# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.080 0.163 0.178 0.003 0.035 0.009 0.005 0.003 0.003 0.066 0.130 0.229 0.003 0.005 0.025 2 D 0.004 0.004 0.010 0.006 0.001 0.476 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 0.072 0.393 0.001 0.001 0.002 3 R 0.001 0.006 0.002 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.726 0.015 0.236 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.009 0.003 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.790 0.166 0.002 0.001 0.002 5 L 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.961 0.001 0.003 0.003 6 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.967 0.001 0.001 0.003 7 H 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.004 0.001 0.003 8 L 0.002 0.005 0.021 0.031 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.005 0.836 0.040 0.007 0.034 9 L 0.003 0.014 0.057 0.041 0.004 0.019 0.064 0.004 0.002 0.001 0.004 0.013 0.559 0.074 0.083 0.056 10 C 0.014 0.112 0.202 0.112 0.001 0.009 0.014 0.010 0.004 0.001 0.007 0.003 0.166 0.004 0.051 0.291 11 S 0.095 0.017 0.053 0.041 0.008 0.491 0.026 0.003 0.010 0.020 0.011 0.015 0.159 0.011 0.005 0.035 12 P 0.029 0.022 0.018 0.008 0.005 0.087 0.003 0.006 0.001 0.001 0.694 0.012 0.101 0.005 0.005 0.003 13 D 0.003 0.260 0.008 0.019 0.005 0.012 0.010 0.005 0.006 0.001 0.073 0.538 0.020 0.022 0.006 0.010 14 T 0.019 0.022 0.111 0.022 0.003 0.035 0.053 0.014 0.005 0.002 0.013 0.092 0.229 0.010 0.343 0.025 15 R 0.008 0.090 0.281 0.031 0.002 0.008 0.019 0.004 0.018 0.002 0.026 0.010 0.095 0.005 0.007 0.394 16 Q 0.354 0.028 0.198 0.268 0.002 0.020 0.008 0.008 0.007 0.002 0.009 0.021 0.040 0.003 0.011 0.022 17 P 0.024 0.012 0.688 0.101 0.006 0.076 0.012 0.002 0.003 0.002 0.011 0.006 0.030 0.006 0.002 0.018 18 L 0.012 0.074 0.053 0.779 0.003 0.021 0.001 0.009 0.001 0.001 0.014 0.009 0.017 0.001 0.003 0.004 19 S 0.006 0.016 0.032 0.610 0.022 0.209 0.004 0.004 0.006 0.009 0.014 0.020 0.042 0.001 0.001 0.006 20 L 0.016 0.043 0.047 0.299 0.037 0.181 0.005 0.013 0.003 0.001 0.186 0.032 0.123 0.005 0.002 0.007 21 L 0.003 0.151 0.037 0.268 0.007 0.045 0.006 0.028 0.005 0.003 0.042 0.267 0.120 0.002 0.010 0.005 22 E 0.006 0.016 0.041 0.054 0.012 0.239 0.018 0.007 0.006 0.006 0.047 0.052 0.452 0.005 0.006 0.031 23 S 0.012 0.009 0.020 0.016 0.027 0.066 0.036 0.008 0.002 0.002 0.375 0.055 0.308 0.053 0.004 0.006 24 K 0.003 0.021 0.011 0.011 0.001 0.026 0.004 0.019 0.001 0.001 0.133 0.391 0.317 0.003 0.054 0.004 25 G 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.002 0.042 0.091 0.808 0.001 0.002 0.031 26 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.043 0.927 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.964 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 30 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.009 0.002 0.007 33 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.013 0.006 0.005 34 A 0.001 0.004 0.005 0.001 0.006 0.001 0.098 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.320 0.513 0.015 0.025 35 S 0.009 0.007 0.022 0.010 0.001 0.003 0.012 0.024 0.003 0.001 0.003 0.005 0.193 0.024 0.615 0.070 36 G 0.017 0.007 0.134 0.018 0.001 0.005 0.009 0.001 0.031 0.014 0.007 0.005 0.148 0.006 0.009 0.590 37 T 0.553 0.029 0.085 0.087 0.002 0.018 0.005 0.002 0.002 0.001 0.015 0.017 0.139 0.003 0.006 0.036 38 V 0.023 0.038 0.279 0.192 0.017 0.155 0.029 0.003 0.002 0.003 0.036 0.029 0.155 0.019 0.004 0.014 39 Q 0.005 0.184 0.113 0.415 0.008 0.051 0.008 0.021 0.001 0.001 0.026 0.042 0.104 0.003 0.011 0.007 40 R 0.003 0.012 0.015 0.106 0.135 0.354 0.036 0.004 0.018 0.005 0.066 0.050 0.160 0.011 0.003 0.021 41 A 0.007 0.013 0.015 0.008 0.203 0.007 0.198 0.018 0.001 0.001 0.156 0.023 0.036 0.304 0.003 0.005 42 D 0.001 0.008 0.005 0.004 0.001 0.005 0.002 0.327 0.002 0.002 0.003 0.021 0.011 0.001 0.606 0.002 43 G 0.004 0.010 0.021 0.005 0.001 0.003 0.005 0.001 0.197 0.024 0.019 0.004 0.021 0.004 0.002 0.680 44 S 0.964 0.002 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 45 I 0.012 0.007 0.695 0.013 0.002 0.179 0.009 0.001 0.001 0.002 0.020 0.008 0.027 0.003 0.002 0.018 46 Q 0.011 0.431 0.070 0.256 0.004 0.094 0.007 0.010 0.001 0.001 0.021 0.039 0.043 0.001 0.004 0.006 47 N 0.008 0.138 0.043 0.582 0.005 0.067 0.008 0.006 0.016 0.003 0.018 0.024 0.065 0.001 0.003 0.013 48 Q 0.022 0.027 0.471 0.312 0.004 0.051 0.003 0.005 0.004 0.001 0.040 0.018 0.032 0.001 0.001 0.007 49 S 0.015 0.032 0.119 0.188 0.031 0.413 0.009 0.007 0.004 0.002 0.042 0.072 0.056 0.003 0.002 0.005 50 L 0.008 0.053 0.026 0.191 0.020 0.210 0.011 0.033 0.002 0.001 0.280 0.061 0.084 0.009 0.007 0.004 51 H 0.005 0.439 0.023 0.137 0.002 0.031 0.005 0.024 0.019 0.006 0.047 0.170 0.056 0.003 0.023 0.011 52 E 0.040 0.045 0.188 0.382 0.002 0.026 0.005 0.003 0.025 0.001 0.029 0.023 0.116 0.003 0.007 0.105 53 A 0.050 0.012 0.682 0.159 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.046 0.001 0.002 0.016 54 L 0.010 0.032 0.268 0.530 0.004 0.049 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.071 0.001 0.003 0.018 55 I 0.002 0.028 0.053 0.850 0.020 0.021 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 56 T 0.005 0.037 0.031 0.216 0.124 0.521 0.013 0.013 0.002 0.002 0.008 0.004 0.013 0.006 0.001 0.003 57 R 0.008 0.085 0.036 0.284 0.027 0.060 0.005 0.096 0.006 0.003 0.355 0.015 0.009 0.002 0.007 0.004 58 D 0.021 0.085 0.015 0.029 0.011 0.257 0.010 0.024 0.044 0.049 0.062 0.336 0.029 0.005 0.014 0.008 59 R 0.035 0.109 0.029 0.037 0.005 0.021 0.009 0.016 0.013 0.002 0.488 0.061 0.110 0.014 0.028 0.024 60 K 0.029 0.311 0.173 0.112 0.001 0.012 0.003 0.006 0.018 0.002 0.007 0.201 0.019 0.002 0.022 0.083 61 Q 0.030 0.013 0.744 0.078 0.001 0.015 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.099 62 V 0.037 0.039 0.662 0.223 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 63 F 0.002 0.048 0.134 0.807 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 64 R 0.001 0.003 0.046 0.829 0.020 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 65 I 0.002 0.006 0.006 0.156 0.460 0.297 0.003 0.010 0.001 0.001 0.051 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 66 E 0.001 0.252 0.002 0.093 0.229 0.067 0.012 0.188 0.006 0.003 0.075 0.055 0.002 0.011 0.004 0.001 67 D 0.005 0.079 0.009 0.078 0.003 0.029 0.004 0.336 0.060 0.030 0.042 0.052 0.015 0.001 0.251 0.007 68 S 0.042 0.091 0.172 0.063 0.002 0.006 0.004 0.003 0.291 0.019 0.015 0.015 0.011 0.002 0.002 0.263 69 I 0.810 0.005 0.101 0.062 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 70 P 0.006 0.014 0.820 0.110 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 71 V 0.006 0.037 0.014 0.850 0.003 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 72 L 0.002 0.039 0.039 0.888 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 73 L 0.003 0.021 0.081 0.639 0.048 0.176 0.002 0.003 0.001 0.002 0.006 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 74 P 0.002 0.012 0.013 0.076 0.021 0.642 0.001 0.012 0.001 0.001 0.168 0.014 0.036 0.001 0.001 0.001 75 E 0.001 0.041 0.004 0.073 0.004 0.034 0.001 0.010 0.003 0.001 0.611 0.172 0.041 0.001 0.002 0.001 76 E 0.003 0.035 0.010 0.045 0.001 0.018 0.002 0.002 0.004 0.001 0.034 0.697 0.131 0.001 0.009 0.008 77 A 0.004 0.004 0.034 0.024 0.001 0.015 0.009 0.001 0.002 0.001 0.013 0.033 0.827 0.002 0.003 0.029 78 I 0.006 0.018 0.089 0.066 0.001 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.010 0.021 0.742 0.004 0.005 0.012 79 A 0.003 0.011 0.033 0.070 0.001 0.070 0.006 0.002 0.001 0.001 0.014 0.014 0.744 0.006 0.005 0.018 80 T 0.008 0.015 0.033 0.103 0.004 0.039 0.012 0.002 0.002 0.001 0.089 0.019 0.619 0.026 0.005 0.021 81 I 0.010 0.049 0.070 0.114 0.001 0.011 0.007 0.005 0.001 0.001 0.025 0.113 0.537 0.005 0.035 0.015 82 Q 0.003 0.008 0.030 0.049 0.005 0.048 0.015 0.001 0.003 0.002 0.012 0.021 0.738 0.010 0.007 0.046 83 I 0.013 0.021 0.038 0.045 0.019 0.045 0.045 0.006 0.001 0.001 0.066 0.023 0.554 0.092 0.010 0.021 84 A 0.006 0.120 0.051 0.080 0.005 0.027 0.023 0.046 0.007 0.003 0.024 0.061 0.317 0.029 0.161 0.040 85 N 0.010 0.062 0.122 0.125 0.002 0.009 0.009 0.003 0.034 0.003 0.007 0.009 0.088 0.005 0.012 0.499 86 F 0.275 0.014 0.269 0.059 0.011 0.063 0.043 0.004 0.005 0.005 0.014 0.014 0.153 0.012 0.009 0.050 87 P 0.029 0.073 0.237 0.059 0.036 0.163 0.027 0.032 0.002 0.003 0.129 0.023 0.135 0.022 0.015 0.015 88 D 0.010 0.134 0.021 0.106 0.036 0.131 0.037 0.033 0.016 0.007 0.177 0.147 0.072 0.037 0.019 0.016 89 K 0.030 0.084 0.084 0.079 0.012 0.040 0.042 0.056 0.020 0.008 0.109 0.153 0.125 0.012 0.114 0.031