# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.053 0.660 0.001 0.017 0.032 0.001 0.001 0.018 0.148 0.023 0.020 0.025 2 D 0.001 0.002 0.931 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.002 0.029 0.002 0.003 0.011 3 R 0.001 0.002 0.036 0.001 0.229 0.673 0.001 0.001 0.001 0.011 0.046 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.036 0.002 0.220 0.657 0.001 0.001 0.002 0.022 0.057 0.001 0.002 5 L 0.001 0.001 0.030 0.001 0.260 0.667 0.001 0.001 0.002 0.009 0.020 0.001 0.008 6 L 0.003 0.008 0.048 0.005 0.062 0.778 0.001 0.001 0.010 0.019 0.051 0.004 0.012 7 H 0.005 0.007 0.037 0.004 0.130 0.652 0.001 0.001 0.011 0.015 0.095 0.020 0.022 8 L 0.013 0.006 0.039 0.007 0.086 0.657 0.003 0.001 0.010 0.008 0.099 0.008 0.062 9 L 0.027 0.015 0.070 0.014 0.040 0.513 0.007 0.002 0.012 0.045 0.097 0.122 0.037 10 C 0.085 0.041 0.212 0.007 0.026 0.166 0.005 0.006 0.040 0.086 0.086 0.041 0.201 11 S 0.002 0.007 0.798 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.006 0.072 0.012 0.052 0.031 12 P 0.001 0.003 0.203 0.003 0.031 0.032 0.001 0.001 0.002 0.084 0.622 0.002 0.017 13 D 0.001 0.005 0.053 0.002 0.050 0.014 0.001 0.001 0.001 0.137 0.731 0.005 0.002 14 T 0.001 0.017 0.191 0.001 0.050 0.015 0.001 0.001 0.002 0.424 0.285 0.006 0.008 15 R 0.001 0.030 0.506 0.004 0.028 0.019 0.001 0.001 0.004 0.205 0.171 0.007 0.025 16 Q 0.002 0.045 0.520 0.005 0.021 0.022 0.001 0.001 0.017 0.183 0.043 0.119 0.024 17 P 0.005 0.042 0.451 0.006 0.014 0.052 0.002 0.001 0.014 0.064 0.039 0.010 0.301 18 L 0.013 0.046 0.405 0.027 0.022 0.093 0.005 0.001 0.023 0.072 0.019 0.236 0.038 19 S 0.013 0.011 0.406 0.006 0.048 0.189 0.003 0.001 0.019 0.075 0.022 0.047 0.160 20 L 0.004 0.007 0.055 0.005 0.185 0.599 0.001 0.001 0.007 0.015 0.072 0.007 0.043 21 L 0.004 0.006 0.061 0.006 0.119 0.672 0.001 0.001 0.005 0.020 0.080 0.016 0.010 22 E 0.001 0.003 0.050 0.001 0.047 0.819 0.001 0.001 0.002 0.029 0.037 0.002 0.009 23 S 0.001 0.001 0.013 0.001 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.943 0.001 0.001 0.001 0.013 0.029 0.001 0.001 25 G 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 30 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.919 0.001 0.001 0.001 0.002 0.066 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.032 0.879 0.001 0.001 0.001 0.008 0.066 0.001 0.003 33 I 0.001 0.005 0.049 0.002 0.044 0.766 0.001 0.001 0.002 0.020 0.099 0.003 0.010 34 A 0.001 0.003 0.098 0.003 0.049 0.601 0.001 0.001 0.008 0.054 0.160 0.015 0.005 35 S 0.001 0.003 0.067 0.003 0.031 0.217 0.001 0.001 0.009 0.077 0.574 0.002 0.013 36 G 0.003 0.006 0.232 0.007 0.024 0.127 0.001 0.001 0.010 0.162 0.394 0.020 0.013 37 T 0.018 0.020 0.473 0.006 0.023 0.114 0.005 0.002 0.021 0.115 0.053 0.055 0.096 38 V 0.055 0.057 0.235 0.014 0.042 0.109 0.012 0.005 0.040 0.050 0.043 0.054 0.285 39 Q 0.042 0.023 0.203 0.035 0.040 0.115 0.006 0.003 0.034 0.048 0.046 0.303 0.101 40 R 0.026 0.036 0.254 0.013 0.043 0.077 0.005 0.003 0.018 0.069 0.075 0.038 0.344 41 A 0.015 0.017 0.277 0.018 0.048 0.079 0.003 0.001 0.010 0.122 0.259 0.094 0.057 42 D 0.002 0.003 0.055 0.008 0.014 0.023 0.001 0.001 0.003 0.098 0.776 0.009 0.010 43 G 0.002 0.011 0.081 0.004 0.019 0.015 0.001 0.001 0.001 0.283 0.569 0.008 0.007 44 S 0.005 0.033 0.497 0.004 0.018 0.041 0.002 0.001 0.008 0.232 0.039 0.072 0.049 45 I 0.016 0.085 0.315 0.010 0.030 0.089 0.008 0.003 0.042 0.058 0.042 0.039 0.262 46 Q 0.020 0.035 0.271 0.038 0.046 0.169 0.009 0.004 0.033 0.062 0.111 0.129 0.074 47 N 0.019 0.023 0.305 0.031 0.039 0.162 0.006 0.003 0.021 0.113 0.120 0.051 0.106 48 Q 0.019 0.021 0.309 0.009 0.040 0.153 0.004 0.002 0.014 0.176 0.072 0.103 0.077 49 S 0.012 0.023 0.279 0.012 0.069 0.206 0.005 0.002 0.015 0.065 0.108 0.031 0.173 50 L 0.025 0.015 0.188 0.036 0.167 0.246 0.003 0.002 0.012 0.058 0.131 0.063 0.053 51 H 0.035 0.009 0.135 0.042 0.160 0.259 0.003 0.003 0.013 0.089 0.154 0.041 0.057 52 E 0.054 0.010 0.131 0.029 0.143 0.195 0.005 0.005 0.017 0.100 0.189 0.033 0.090 53 A 0.097 0.015 0.164 0.030 0.054 0.204 0.024 0.008 0.024 0.063 0.131 0.094 0.092 54 L 0.247 0.025 0.128 0.012 0.039 0.107 0.041 0.022 0.041 0.044 0.061 0.113 0.121 55 I 0.253 0.031 0.159 0.014 0.016 0.061 0.028 0.016 0.033 0.043 0.054 0.111 0.181 56 T 0.064 0.026 0.365 0.016 0.013 0.036 0.006 0.004 0.023 0.125 0.053 0.136 0.132 57 R 0.021 0.020 0.273 0.016 0.024 0.024 0.002 0.001 0.010 0.221 0.179 0.049 0.159 58 D 0.007 0.008 0.352 0.022 0.032 0.018 0.001 0.001 0.008 0.237 0.230 0.051 0.034 59 R 0.005 0.005 0.150 0.011 0.126 0.027 0.001 0.001 0.003 0.100 0.518 0.008 0.047 60 K 0.014 0.013 0.337 0.031 0.087 0.038 0.002 0.001 0.015 0.154 0.202 0.042 0.065 61 Q 0.044 0.018 0.209 0.013 0.049 0.066 0.019 0.003 0.049 0.078 0.040 0.333 0.078 62 V 0.136 0.026 0.116 0.024 0.007 0.021 0.049 0.010 0.028 0.031 0.020 0.017 0.516 63 F 0.076 0.006 0.048 0.020 0.001 0.006 0.009 0.003 0.016 0.016 0.002 0.786 0.011 64 R 0.108 0.008 0.049 0.001 0.002 0.004 0.006 0.009 0.035 0.007 0.002 0.009 0.759 65 I 0.029 0.026 0.465 0.037 0.021 0.018 0.011 0.005 0.032 0.026 0.043 0.143 0.143 66 E 0.005 0.005 0.155 0.070 0.092 0.028 0.002 0.001 0.017 0.079 0.488 0.028 0.029 67 D 0.001 0.001 0.020 0.004 0.021 0.006 0.001 0.001 0.002 0.140 0.796 0.004 0.004 68 S 0.001 0.013 0.193 0.007 0.018 0.009 0.001 0.001 0.007 0.466 0.270 0.006 0.008 69 I 0.006 0.016 0.551 0.010 0.010 0.009 0.004 0.001 0.033 0.195 0.013 0.122 0.028 70 P 0.033 0.033 0.217 0.010 0.010 0.011 0.029 0.015 0.138 0.031 0.018 0.015 0.440 71 V 0.057 0.020 0.125 0.025 0.007 0.012 0.069 0.047 0.130 0.023 0.014 0.426 0.044 72 L 0.066 0.039 0.180 0.010 0.004 0.009 0.096 0.065 0.157 0.037 0.013 0.040 0.282 73 L 0.007 0.006 0.700 0.005 0.004 0.009 0.005 0.005 0.060 0.056 0.005 0.106 0.033 74 P 0.001 0.003 0.373 0.007 0.087 0.328 0.001 0.001 0.020 0.083 0.069 0.004 0.025 75 E 0.001 0.003 0.052 0.006 0.403 0.405 0.001 0.001 0.004 0.045 0.076 0.002 0.003 76 E 0.002 0.005 0.072 0.002 0.319 0.486 0.001 0.001 0.005 0.046 0.052 0.003 0.008 77 A 0.002 0.009 0.103 0.002 0.098 0.691 0.001 0.001 0.005 0.025 0.049 0.003 0.012 78 I 0.004 0.022 0.108 0.003 0.066 0.664 0.001 0.001 0.011 0.034 0.061 0.011 0.014 79 A 0.006 0.005 0.103 0.004 0.036 0.682 0.001 0.001 0.008 0.045 0.079 0.008 0.023 80 T 0.003 0.002 0.036 0.003 0.045 0.806 0.001 0.001 0.002 0.017 0.072 0.002 0.009 81 I 0.003 0.004 0.035 0.005 0.068 0.793 0.001 0.001 0.005 0.026 0.047 0.005 0.008 82 Q 0.003 0.004 0.044 0.002 0.104 0.743 0.001 0.002 0.012 0.019 0.046 0.008 0.012 83 I 0.005 0.011 0.083 0.005 0.141 0.570 0.003 0.004 0.023 0.027 0.090 0.007 0.030 84 A 0.004 0.010 0.141 0.008 0.089 0.321 0.002 0.002 0.019 0.076 0.282 0.029 0.017 85 N 0.003 0.020 0.238 0.004 0.057 0.150 0.001 0.002 0.017 0.154 0.321 0.009 0.025 86 F 0.001 0.016 0.637 0.001 0.022 0.032 0.001 0.001 0.005 0.214 0.045 0.016 0.011 87 P 0.001 0.012 0.417 0.002 0.060 0.072 0.001 0.001 0.004 0.150 0.265 0.004 0.014 88 D 0.001 0.016 0.257 0.003 0.091 0.066 0.001 0.001 0.004 0.192 0.360 0.006 0.005 89 K 0.001 0.014 0.529 0.002 0.082 0.052 0.001 0.001 0.004 0.198 0.098 0.005 0.016