# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.277 0.276 0.231 0.094 0.031 0.044 0.009 0.001 0.035 0.001 0.001 2 D 0.242 0.059 0.424 0.059 0.021 0.071 0.019 0.001 0.099 0.002 0.004 3 R 0.926 0.002 0.055 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 4 K 0.958 0.006 0.009 0.020 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.875 0.019 0.024 0.063 0.003 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 6 L 0.897 0.018 0.034 0.025 0.004 0.008 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 7 H 0.895 0.018 0.037 0.028 0.003 0.013 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 8 L 0.877 0.023 0.032 0.052 0.002 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 9 L 0.544 0.068 0.094 0.224 0.014 0.022 0.014 0.001 0.018 0.001 0.001 10 C 0.247 0.100 0.199 0.226 0.050 0.045 0.093 0.011 0.023 0.006 0.001 11 S 0.044 0.184 0.542 0.018 0.053 0.029 0.007 0.001 0.118 0.004 0.001 12 P 0.663 0.004 0.285 0.019 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 13 D 0.359 0.036 0.044 0.451 0.011 0.018 0.040 0.024 0.011 0.003 0.001 14 T 0.224 0.089 0.112 0.441 0.024 0.018 0.070 0.005 0.013 0.003 0.002 15 R 0.280 0.066 0.154 0.287 0.030 0.038 0.099 0.025 0.010 0.007 0.003 16 Q 0.013 0.265 0.514 0.004 0.025 0.009 0.002 0.001 0.167 0.001 0.001 17 P 0.127 0.003 0.732 0.010 0.001 0.032 0.002 0.001 0.002 0.001 0.091 18 L 0.173 0.363 0.296 0.067 0.041 0.023 0.006 0.003 0.026 0.001 0.001 19 S 0.202 0.203 0.436 0.020 0.043 0.056 0.003 0.001 0.035 0.001 0.002 20 L 0.678 0.038 0.171 0.042 0.008 0.047 0.003 0.001 0.007 0.001 0.005 21 L 0.809 0.048 0.058 0.056 0.009 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 22 E 0.829 0.023 0.048 0.061 0.017 0.011 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 23 S 0.946 0.007 0.019 0.018 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.920 0.003 0.013 0.053 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 G 0.898 0.003 0.009 0.038 0.013 0.005 0.015 0.015 0.001 0.005 0.001 26 L 0.993 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.962 0.002 0.002 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 N 0.944 0.001 0.005 0.034 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.982 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.968 0.002 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.851 0.017 0.062 0.055 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 34 A 0.831 0.011 0.032 0.098 0.003 0.009 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 35 S 0.254 0.025 0.035 0.581 0.019 0.006 0.065 0.006 0.007 0.001 0.001 36 G 0.076 0.008 0.042 0.019 0.087 0.004 0.075 0.589 0.003 0.098 0.001 37 T 0.279 0.181 0.375 0.054 0.027 0.054 0.011 0.001 0.016 0.001 0.001 38 V 0.266 0.323 0.291 0.038 0.017 0.041 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 39 Q 0.298 0.384 0.149 0.073 0.046 0.036 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 40 R 0.261 0.244 0.230 0.088 0.081 0.047 0.014 0.004 0.026 0.004 0.001 41 A 0.479 0.213 0.126 0.093 0.035 0.019 0.011 0.003 0.016 0.004 0.001 42 D 0.087 0.030 0.124 0.447 0.013 0.025 0.245 0.007 0.019 0.002 0.001 43 G 0.008 0.001 0.005 0.006 0.016 0.001 0.094 0.788 0.001 0.080 0.001 44 S 0.106 0.289 0.426 0.078 0.042 0.026 0.012 0.002 0.016 0.002 0.001 45 I 0.124 0.376 0.347 0.046 0.025 0.064 0.003 0.001 0.011 0.001 0.004 46 Q 0.168 0.505 0.177 0.046 0.054 0.029 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 47 N 0.113 0.161 0.219 0.159 0.096 0.102 0.066 0.011 0.063 0.007 0.003 48 Q 0.050 0.402 0.315 0.017 0.067 0.034 0.014 0.002 0.096 0.003 0.001 49 S 0.182 0.037 0.624 0.025 0.010 0.092 0.004 0.001 0.013 0.002 0.009 50 L 0.738 0.056 0.106 0.062 0.016 0.012 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 51 H 0.724 0.046 0.061 0.110 0.024 0.014 0.010 0.001 0.006 0.003 0.001 52 E 0.692 0.052 0.054 0.126 0.028 0.012 0.024 0.004 0.005 0.002 0.001 53 A 0.441 0.215 0.153 0.079 0.062 0.013 0.018 0.004 0.013 0.002 0.001 54 L 0.248 0.292 0.328 0.038 0.018 0.045 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 55 I 0.098 0.345 0.331 0.043 0.009 0.118 0.007 0.001 0.049 0.001 0.001 56 T 0.154 0.249 0.354 0.097 0.041 0.062 0.009 0.001 0.030 0.002 0.001 57 R 0.402 0.150 0.197 0.097 0.078 0.033 0.011 0.005 0.021 0.005 0.001 58 D 0.290 0.070 0.199 0.225 0.037 0.068 0.057 0.007 0.037 0.007 0.004 59 R 0.712 0.023 0.063 0.154 0.009 0.009 0.015 0.005 0.004 0.003 0.002 60 K 0.585 0.071 0.094 0.195 0.020 0.007 0.015 0.005 0.005 0.001 0.001 61 Q 0.296 0.243 0.154 0.205 0.026 0.027 0.032 0.004 0.011 0.001 0.002 62 V 0.075 0.308 0.534 0.048 0.006 0.012 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 63 F 0.096 0.422 0.327 0.022 0.052 0.029 0.011 0.001 0.040 0.001 0.001 64 R 0.112 0.260 0.437 0.020 0.027 0.090 0.010 0.002 0.039 0.001 0.001 65 I 0.188 0.346 0.312 0.034 0.018 0.077 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 66 E 0.449 0.140 0.162 0.131 0.032 0.036 0.014 0.004 0.024 0.004 0.003 67 D 0.127 0.065 0.066 0.371 0.052 0.026 0.247 0.021 0.016 0.008 0.001 68 S 0.083 0.111 0.079 0.258 0.091 0.056 0.211 0.083 0.018 0.009 0.001 69 I 0.026 0.611 0.296 0.006 0.030 0.005 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 70 P 0.111 0.030 0.733 0.019 0.006 0.046 0.003 0.001 0.007 0.001 0.045 71 V 0.064 0.658 0.154 0.028 0.048 0.023 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 72 L 0.045 0.367 0.440 0.027 0.022 0.051 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 73 L 0.045 0.164 0.662 0.006 0.032 0.026 0.002 0.001 0.061 0.001 0.001 74 P 0.687 0.008 0.262 0.012 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 75 E 0.919 0.009 0.020 0.039 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.809 0.025 0.024 0.094 0.015 0.009 0.017 0.003 0.003 0.001 0.001 77 A 0.702 0.066 0.061 0.082 0.019 0.021 0.036 0.003 0.010 0.001 0.001 78 I 0.571 0.130 0.189 0.013 0.007 0.038 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 79 A 0.784 0.013 0.093 0.038 0.003 0.060 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 80 T 0.905 0.012 0.012 0.055 0.004 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 81 I 0.826 0.027 0.030 0.090 0.010 0.006 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 82 Q 0.694 0.059 0.065 0.089 0.022 0.022 0.038 0.003 0.007 0.001 0.001 83 I 0.509 0.217 0.135 0.089 0.010 0.022 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 84 A 0.562 0.109 0.109 0.151 0.030 0.019 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 85 N 0.184 0.067 0.099 0.390 0.036 0.066 0.110 0.021 0.021 0.005 0.001 86 F 0.023 0.217 0.378 0.008 0.034 0.018 0.009 0.001 0.310 0.003 0.001 87 P 0.405 0.003 0.535 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 88 D 0.389 0.066 0.178 0.243 0.024 0.027 0.030 0.024 0.013 0.004 0.002 89 K 0.374 0.115 0.200 0.172 0.036 0.030 0.032 0.013 0.021 0.006 0.002