# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.017 0.047 0.020 0.029 0.175 0.007 0.628 2 D 0.054 0.041 0.056 0.024 0.063 0.184 0.008 0.570 3 R 0.021 0.027 0.012 0.004 0.019 0.058 0.003 0.855 4 K 0.019 0.023 0.003 0.001 0.004 0.664 0.003 0.284 5 L 0.131 0.153 0.003 0.002 0.005 0.513 0.009 0.184 6 L 0.033 0.891 0.003 0.002 0.004 0.011 0.003 0.052 7 H 0.025 0.839 0.008 0.005 0.006 0.016 0.011 0.090 8 L 0.121 0.654 0.052 0.015 0.016 0.022 0.038 0.083 9 L 0.217 0.594 0.026 0.036 0.046 0.012 0.029 0.039 10 C 0.120 0.247 0.205 0.068 0.111 0.026 0.058 0.165 11 S 0.067 0.112 0.177 0.121 0.099 0.066 0.021 0.338 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 13 D 0.009 0.007 0.012 0.014 0.034 0.567 0.006 0.351 14 T 0.524 0.009 0.012 0.005 0.007 0.122 0.027 0.295 15 R 0.236 0.092 0.047 0.019 0.019 0.123 0.023 0.441 16 Q 0.118 0.022 0.053 0.041 0.043 0.281 0.008 0.433 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 L 0.033 0.021 0.070 0.077 0.283 0.126 0.004 0.386 19 S 0.100 0.056 0.076 0.055 0.051 0.097 0.010 0.554 20 L 0.075 0.065 0.024 0.021 0.076 0.047 0.005 0.687 21 L 0.193 0.215 0.059 0.044 0.115 0.107 0.005 0.262 22 E 0.126 0.188 0.024 0.015 0.026 0.251 0.021 0.347 23 S 0.266 0.351 0.019 0.008 0.015 0.060 0.023 0.258 24 K 0.173 0.406 0.014 0.005 0.008 0.054 0.019 0.321 25 G 0.135 0.362 0.015 0.005 0.008 0.084 0.025 0.366 26 L 0.073 0.618 0.027 0.005 0.015 0.049 0.012 0.203 27 E 0.017 0.841 0.009 0.003 0.007 0.024 0.003 0.096 28 A 0.017 0.888 0.004 0.002 0.002 0.009 0.004 0.073 29 L 0.026 0.884 0.008 0.002 0.002 0.008 0.008 0.062 30 N 0.025 0.899 0.006 0.002 0.003 0.007 0.007 0.052 31 K 0.011 0.911 0.014 0.004 0.004 0.005 0.006 0.045 32 A 0.042 0.833 0.008 0.004 0.006 0.017 0.014 0.075 33 I 0.060 0.842 0.015 0.007 0.008 0.010 0.016 0.042 34 A 0.040 0.807 0.037 0.014 0.013 0.018 0.019 0.052 35 S 0.053 0.569 0.044 0.022 0.019 0.021 0.066 0.207 36 G 0.366 0.166 0.047 0.034 0.019 0.021 0.155 0.192 37 T 0.312 0.036 0.088 0.041 0.050 0.160 0.025 0.287 38 V 0.018 0.014 0.040 0.080 0.107 0.054 0.004 0.684 39 Q 0.046 0.021 0.046 0.237 0.359 0.102 0.005 0.184 40 R 0.038 0.030 0.043 0.231 0.256 0.051 0.009 0.342 41 A 0.039 0.043 0.057 0.122 0.230 0.081 0.009 0.419 42 D 0.022 0.017 0.014 0.041 0.060 0.128 0.017 0.701 43 G 0.234 0.027 0.023 0.059 0.032 0.054 0.104 0.466 44 S 0.491 0.005 0.037 0.016 0.036 0.298 0.011 0.107 45 I 0.010 0.003 0.009 0.022 0.031 0.042 0.001 0.882 46 Q 0.027 0.015 0.049 0.182 0.439 0.098 0.003 0.187 47 N 0.027 0.019 0.029 0.089 0.172 0.126 0.006 0.532 48 Q 0.082 0.056 0.049 0.138 0.217 0.073 0.007 0.376 49 S 0.017 0.025 0.008 0.031 0.048 0.085 0.004 0.782 50 L 0.104 0.058 0.031 0.066 0.187 0.141 0.016 0.397 51 H 0.050 0.067 0.028 0.030 0.068 0.238 0.013 0.505 52 E 0.072 0.106 0.014 0.022 0.040 0.193 0.019 0.534 53 A 0.190 0.305 0.048 0.036 0.039 0.077 0.019 0.286 54 L 0.093 0.261 0.084 0.123 0.139 0.070 0.020 0.210 55 I 0.053 0.158 0.140 0.165 0.217 0.051 0.016 0.199 56 T 0.033 0.166 0.134 0.227 0.247 0.029 0.010 0.153 57 R 0.052 0.069 0.072 0.102 0.156 0.102 0.019 0.429 58 D 0.047 0.035 0.037 0.055 0.090 0.241 0.020 0.475 59 R 0.122 0.024 0.033 0.022 0.048 0.133 0.031 0.588 60 K 0.057 0.018 0.020 0.016 0.016 0.573 0.020 0.279 61 Q 0.236 0.022 0.036 0.038 0.047 0.400 0.038 0.182 62 V 0.095 0.045 0.046 0.048 0.105 0.088 0.004 0.568 63 F 0.006 0.013 0.196 0.380 0.286 0.021 0.003 0.095 64 R 0.004 0.006 0.024 0.080 0.112 0.018 0.002 0.755 65 I 0.012 0.011 0.153 0.156 0.499 0.026 0.005 0.139 66 E 0.010 0.016 0.062 0.135 0.159 0.144 0.004 0.471 67 D 0.040 0.015 0.048 0.054 0.121 0.138 0.028 0.555 68 S 0.238 0.012 0.078 0.020 0.022 0.103 0.052 0.475 69 I 0.170 0.006 0.346 0.058 0.040 0.129 0.017 0.235 70 P 0.001 0.001 0.010 0.005 0.005 0.005 0.001 0.974 71 V 0.012 0.004 0.204 0.065 0.229 0.060 0.004 0.422 72 L 0.039 0.013 0.435 0.092 0.104 0.044 0.009 0.265 73 L 0.039 0.012 0.130 0.143 0.196 0.096 0.004 0.380 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 75 E 0.004 0.004 0.018 0.019 0.074 0.209 0.002 0.670 76 E 0.285 0.034 0.009 0.009 0.010 0.200 0.016 0.437 77 A 0.397 0.225 0.016 0.014 0.024 0.040 0.014 0.270 78 I 0.106 0.445 0.045 0.032 0.042 0.047 0.009 0.275 79 A 0.043 0.423 0.049 0.024 0.033 0.048 0.015 0.366 80 T 0.073 0.522 0.037 0.022 0.040 0.030 0.022 0.254 81 I 0.080 0.547 0.057 0.038 0.045 0.036 0.023 0.174 82 Q 0.085 0.406 0.059 0.037 0.050 0.089 0.024 0.251 83 I 0.111 0.497 0.054 0.033 0.053 0.044 0.016 0.192 84 A 0.105 0.468 0.050 0.039 0.047 0.049 0.030 0.212 85 N 0.269 0.161 0.029 0.016 0.021 0.037 0.133 0.335 86 F 0.466 0.061 0.062 0.024 0.024 0.041 0.029 0.292 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 88 D 0.005 0.005 0.007 0.012 0.040 0.097 0.003 0.833 89 K 0.156 0.013 0.013 0.006 0.010 0.080 0.009 0.714