# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.479 0.259 0.132 0.080 0.041 0.008 0.001 2 D 0.494 0.284 0.126 0.069 0.022 0.005 0.001 3 R 0.518 0.286 0.134 0.049 0.011 0.002 0.001 4 K 0.245 0.367 0.260 0.108 0.016 0.003 0.001 5 L 0.023 0.046 0.105 0.220 0.341 0.236 0.029 6 L 0.018 0.042 0.087 0.215 0.341 0.263 0.034 7 H 0.047 0.187 0.259 0.255 0.155 0.087 0.011 8 L 0.017 0.038 0.085 0.208 0.305 0.267 0.080 9 L 0.005 0.012 0.020 0.039 0.150 0.510 0.263 10 C 0.027 0.083 0.163 0.246 0.266 0.163 0.052 11 S 0.051 0.151 0.188 0.233 0.220 0.133 0.024 12 P 0.108 0.171 0.215 0.252 0.180 0.068 0.005 13 D 0.296 0.274 0.205 0.133 0.064 0.026 0.003 14 T 0.291 0.264 0.209 0.144 0.069 0.021 0.002 15 R 0.359 0.278 0.197 0.114 0.040 0.011 0.001 16 Q 0.336 0.318 0.176 0.112 0.043 0.013 0.001 17 P 0.107 0.211 0.220 0.232 0.155 0.067 0.007 18 L 0.046 0.072 0.134 0.229 0.329 0.178 0.013 19 S 0.069 0.330 0.329 0.179 0.075 0.018 0.001 20 L 0.021 0.088 0.216 0.326 0.259 0.086 0.004 21 L 0.020 0.050 0.149 0.315 0.341 0.119 0.006 22 E 0.237 0.388 0.204 0.117 0.046 0.008 0.001 23 S 0.459 0.412 0.089 0.029 0.008 0.001 0.001 24 K 0.344 0.417 0.162 0.068 0.009 0.001 0.001 25 G 0.070 0.211 0.342 0.256 0.099 0.020 0.001 26 L 0.029 0.046 0.109 0.246 0.412 0.150 0.008 27 E 0.108 0.358 0.298 0.162 0.063 0.012 0.001 28 A 0.084 0.275 0.312 0.232 0.077 0.019 0.001 29 L 0.013 0.039 0.079 0.168 0.344 0.320 0.037 30 N 0.022 0.069 0.173 0.344 0.293 0.093 0.007 31 K 0.195 0.408 0.231 0.105 0.046 0.014 0.001 32 A 0.072 0.215 0.283 0.266 0.136 0.028 0.001 33 I 0.040 0.061 0.124 0.269 0.350 0.147 0.010 34 A 0.170 0.314 0.271 0.152 0.076 0.016 0.001 35 S 0.415 0.366 0.151 0.054 0.011 0.003 0.001 36 G 0.243 0.221 0.225 0.202 0.088 0.020 0.001 37 T 0.181 0.299 0.261 0.182 0.060 0.017 0.001 38 V 0.083 0.077 0.126 0.224 0.317 0.161 0.012 39 Q 0.166 0.324 0.274 0.156 0.065 0.014 0.001 40 R 0.229 0.298 0.245 0.157 0.056 0.014 0.001 41 A 0.228 0.212 0.236 0.205 0.095 0.023 0.001 42 D 0.477 0.267 0.138 0.080 0.030 0.007 0.001 43 G 0.610 0.254 0.085 0.035 0.013 0.003 0.001 44 S 0.515 0.324 0.104 0.043 0.011 0.002 0.001 45 I 0.182 0.215 0.256 0.207 0.108 0.031 0.002 46 Q 0.136 0.160 0.220 0.256 0.168 0.057 0.004 47 N 0.318 0.331 0.203 0.097 0.040 0.010 0.001 48 Q 0.355 0.330 0.174 0.100 0.034 0.008 0.001 49 S 0.183 0.282 0.235 0.169 0.100 0.028 0.003 50 L 0.046 0.060 0.126 0.272 0.302 0.170 0.025 51 H 0.122 0.279 0.260 0.178 0.111 0.046 0.004 52 E 0.118 0.249 0.260 0.223 0.103 0.044 0.004 53 A 0.028 0.057 0.104 0.184 0.319 0.272 0.036 54 L 0.020 0.050 0.102 0.187 0.287 0.298 0.055 55 I 0.022 0.062 0.149 0.256 0.298 0.186 0.027 56 T 0.122 0.298 0.292 0.185 0.086 0.016 0.001 57 R 0.214 0.347 0.216 0.148 0.062 0.012 0.001 58 D 0.311 0.312 0.184 0.124 0.056 0.013 0.001 59 R 0.231 0.293 0.258 0.157 0.050 0.011 0.001 60 K 0.372 0.373 0.162 0.072 0.017 0.003 0.001 61 Q 0.041 0.153 0.262 0.330 0.161 0.049 0.003 62 V 0.023 0.047 0.082 0.168 0.339 0.305 0.035 63 F 0.015 0.062 0.155 0.315 0.281 0.160 0.012 64 R 0.060 0.206 0.268 0.242 0.156 0.061 0.008 65 I 0.017 0.038 0.088 0.229 0.287 0.285 0.057 66 E 0.127 0.220 0.238 0.224 0.139 0.046 0.006 67 D 0.240 0.325 0.201 0.138 0.061 0.031 0.005 68 S 0.170 0.218 0.203 0.198 0.130 0.066 0.015 69 I 0.047 0.061 0.091 0.177 0.262 0.291 0.073 70 P 0.089 0.156 0.179 0.179 0.193 0.157 0.047 71 V 0.062 0.101 0.144 0.194 0.232 0.201 0.066 72 L 0.058 0.084 0.132 0.209 0.237 0.206 0.074 73 L 0.056 0.083 0.134 0.207 0.250 0.207 0.062 74 P 0.183 0.251 0.197 0.177 0.117 0.060 0.015 75 E 0.306 0.283 0.179 0.132 0.068 0.028 0.004 76 E 0.211 0.292 0.220 0.168 0.074 0.031 0.004 77 A 0.076 0.086 0.133 0.241 0.270 0.169 0.025 78 I 0.108 0.108 0.163 0.236 0.235 0.128 0.023 79 A 0.261 0.308 0.203 0.126 0.065 0.032 0.005 80 T 0.162 0.184 0.207 0.221 0.145 0.070 0.010 81 I 0.193 0.211 0.225 0.193 0.117 0.055 0.006 82 Q 0.213 0.250 0.221 0.181 0.093 0.038 0.004 83 I 0.167 0.109 0.155 0.229 0.226 0.105 0.009 84 A 0.374 0.315 0.178 0.090 0.035 0.007 0.001 85 N 0.572 0.305 0.086 0.029 0.008 0.002 0.001 86 F 0.410 0.225 0.188 0.129 0.041 0.007 0.001 87 P 0.758 0.182 0.041 0.015 0.004 0.001 0.001 88 D 0.852 0.124 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 89 K 0.804 0.150 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001