# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.055 0.686 0.001 0.005 0.052 0.001 0.001 0.013 0.142 0.010 0.025 0.012 2 D 0.001 0.004 0.914 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.002 0.034 0.003 0.001 0.009 3 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.063 0.917 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.088 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 5 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.092 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 7 H 0.002 0.001 0.005 0.001 0.023 0.907 0.001 0.001 0.001 0.002 0.059 0.001 0.001 8 L 0.006 0.001 0.008 0.001 0.031 0.852 0.001 0.001 0.001 0.006 0.087 0.002 0.004 9 L 0.026 0.004 0.038 0.002 0.026 0.675 0.003 0.002 0.009 0.033 0.155 0.011 0.016 10 C 0.045 0.038 0.254 0.006 0.022 0.212 0.006 0.006 0.025 0.124 0.165 0.023 0.073 11 S 0.003 0.006 0.794 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.016 0.107 0.023 0.022 0.013 12 P 0.001 0.003 0.227 0.001 0.046 0.049 0.001 0.001 0.005 0.097 0.558 0.002 0.010 13 D 0.001 0.002 0.069 0.001 0.053 0.017 0.001 0.001 0.001 0.131 0.722 0.002 0.001 14 T 0.001 0.007 0.230 0.002 0.069 0.014 0.001 0.001 0.003 0.407 0.253 0.007 0.009 15 R 0.002 0.026 0.389 0.004 0.030 0.015 0.001 0.001 0.005 0.306 0.199 0.008 0.017 16 Q 0.003 0.035 0.498 0.008 0.015 0.029 0.001 0.001 0.009 0.284 0.079 0.029 0.011 17 P 0.005 0.043 0.532 0.008 0.020 0.060 0.002 0.001 0.021 0.104 0.091 0.015 0.099 18 L 0.020 0.030 0.522 0.015 0.029 0.087 0.006 0.003 0.027 0.057 0.019 0.085 0.100 19 S 0.033 0.022 0.319 0.025 0.030 0.157 0.009 0.004 0.035 0.058 0.016 0.195 0.098 20 L 0.036 0.016 0.072 0.007 0.054 0.478 0.015 0.006 0.033 0.025 0.042 0.024 0.192 21 L 0.016 0.014 0.089 0.028 0.080 0.558 0.006 0.003 0.013 0.034 0.104 0.034 0.021 22 E 0.005 0.006 0.098 0.002 0.107 0.610 0.001 0.001 0.008 0.040 0.082 0.008 0.032 23 S 0.001 0.002 0.043 0.002 0.063 0.804 0.001 0.001 0.002 0.030 0.044 0.003 0.006 24 K 0.001 0.002 0.027 0.001 0.052 0.826 0.001 0.001 0.001 0.024 0.063 0.002 0.002 25 G 0.001 0.002 0.023 0.001 0.035 0.901 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.914 0.001 0.001 0.001 0.003 0.072 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.025 0.001 0.015 0.885 0.001 0.001 0.001 0.008 0.062 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.043 0.002 0.042 0.770 0.001 0.001 0.002 0.025 0.104 0.005 0.003 35 S 0.001 0.001 0.033 0.004 0.032 0.349 0.001 0.001 0.002 0.061 0.507 0.001 0.009 36 G 0.001 0.002 0.102 0.003 0.014 0.074 0.001 0.001 0.004 0.250 0.529 0.015 0.005 37 T 0.020 0.015 0.505 0.005 0.025 0.117 0.002 0.001 0.023 0.100 0.052 0.064 0.071 38 V 0.097 0.039 0.228 0.008 0.035 0.109 0.013 0.006 0.043 0.045 0.028 0.088 0.262 39 Q 0.075 0.043 0.209 0.039 0.047 0.230 0.010 0.005 0.018 0.044 0.071 0.123 0.087 40 R 0.035 0.046 0.278 0.009 0.072 0.144 0.004 0.001 0.012 0.039 0.161 0.030 0.168 41 A 0.011 0.006 0.281 0.028 0.067 0.067 0.002 0.001 0.006 0.105 0.303 0.080 0.043 42 D 0.001 0.001 0.036 0.004 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.104 0.820 0.005 0.008 43 G 0.001 0.003 0.099 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.324 0.552 0.007 0.005 44 S 0.006 0.037 0.651 0.004 0.008 0.011 0.001 0.001 0.008 0.138 0.021 0.084 0.031 45 I 0.017 0.051 0.233 0.003 0.021 0.026 0.009 0.003 0.041 0.045 0.027 0.018 0.505 46 Q 0.035 0.046 0.281 0.067 0.062 0.052 0.010 0.004 0.026 0.061 0.046 0.242 0.068 47 N 0.034 0.029 0.239 0.035 0.060 0.051 0.008 0.002 0.018 0.063 0.076 0.060 0.325 48 Q 0.015 0.024 0.294 0.014 0.024 0.037 0.003 0.001 0.011 0.163 0.067 0.277 0.070 49 S 0.008 0.022 0.524 0.009 0.027 0.049 0.002 0.001 0.008 0.088 0.056 0.024 0.182 50 L 0.013 0.018 0.349 0.029 0.105 0.149 0.002 0.001 0.008 0.118 0.096 0.057 0.053 51 H 0.011 0.009 0.123 0.041 0.186 0.202 0.002 0.001 0.006 0.081 0.264 0.031 0.043 52 E 0.042 0.010 0.123 0.024 0.187 0.157 0.004 0.002 0.010 0.081 0.219 0.041 0.100 53 A 0.144 0.011 0.141 0.031 0.070 0.120 0.016 0.006 0.027 0.066 0.054 0.151 0.163 54 L 0.269 0.015 0.076 0.009 0.027 0.059 0.037 0.013 0.038 0.023 0.025 0.152 0.256 55 I 0.233 0.033 0.112 0.016 0.021 0.040 0.034 0.014 0.040 0.031 0.030 0.157 0.239 56 T 0.060 0.019 0.342 0.017 0.017 0.023 0.006 0.004 0.024 0.088 0.064 0.143 0.193 57 R 0.009 0.008 0.256 0.019 0.022 0.011 0.002 0.001 0.008 0.244 0.318 0.043 0.059 58 D 0.004 0.010 0.293 0.016 0.026 0.010 0.001 0.001 0.002 0.280 0.302 0.023 0.033 59 R 0.012 0.015 0.248 0.012 0.112 0.045 0.001 0.001 0.005 0.205 0.249 0.031 0.066 60 K 0.038 0.019 0.258 0.046 0.159 0.066 0.004 0.002 0.009 0.082 0.163 0.056 0.099 61 Q 0.089 0.017 0.115 0.024 0.059 0.061 0.014 0.004 0.042 0.046 0.048 0.369 0.111 62 V 0.154 0.013 0.094 0.034 0.024 0.027 0.017 0.004 0.025 0.016 0.017 0.028 0.546 63 F 0.112 0.004 0.027 0.027 0.004 0.008 0.010 0.002 0.017 0.010 0.003 0.749 0.027 64 R 0.105 0.008 0.024 0.005 0.005 0.007 0.020 0.005 0.025 0.007 0.005 0.032 0.753 65 I 0.118 0.022 0.164 0.036 0.024 0.021 0.026 0.010 0.028 0.028 0.032 0.279 0.210 66 E 0.026 0.006 0.257 0.099 0.062 0.026 0.006 0.003 0.012 0.105 0.185 0.086 0.128 67 D 0.004 0.004 0.077 0.018 0.058 0.025 0.001 0.001 0.004 0.205 0.543 0.041 0.019 68 S 0.003 0.009 0.181 0.013 0.029 0.013 0.002 0.001 0.009 0.170 0.524 0.005 0.041 69 I 0.006 0.013 0.619 0.006 0.005 0.005 0.002 0.002 0.033 0.190 0.016 0.086 0.017 70 P 0.018 0.025 0.489 0.008 0.008 0.011 0.009 0.010 0.083 0.105 0.019 0.027 0.188 71 V 0.090 0.034 0.108 0.015 0.023 0.043 0.071 0.060 0.218 0.060 0.016 0.162 0.099 72 L 0.079 0.029 0.110 0.044 0.027 0.127 0.104 0.088 0.153 0.047 0.024 0.022 0.145 73 L 0.030 0.022 0.242 0.018 0.039 0.277 0.022 0.027 0.071 0.093 0.038 0.078 0.044 74 P 0.005 0.004 0.173 0.006 0.063 0.606 0.003 0.004 0.018 0.034 0.044 0.006 0.034 75 E 0.001 0.001 0.019 0.004 0.262 0.642 0.001 0.001 0.001 0.012 0.052 0.002 0.002 76 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.200 0.690 0.001 0.001 0.001 0.013 0.076 0.001 0.002 77 A 0.002 0.003 0.026 0.001 0.092 0.774 0.001 0.001 0.001 0.015 0.080 0.001 0.005 78 I 0.004 0.005 0.062 0.003 0.047 0.790 0.001 0.001 0.002 0.025 0.050 0.004 0.007 79 A 0.004 0.004 0.063 0.005 0.045 0.780 0.001 0.001 0.003 0.027 0.053 0.006 0.009 80 T 0.004 0.002 0.020 0.003 0.041 0.865 0.001 0.001 0.004 0.017 0.030 0.003 0.011 81 I 0.007 0.002 0.030 0.011 0.062 0.778 0.001 0.001 0.006 0.022 0.061 0.009 0.009 82 Q 0.009 0.004 0.041 0.003 0.086 0.704 0.002 0.003 0.014 0.017 0.084 0.011 0.021 83 I 0.010 0.007 0.075 0.007 0.109 0.621 0.003 0.003 0.014 0.030 0.087 0.009 0.024 84 A 0.004 0.007 0.098 0.005 0.099 0.341 0.001 0.001 0.008 0.061 0.344 0.023 0.008 85 N 0.002 0.016 0.117 0.002 0.087 0.108 0.001 0.001 0.005 0.139 0.498 0.003 0.022 86 F 0.001 0.008 0.586 0.001 0.014 0.014 0.001 0.001 0.004 0.310 0.045 0.011 0.004 87 P 0.001 0.015 0.591 0.002 0.069 0.023 0.001 0.001 0.006 0.137 0.137 0.004 0.015 88 D 0.001 0.027 0.371 0.002 0.069 0.020 0.001 0.001 0.006 0.196 0.294 0.007 0.006 89 K 0.001 0.017 0.663 0.002 0.057 0.025 0.001 0.001 0.008 0.162 0.052 0.005 0.009