 0.043 0.041 0.081 0.002 10 C 0.020 0.017 0.019 0.054 0.100 0.007 0.162 0.026 0.015 0.004 0.004 0.005 0.021 0.029 0.027 0.029 0.179 0.105 0.080 0.092 0.004 11 S 0.006 0.004 0.044 0.037 0.033 0.002 0.016 0.013 0.012 0.002 0.005 0.004 0.004 0.007 0.023 0.012 0.047 0.048 0.389 0.290 0.003 12 P 0.001 0.001 0.009 0.005 0.087 0.002 0.012 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.621 0.057 0.040 0.118 0.001 13 D 0.001 0.002 0.019 0.019 0.022 0.052 0.409 0.047 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.012 0.175 0.068 0.044 0.085 0.001 14 T 0.001 0.002 0.018 0.024 0.034 0.009 0.224 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 0.148 0.067 0.142 0.275 0.001 15 R 0.003 0.005 0.017 0.018 0.145 0.003 0.138 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.015 0.034 0.109 0.218 0.114 0.158 0.001 16 Q 0.008 0.009 0.178 0.114 0.034 0.003 0.021 0.013 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.055 0.014 0.074 0.024 0.118 0.322 0.001 17 P 0.009 0.012 0.012 0.030 0.394 0.003 0.028 0.030 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.003 0.019 0.043 0.107 0.050 0.161 0.083 0.003 18 L 0.017 0.024 0.142 0.083 0.057 0.005 0.042 0.121 0.002 0.001 0.006 0.005 0.010 0.005 0.155 0.023 0.091 0.032 0.090 0.085 0.003 19 S 0.019 0.027 0.049 0.077 0.101 0.006 0.028 0.338 0.002 0.001 0.006 0.005 0.010 0.005 0.029 0.022 0.085 0.026 0.077 0.084 0.004 20 L 0.010 0.020 0.013 0.025 0.105 0.007 0.048 0.454 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.037 0.055 0.126 0.034 0.023 0.024 0.001 21 L 0.015 0.012 0.031 0.034 0.016 0.007 0.078 0.631 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.024 0.006 0.081 0.013 0.018 0.012 0.001 22 E 0.021 0.014 0.024 0.029 0.066 0.012 0.161 0.408 0.015 0.002 0.001 0.002 0.005 0.009 0.013 0.017 0.102 0.032 0.044 0.022 0.001 23 S 0.006 0.008 0.012 0.044 0.020 0.010 0.127 0.353 0.030 0.008 0.001 0.002 0.005 0.013 0.045 0.009 0.231 0.022 0.031 0.024 0.001 24 K 0.001 0.002 0.006 0.004 0.012 0.007 0.063 0.601 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.220 0.023 0.011 0.027 0.001 25 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.006 0.047 0.742 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.077 0.045 0.007 0.038 0.001 26 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.758 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.186 0.018 0.003 0.008 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.930 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.071 0.778 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.105 0.006 0.011 0.004 0.001 30 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.821 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.126 0.007 0.010 0.003 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.938 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.020 0.836 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.112 0.003 0.001 0.002 0.001 33 I 0.001 0.001 0.006 0.008 0.005 0.013 0.035 0.772 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.096 0.009 0.008 0.009 0.001 34 A 0.001 0.001 0.003 0.009 0.006 0.012 0.165 0.100 0.115 0.091 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 0.441 0.012 0.004 0.019 0.001 35 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.002 0.776 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.052 0.014 0.016 0.080 0.001 36 G 0.001 0.002 0.013 0.005 0.023 0.001 0.106 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.028 0.695 0.057 0.030 0.001 37 T 0.019 0.017 0.195 0.048 0.088 0.003 0.015 0.064 0.004 0.001 0.004 0.004 0.009 0.008 0.037 0.094 0.079 0.062 0.158 0.084 0.008 38 V 0.038 0.044 0.063 0.040 0.346 0.004 0.017 0.066 0.004 0.001 0.008 0.011 0.027 0.017 0.071 0.029 0.054 0.025 0.096 0.025 0.016 39 Q 0.042 0.061 0.138 0.128 0.091 0.009 0.036 0.097 0.003 0.001 0.012 0.013 0.021 0.021 0.152 0.025 0.053 0.023 0.034 0.028 0.012 40 R 0.056 0.070 0.049 0.154 0.256 0.004 0.039 0.049 0.005 0.002 0.010 0.010 0.033 0.017 0.055 0.022 0.059 0.024 0.039 0.039 0.008 41 A 0.042 0.026 0.094 0.088 0.164 0.003 0.059 0.032 0.020 0.004 0.008 0.009 0.012 0.011 0.097 0.029 0.182 0.028 0.036 0.055 0.003 42 D 0.016 0.013 0.046 0.061 0.188 0.004 0.156 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 0.017 0.162 0.024 0.049 0.200 0.001 43 G 0.007 0.009 0.029 0.020 0.169 0.004 0.275 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.015 0.017 0.052 0.263 0.045 0.067 0.001 44 S 0.008 0.013 0.239 0.152 0.048 0.004 0.024 0.040 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.037 0.017 0.071 0.041 0.125 0.166 0.002 45 I 0.011 0.016 0.019 0.021 0.528 0.004 0.037 0.045 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.017 0.037 0.089 0.043 0.074 0.037 0.003 46 Q 0.014 0.015 0.235 0.184 0.041 0.010 0.051 0.086 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 0.003 0.120 0.011 0.088 0.014 0.047 0.066 0.002 47 N 0.011 0.023 0.010 0.045 0.387 0.005 0.124 0.054 0.003 0.002 0.004 0.004 0.009 0.004 0.025 0.046 0.054 0.073 0.059 0.056 0.002 48 Q 0.010 0.010 0.216 0.189 0.023 0.003 0.022 0.044 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.003 0.114 0.012 0.075 0.017 0.105 0.138 0.002 49 S 0.008 0.013 0.015 0.025 0.461 0.003 0.033 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.035 0.101 0.059 0.076 0.101 0.001 50 L 0.007 0.010 0.149 0.092 0.054 0.003 0.046 0.089 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.068 0.010 0.250 0.033 0.079 0.097 0.001 51 H 0.003 0.011 0.032 0.037 0.070 0.019 0.101 0.291 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.013 0.224 0.035 0.024 0.087 0.001 52 E 0.010 0.025 0.019 0.054 0.080 0.017 0.283 0.216 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.020 0.025 0.128 0.032 0.031 0.040 0.001 53 A 0.053 0.084 0.062 0.098 0.121 0.009 0.137 0.176 0.004 0.001 0.004 0.005 0.017 0.008 0.034 0.020 0.056 0.042 0.030 0.037 0.002 54 L 0.127 0.080 0.111 0.089 0.109 0.004 0.057 0.127 0.004 0.001 0.009 0.011 0.019 0.011 0.027 0.022 0.060 0.040 0.060 0.022 0.010 55 I 0.141 0.094 0.107 0.090 0.153 0.006 0.033 0.065 0.007 0.001 0.009 0.014 0.035 0.020 0.039 0.020 0.050 0.022 0.058 0.025 0.010 56 T 0.057 0.086 0.051 0.180 0.128 0.005 0.044 0.041 0.007 0.003 0.004 0.010 0.019 0.012 0.063 0.024 0.040 0.036 0.103 0.082 0.007 57 R 0.026 0.024 0.078 0.078 0.200 0.002 0.014 0.024 0.003 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.063 0.010 0.302 0.029 0.031 0.104 0.002 58 D 0.012 0.021 0.041 0.043 0.176 0.005 0.103 0.036 0.007 0.005 0.003 0.003 0.004 0.004 0.032 0.034 0.052 0.058 0.094 0.264 0.003 59 R 0.006 0.007 0.058 0.029 0.070 0.001 0.046 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.009 0.574 0.039 0.026 0.068 0.001 60 K 0.010 0.019 0.031 0.017 0.135 0.019 0.533 0.073 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.012 0.011 0.047 0.035 0.018 0.024 0.001 61 Q 0.024 0.045 0.168 0.253 0.054 0.010 0.066 0.062 0.002 0.001 0.003 0.004 0.008 0.005 0.085 0.015 0.039 0.027 0.052 0.072 0.005 62 V 0.033 0.039 0.008 0.014 0.700 0.001 0.012 0.012 0.001 0.001 0.009 0.006 0.021 0.006 0.012 0.040 0.018 0.018 0.032 0.011 0.007 63 F 0.074 0.055 0.351 0.320 0.017 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.007 0.008 0.018 0.008 0.062 0.003 0.007 0.004 0.021 0.024 0.006 64 R 0.017 0.020 0.006 0.016 0.793 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.004 0.042 0.015 0.013 0.029 0.017 0.004 65 I 0.035 0.034 0.236 0.152 0.058 0.002 0.020 0.016 0.002 0.001 0.004 0.004 0.009 0.005 0.246 0.006 0.071 0.018 0.044 0.034 0.003 66 E 0.024 0.019 0.060 0.098 0.212 0.004 0.050 0.015 0.019 0.014 0.002 0.002 0.004 0.003 0.032 0.028 0.198 0.027 0.066 0.122 0.002 67 D 0.008 0.013 0.018 0.038 0.149 0.006 0.396 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.031 0.028 0.128 0.024 0.034 0.111 0.001 68 S 0.014 0.033 0.077 0.041 0.058 0.004 0.317 0.004 0.001 0.001 0.009 0.006 0.013 0.018 0.061 0.019 0.050 0.192 0.032 0.042 0.009 69 I 0.043 0.068 0.088 0.047 0.187 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.021 0.017 0.020 0.027 0.067 0.142 0.030 0.024 0.098 0.075 0.027 70 P 0.073 0.109 0.124 0.041 0.174 0.002 0.009 0.006 0.001 0.001 0.021 0.017 0.071 0.049 0.183 0.030 0.022 0.010 0.019 0.020 0.020 71 V 0.094 0.118 0.053 0.097 0.066 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.091 0.038 0.064 0.074 0.121 0.053 0.006 0.006 0.016 0.012 0.076 72 L 0.078 0.089 0.018 0.028 0.081 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.045 0.036 0.199 0.178 0.093 0.084 0.008 0.006 0.017 0.006 0.026 73 L 0.053 0.057 0.064 0.120 0.028 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.070 0.050 0.083 0.212 0.077 0.070 0.012 0.009 0.040 0.033 0.014 74 P 0.011 0.018 0.016 0.012 0.257 0.002 0.015 0.027 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.019 0.065 0.208 0.159 0.046 0.035 0.095 0.002 75 E 0.003 0.004 0.038 0.014 0.008 0.008 0.118 0.160 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.172 0.007 0.383 0.024 0.017 0.026 0.001 76 E 0.002 0.004 0.007 0.008 0.012 0.050 0.307 0.368 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.013 0.124 0.031 0.012 0.028 0.001 77 A 0.004 0.005 0.008 0.007 0.017 0.010 0.242 0.419 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.011 0.012 0.160 0.034 0.032 0.018 0.001 78 I 0.008 0.007 0.023 0.012 0.010 0.007 0.036 0.593 0.006 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.020 0.008 0.189 0.021 0.025 0.020 0.001 79 A 0.003 0.005 0.005 0.008 0.013 0.020 0.058 0.680 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.017 0.011 0.124 0.010 0.007 0.016 0.001 80 T 0.008 0.011 0.010 0.021 0.017 0.015 0.111 0.514 0.030 0.006 0.002 0.003 0.009 0.037 0.028 0.015 0.106 0.015 0.025 0.016 0.001 81 I 0.008 0.008 0.027 0.021 0.017 0.013 0.085 0.508 0.015 0.004 0.002 0.004 0.005 0.028 0.033 0.016 0.119 0.028 0.031 0.027 0.002 82 Q 0.006 0.008 0.017 0.017 0.040 0.024 0.126 0.328 0.019 0.007 0.001 0.002 0.004 0.029 0.023 0.041 0.202 0.051 0.028 0.027 0.001 83 I 0.006 0.006 0.023 0.045 0.017 0.029 0.147 0.114 0.062 0.046 0.002 0.004 0.006 0.040 0.095 0.023 0.203 0.050 0.039 0.042 0.001 84 A 0.002 0.003 0.012 0.030 0.019 0.052 0.197 0.077 0.010 0.009 0.001 0.001 0.002 0.010 0.051 0.024 0.233 0.042 0.049 0.178 0.001 85 N 0.001 0.001 0.007 0.007 0.044 0.008 0.305 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.028 0.148 0.231 0.063 0.099 0.001 86 F 0.001 0.001 0.028 0.013 0.011 0.001 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 0.059 0.055 0.327 0.445 0.001 87 P 0.001 0.001 0.009 0.004 0.031 0.003 0.018 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.527 0.050 0.052 0.255 0.001 88 D 0.001 0.001 0.017 0.016 0.026 0.034 0.266 0.074 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.023 0.147 0.091 0.125 0.152 0.001 89 K 0.002 0.003 0.033 0.027 0.044 0.011 0.202 0.082 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.016 0.165 0.097 0.114 0.163 0.001