# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.022 0.014 0.024 0.018 0.033 0.155 0.003 0.001 0.003 0.667 2 D 0.050 0.019 0.003 0.028 0.016 0.082 0.148 0.001 0.001 0.003 0.650 3 R 0.008 0.010 0.001 0.011 0.003 0.007 0.044 0.001 0.001 0.015 0.902 4 K 0.008 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.625 0.001 0.001 0.006 0.347 5 L 0.359 0.084 0.002 0.004 0.001 0.005 0.405 0.001 0.001 0.008 0.130 6 L 0.069 0.848 0.003 0.005 0.003 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.055 7 H 0.021 0.817 0.009 0.011 0.015 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.100 8 L 0.064 0.799 0.005 0.011 0.021 0.011 0.004 0.013 0.001 0.001 0.072 9 L 0.091 0.750 0.002 0.008 0.021 0.028 0.004 0.034 0.001 0.001 0.061 10 C 0.208 0.341 0.026 0.020 0.016 0.033 0.015 0.092 0.001 0.002 0.248 11 S 0.205 0.139 0.047 0.054 0.043 0.096 0.075 0.043 0.001 0.002 0.296 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.989 13 D 0.005 0.003 0.005 0.010 0.006 0.009 0.321 0.001 0.001 0.002 0.637 14 T 0.432 0.011 0.004 0.018 0.008 0.012 0.204 0.001 0.001 0.034 0.276 15 R 0.290 0.029 0.008 0.022 0.011 0.019 0.090 0.002 0.001 0.034 0.495 16 Q 0.102 0.010 0.021 0.039 0.040 0.029 0.290 0.001 0.001 0.007 0.461 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.983 18 L 0.019 0.013 0.001 0.066 0.102 0.321 0.080 0.001 0.001 0.002 0.396 19 S 0.066 0.067 0.001 0.120 0.125 0.102 0.162 0.001 0.001 0.007 0.349 20 L 0.037 0.077 0.001 0.046 0.038 0.066 0.063 0.001 0.001 0.002 0.668 21 L 0.073 0.259 0.002 0.109 0.057 0.115 0.109 0.001 0.001 0.007 0.267 22 E 0.049 0.249 0.003 0.021 0.026 0.038 0.231 0.002 0.001 0.006 0.375 23 S 0.053 0.444 0.005 0.012 0.007 0.018 0.079 0.004 0.001 0.004 0.374 24 K 0.061 0.339 0.006 0.005 0.003 0.005 0.113 0.004 0.001 0.007 0.457 25 G 0.109 0.509 0.026 0.004 0.001 0.004 0.082 0.004 0.001 0.003 0.258 26 L 0.039 0.840 0.014 0.004 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.090 27 E 0.005 0.930 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.053 28 A 0.012 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.080 29 L 0.048 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.041 30 N 0.017 0.951 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 31 K 0.017 0.916 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.045 32 A 0.036 0.907 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.038 33 I 0.037 0.917 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.025 34 A 0.076 0.798 0.010 0.005 0.008 0.010 0.011 0.026 0.001 0.001 0.056 35 S 0.111 0.595 0.019 0.009 0.010 0.015 0.025 0.048 0.001 0.002 0.168 36 G 0.381 0.235 0.041 0.017 0.016 0.020 0.018 0.041 0.001 0.017 0.214 37 T 0.114 0.080 0.343 0.022 0.018 0.015 0.174 0.010 0.001 0.003 0.220 38 V 0.058 0.086 0.032 0.087 0.127 0.174 0.070 0.003 0.001 0.004 0.359 39 Q 0.020 0.101 0.004 0.067 0.176 0.366 0.062 0.002 0.001 0.002 0.199 40 R 0.034 0.128 0.002 0.046 0.222 0.190 0.067 0.006 0.001 0.002 0.301 41 A 0.063 0.131 0.003 0.037 0.155 0.258 0.049 0.008 0.001 0.002 0.296 42 D 0.050 0.054 0.003 0.021 0.066 0.135 0.086 0.005 0.001 0.006 0.576 43 G 0.172 0.026 0.014 0.016 0.029 0.054 0.103 0.006 0.001 0.028 0.551 44 S 0.331 0.015 0.025 0.015 0.020 0.023 0.281 0.002 0.001 0.009 0.279 45 I 0.043 0.013 0.006 0.019 0.020 0.030 0.119 0.002 0.001 0.003 0.744 46 Q 0.046 0.033 0.008 0.069 0.133 0.337 0.108 0.001 0.001 0.005 0.260 47 N 0.061 0.050 0.003 0.049 0.066 0.129 0.177 0.002 0.001 0.004 0.459 48 Q 0.131 0.071 0.002 0.055 0.130 0.167 0.064 0.004 0.001 0.005 0.371 49 S 0.006 0.008 0.001 0.007 0.007 0.012 0.060 0.001 0.001 0.001 0.897 50 L 0.051 0.034 0.009 0.101 0.144 0.309 0.081 0.001 0.001 0.007 0.263 51 H 0.056 0.077 0.003 0.081 0.144 0.235 0.077 0.002 0.001 0.014 0.312 52 E 0.093 0.063 0.005 0.059 0.046 0.075 0.113 0.004 0.001 0.010 0.533 53 A 0.245 0.082 0.006 0.145 0.118 0.135 0.084 0.004 0.001 0.008 0.173 54 L 0.082 0.086 0.012 0.169 0.197 0.224 0.059 0.005 0.001 0.005 0.161 55 I 0.042 0.038 0.014 0.247 0.177 0.276 0.026 0.003 0.001 0.003 0.175 56 T 0.029 0.035 0.004 0.148 0.245 0.358 0.029 0.002 0.001 0.001 0.148 57 R 0.012 0.025 0.002 0.070 0.118 0.184 0.056 0.003 0.001 0.002 0.527 58 D 0.005 0.006 0.002 0.026 0.047 0.144 0.366 0.001 0.001 0.003 0.401 59 R 0.129 0.006 0.002 0.054 0.019 0.063 0.132 0.001 0.001 0.035 0.559 60 K 0.055 0.014 0.004 0.008 0.010 0.013 0.498 0.001 0.001 0.017 0.380 61 Q 0.365 0.033 0.003 0.026 0.045 0.049 0.336 0.002 0.001 0.027 0.116 62 V 0.317 0.121 0.032 0.038 0.027 0.069 0.032 0.010 0.001 0.003 0.351 63 F 0.038 0.023 0.013 0.150 0.347 0.353 0.018 0.001 0.001 0.002 0.054 64 R 0.001 0.003 0.001 0.010 0.018 0.028 0.018 0.001 0.001 0.001 0.920 65 I 0.006 0.008 0.001 0.067 0.191 0.681 0.005 0.001 0.001 0.001 0.042 66 E 0.009 0.018 0.001 0.046 0.077 0.088 0.161 0.002 0.001 0.002 0.596 67 D 0.072 0.016 0.002 0.046 0.087 0.118 0.144 0.003 0.001 0.014 0.496 68 S 0.324 0.009 0.004 0.058 0.031 0.089 0.130 0.003 0.001 0.021 0.331 69 I 0.225 0.005 0.039 0.107 0.081 0.064 0.185 0.002 0.001 0.009 0.284 70 P 0.004 0.001 0.001 0.031 0.024 0.027 0.019 0.001 0.001 0.001 0.895 71 V 0.006 0.001 0.001 0.145 0.136 0.302 0.029 0.001 0.001 0.001 0.380 72 L 0.016 0.006 0.001 0.531 0.093 0.126 0.043 0.001 0.001 0.009 0.174 73 L 0.042 0.006 0.001 0.180 0.112 0.281 0.068 0.001 0.001 0.005 0.305 74 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.973 75 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.089 0.001 0.001 0.001 0.903 76 E 0.062 0.005 0.001 0.007 0.004 0.007 0.366 0.001 0.001 0.014 0.536 77 A 0.427 0.099 0.002 0.010 0.006 0.011 0.053 0.001 0.001 0.011 0.378 78 I 0.128 0.390 0.011 0.019 0.030 0.039 0.062 0.002 0.001 0.007 0.312 79 A 0.073 0.319 0.005 0.020 0.043 0.052 0.038 0.004 0.001 0.005 0.440 80 T 0.112 0.393 0.007 0.019 0.024 0.045 0.021 0.007 0.001 0.002 0.370 81 I 0.104 0.437 0.006 0.028 0.048 0.060 0.046 0.007 0.001 0.003 0.262 82 Q 0.055 0.352 0.009 0.036 0.045 0.053 0.088 0.009 0.001 0.003 0.348 83 I 0.075 0.436 0.007 0.067 0.065 0.093 0.028 0.007 0.001 0.002 0.220 84 A 0.080 0.346 0.005 0.033 0.044 0.062 0.083 0.012 0.001 0.004 0.330 85 N 0.199 0.141 0.010 0.016 0.014 0.032 0.073 0.029 0.001 0.007 0.478 86 F 0.361 0.077 0.037 0.026 0.016 0.034 0.061 0.014 0.001 0.003 0.372 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.990 88 D 0.006 0.003 0.002 0.005 0.006 0.013 0.104 0.001 0.001 0.001 0.860 89 K 0.184 0.024 0.001 0.014 0.012 0.022 0.068 0.001 0.001 0.007 0.666