# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.161 0.014 0.017 0.013 0.085 0.082 0.606 2 D 0.146 0.691 0.003 0.003 0.005 0.014 0.096 0.041 3 R 0.088 0.515 0.018 0.008 0.009 0.050 0.130 0.182 4 K 0.034 0.624 0.038 0.016 0.025 0.041 0.053 0.170 5 L 0.060 0.243 0.135 0.012 0.029 0.096 0.143 0.282 6 L 0.049 0.086 0.201 0.057 0.060 0.128 0.190 0.230 7 H 0.142 0.041 0.184 0.029 0.059 0.089 0.157 0.299 8 L 0.057 0.015 0.153 0.026 0.044 0.158 0.108 0.438 9 L 0.009 0.006 0.261 0.048 0.107 0.127 0.063 0.380 10 C 0.020 0.003 0.096 0.033 0.058 0.132 0.080 0.577 11 S 0.080 0.011 0.097 0.046 0.054 0.164 0.186 0.362 12 P 0.137 0.009 0.027 0.013 0.030 0.178 0.039 0.567 13 D 0.094 0.005 0.018 0.009 0.015 0.139 0.057 0.661 14 T 0.039 0.022 0.019 0.012 0.024 0.130 0.045 0.709 15 R 0.042 0.017 0.023 0.012 0.029 0.116 0.038 0.722 16 Q 0.050 0.061 0.039 0.109 0.070 0.128 0.048 0.495 17 P 0.056 0.190 0.027 0.020 0.041 0.087 0.029 0.550 18 L 0.124 0.303 0.042 0.027 0.036 0.061 0.045 0.361 19 S 0.049 0.275 0.085 0.068 0.057 0.046 0.214 0.206 20 L 0.081 0.364 0.039 0.014 0.016 0.049 0.140 0.296 21 L 0.106 0.360 0.062 0.024 0.018 0.041 0.230 0.158 22 E 0.066 0.758 0.003 0.002 0.002 0.012 0.042 0.115 23 S 0.028 0.812 0.002 0.001 0.001 0.011 0.029 0.117 24 K 0.002 0.931 0.003 0.002 0.001 0.008 0.014 0.040 25 G 0.011 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.007 26 L 0.017 0.309 0.003 0.001 0.001 0.002 0.664 0.004 27 E 0.005 0.916 0.003 0.001 0.001 0.002 0.063 0.010 28 A 0.012 0.944 0.003 0.001 0.001 0.004 0.011 0.027 29 L 0.005 0.941 0.009 0.001 0.001 0.004 0.021 0.019 30 N 0.031 0.910 0.005 0.001 0.001 0.005 0.024 0.025 31 K 0.044 0.437 0.039 0.003 0.002 0.025 0.304 0.148 32 A 0.104 0.286 0.118 0.007 0.006 0.070 0.254 0.154 33 I 0.528 0.037 0.043 0.003 0.003 0.058 0.114 0.215 34 A 0.054 0.041 0.014 0.002 0.003 0.072 0.029 0.785 35 S 0.011 0.036 0.012 0.001 0.005 0.063 0.011 0.860 36 G 0.029 0.069 0.040 0.030 0.034 0.182 0.042 0.575 37 T 0.096 0.118 0.062 0.106 0.082 0.100 0.081 0.355 38 V 0.105 0.049 0.067 0.056 0.056 0.085 0.102 0.480 39 Q 0.034 0.022 0.088 0.087 0.107 0.086 0.101 0.476 40 R 0.223 0.011 0.029 0.023 0.030 0.074 0.074 0.535 41 A 0.225 0.017 0.016 0.020 0.017 0.088 0.062 0.556 42 D 0.030 0.011 0.009 0.008 0.028 0.101 0.012 0.800 43 G 0.020 0.010 0.018 0.021 0.073 0.091 0.056 0.711 44 S 0.034 0.023 0.034 0.195 0.173 0.100 0.063 0.377 45 I 0.047 0.012 0.043 0.136 0.128 0.076 0.079 0.479 46 Q 0.026 0.021 0.034 0.107 0.113 0.080 0.056 0.563 47 N 0.049 0.026 0.045 0.041 0.070 0.084 0.057 0.627 48 Q 0.073 0.059 0.046 0.085 0.063 0.108 0.053 0.512 49 S 0.100 0.137 0.037 0.031 0.049 0.096 0.047 0.503 50 L 0.130 0.105 0.071 0.030 0.047 0.124 0.088 0.406 51 H 0.114 0.104 0.030 0.046 0.083 0.099 0.090 0.434 52 E 0.027 0.021 0.031 0.039 0.089 0.072 0.222 0.497 53 A 0.012 0.020 0.113 0.133 0.283 0.110 0.110 0.220 54 L 0.009 0.010 0.100 0.170 0.341 0.056 0.047 0.267 55 I 0.014 0.010 0.130 0.210 0.193 0.069 0.048 0.325 56 T 0.078 0.031 0.108 0.096 0.158 0.100 0.106 0.323 57 R 0.108 0.018 0.024 0.031 0.041 0.147 0.049 0.582 58 D 0.163 0.036 0.020 0.017 0.025 0.087 0.066 0.587 59 R 0.090 0.035 0.022 0.032 0.069 0.118 0.106 0.526 60 K 0.018 0.008 0.022 0.045 0.100 0.083 0.043 0.681 61 Q 0.012 0.009 0.052 0.205 0.262 0.070 0.040 0.350 62 V 0.005 0.005 0.043 0.072 0.125 0.091 0.024 0.635 63 F 0.007 0.006 0.153 0.267 0.296 0.057 0.051 0.163 64 R 0.021 0.008 0.152 0.127 0.153 0.071 0.110 0.357 65 I 0.372 0.022 0.085 0.071 0.069 0.063 0.139 0.179 66 E 0.137 0.009 0.056 0.039 0.040 0.078 0.093 0.548 67 D 0.012 0.006 0.085 0.019 0.060 0.135 0.036 0.649 68 S 0.006 0.005 0.072 0.021 0.060 0.092 0.041 0.702 69 I 0.039 0.011 0.120 0.214 0.135 0.128 0.069 0.285 70 P 0.044 0.012 0.158 0.054 0.090 0.082 0.108 0.451 71 V 0.012 0.020 0.206 0.088 0.126 0.097 0.090 0.363 72 L 0.010 0.032 0.235 0.039 0.062 0.094 0.059 0.469 73 L 0.097 0.207 0.135 0.074 0.049 0.073 0.114 0.251 74 P 0.147 0.462 0.030 0.012 0.019 0.041 0.102 0.186 75 E 0.135 0.398 0.021 0.007 0.012 0.055 0.100 0.271 76 E 0.037 0.243 0.041 0.022 0.025 0.085 0.192 0.354 77 A 0.048 0.284 0.030 0.013 0.023 0.102 0.123 0.378 78 I 0.079 0.333 0.038 0.024 0.031 0.083 0.123 0.290 79 A 0.063 0.504 0.028 0.014 0.027 0.049 0.066 0.248 80 T 0.129 0.335 0.040 0.014 0.025 0.055 0.113 0.288 81 I 0.048 0.087 0.146 0.087 0.062 0.095 0.154 0.322 82 Q 0.166 0.059 0.076 0.030 0.052 0.088 0.086 0.443 83 I 0.318 0.019 0.040 0.017 0.017 0.090 0.057 0.442 84 A 0.014 0.006 0.025 0.019 0.030 0.115 0.033 0.757 85 N 0.017 0.004 0.007 0.004 0.010 0.068 0.017 0.873 86 F 0.184 0.013 0.016 0.026 0.018 0.131 0.076 0.536 87 P 0.113 0.011 0.011 0.010 0.013 0.106 0.040 0.696 88 D 0.083 0.013 0.008 0.007 0.016 0.089 0.039 0.746 89 K 0.034 0.010 0.017 0.018 0.030 0.122 0.036 0.734