# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.020 0.126 0.762 2 D 0.426 0.415 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.085 0.011 0.057 3 R 0.191 0.292 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.275 0.050 0.168 4 K 0.029 0.312 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.082 0.091 0.431 5 L 0.094 0.229 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.166 0.098 0.095 0.291 6 L 0.040 0.107 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.162 0.184 0.122 0.362 7 H 0.057 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.003 0.006 0.006 0.496 0.099 0.052 0.222 8 L 0.018 0.015 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.003 0.459 0.075 0.061 0.342 9 L 0.007 0.007 0.005 0.002 0.013 0.012 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.540 0.066 0.085 0.235 10 C 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.265 0.067 0.125 0.516 11 S 0.208 0.025 0.007 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.433 0.058 0.194 12 P 0.164 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.048 0.115 0.615 13 D 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.033 0.140 0.761 14 T 0.018 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.033 0.134 0.671 15 R 0.023 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.037 0.110 0.764 16 Q 0.030 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.046 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.090 0.061 0.158 0.451 17 P 0.032 0.277 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.063 0.032 0.079 0.499 18 L 0.104 0.481 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.001 0.042 0.055 0.046 0.254 19 S 0.087 0.225 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.064 0.402 0.040 0.157 20 L 0.046 0.350 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.271 0.072 0.204 21 L 0.070 0.386 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.137 0.058 0.282 22 E 0.033 0.815 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.011 0.108 23 S 0.020 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.006 0.054 24 K 0.011 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.006 0.049 25 G 0.010 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.011 26 L 0.014 0.810 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.005 0.025 27 E 0.007 0.893 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.005 0.030 28 A 0.019 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.038 29 L 0.010 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.030 30 N 0.031 0.882 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.011 0.040 31 K 0.038 0.330 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.435 0.031 0.155 32 A 0.060 0.100 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.576 0.048 0.146 33 I 0.484 0.031 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.166 0.065 0.211 34 A 0.038 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.041 0.141 0.731 35 S 0.013 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.031 0.127 0.712 36 G 0.023 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.052 0.116 0.623 37 T 0.083 0.093 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.076 0.095 0.499 38 V 0.058 0.059 0.012 0.004 0.024 0.054 0.031 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.112 0.127 0.078 0.422 39 Q 0.028 0.017 0.025 0.002 0.095 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.146 0.094 0.089 0.473 40 R 0.286 0.010 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.100 0.053 0.444 41 A 0.157 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.045 0.056 0.702 42 D 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.009 0.081 0.869 43 G 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.025 0.102 0.781 44 S 0.018 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.136 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.060 0.067 0.360 45 I 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.024 0.002 0.009 0.004 0.002 0.001 0.058 0.038 0.084 0.697 46 Q 0.016 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.070 0.140 0.026 0.007 0.158 0.038 0.063 0.446 47 N 0.027 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.034 0.010 0.078 0.033 0.098 0.650 48 Q 0.045 0.119 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.241 0.087 0.082 0.399 49 S 0.098 0.188 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.104 0.076 0.438 50 L 0.132 0.202 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.059 0.074 0.403 51 H 0.058 0.227 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.063 0.091 0.453 52 E 0.030 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.294 0.317 0.058 0.236 53 A 0.020 0.062 0.004 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.237 0.218 0.085 0.341 54 L 0.039 0.024 0.017 0.003 0.028 0.020 0.047 0.012 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.004 0.002 0.003 0.355 0.096 0.065 0.275 55 I 0.024 0.024 0.004 0.002 0.014 0.018 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.064 0.067 0.460 56 T 0.165 0.051 0.012 0.002 0.019 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.129 0.092 0.381 57 R 0.048 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.043 0.113 0.676 58 D 0.243 0.029 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.232 0.076 0.385 59 R 0.207 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.063 0.100 0.501 60 K 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.015 0.099 0.778 61 Q 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.029 0.003 0.008 0.002 0.004 0.002 0.530 0.040 0.068 0.270 62 V 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.003 0.008 0.006 0.003 0.009 0.012 0.007 0.005 0.172 0.027 0.086 0.623 63 F 0.010 0.004 0.001 0.001 0.006 0.208 0.014 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.005 0.034 0.003 0.405 0.049 0.048 0.182 64 R 0.018 0.004 0.013 0.001 0.202 0.035 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.111 0.111 0.060 0.414 65 I 0.196 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.079 0.096 0.461 66 E 0.483 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.047 0.050 0.366 67 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.004 0.080 0.886 68 S 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.029 0.128 0.759 69 I 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.349 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.040 0.115 0.326 70 P 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.406 0.033 0.104 0.412 71 V 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.060 0.030 0.015 0.001 0.173 0.040 0.123 0.538 72 L 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.001 0.429 0.030 0.134 0.350 73 L 0.246 0.297 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 0.198 0.045 0.153 74 P 0.331 0.317 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.051 0.054 0.230 75 E 0.098 0.365 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.064 0.068 0.365 76 E 0.050 0.182 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.311 0.088 0.278 77 A 0.036 0.346 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.129 0.116 0.314 78 I 0.105 0.396 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.079 0.074 0.263 79 A 0.055 0.586 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.047 0.033 0.206 80 T 0.130 0.451 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.084 0.049 0.230 81 I 0.087 0.195 0.042 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.141 0.068 0.360 82 Q 0.173 0.064 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.146 0.082 0.403 83 I 0.365 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.050 0.074 0.432 84 A 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.021 0.117 0.787 85 N 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.018 0.123 0.804 86 F 0.125 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.091 0.127 0.608 87 P 0.083 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.047 0.147 0.681 88 D 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.025 0.119 0.785 89 K 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.032 0.144 0.735