# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.208 0.102 0.038 0.094 0.097 0.096 0.132 0.097 0.067 0.044 0.026 2 D 0.139 0.284 0.069 0.148 0.125 0.062 0.073 0.037 0.032 0.020 0.010 3 R 0.084 0.065 0.041 0.119 0.139 0.211 0.186 0.082 0.041 0.020 0.013 4 K 0.351 0.152 0.155 0.205 0.071 0.037 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 5 L 0.004 0.009 0.016 0.050 0.071 0.089 0.167 0.212 0.178 0.112 0.093 6 L 0.001 0.002 0.007 0.010 0.017 0.027 0.083 0.154 0.235 0.278 0.186 7 H 0.004 0.020 0.178 0.252 0.308 0.102 0.079 0.027 0.017 0.010 0.003 8 L 0.002 0.008 0.075 0.038 0.037 0.078 0.169 0.134 0.203 0.152 0.106 9 L 0.006 0.006 0.015 0.019 0.020 0.035 0.127 0.125 0.254 0.228 0.165 10 C 0.008 0.019 0.033 0.055 0.066 0.094 0.189 0.217 0.164 0.097 0.059 11 S 0.011 0.032 0.053 0.091 0.099 0.123 0.170 0.140 0.122 0.100 0.060 12 P 0.133 0.104 0.072 0.148 0.142 0.096 0.131 0.072 0.053 0.036 0.016 13 D 0.399 0.220 0.051 0.112 0.079 0.041 0.040 0.025 0.017 0.012 0.005 14 T 0.107 0.103 0.040 0.122 0.099 0.113 0.136 0.078 0.082 0.072 0.048 15 R 0.151 0.146 0.050 0.178 0.154 0.103 0.094 0.051 0.036 0.021 0.015 16 Q 0.271 0.215 0.087 0.137 0.097 0.069 0.060 0.029 0.018 0.011 0.005 17 P 0.107 0.176 0.066 0.245 0.167 0.097 0.078 0.029 0.019 0.011 0.005 18 L 0.002 0.003 0.003 0.009 0.014 0.037 0.104 0.196 0.256 0.191 0.184 19 S 0.123 0.183 0.179 0.295 0.137 0.045 0.022 0.008 0.004 0.003 0.001 20 L 0.011 0.031 0.081 0.134 0.100 0.116 0.178 0.099 0.104 0.086 0.059 21 L 0.006 0.008 0.011 0.021 0.030 0.040 0.120 0.173 0.219 0.187 0.186 22 E 0.034 0.325 0.172 0.202 0.133 0.052 0.046 0.016 0.010 0.008 0.002 23 S 0.098 0.072 0.131 0.237 0.188 0.123 0.088 0.035 0.017 0.008 0.004 24 K 0.585 0.129 0.092 0.096 0.046 0.021 0.018 0.006 0.004 0.003 0.001 25 G 0.049 0.149 0.047 0.221 0.167 0.133 0.148 0.043 0.027 0.011 0.004 26 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.027 0.105 0.143 0.263 0.212 0.229 27 E 0.027 0.037 0.282 0.331 0.191 0.081 0.036 0.008 0.004 0.003 0.001 28 A 0.004 0.024 0.255 0.199 0.171 0.150 0.120 0.043 0.020 0.010 0.004 29 L 0.001 0.002 0.007 0.006 0.008 0.018 0.090 0.142 0.232 0.249 0.246 30 N 0.001 0.003 0.025 0.026 0.038 0.102 0.260 0.200 0.168 0.115 0.062 31 K 0.005 0.012 0.622 0.182 0.118 0.030 0.017 0.007 0.004 0.003 0.001 32 A 0.005 0.013 0.075 0.078 0.108 0.218 0.334 0.090 0.047 0.023 0.009 33 I 0.004 0.004 0.010 0.008 0.007 0.016 0.066 0.112 0.222 0.328 0.224 34 A 0.042 0.103 0.144 0.166 0.159 0.141 0.133 0.053 0.032 0.020 0.008 35 S 0.099 0.214 0.261 0.231 0.123 0.036 0.020 0.008 0.005 0.003 0.001 36 G 0.253 0.060 0.039 0.062 0.078 0.098 0.168 0.088 0.072 0.052 0.029 37 T 0.147 0.221 0.053 0.222 0.183 0.062 0.058 0.027 0.017 0.007 0.004 38 V 0.003 0.005 0.011 0.016 0.011 0.026 0.072 0.079 0.238 0.242 0.298 39 Q 0.029 0.062 0.089 0.255 0.264 0.105 0.106 0.040 0.028 0.014 0.007 40 R 0.042 0.125 0.141 0.212 0.161 0.096 0.096 0.050 0.039 0.025 0.013 41 A 0.047 0.051 0.037 0.093 0.095 0.144 0.191 0.114 0.098 0.074 0.055 42 D 0.198 0.273 0.077 0.157 0.096 0.062 0.068 0.035 0.019 0.011 0.005 43 G 0.537 0.118 0.053 0.100 0.065 0.037 0.036 0.025 0.014 0.009 0.004 44 S 0.341 0.174 0.083 0.161 0.105 0.056 0.040 0.017 0.013 0.007 0.003 45 I 0.070 0.084 0.044 0.102 0.083 0.099 0.166 0.112 0.111 0.081 0.049 46 Q 0.045 0.083 0.051 0.128 0.129 0.151 0.184 0.100 0.066 0.040 0.023 47 N 0.169 0.172 0.148 0.206 0.127 0.076 0.051 0.024 0.015 0.008 0.004 48 Q 0.268 0.126 0.113 0.145 0.114 0.087 0.078 0.030 0.019 0.013 0.006 49 S 0.235 0.160 0.067 0.193 0.127 0.080 0.075 0.028 0.018 0.010 0.006 50 L 0.006 0.006 0.009 0.016 0.022 0.043 0.100 0.160 0.224 0.213 0.202 51 H 0.039 0.109 0.156 0.258 0.197 0.105 0.074 0.028 0.018 0.013 0.004 52 E 0.051 0.070 0.144 0.229 0.178 0.123 0.103 0.044 0.031 0.018 0.008 53 A 0.009 0.013 0.024 0.048 0.072 0.120 0.216 0.180 0.149 0.104 0.065 54 L 0.004 0.016 0.027 0.037 0.038 0.052 0.140 0.179 0.204 0.188 0.114 55 I 0.001 0.005 0.024 0.021 0.027 0.048 0.129 0.195 0.199 0.225 0.126 56 T 0.023 0.061 0.193 0.238 0.220 0.086 0.092 0.039 0.023 0.019 0.007 57 R 0.167 0.169 0.098 0.136 0.121 0.090 0.111 0.050 0.029 0.019 0.010 58 D 0.500 0.285 0.043 0.078 0.040 0.019 0.017 0.007 0.006 0.004 0.002 59 R 0.153 0.081 0.030 0.119 0.126 0.153 0.168 0.087 0.047 0.024 0.013 60 K 0.242 0.162 0.165 0.214 0.106 0.048 0.029 0.015 0.009 0.007 0.002 61 Q 0.018 0.047 0.058 0.179 0.177 0.219 0.184 0.075 0.028 0.010 0.004 62 V 0.006 0.015 0.033 0.046 0.044 0.069 0.139 0.129 0.193 0.175 0.150 63 F 0.006 0.012 0.031 0.051 0.081 0.131 0.226 0.172 0.143 0.084 0.063 64 R 0.026 0.119 0.283 0.265 0.167 0.060 0.038 0.016 0.012 0.010 0.004 65 I 0.002 0.002 0.005 0.010 0.011 0.032 0.086 0.147 0.210 0.216 0.278 66 E 0.183 0.268 0.080 0.216 0.144 0.038 0.031 0.016 0.012 0.009 0.004 67 D 0.155 0.164 0.063 0.152 0.122 0.081 0.093 0.058 0.050 0.040 0.023 68 S 0.137 0.130 0.054 0.172 0.147 0.119 0.095 0.052 0.046 0.030 0.020 69 I 0.009 0.009 0.008 0.022 0.024 0.049 0.137 0.194 0.227 0.199 0.124 70 P 0.049 0.111 0.057 0.187 0.157 0.137 0.135 0.063 0.055 0.034 0.015 71 V 0.011 0.016 0.020 0.030 0.037 0.057 0.120 0.133 0.195 0.211 0.171 72 L 0.027 0.035 0.035 0.088 0.095 0.093 0.155 0.135 0.119 0.122 0.096 73 L 0.006 0.015 0.015 0.028 0.033 0.051 0.108 0.161 0.179 0.210 0.193 74 P 0.077 0.259 0.093 0.216 0.175 0.070 0.050 0.027 0.015 0.012 0.006 75 E 0.543 0.115 0.062 0.120 0.080 0.030 0.025 0.012 0.007 0.004 0.002 76 E 0.147 0.112 0.068 0.218 0.187 0.122 0.080 0.031 0.020 0.011 0.005 77 A 0.011 0.022 0.028 0.054 0.049 0.062 0.152 0.147 0.183 0.161 0.131 78 I 0.005 0.012 0.029 0.044 0.061 0.112 0.204 0.184 0.155 0.123 0.071 79 A 0.065 0.126 0.350 0.240 0.111 0.044 0.030 0.013 0.011 0.008 0.003 80 T 0.033 0.036 0.057 0.127 0.134 0.170 0.204 0.088 0.075 0.047 0.029 81 I 0.055 0.032 0.036 0.066 0.072 0.094 0.166 0.121 0.144 0.131 0.084 82 Q 0.041 0.088 0.100 0.212 0.190 0.121 0.124 0.056 0.037 0.020 0.010 83 I 0.005 0.011 0.032 0.032 0.028 0.044 0.116 0.144 0.218 0.196 0.174 84 A 0.054 0.057 0.087 0.181 0.189 0.120 0.156 0.068 0.047 0.029 0.012 85 N 0.199 0.210 0.165 0.187 0.102 0.052 0.043 0.019 0.012 0.009 0.004 86 F 0.028 0.035 0.022 0.061 0.069 0.153 0.214 0.148 0.116 0.086 0.068 87 P 0.444 0.282 0.065 0.088 0.046 0.022 0.023 0.015 0.008 0.006 0.002 88 D 0.604 0.207 0.058 0.069 0.032 0.013 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 89 K 0.392 0.158 0.073 0.112 0.090 0.071 0.050 0.025 0.015 0.009 0.004