# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.207 0.138 0.161 0.156 0.130 0.097 0.054 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 2 D 0.180 0.138 0.135 0.160 0.177 0.102 0.049 0.026 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 3 R 0.251 0.208 0.163 0.161 0.115 0.051 0.024 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 4 K 0.307 0.232 0.174 0.126 0.074 0.045 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.035 0.025 0.038 0.098 0.183 0.191 0.155 0.136 0.093 0.032 0.009 0.003 0.002 0.001 6 L 0.043 0.047 0.070 0.144 0.171 0.171 0.160 0.104 0.042 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 7 H 0.427 0.240 0.155 0.066 0.040 0.028 0.020 0.010 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 8 L 0.043 0.035 0.069 0.125 0.176 0.171 0.148 0.094 0.061 0.040 0.021 0.011 0.004 0.002 9 L 0.034 0.024 0.037 0.067 0.122 0.154 0.171 0.174 0.116 0.056 0.025 0.013 0.005 0.002 10 C 0.081 0.082 0.069 0.136 0.157 0.153 0.107 0.088 0.062 0.036 0.017 0.009 0.004 0.002 11 S 0.126 0.094 0.106 0.143 0.143 0.131 0.097 0.060 0.051 0.025 0.015 0.007 0.002 0.001 12 P 0.178 0.107 0.125 0.144 0.153 0.121 0.072 0.033 0.036 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 13 D 0.243 0.164 0.166 0.141 0.111 0.073 0.047 0.025 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 14 T 0.251 0.139 0.141 0.132 0.121 0.092 0.057 0.030 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 15 R 0.320 0.186 0.156 0.120 0.101 0.051 0.030 0.017 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.279 0.146 0.134 0.133 0.116 0.079 0.048 0.033 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 17 P 0.091 0.079 0.093 0.146 0.202 0.139 0.101 0.066 0.051 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 18 L 0.047 0.041 0.060 0.106 0.141 0.164 0.135 0.128 0.075 0.053 0.031 0.011 0.006 0.001 19 S 0.242 0.196 0.177 0.146 0.096 0.060 0.039 0.022 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 20 L 0.076 0.049 0.072 0.127 0.181 0.165 0.114 0.093 0.066 0.031 0.017 0.005 0.002 0.001 21 L 0.049 0.047 0.070 0.156 0.189 0.187 0.135 0.078 0.051 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 22 E 0.351 0.275 0.142 0.114 0.055 0.029 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 S 0.326 0.244 0.180 0.118 0.068 0.034 0.016 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.522 0.247 0.125 0.058 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 G 0.260 0.225 0.201 0.118 0.107 0.053 0.020 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.035 0.030 0.051 0.135 0.265 0.218 0.130 0.073 0.040 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 27 E 0.438 0.298 0.131 0.075 0.034 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.327 0.244 0.209 0.099 0.062 0.031 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.018 0.014 0.030 0.077 0.165 0.215 0.195 0.181 0.075 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 30 N 0.045 0.082 0.134 0.230 0.224 0.129 0.077 0.039 0.023 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 31 K 0.604 0.239 0.086 0.037 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.116 0.156 0.183 0.193 0.162 0.095 0.057 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 33 I 0.022 0.024 0.058 0.102 0.183 0.205 0.205 0.122 0.051 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 34 A 0.151 0.139 0.158 0.157 0.159 0.115 0.066 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 35 S 0.280 0.147 0.159 0.128 0.128 0.071 0.042 0.018 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 36 G 0.169 0.095 0.100 0.156 0.170 0.122 0.067 0.041 0.035 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 37 T 0.114 0.106 0.111 0.179 0.176 0.123 0.083 0.051 0.032 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 38 V 0.049 0.028 0.040 0.079 0.116 0.171 0.157 0.140 0.102 0.067 0.031 0.012 0.005 0.001 39 Q 0.185 0.149 0.164 0.174 0.127 0.089 0.052 0.029 0.015 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 40 R 0.302 0.155 0.148 0.127 0.113 0.063 0.037 0.021 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 41 A 0.140 0.086 0.094 0.158 0.174 0.142 0.088 0.058 0.035 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 42 D 0.343 0.228 0.167 0.118 0.067 0.035 0.021 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 43 G 0.507 0.205 0.139 0.069 0.039 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.490 0.219 0.134 0.073 0.046 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 I 0.228 0.146 0.136 0.138 0.143 0.096 0.057 0.033 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 46 Q 0.090 0.083 0.099 0.153 0.196 0.170 0.108 0.057 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 47 N 0.265 0.194 0.181 0.138 0.107 0.058 0.030 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.342 0.216 0.175 0.119 0.076 0.036 0.018 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 49 S 0.153 0.127 0.138 0.161 0.156 0.112 0.073 0.049 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 50 L 0.030 0.029 0.048 0.091 0.146 0.183 0.183 0.165 0.070 0.035 0.013 0.005 0.002 0.001 51 H 0.134 0.151 0.147 0.165 0.147 0.106 0.074 0.037 0.019 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 52 E 0.155 0.154 0.188 0.143 0.138 0.088 0.056 0.026 0.023 0.012 0.011 0.003 0.001 0.001 53 A 0.054 0.042 0.067 0.124 0.165 0.169 0.129 0.111 0.071 0.039 0.018 0.007 0.003 0.002 54 L 0.024 0.026 0.041 0.091 0.163 0.169 0.145 0.153 0.100 0.047 0.022 0.011 0.005 0.002 55 I 0.049 0.041 0.047 0.120 0.151 0.167 0.129 0.109 0.087 0.053 0.026 0.013 0.006 0.002 56 T 0.232 0.185 0.166 0.170 0.109 0.061 0.037 0.014 0.015 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 57 R 0.278 0.184 0.177 0.144 0.100 0.057 0.028 0.011 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 58 D 0.281 0.225 0.173 0.126 0.098 0.050 0.022 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 59 R 0.231 0.206 0.159 0.163 0.122 0.060 0.026 0.014 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 60 K 0.396 0.198 0.142 0.098 0.074 0.040 0.024 0.012 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.058 0.063 0.095 0.160 0.209 0.148 0.096 0.085 0.042 0.022 0.014 0.004 0.002 0.001 62 V 0.018 0.016 0.025 0.054 0.102 0.121 0.153 0.226 0.140 0.075 0.032 0.024 0.011 0.003 63 F 0.036 0.040 0.049 0.113 0.119 0.133 0.125 0.171 0.088 0.069 0.031 0.016 0.008 0.002 64 R 0.130 0.104 0.124 0.129 0.142 0.110 0.077 0.055 0.065 0.026 0.023 0.012 0.003 0.002 65 I 0.050 0.031 0.053 0.111 0.141 0.183 0.129 0.079 0.080 0.072 0.041 0.019 0.008 0.003 66 E 0.284 0.227 0.197 0.117 0.073 0.044 0.029 0.013 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 67 D 0.192 0.171 0.163 0.163 0.129 0.075 0.046 0.032 0.015 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 68 S 0.209 0.244 0.150 0.110 0.104 0.074 0.051 0.031 0.016 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 69 I 0.033 0.054 0.075 0.122 0.221 0.176 0.132 0.079 0.049 0.032 0.016 0.005 0.003 0.002 70 P 0.037 0.030 0.058 0.091 0.156 0.173 0.197 0.092 0.074 0.041 0.029 0.014 0.005 0.006 71 V 0.050 0.024 0.044 0.064 0.111 0.144 0.113 0.092 0.104 0.086 0.073 0.045 0.031 0.019 72 L 0.061 0.026 0.034 0.069 0.095 0.090 0.105 0.116 0.120 0.096 0.064 0.070 0.038 0.016 73 L 0.026 0.018 0.023 0.067 0.082 0.121 0.134 0.155 0.141 0.105 0.066 0.038 0.019 0.005 74 P 0.065 0.063 0.071 0.141 0.158 0.162 0.120 0.063 0.081 0.033 0.028 0.010 0.003 0.002 75 E 0.207 0.229 0.188 0.146 0.105 0.052 0.032 0.017 0.012 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 76 E 0.178 0.241 0.188 0.141 0.105 0.070 0.035 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 77 A 0.026 0.035 0.054 0.127 0.211 0.187 0.142 0.121 0.064 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 78 I 0.036 0.045 0.077 0.129 0.193 0.182 0.151 0.105 0.048 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 79 A 0.210 0.171 0.166 0.146 0.122 0.076 0.048 0.027 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 80 T 0.046 0.049 0.078 0.133 0.187 0.157 0.138 0.084 0.064 0.036 0.016 0.007 0.002 0.001 81 I 0.091 0.061 0.085 0.121 0.142 0.159 0.124 0.083 0.060 0.036 0.024 0.010 0.004 0.002 82 Q 0.147 0.127 0.126 0.160 0.160 0.103 0.073 0.045 0.031 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 83 I 0.049 0.027 0.041 0.081 0.122 0.164 0.151 0.140 0.102 0.070 0.032 0.014 0.007 0.002 84 A 0.135 0.119 0.143 0.198 0.167 0.109 0.064 0.028 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 85 N 0.396 0.176 0.135 0.113 0.084 0.042 0.025 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 86 F 0.199 0.118 0.133 0.179 0.158 0.102 0.057 0.028 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 87 P 0.448 0.184 0.138 0.100 0.063 0.033 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.564 0.183 0.122 0.063 0.039 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.444 0.167 0.130 0.100 0.077 0.042 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001