# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.002 0.019 0.012 0.087 0.002 0.082 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.043 0.197 0.104 0.125 0.244 0.001 2 D 0.001 0.002 0.030 0.024 0.023 0.002 0.027 0.092 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.020 0.130 0.044 0.243 0.298 0.001 3 R 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.006 0.008 0.109 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.805 0.008 0.008 0.023 0.001 4 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.028 0.148 0.734 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.057 0.005 0.004 0.006 0.001 5 L 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.005 0.116 0.650 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.012 0.109 0.032 0.010 0.011 0.001 6 L 0.004 0.006 0.008 0.004 0.017 0.004 0.076 0.676 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.022 0.015 0.106 0.009 0.006 0.029 0.001 7 H 0.007 0.010 0.007 0.009 0.015 0.045 0.155 0.570 0.021 0.004 0.002 0.002 0.006 0.015 0.013 0.007 0.070 0.023 0.006 0.011 0.002 8 L 0.016 0.014 0.010 0.013 0.040 0.034 0.116 0.311 0.098 0.029 0.007 0.007 0.010 0.033 0.031 0.017 0.126 0.043 0.024 0.018 0.003 9 L 0.012 0.016 0.045 0.026 0.018 0.008 0.124 0.151 0.018 0.005 0.003 0.006 0.006 0.045 0.126 0.020 0.232 0.039 0.040 0.055 0.007 10 C 0.007 0.008 0.009 0.011 0.057 0.014 0.157 0.048 0.021 0.005 0.003 0.005 0.006 0.038 0.048 0.061 0.230 0.159 0.049 0.058 0.006 11 S 0.005 0.005 0.050 0.038 0.018 0.008 0.037 0.024 0.014 0.002 0.001 0.002 0.002 0.010 0.058 0.021 0.092 0.039 0.140 0.431 0.001 12 P 0.002 0.003 0.012 0.013 0.074 0.006 0.030 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.033 0.424 0.051 0.114 0.192 0.001 13 D 0.002 0.002 0.030 0.027 0.031 0.028 0.278 0.020 0.011 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.016 0.298 0.080 0.070 0.068 0.001 14 T 0.001 0.002 0.017 0.024 0.025 0.003 0.250 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.106 0.082 0.192 0.257 0.001 15 R 0.001 0.002 0.013 0.013 0.139 0.002 0.106 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.054 0.234 0.219 0.098 0.091 0.001 16 Q 0.003 0.002 0.162 0.076 0.014 0.009 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.012 0.041 0.042 0.177 0.366 0.001 17 P 0.002 0.003 0.010 0.008 0.411 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.078 0.052 0.121 0.124 0.153 0.001 18 L 0.007 0.005 0.125 0.075 0.043 0.001 0.029 0.014 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.008 0.242 0.044 0.067 0.026 0.169 0.125 0.002 19 S 0.018 0.021 0.085 0.056 0.109 0.005 0.023 0.076 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.012 0.044 0.045 0.090 0.027 0.109 0.255 0.003 20 L 0.010 0.011 0.010 0.018 0.141 0.009 0.083 0.135 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 0.021 0.069 0.111 0.252 0.048 0.035 0.019 0.004 21 L 0.008 0.013 0.037 0.039 0.023 0.003 0.161 0.296 0.002 0.001 0.002 0.004 0.009 0.026 0.160 0.025 0.095 0.020 0.027 0.050 0.001 22 E 0.007 0.010 0.015 0.019 0.068 0.007 0.187 0.221 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.023 0.029 0.175 0.053 0.069 0.100 0.001 23 S 0.002 0.002 0.011 0.015 0.020 0.013 0.099 0.139 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.008 0.517 0.048 0.034 0.039 0.001 24 K 0.001 0.002 0.006 0.005 0.010 0.016 0.277 0.322 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.236 0.031 0.020 0.055 0.001 25 G 0.001 0.001 0.004 0.003 0.017 0.009 0.149 0.418 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.113 0.146 0.061 0.052 0.001 26 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.004 0.018 0.471 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.376 0.028 0.026 0.030 0.001 27 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.024 0.883 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.059 0.003 0.002 0.005 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.035 0.908 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.005 0.002 0.002 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.021 0.825 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.078 0.013 0.008 0.012 0.001 30 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.021 0.824 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.107 0.006 0.004 0.009 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.022 0.889 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.043 0.921 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.002 0.001 33 I 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 0.006 0.091 0.660 0.045 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.085 0.029 0.020 0.009 0.001 34 A 0.002 0.002 0.008 0.008 0.014 0.020 0.165 0.246 0.127 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.268 0.035 0.019 0.028 0.001 35 S 0.002 0.004 0.006 0.009 0.036 0.010 0.533 0.057 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.115 0.082 0.018 0.079 0.001 36 G 0.004 0.007 0.014 0.010 0.077 0.007 0.218 0.041 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.036 0.057 0.296 0.101 0.107 0.001 37 T 0.011 0.014 0.169 0.067 0.060 0.008 0.021 0.040 0.005 0.002 0.003 0.003 0.005 0.007 0.081 0.030 0.082 0.108 0.172 0.105 0.006 38 V 0.033 0.037 0.047 0.034 0.252 0.005 0.025 0.088 0.002 0.001 0.013 0.012 0.029 0.025 0.051 0.096 0.059 0.028 0.086 0.046 0.030 39 Q 0.051 0.065 0.173 0.146 0.051 0.004 0.029 0.051 0.002 0.001 0.019 0.015 0.029 0.033 0.183 0.031 0.028 0.018 0.027 0.033 0.011 40 R 0.039 0.059 0.039 0.108 0.258 0.004 0.021 0.031 0.007 0.002 0.015 0.014 0.021 0.024 0.037 0.110 0.035 0.028 0.079 0.062 0.007 41 A 0.024 0.023 0.078 0.129 0.158 0.005 0.031 0.029 0.010 0.005 0.006 0.006 0.014 0.010 0.089 0.027 0.193 0.028 0.053 0.079 0.002 42 D 0.011 0.017 0.040 0.068 0.136 0.007 0.273 0.036 0.006 0.003 0.002 0.002 0.006 0.002 0.023 0.018 0.113 0.051 0.066 0.119 0.002 43 G 0.008 0.009 0.025 0.022 0.184 0.004 0.220 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.020 0.135 0.195 0.049 0.080 0.001 44 S 0.008 0.012 0.142 0.126 0.051 0.015 0.086 0.046 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.033 0.010 0.059 0.098 0.159 0.140 0.001 45 I 0.012 0.014 0.048 0.045 0.330 0.007 0.026 0.042 0.004 0.002 0.004 0.002 0.007 0.002 0.021 0.035 0.125 0.057 0.118 0.096 0.002 46 Q 0.015 0.021 0.125 0.166 0.090 0.006 0.088 0.040 0.004 0.002 0.004 0.003 0.008 0.003 0.083 0.016 0.131 0.030 0.076 0.086 0.003 47 N 0.014 0.020 0.026 0.047 0.280 0.005 0.103 0.030 0.004 0.001 0.004 0.003 0.006 0.003 0.033 0.052 0.133 0.083 0.069 0.085 0.002 48 Q 0.013 0.016 0.157 0.130 0.045 0.011 0.037 0.056 0.003 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.046 0.011 0.118 0.039 0.088 0.213 0.001 49 S 0.007 0.012 0.014 0.017 0.420 0.003 0.041 0.082 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 0.011 0.042 0.116 0.055 0.062 0.097 0.002 50 L 0.016 0.015 0.102 0.088 0.060 0.003 0.074 0.081 0.006 0.002 0.003 0.003 0.005 0.004 0.160 0.014 0.192 0.029 0.077 0.067 0.001 51 H 0.019 0.028 0.040 0.040 0.099 0.008 0.083 0.170 0.005 0.001 0.003 0.003 0.007 0.010 0.035 0.021 0.291 0.024 0.023 0.088 0.003 52 E 0.030 0.052 0.021 0.038 0.098 0.031 0.223 0.194 0.005 0.002 0.007 0.006 0.019 0.020 0.026 0.030 0.107 0.043 0.016 0.025 0.007 53 A 0.061 0.137 0.028 0.029 0.160 0.005 0.085 0.185 0.003 0.001 0.008 0.009 0.024 0.048 0.046 0.060 0.032 0.032 0.016 0.019 0.009 54 L 0.125 0.136 0.123 0.095 0.063 0.004 0.020 0.084 0.003 0.001 0.020 0.018 0.044 0.048 0.096 0.028 0.025 0.011 0.019 0.016 0.018 55 I 0.144 0.155 0.043 0.044 0.197 0.003 0.026 0.052 0.005 0.001 0.017 0.023 0.050 0.062 0.043 0.031 0.030 0.013 0.014 0.022 0.025 56 T 0.079 0.087 0.103 0.155 0.104 0.002 0.023 0.035 0.009 0.002 0.016 0.017 0.021 0.031 0.089 0.040 0.026 0.022 0.053 0.078 0.006 57 R 0.028 0.029 0.062 0.082 0.208 0.002 0.020 0.013 0.007 0.002 0.003 0.004 0.008 0.009 0.049 0.031 0.257 0.041 0.045 0.099 0.003 58 D 0.012 0.014 0.034 0.049 0.159 0.007 0.129 0.044 0.009 0.003 0.003 0.002 0.005 0.003 0.020 0.027 0.096 0.078 0.099 0.206 0.001 59 R 0.008 0.011 0.045 0.058 0.054 0.004 0.079 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.054 0.013 0.421 0.096 0.047 0.071 0.001 60 K 0.026 0.042 0.050 0.037 0.122 0.027 0.217 0.157 0.004 0.002 0.005 0.003 0.009 0.003 0.013 0.027 0.114 0.046 0.031 0.063 0.003 61 Q 0.060 0.084 0.147 0.215 0.067 0.027 0.079 0.074 0.008 0.004 0.013 0.006 0.023 0.006 0.028 0.009 0.046 0.054 0.025 0.017 0.009 62 V 0.094 0.141 0.018 0.020 0.499 0.001 0.020 0.033 0.001 0.001 0.013 0.012 0.022 0.007 0.012 0.045 0.015 0.011 0.013 0.012 0.011 63 F 0.099 0.107 0.367 0.275 0.016 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.010 0.007 0.025 0.007 0.044 0.002 0.005 0.002 0.005 0.010 0.006 64 R 0.054 0.071 0.008 0.016 0.715 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.010 0.008 0.014 0.006 0.003 0.033 0.008 0.008 0.008 0.020 0.006 65 I 0.069 0.079 0.183 0.270 0.080 0.001 0.010 0.007 0.002 0.001 0.007 0.009 0.018 0.011 0.133 0.009 0.027 0.009 0.037 0.034 0.005 66 E 0.045 0.027 0.083 0.122 0.139 0.005 0.018 0.013 0.007 0.005 0.009 0.008 0.023 0.014 0.032 0.017 0.228 0.018 0.069 0.112 0.006 67 D 0.020 0.033 0.046 0.046 0.123 0.004 0.226 0.007 0.004 0.002 0.003 0.005 0.009 0.016 0.046 0.017 0.221 0.043 0.033 0.093 0.005 68 S 0.010 0.015 0.023 0.019 0.091 0.001 0.270 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.040 0.135 0.080 0.104 0.104 0.035 0.044 0.005 69 I 0.033 0.028 0.224 0.166 0.023 0.002 0.016 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.017 0.037 0.110 0.014 0.048 0.018 0.063 0.178 0.008 70 P 0.030 0.046 0.012 0.009 0.486 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.010 0.010 0.028 0.067 0.010 0.110 0.016 0.021 0.035 0.075 0.018 71 V 0.057 0.047 0.208 0.123 0.020 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.023 0.018 0.049 0.094 0.226 0.024 0.015 0.011 0.033 0.019 0.017 72 L 0.038 0.041 0.018 0.019 0.172 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.013 0.014 0.050 0.170 0.100 0.194 0.044 0.020 0.039 0.029 0.022 73 L 0.014 0.018 0.078 0.086 0.025 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.056 0.223 0.050 0.030 0.014 0.092 0.277 0.002 74 P 0.003 0.004 0.007 0.012 0.059 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.061 0.062 0.552 0.021 0.047 0.135 0.001 75 E 0.003 0.003 0.013 0.014 0.012 0.024 0.128 0.179 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.028 0.011 0.472 0.025 0.022 0.054 0.001 76 E 0.002 0.002 0.005 0.005 0.011 0.025 0.221 0.518 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.120 0.038 0.017 0.018 0.001 77 A 0.003 0.004 0.004 0.005 0.032 0.005 0.084 0.631 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.111 0.034 0.023 0.032 0.001 78 I 0.003 0.005 0.012 0.010 0.022 0.005 0.068 0.644 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.009 0.120 0.021 0.011 0.036 0.001 79 A 0.005 0.007 0.006 0.007 0.030 0.020 0.097 0.679 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 0.071 0.018 0.010 0.021 0.001 80 T 0.003 0.004 0.007 0.011 0.026 0.016 0.069 0.581 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.005 0.149 0.030 0.021 0.025 0.001 81 I 0.002 0.003 0.005 0.004 0.018 0.006 0.094 0.652 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.126 0.017 0.013 0.038 0.001 82 Q 0.001 0.003 0.005 0.006 0.014 0.018 0.125 0.614 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.066 0.056 0.027 0.031 0.001 83 I 0.002 0.002 0.007 0.009 0.029 0.019 0.154 0.238 0.046 0.016 0.001 0.001 0.002 0.004 0.021 0.015 0.303 0.047 0.056 0.028 0.001 84 A 0.002 0.003 0.022 0.022 0.016 0.011 0.356 0.107 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.011 0.247 0.036 0.047 0.080 0.001 85 N 0.001 0.001 0.004 0.005 0.047 0.007 0.354 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.120 0.246 0.068 0.094 0.001 86 F 0.001 0.001 0.014 0.010 0.008 0.001 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.038 0.040 0.360 0.493 0.001 87 P 0.001 0.001 0.005 0.003 0.030 0.001 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.656 0.023 0.069 0.167 0.001 88 D 0.001 0.001 0.008 0.008 0.013 0.015 0.592 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.102 0.062 0.066 0.063 0.001 89 K 0.001 0.001 0.011 0.009 0.039 0.004 0.201 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.033 0.141 0.219 0.149 0.129 0.001