# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.064 0.129 0.154 0.017 0.046 0.034 0.009 0.005 0.013 0.085 0.120 0.154 0.019 0.004 0.031 2 D 0.004 0.006 0.013 0.006 0.001 0.680 0.001 0.011 0.001 0.002 0.026 0.063 0.173 0.001 0.011 0.001 3 R 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.845 0.020 0.113 0.001 0.001 0.004 4 K 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.886 0.096 0.001 0.001 0.001 5 L 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.948 0.002 0.001 0.011 6 L 0.001 0.005 0.006 0.003 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.943 0.001 0.001 0.001 7 H 0.001 0.003 0.003 0.010 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.960 0.002 0.002 0.006 8 L 0.003 0.003 0.014 0.032 0.002 0.005 0.024 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 0.794 0.052 0.010 0.038 9 L 0.005 0.018 0.113 0.038 0.003 0.005 0.048 0.003 0.001 0.001 0.003 0.008 0.519 0.087 0.057 0.092 10 C 0.011 0.049 0.229 0.174 0.001 0.006 0.024 0.007 0.004 0.002 0.002 0.002 0.163 0.013 0.071 0.242 11 S 0.053 0.013 0.110 0.049 0.015 0.476 0.067 0.003 0.004 0.013 0.007 0.005 0.119 0.008 0.005 0.054 12 P 0.020 0.077 0.039 0.013 0.008 0.052 0.007 0.020 0.001 0.001 0.692 0.009 0.049 0.003 0.004 0.005 13 D 0.007 0.142 0.014 0.026 0.016 0.031 0.034 0.008 0.021 0.005 0.061 0.469 0.017 0.132 0.007 0.010 14 T 0.016 0.038 0.060 0.024 0.002 0.045 0.037 0.036 0.005 0.002 0.039 0.057 0.109 0.003 0.513 0.013 15 R 0.011 0.104 0.112 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.076 0.003 0.004 0.007 0.009 0.001 0.003 0.644 16 Q 0.644 0.008 0.167 0.142 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.006 17 P 0.007 0.014 0.824 0.087 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 18 L 0.004 0.065 0.024 0.871 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 19 S 0.006 0.017 0.042 0.606 0.006 0.275 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 20 L 0.003 0.038 0.041 0.313 0.022 0.177 0.004 0.004 0.001 0.001 0.338 0.008 0.047 0.001 0.001 0.002 21 L 0.002 0.216 0.031 0.383 0.007 0.029 0.002 0.012 0.002 0.001 0.020 0.253 0.036 0.001 0.002 0.002 22 E 0.005 0.017 0.036 0.088 0.022 0.351 0.008 0.010 0.006 0.013 0.029 0.032 0.360 0.003 0.003 0.017 23 S 0.007 0.010 0.025 0.009 0.032 0.112 0.026 0.011 0.001 0.004 0.513 0.026 0.192 0.025 0.003 0.003 24 K 0.002 0.024 0.006 0.009 0.001 0.014 0.001 0.085 0.002 0.003 0.201 0.393 0.209 0.001 0.051 0.002 25 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.007 0.004 0.044 0.157 0.744 0.001 0.001 0.019 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.039 0.928 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.943 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 30 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.003 0.003 0.002 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.969 0.007 0.004 0.012 32 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.957 0.008 0.003 0.015 33 I 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.004 0.052 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.858 0.028 0.008 0.015 34 A 0.001 0.018 0.016 0.002 0.008 0.002 0.183 0.006 0.001 0.001 0.006 0.005 0.206 0.498 0.030 0.018 35 S 0.004 0.007 0.021 0.012 0.001 0.002 0.005 0.040 0.006 0.001 0.002 0.003 0.089 0.004 0.764 0.040 36 G 0.047 0.008 0.133 0.018 0.001 0.004 0.005 0.001 0.048 0.028 0.009 0.003 0.086 0.002 0.005 0.604 37 T 0.675 0.028 0.117 0.077 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.043 0.001 0.001 0.006 38 V 0.010 0.036 0.330 0.221 0.044 0.185 0.024 0.005 0.001 0.001 0.038 0.017 0.068 0.012 0.003 0.005 39 Q 0.003 0.174 0.079 0.557 0.018 0.033 0.007 0.030 0.003 0.001 0.018 0.020 0.039 0.002 0.011 0.006 40 R 0.010 0.029 0.035 0.250 0.112 0.309 0.017 0.012 0.028 0.028 0.023 0.029 0.084 0.006 0.003 0.025 41 A 0.012 0.025 0.035 0.025 0.393 0.017 0.216 0.015 0.001 0.002 0.098 0.009 0.017 0.130 0.003 0.003 42 D 0.002 0.030 0.012 0.016 0.001 0.023 0.002 0.460 0.006 0.003 0.006 0.028 0.008 0.001 0.399 0.003 43 G 0.010 0.022 0.023 0.025 0.001 0.005 0.002 0.002 0.358 0.091 0.016 0.005 0.015 0.001 0.002 0.421 44 S 0.873 0.010 0.027 0.024 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.010 0.001 0.001 0.002 45 I 0.015 0.026 0.460 0.044 0.016 0.258 0.019 0.003 0.001 0.001 0.062 0.027 0.053 0.007 0.001 0.007 46 Q 0.005 0.304 0.059 0.249 0.006 0.059 0.006 0.035 0.003 0.001 0.095 0.089 0.070 0.002 0.011 0.006 47 N 0.012 0.118 0.117 0.389 0.005 0.054 0.009 0.007 0.054 0.009 0.013 0.059 0.100 0.002 0.006 0.047 48 Q 0.069 0.025 0.344 0.356 0.002 0.027 0.006 0.005 0.002 0.003 0.033 0.011 0.097 0.001 0.004 0.015 49 S 0.016 0.043 0.148 0.184 0.012 0.397 0.007 0.003 0.003 0.004 0.027 0.043 0.098 0.002 0.001 0.011 50 L 0.007 0.039 0.021 0.122 0.007 0.374 0.006 0.007 0.001 0.001 0.219 0.040 0.150 0.003 0.002 0.002 51 H 0.002 0.522 0.022 0.083 0.001 0.027 0.005 0.005 0.004 0.001 0.013 0.231 0.068 0.003 0.006 0.005 52 E 0.015 0.014 0.088 0.416 0.001 0.021 0.003 0.011 0.008 0.001 0.072 0.013 0.273 0.004 0.024 0.037 53 A 0.022 0.014 0.628 0.102 0.002 0.010 0.012 0.001 0.002 0.001 0.008 0.015 0.138 0.003 0.003 0.041 54 L 0.022 0.034 0.165 0.630 0.003 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.083 0.003 0.002 0.018 55 I 0.008 0.027 0.135 0.570 0.032 0.134 0.019 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.043 0.005 0.002 0.012 56 T 0.008 0.072 0.036 0.223 0.051 0.451 0.013 0.029 0.003 0.005 0.056 0.005 0.037 0.003 0.003 0.006 57 R 0.007 0.194 0.023 0.118 0.017 0.065 0.010 0.063 0.012 0.011 0.384 0.049 0.027 0.007 0.005 0.009 58 D 0.015 0.070 0.022 0.022 0.005 0.278 0.011 0.031 0.016 0.010 0.089 0.287 0.102 0.004 0.030 0.008 59 R 0.019 0.076 0.072 0.018 0.002 0.027 0.018 0.009 0.017 0.004 0.404 0.067 0.142 0.023 0.023 0.077 60 K 0.092 0.147 0.155 0.079 0.001 0.016 0.016 0.004 0.016 0.002 0.011 0.236 0.077 0.006 0.085 0.055 61 Q 0.058 0.027 0.482 0.058 0.001 0.015 0.029 0.001 0.009 0.002 0.005 0.005 0.072 0.007 0.006 0.222 62 V 0.044 0.049 0.622 0.217 0.001 0.008 0.010 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.021 0.001 0.002 0.014 63 F 0.010 0.019 0.306 0.635 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 64 R 0.007 0.006 0.060 0.827 0.015 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 65 I 0.005 0.024 0.022 0.273 0.246 0.320 0.006 0.013 0.001 0.003 0.071 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 66 E 0.003 0.287 0.009 0.127 0.090 0.194 0.015 0.077 0.009 0.006 0.104 0.053 0.007 0.014 0.004 0.001 67 D 0.010 0.102 0.020 0.097 0.004 0.099 0.008 0.194 0.061 0.040 0.138 0.093 0.027 0.001 0.095 0.011 68 S 0.063 0.163 0.112 0.059 0.001 0.006 0.003 0.003 0.217 0.011 0.023 0.039 0.017 0.001 0.005 0.277 69 I 0.541 0.006 0.222 0.110 0.001 0.028 0.009 0.001 0.002 0.001 0.009 0.030 0.028 0.001 0.002 0.009 70 P 0.010 0.083 0.645 0.181 0.002 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.024 0.001 0.001 0.004 71 V 0.003 0.021 0.015 0.878 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.018 0.001 0.001 0.004 72 L 0.005 0.083 0.187 0.687 0.002 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.006 73 L 0.007 0.018 0.069 0.667 0.008 0.199 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 74 P 0.001 0.003 0.002 0.007 0.005 0.916 0.001 0.002 0.001 0.001 0.050 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 75 E 0.001 0.023 0.001 0.004 0.001 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.890 0.051 0.012 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.027 0.004 0.007 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.008 0.862 0.063 0.001 0.012 0.004 77 A 0.009 0.005 0.133 0.013 0.001 0.005 0.015 0.001 0.004 0.001 0.009 0.011 0.624 0.004 0.010 0.155 78 I 0.025 0.012 0.261 0.033 0.001 0.025 0.020 0.002 0.001 0.001 0.018 0.024 0.558 0.002 0.005 0.014 79 A 0.007 0.032 0.038 0.056 0.002 0.150 0.005 0.006 0.002 0.002 0.035 0.035 0.614 0.003 0.003 0.012 80 T 0.007 0.023 0.015 0.060 0.007 0.092 0.016 0.003 0.004 0.001 0.146 0.049 0.535 0.028 0.003 0.012 81 I 0.003 0.091 0.064 0.062 0.001 0.011 0.006 0.008 0.001 0.001 0.022 0.146 0.534 0.002 0.040 0.009 82 Q 0.005 0.008 0.043 0.051 0.002 0.036 0.010 0.002 0.004 0.003 0.010 0.020 0.690 0.014 0.005 0.097 83 I 0.027 0.009 0.086 0.027 0.017 0.030 0.086 0.004 0.001 0.001 0.065 0.017 0.541 0.066 0.013 0.012 84 A 0.005 0.096 0.096 0.070 0.004 0.026 0.024 0.067 0.004 0.002 0.029 0.048 0.344 0.025 0.117 0.042 85 N 0.020 0.051 0.082 0.178 0.003 0.019 0.016 0.006 0.047 0.012 0.012 0.020 0.230 0.012 0.025 0.266 86 F 0.119 0.024 0.261 0.094 0.016 0.095 0.067 0.003 0.005 0.005 0.023 0.019 0.207 0.011 0.008 0.044 87 P 0.024 0.124 0.268 0.116 0.010 0.108 0.014 0.033 0.002 0.003 0.100 0.036 0.128 0.006 0.015 0.015 88 D 0.012 0.053 0.028 0.076 0.080 0.282 0.039 0.010 0.018 0.013 0.090 0.128 0.109 0.041 0.005 0.016 89 K 0.018 0.134 0.065 0.056 0.022 0.032 0.043 0.064 0.006 0.002 0.237 0.075 0.140 0.026 0.065 0.015