# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.264 0.124 0.030 0.108 0.025 0.030 0.111 0.067 0.150 0.040 2 D 0.082 0.367 0.166 0.005 0.261 0.003 0.002 0.065 0.020 0.014 0.015 3 R 0.003 0.007 0.001 0.001 0.006 0.003 0.012 0.636 0.321 0.010 0.001 4 K 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.013 0.847 0.101 0.018 0.002 5 L 0.009 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.818 0.110 0.040 0.006 6 L 0.008 0.011 0.003 0.001 0.012 0.004 0.011 0.818 0.115 0.014 0.004 7 H 0.007 0.010 0.003 0.001 0.012 0.004 0.021 0.794 0.122 0.022 0.003 8 L 0.020 0.025 0.008 0.003 0.036 0.006 0.064 0.609 0.156 0.063 0.010 9 L 0.051 0.070 0.026 0.008 0.099 0.013 0.069 0.415 0.125 0.093 0.033 10 C 0.070 0.145 0.068 0.020 0.130 0.021 0.064 0.165 0.110 0.158 0.049 11 S 0.091 0.303 0.148 0.011 0.265 0.008 0.013 0.069 0.035 0.030 0.026 12 P 0.034 0.100 0.023 0.005 0.068 0.012 0.059 0.364 0.286 0.032 0.018 13 D 0.029 0.025 0.018 0.014 0.035 0.037 0.108 0.267 0.220 0.213 0.032 14 T 0.054 0.352 0.093 0.012 0.210 0.011 0.024 0.101 0.054 0.067 0.022 15 R 0.051 0.040 0.021 0.009 0.046 0.017 0.033 0.099 0.102 0.486 0.097 16 Q 0.014 0.497 0.303 0.005 0.099 0.005 0.010 0.039 0.013 0.011 0.004 17 P 0.147 0.207 0.036 0.007 0.171 0.009 0.022 0.208 0.078 0.054 0.062 18 L 0.063 0.092 0.022 0.010 0.114 0.014 0.018 0.381 0.218 0.043 0.026 19 S 0.041 0.095 0.029 0.006 0.121 0.014 0.029 0.530 0.092 0.025 0.016 20 L 0.055 0.036 0.010 0.003 0.063 0.006 0.027 0.608 0.130 0.044 0.017 21 L 0.027 0.064 0.022 0.010 0.054 0.017 0.056 0.596 0.097 0.043 0.015 22 E 0.029 0.068 0.030 0.010 0.033 0.010 0.027 0.567 0.085 0.111 0.032 23 S 0.010 0.039 0.018 0.005 0.030 0.006 0.011 0.706 0.133 0.033 0.009 24 K 0.004 0.022 0.013 0.005 0.006 0.012 0.029 0.795 0.092 0.018 0.004 25 G 0.008 0.019 0.006 0.002 0.007 0.001 0.005 0.773 0.054 0.111 0.015 26 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.922 0.068 0.003 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.066 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.024 0.003 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.033 0.003 0.001 30 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.091 0.002 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.055 0.001 0.001 32 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.066 0.883 0.037 0.006 0.001 33 I 0.015 0.015 0.005 0.002 0.016 0.002 0.014 0.635 0.236 0.050 0.010 34 A 0.008 0.005 0.004 0.004 0.008 0.023 0.132 0.604 0.128 0.064 0.018 35 S 0.019 0.371 0.158 0.027 0.050 0.022 0.173 0.088 0.037 0.044 0.011 36 G 0.047 0.072 0.097 0.066 0.050 0.033 0.027 0.051 0.044 0.361 0.152 37 T 0.107 0.273 0.045 0.009 0.268 0.004 0.014 0.073 0.051 0.080 0.075 38 V 0.259 0.122 0.018 0.006 0.299 0.010 0.011 0.072 0.055 0.035 0.113 39 Q 0.066 0.182 0.068 0.028 0.231 0.083 0.093 0.149 0.050 0.029 0.020 40 R 0.197 0.131 0.104 0.016 0.173 0.011 0.031 0.145 0.071 0.069 0.054 41 A 0.046 0.041 0.062 0.071 0.054 0.101 0.084 0.272 0.124 0.098 0.048 42 D 0.014 0.330 0.130 0.200 0.039 0.067 0.112 0.054 0.028 0.021 0.007 43 G 0.013 0.008 0.015 0.043 0.009 0.014 0.006 0.017 0.022 0.706 0.146 44 S 0.023 0.574 0.157 0.005 0.168 0.003 0.007 0.026 0.016 0.014 0.009 45 I 0.296 0.127 0.029 0.007 0.290 0.017 0.017 0.066 0.044 0.030 0.077 46 Q 0.083 0.238 0.075 0.048 0.214 0.065 0.063 0.089 0.061 0.033 0.029 47 N 0.174 0.115 0.056 0.026 0.185 0.025 0.032 0.069 0.049 0.158 0.113 48 Q 0.063 0.303 0.254 0.017 0.203 0.011 0.014 0.059 0.033 0.029 0.014 49 S 0.169 0.270 0.070 0.009 0.259 0.009 0.029 0.086 0.034 0.030 0.036 50 L 0.118 0.080 0.033 0.035 0.123 0.035 0.038 0.230 0.172 0.078 0.057 51 H 0.027 0.051 0.032 0.063 0.049 0.130 0.113 0.333 0.145 0.042 0.015 52 E 0.066 0.050 0.024 0.018 0.069 0.021 0.053 0.169 0.120 0.356 0.053 53 A 0.159 0.155 0.034 0.006 0.339 0.008 0.023 0.118 0.055 0.055 0.047 54 L 0.186 0.141 0.016 0.003 0.461 0.007 0.021 0.082 0.037 0.020 0.025 55 I 0.203 0.167 0.022 0.008 0.369 0.017 0.026 0.050 0.034 0.033 0.072 56 T 0.175 0.169 0.107 0.021 0.308 0.024 0.026 0.049 0.022 0.041 0.060 57 R 0.056 0.184 0.096 0.045 0.099 0.067 0.100 0.144 0.118 0.067 0.025 58 D 0.106 0.196 0.134 0.029 0.235 0.025 0.030 0.048 0.044 0.115 0.037 59 R 0.079 0.087 0.021 0.007 0.116 0.014 0.047 0.176 0.234 0.170 0.049 60 K 0.066 0.249 0.072 0.010 0.168 0.022 0.058 0.139 0.097 0.084 0.036 61 Q 0.149 0.127 0.016 0.007 0.428 0.015 0.052 0.067 0.042 0.065 0.032 62 V 0.337 0.072 0.013 0.009 0.367 0.008 0.017 0.025 0.022 0.033 0.097 63 F 0.076 0.353 0.144 0.011 0.361 0.011 0.008 0.008 0.004 0.011 0.014 64 R 0.166 0.248 0.024 0.002 0.525 0.001 0.002 0.004 0.002 0.006 0.021 65 I 0.260 0.159 0.065 0.026 0.180 0.017 0.018 0.058 0.053 0.042 0.123 66 E 0.019 0.021 0.042 0.097 0.027 0.259 0.288 0.157 0.063 0.018 0.009 67 D 0.042 0.191 0.099 0.193 0.066 0.062 0.115 0.076 0.060 0.077 0.019 68 S 0.024 0.012 0.024 0.063 0.018 0.020 0.006 0.022 0.026 0.617 0.167 69 I 0.025 0.594 0.146 0.006 0.158 0.004 0.013 0.015 0.018 0.011 0.009 70 P 0.287 0.112 0.012 0.004 0.453 0.009 0.014 0.012 0.023 0.015 0.059 71 V 0.160 0.178 0.019 0.009 0.528 0.011 0.025 0.021 0.013 0.011 0.025 72 L 0.280 0.149 0.026 0.006 0.409 0.008 0.015 0.010 0.006 0.031 0.061 73 L 0.070 0.456 0.261 0.007 0.177 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.015 74 P 0.048 0.214 0.062 0.012 0.122 0.015 0.018 0.275 0.198 0.019 0.020 75 E 0.007 0.013 0.005 0.003 0.015 0.008 0.039 0.515 0.350 0.040 0.005 76 E 0.017 0.023 0.006 0.003 0.026 0.005 0.020 0.592 0.167 0.127 0.015 77 A 0.028 0.014 0.005 0.002 0.029 0.003 0.016 0.617 0.129 0.129 0.027 78 I 0.045 0.107 0.040 0.007 0.085 0.013 0.020 0.511 0.120 0.039 0.013 79 A 0.042 0.105 0.036 0.010 0.080 0.020 0.049 0.516 0.085 0.040 0.017 80 T 0.046 0.028 0.009 0.005 0.057 0.006 0.028 0.566 0.190 0.047 0.019 81 I 0.033 0.055 0.021 0.005 0.079 0.018 0.050 0.556 0.137 0.033 0.013 82 Q 0.097 0.062 0.015 0.005 0.120 0.008 0.051 0.412 0.118 0.072 0.040 83 I 0.093 0.054 0.018 0.015 0.106 0.018 0.038 0.290 0.175 0.124 0.069 84 A 0.027 0.089 0.048 0.033 0.066 0.058 0.125 0.345 0.130 0.063 0.016 85 N 0.050 0.060 0.044 0.020 0.069 0.017 0.051 0.115 0.105 0.417 0.053 86 F 0.090 0.293 0.174 0.012 0.273 0.007 0.009 0.054 0.034 0.034 0.021 87 P 0.038 0.163 0.053 0.015 0.085 0.035 0.080 0.281 0.182 0.049 0.021 88 D 0.055 0.102 0.066 0.022 0.097 0.022 0.082 0.203 0.147 0.163 0.041 89 K 0.079 0.137 0.061 0.017 0.132 0.018 0.037 0.201 0.119 0.142 0.056