# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.079 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.023 0.136 0.676 2 D 0.121 0.714 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.023 0.102 3 R 0.097 0.715 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.026 0.035 0.106 4 K 0.037 0.646 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.037 0.051 0.177 5 L 0.107 0.493 0.042 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.082 0.041 0.163 6 L 0.234 0.219 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.078 0.102 0.055 0.243 7 H 0.188 0.106 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.172 0.080 0.067 0.367 8 L 0.037 0.015 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.089 0.103 0.556 9 L 0.004 0.010 0.004 0.003 0.009 0.069 0.088 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.132 0.135 0.359 10 C 0.010 0.009 0.004 0.002 0.017 0.037 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.091 0.114 0.605 11 S 0.150 0.023 0.007 0.002 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.206 0.075 0.436 12 P 0.101 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.049 0.099 0.715 13 D 0.102 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.043 0.076 0.758 14 T 0.026 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.032 0.104 0.770 15 R 0.024 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.031 0.118 0.772 16 Q 0.009 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.032 0.091 0.006 0.012 0.004 0.003 0.003 0.101 0.068 0.120 0.460 17 P 0.034 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.009 0.003 0.016 0.024 0.018 0.006 0.039 0.032 0.089 0.600 18 L 0.149 0.234 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.071 0.077 0.010 0.059 0.053 0.051 0.263 19 S 0.068 0.264 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.018 0.004 0.091 0.271 0.046 0.209 20 L 0.074 0.344 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.158 0.059 0.292 21 L 0.096 0.316 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.234 0.050 0.258 22 E 0.050 0.724 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.023 0.179 23 S 0.031 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.010 0.066 24 K 0.004 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.012 0.040 25 G 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.007 26 L 0.007 0.854 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.001 0.005 27 E 0.008 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.006 28 A 0.011 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.012 29 L 0.008 0.942 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.016 30 N 0.043 0.867 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.005 0.028 31 K 0.062 0.397 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.338 0.020 0.171 32 A 0.081 0.211 0.056 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.381 0.063 0.192 33 I 0.379 0.046 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.262 0.055 0.219 34 A 0.131 0.064 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.054 0.105 0.613 35 S 0.015 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.127 0.811 36 G 0.013 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.072 0.160 0.456 37 T 0.059 0.100 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.178 0.150 0.131 0.342 38 V 0.021 0.046 0.006 0.002 0.010 0.025 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.213 0.113 0.070 0.454 39 Q 0.036 0.016 0.022 0.004 0.126 0.039 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.002 0.215 0.108 0.073 0.338 40 R 0.211 0.003 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.044 0.066 0.579 41 A 0.179 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.066 0.071 0.629 42 D 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.019 0.131 0.801 43 G 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.027 0.118 0.775 44 S 0.023 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.096 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.077 0.075 0.385 45 I 0.098 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.033 0.023 0.004 0.008 0.003 0.001 0.002 0.069 0.116 0.080 0.515 46 Q 0.027 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.069 0.043 0.012 0.002 0.144 0.062 0.077 0.505 47 N 0.046 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.025 0.004 0.048 0.049 0.105 0.620 48 Q 0.033 0.112 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.240 0.072 0.123 0.390 49 S 0.064 0.225 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.065 0.143 0.402 50 L 0.244 0.161 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.094 0.084 0.282 51 H 0.134 0.159 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.104 0.089 0.392 52 E 0.025 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.211 0.073 0.393 53 A 0.020 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.406 0.163 0.078 0.284 54 L 0.014 0.017 0.004 0.002 0.008 0.072 0.067 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.407 0.137 0.060 0.187 55 I 0.012 0.010 0.004 0.002 0.034 0.054 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.267 0.043 0.075 0.476 56 T 0.150 0.023 0.007 0.002 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.090 0.089 0.395 57 R 0.042 0.006 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.054 0.148 0.661 58 D 0.252 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.068 0.097 0.539 59 R 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.043 0.135 0.679 60 K 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.037 0.120 0.672 61 Q 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.037 0.082 0.006 0.009 0.002 0.001 0.002 0.423 0.070 0.053 0.238 62 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.003 0.005 0.011 0.006 0.003 0.012 0.010 0.006 0.005 0.103 0.032 0.089 0.685 63 F 0.002 0.003 0.002 0.001 0.022 0.036 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.075 0.054 0.088 0.017 0.400 0.040 0.040 0.206 64 R 0.041 0.005 0.007 0.002 0.098 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.022 0.016 0.123 0.139 0.052 0.431 65 I 0.062 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.293 0.058 0.057 0.521 66 E 0.141 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.058 0.070 0.683 67 D 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.025 0.106 0.710 68 S 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.041 0.099 0.728 69 I 0.031 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.036 0.022 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.245 0.097 0.080 0.410 70 P 0.028 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.011 0.003 0.027 0.014 0.004 0.002 0.144 0.055 0.085 0.599 71 V 0.007 0.014 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.049 0.067 0.047 0.006 0.235 0.037 0.106 0.416 72 L 0.006 0.044 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.020 0.006 0.252 0.038 0.109 0.499 73 L 0.134 0.606 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.079 0.035 0.105 74 P 0.101 0.742 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.054 0.023 0.067 75 E 0.084 0.620 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.040 0.043 0.191 76 E 0.056 0.233 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.392 0.047 0.180 77 A 0.060 0.492 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.148 0.055 0.177 78 I 0.075 0.382 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.056 0.111 0.054 0.291 79 A 0.047 0.586 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.052 0.040 0.229 80 T 0.119 0.476 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.090 0.054 0.195 81 I 0.077 0.107 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.222 0.121 0.359 82 Q 0.187 0.135 0.007 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.140 0.087 0.307 83 I 0.300 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.064 0.079 0.480 84 A 0.010 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.044 0.147 0.712 85 N 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.017 0.120 0.813 86 F 0.332 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.133 0.088 0.389 87 P 0.100 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.047 0.127 0.687 88 D 0.051 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.021 0.101 0.796 89 K 0.036 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.039 0.133 0.706