# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.244 0.004 0.014 0.016 0.010 0.082 0.007 0.001 0.060 0.532 2 D 0.149 0.735 0.002 0.002 0.002 0.002 0.013 0.026 0.001 0.025 0.043 3 R 0.106 0.501 0.003 0.006 0.005 0.006 0.043 0.006 0.001 0.177 0.147 4 K 0.036 0.647 0.013 0.009 0.011 0.015 0.030 0.004 0.001 0.062 0.172 5 L 0.154 0.430 0.006 0.025 0.012 0.034 0.056 0.052 0.002 0.039 0.190 6 L 0.105 0.179 0.047 0.044 0.025 0.061 0.079 0.019 0.018 0.101 0.322 7 H 0.132 0.037 0.004 0.057 0.061 0.139 0.079 0.006 0.002 0.068 0.416 8 L 0.058 0.006 0.002 0.069 0.026 0.064 0.109 0.002 0.001 0.084 0.580 9 L 0.005 0.002 0.001 0.161 0.105 0.275 0.127 0.002 0.001 0.059 0.263 10 C 0.003 0.003 0.001 0.076 0.045 0.116 0.104 0.001 0.001 0.050 0.602 11 S 0.101 0.007 0.002 0.036 0.054 0.052 0.109 0.006 0.001 0.146 0.485 12 P 0.151 0.006 0.001 0.028 0.010 0.014 0.120 0.006 0.001 0.056 0.608 13 D 0.107 0.005 0.001 0.007 0.002 0.008 0.093 0.002 0.001 0.047 0.729 14 T 0.023 0.014 0.001 0.008 0.008 0.013 0.088 0.002 0.001 0.021 0.822 15 R 0.052 0.032 0.001 0.008 0.016 0.021 0.102 0.003 0.001 0.059 0.706 16 Q 0.030 0.074 0.004 0.026 0.087 0.046 0.127 0.003 0.001 0.062 0.540 17 P 0.057 0.187 0.002 0.015 0.018 0.030 0.097 0.006 0.001 0.051 0.537 18 L 0.071 0.348 0.003 0.015 0.044 0.039 0.074 0.012 0.001 0.058 0.334 19 S 0.044 0.307 0.003 0.031 0.025 0.053 0.061 0.004 0.001 0.188 0.283 20 L 0.036 0.363 0.007 0.025 0.019 0.030 0.080 0.004 0.002 0.174 0.261 21 L 0.059 0.502 0.019 0.014 0.018 0.010 0.052 0.013 0.004 0.082 0.227 22 E 0.123 0.771 0.002 0.003 0.001 0.002 0.010 0.010 0.001 0.014 0.064 23 S 0.035 0.810 0.001 0.003 0.001 0.002 0.014 0.004 0.001 0.015 0.116 24 K 0.006 0.869 0.003 0.004 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.009 0.090 25 G 0.005 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 0.019 26 L 0.008 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.069 0.007 27 E 0.006 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.068 0.011 28 A 0.007 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.032 0.024 29 L 0.015 0.901 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.001 0.021 0.024 30 N 0.023 0.812 0.009 0.003 0.001 0.003 0.013 0.014 0.002 0.078 0.042 31 K 0.030 0.256 0.011 0.002 0.002 0.003 0.032 0.003 0.003 0.495 0.162 32 A 0.042 0.162 0.067 0.008 0.006 0.006 0.083 0.018 0.010 0.422 0.176 33 I 0.150 0.047 0.029 0.008 0.005 0.007 0.149 0.023 0.009 0.329 0.244 34 A 0.089 0.073 0.011 0.014 0.011 0.027 0.131 0.012 0.004 0.063 0.565 35 S 0.018 0.042 0.002 0.011 0.005 0.019 0.102 0.005 0.001 0.021 0.776 36 G 0.048 0.054 0.010 0.036 0.059 0.123 0.130 0.007 0.002 0.058 0.473 37 T 0.041 0.046 0.003 0.042 0.078 0.167 0.107 0.007 0.001 0.060 0.448 38 V 0.033 0.021 0.002 0.072 0.072 0.114 0.090 0.003 0.002 0.047 0.543 39 Q 0.024 0.017 0.011 0.127 0.122 0.255 0.075 0.004 0.008 0.081 0.276 40 R 0.129 0.015 0.002 0.046 0.030 0.078 0.087 0.004 0.001 0.083 0.526 41 A 0.305 0.011 0.002 0.019 0.021 0.022 0.068 0.007 0.001 0.068 0.476 42 D 0.019 0.009 0.001 0.011 0.010 0.021 0.101 0.002 0.001 0.016 0.811 43 G 0.016 0.017 0.001 0.016 0.018 0.070 0.099 0.002 0.001 0.055 0.706 44 S 0.024 0.021 0.001 0.028 0.241 0.176 0.078 0.002 0.001 0.052 0.378 45 I 0.037 0.018 0.002 0.033 0.071 0.091 0.091 0.002 0.001 0.060 0.594 46 Q 0.015 0.032 0.002 0.030 0.114 0.130 0.088 0.002 0.001 0.033 0.553 47 N 0.048 0.152 0.002 0.021 0.051 0.088 0.070 0.005 0.001 0.042 0.521 48 Q 0.054 0.292 0.009 0.026 0.098 0.084 0.069 0.007 0.002 0.048 0.310 49 S 0.121 0.427 0.010 0.018 0.044 0.047 0.044 0.015 0.002 0.032 0.241 50 L 0.331 0.225 0.010 0.013 0.032 0.038 0.043 0.033 0.002 0.042 0.230 51 H 0.149 0.175 0.007 0.022 0.051 0.075 0.074 0.014 0.001 0.060 0.371 52 E 0.048 0.056 0.003 0.040 0.035 0.207 0.089 0.005 0.001 0.164 0.351 53 A 0.026 0.032 0.003 0.055 0.109 0.169 0.094 0.003 0.001 0.113 0.394 54 L 0.018 0.012 0.003 0.061 0.163 0.225 0.083 0.003 0.001 0.071 0.360 55 I 0.010 0.010 0.002 0.052 0.147 0.187 0.070 0.001 0.001 0.035 0.485 56 T 0.162 0.035 0.005 0.030 0.072 0.115 0.079 0.011 0.003 0.075 0.412 57 R 0.141 0.015 0.003 0.010 0.021 0.028 0.096 0.007 0.002 0.036 0.642 58 D 0.183 0.021 0.002 0.006 0.010 0.025 0.099 0.005 0.001 0.029 0.620 59 R 0.032 0.021 0.001 0.018 0.055 0.172 0.104 0.005 0.001 0.025 0.566 60 K 0.017 0.017 0.002 0.014 0.093 0.152 0.077 0.002 0.001 0.048 0.579 61 Q 0.012 0.013 0.001 0.026 0.302 0.397 0.032 0.001 0.001 0.033 0.183 62 V 0.019 0.013 0.001 0.025 0.129 0.179 0.062 0.003 0.001 0.047 0.523 63 F 0.004 0.003 0.001 0.062 0.393 0.411 0.020 0.001 0.001 0.018 0.087 64 R 0.016 0.006 0.005 0.032 0.153 0.290 0.049 0.002 0.004 0.073 0.372 65 I 0.136 0.004 0.002 0.046 0.102 0.107 0.088 0.008 0.002 0.073 0.432 66 E 0.391 0.002 0.001 0.023 0.036 0.031 0.069 0.003 0.001 0.054 0.388 67 D 0.007 0.001 0.001 0.025 0.007 0.034 0.107 0.001 0.001 0.012 0.805 68 S 0.004 0.002 0.001 0.027 0.012 0.028 0.087 0.001 0.001 0.028 0.812 69 I 0.023 0.002 0.001 0.078 0.306 0.104 0.094 0.002 0.001 0.076 0.314 70 P 0.011 0.002 0.001 0.153 0.035 0.084 0.079 0.001 0.001 0.096 0.539 71 V 0.003 0.002 0.001 0.212 0.085 0.106 0.085 0.001 0.001 0.028 0.478 72 L 0.004 0.017 0.001 0.357 0.056 0.086 0.071 0.001 0.001 0.011 0.395 73 L 0.233 0.201 0.009 0.078 0.032 0.018 0.048 0.032 0.003 0.074 0.272 74 P 0.284 0.436 0.001 0.016 0.004 0.005 0.026 0.042 0.001 0.024 0.161 75 E 0.167 0.344 0.003 0.009 0.006 0.010 0.044 0.006 0.001 0.077 0.334 76 E 0.029 0.115 0.005 0.020 0.011 0.015 0.064 0.002 0.001 0.464 0.274 77 A 0.069 0.271 0.006 0.019 0.012 0.022 0.112 0.018 0.002 0.184 0.286 78 I 0.105 0.288 0.015 0.013 0.041 0.020 0.055 0.015 0.004 0.087 0.358 79 A 0.068 0.378 0.005 0.029 0.021 0.045 0.056 0.008 0.001 0.043 0.346 80 T 0.125 0.318 0.004 0.027 0.012 0.038 0.077 0.019 0.001 0.042 0.337 81 I 0.058 0.087 0.077 0.069 0.058 0.095 0.088 0.017 0.025 0.099 0.326 82 Q 0.198 0.039 0.005 0.043 0.031 0.070 0.088 0.011 0.003 0.065 0.448 83 I 0.241 0.007 0.001 0.022 0.021 0.025 0.084 0.005 0.001 0.064 0.529 84 A 0.009 0.004 0.001 0.066 0.022 0.043 0.131 0.001 0.001 0.025 0.697 85 N 0.024 0.006 0.001 0.013 0.006 0.018 0.083 0.002 0.001 0.026 0.821 86 F 0.303 0.006 0.001 0.009 0.028 0.014 0.098 0.005 0.001 0.064 0.471 87 P 0.044 0.004 0.001 0.015 0.006 0.010 0.096 0.002 0.001 0.026 0.796 88 D 0.062 0.007 0.001 0.010 0.005 0.010 0.104 0.002 0.001 0.022 0.778 89 K 0.045 0.010 0.001 0.016 0.015 0.015 0.131 0.003 0.001 0.037 0.728