# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.111 0.006 0.013 0.017 0.013 0.099 0.006 0.003 0.039 0.679 2 D 0.118 0.467 0.010 0.012 0.017 0.020 0.052 0.017 0.005 0.077 0.205 3 R 0.108 0.193 0.006 0.016 0.023 0.021 0.089 0.010 0.002 0.176 0.356 4 K 0.030 0.366 0.015 0.045 0.025 0.036 0.080 0.006 0.003 0.114 0.280 5 L 0.064 0.280 0.024 0.064 0.044 0.085 0.070 0.010 0.005 0.070 0.283 6 L 0.068 0.100 0.012 0.075 0.085 0.140 0.083 0.015 0.003 0.094 0.324 7 H 0.044 0.022 0.002 0.085 0.099 0.209 0.075 0.009 0.001 0.156 0.297 8 L 0.007 0.010 0.002 0.159 0.161 0.074 0.075 0.001 0.001 0.102 0.409 9 L 0.005 0.007 0.003 0.280 0.107 0.155 0.111 0.002 0.001 0.076 0.255 10 C 0.012 0.003 0.002 0.104 0.053 0.076 0.091 0.003 0.001 0.115 0.540 11 S 0.158 0.017 0.005 0.094 0.067 0.051 0.098 0.010 0.003 0.139 0.359 12 P 0.136 0.026 0.001 0.035 0.013 0.016 0.101 0.004 0.001 0.031 0.637 13 D 0.061 0.014 0.001 0.023 0.005 0.009 0.069 0.003 0.001 0.046 0.767 14 T 0.058 0.024 0.001 0.020 0.012 0.021 0.124 0.004 0.001 0.058 0.676 15 R 0.019 0.021 0.001 0.014 0.012 0.015 0.142 0.002 0.001 0.087 0.688 16 Q 0.037 0.057 0.003 0.046 0.044 0.039 0.169 0.004 0.001 0.138 0.463 17 P 0.030 0.217 0.002 0.024 0.022 0.028 0.084 0.004 0.001 0.042 0.546 18 L 0.071 0.379 0.002 0.024 0.027 0.028 0.042 0.007 0.001 0.073 0.346 19 S 0.072 0.188 0.002 0.024 0.029 0.050 0.061 0.009 0.001 0.286 0.277 20 L 0.051 0.350 0.006 0.017 0.015 0.015 0.053 0.005 0.002 0.230 0.256 21 L 0.135 0.259 0.015 0.022 0.021 0.015 0.044 0.015 0.007 0.187 0.280 22 E 0.098 0.589 0.005 0.005 0.005 0.006 0.038 0.007 0.003 0.033 0.210 23 S 0.046 0.564 0.002 0.003 0.004 0.007 0.030 0.006 0.001 0.042 0.294 24 K 0.012 0.814 0.003 0.002 0.004 0.003 0.019 0.003 0.002 0.030 0.109 25 G 0.010 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.008 0.024 26 L 0.065 0.517 0.008 0.002 0.003 0.003 0.019 0.020 0.005 0.209 0.150 27 E 0.021 0.880 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.035 0.043 28 A 0.010 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.038 29 L 0.011 0.873 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.004 0.047 0.046 30 N 0.012 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.016 31 K 0.029 0.443 0.011 0.004 0.003 0.002 0.017 0.004 0.004 0.374 0.109 32 A 0.019 0.216 0.085 0.012 0.004 0.004 0.059 0.005 0.024 0.452 0.120 33 I 0.337 0.069 0.041 0.014 0.003 0.007 0.042 0.015 0.028 0.217 0.227 34 A 0.171 0.056 0.008 0.021 0.008 0.007 0.067 0.007 0.005 0.036 0.613 35 S 0.011 0.042 0.001 0.019 0.006 0.013 0.101 0.002 0.001 0.022 0.784 36 G 0.020 0.099 0.004 0.042 0.028 0.044 0.140 0.007 0.001 0.073 0.542 37 T 0.115 0.144 0.005 0.070 0.041 0.071 0.124 0.016 0.002 0.082 0.332 38 V 0.048 0.081 0.004 0.060 0.046 0.051 0.096 0.005 0.001 0.059 0.550 39 Q 0.052 0.038 0.007 0.099 0.061 0.081 0.118 0.006 0.003 0.104 0.431 40 R 0.189 0.021 0.005 0.049 0.034 0.081 0.050 0.008 0.003 0.111 0.449 41 A 0.186 0.013 0.001 0.022 0.017 0.016 0.078 0.004 0.001 0.036 0.625 42 D 0.017 0.015 0.001 0.012 0.011 0.019 0.074 0.001 0.001 0.016 0.835 43 G 0.021 0.014 0.001 0.011 0.021 0.044 0.131 0.002 0.001 0.070 0.685 44 S 0.068 0.051 0.002 0.036 0.079 0.111 0.085 0.006 0.001 0.078 0.484 45 I 0.047 0.029 0.001 0.022 0.056 0.062 0.076 0.003 0.001 0.056 0.647 46 Q 0.040 0.050 0.002 0.037 0.071 0.083 0.104 0.004 0.001 0.054 0.555 47 N 0.038 0.116 0.002 0.023 0.046 0.069 0.088 0.003 0.001 0.052 0.563 48 Q 0.120 0.178 0.006 0.018 0.064 0.070 0.099 0.006 0.002 0.099 0.339 49 S 0.094 0.162 0.009 0.015 0.029 0.048 0.114 0.007 0.002 0.080 0.440 50 L 0.151 0.192 0.009 0.014 0.020 0.037 0.075 0.012 0.003 0.059 0.427 51 H 0.150 0.211 0.005 0.029 0.035 0.049 0.080 0.010 0.002 0.059 0.369 52 E 0.042 0.039 0.002 0.047 0.051 0.112 0.101 0.006 0.001 0.177 0.424 53 A 0.011 0.028 0.004 0.123 0.124 0.115 0.108 0.003 0.001 0.120 0.363 54 L 0.014 0.022 0.008 0.179 0.155 0.184 0.091 0.004 0.002 0.065 0.275 55 I 0.025 0.015 0.005 0.087 0.134 0.138 0.075 0.007 0.002 0.042 0.470 56 T 0.161 0.030 0.006 0.088 0.068 0.095 0.119 0.010 0.004 0.084 0.335 57 R 0.083 0.015 0.005 0.045 0.039 0.034 0.107 0.005 0.002 0.043 0.621 58 D 0.135 0.044 0.003 0.023 0.017 0.025 0.132 0.009 0.002 0.034 0.577 59 R 0.113 0.031 0.002 0.018 0.020 0.046 0.081 0.006 0.001 0.029 0.655 60 K 0.022 0.017 0.001 0.032 0.075 0.090 0.087 0.002 0.001 0.037 0.636 61 Q 0.013 0.006 0.001 0.062 0.111 0.460 0.051 0.003 0.001 0.038 0.254 62 V 0.004 0.010 0.001 0.042 0.217 0.106 0.096 0.001 0.001 0.031 0.493 63 F 0.006 0.006 0.001 0.110 0.292 0.361 0.040 0.001 0.001 0.043 0.139 64 R 0.022 0.005 0.006 0.057 0.140 0.196 0.097 0.002 0.001 0.060 0.413 65 I 0.235 0.016 0.003 0.028 0.095 0.128 0.043 0.006 0.001 0.026 0.419 66 E 0.232 0.002 0.001 0.026 0.020 0.047 0.176 0.002 0.001 0.037 0.455 67 D 0.004 0.004 0.001 0.058 0.017 0.031 0.122 0.001 0.001 0.012 0.752 68 S 0.015 0.002 0.001 0.032 0.030 0.099 0.123 0.002 0.001 0.059 0.638 69 I 0.028 0.006 0.001 0.077 0.092 0.057 0.139 0.003 0.001 0.073 0.523 70 P 0.013 0.002 0.001 0.216 0.050 0.076 0.094 0.001 0.001 0.084 0.464 71 V 0.003 0.003 0.001 0.316 0.062 0.077 0.132 0.001 0.001 0.045 0.360 72 L 0.006 0.053 0.001 0.211 0.036 0.035 0.117 0.002 0.001 0.025 0.513 73 L 0.095 0.598 0.002 0.033 0.015 0.017 0.023 0.019 0.001 0.061 0.138 74 P 0.069 0.805 0.001 0.006 0.002 0.002 0.012 0.005 0.001 0.021 0.076 75 E 0.026 0.774 0.002 0.007 0.002 0.002 0.010 0.003 0.001 0.082 0.091 76 E 0.047 0.175 0.009 0.009 0.004 0.006 0.033 0.013 0.005 0.576 0.124 77 A 0.033 0.743 0.023 0.008 0.003 0.003 0.023 0.005 0.008 0.070 0.079 78 I 0.058 0.550 0.019 0.017 0.014 0.010 0.026 0.013 0.006 0.075 0.211 79 A 0.041 0.598 0.009 0.010 0.010 0.014 0.035 0.013 0.005 0.053 0.211 80 T 0.076 0.474 0.011 0.013 0.009 0.011 0.049 0.009 0.006 0.089 0.252 81 I 0.071 0.153 0.048 0.026 0.022 0.019 0.146 0.020 0.016 0.182 0.299 82 Q 0.259 0.141 0.019 0.023 0.011 0.022 0.067 0.036 0.011 0.066 0.346 83 I 0.335 0.023 0.005 0.032 0.017 0.016 0.055 0.018 0.004 0.055 0.440 84 A 0.021 0.011 0.004 0.044 0.019 0.024 0.109 0.004 0.002 0.023 0.739 85 N 0.046 0.015 0.003 0.018 0.007 0.014 0.096 0.006 0.002 0.025 0.767 86 F 0.357 0.013 0.003 0.011 0.011 0.012 0.080 0.018 0.002 0.045 0.449 87 P 0.129 0.008 0.001 0.007 0.005 0.005 0.111 0.003 0.001 0.024 0.706 88 D 0.060 0.010 0.001 0.013 0.006 0.012 0.087 0.002 0.001 0.023 0.786 89 K 0.025 0.008 0.001 0.013 0.012 0.017 0.119 0.002 0.001 0.024 0.780