# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.368 0.130 0.041 0.074 0.068 0.055 0.081 0.064 0.056 0.041 0.023 2 D 0.123 0.200 0.060 0.154 0.105 0.094 0.109 0.059 0.049 0.033 0.013 3 R 0.114 0.106 0.083 0.184 0.147 0.137 0.108 0.053 0.036 0.020 0.010 4 K 0.269 0.235 0.142 0.186 0.086 0.040 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 5 L 0.006 0.011 0.017 0.041 0.061 0.087 0.178 0.181 0.186 0.146 0.087 6 L 0.002 0.004 0.008 0.019 0.033 0.075 0.153 0.155 0.213 0.210 0.128 7 H 0.026 0.095 0.325 0.269 0.132 0.066 0.044 0.018 0.014 0.008 0.003 8 L 0.004 0.005 0.026 0.031 0.050 0.092 0.195 0.180 0.169 0.156 0.091 9 L 0.004 0.006 0.009 0.017 0.021 0.042 0.088 0.132 0.231 0.267 0.183 10 C 0.017 0.026 0.030 0.068 0.089 0.115 0.202 0.164 0.140 0.093 0.057 11 S 0.012 0.012 0.033 0.039 0.064 0.065 0.145 0.207 0.160 0.135 0.129 12 P 0.164 0.100 0.073 0.136 0.109 0.092 0.130 0.077 0.062 0.037 0.020 13 D 0.293 0.210 0.060 0.141 0.090 0.059 0.067 0.034 0.023 0.013 0.009 14 T 0.133 0.137 0.042 0.119 0.114 0.095 0.127 0.090 0.068 0.046 0.030 15 R 0.297 0.155 0.058 0.142 0.106 0.083 0.073 0.037 0.023 0.016 0.008 16 Q 0.140 0.175 0.125 0.184 0.128 0.099 0.071 0.038 0.021 0.012 0.006 17 P 0.070 0.121 0.068 0.213 0.159 0.108 0.120 0.072 0.038 0.021 0.009 18 L 0.003 0.002 0.003 0.006 0.011 0.032 0.090 0.114 0.239 0.283 0.216 19 S 0.058 0.171 0.266 0.307 0.132 0.040 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 20 L 0.016 0.011 0.047 0.054 0.088 0.096 0.180 0.177 0.135 0.107 0.089 21 L 0.007 0.008 0.011 0.023 0.040 0.063 0.141 0.166 0.195 0.186 0.159 22 E 0.071 0.191 0.141 0.204 0.137 0.084 0.098 0.038 0.022 0.011 0.004 23 S 0.117 0.091 0.194 0.217 0.149 0.111 0.068 0.026 0.014 0.008 0.004 24 K 0.396 0.191 0.120 0.142 0.068 0.034 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 25 G 0.112 0.141 0.047 0.175 0.145 0.099 0.132 0.083 0.038 0.019 0.009 26 L 0.002 0.002 0.005 0.005 0.014 0.038 0.103 0.124 0.230 0.249 0.228 27 E 0.026 0.054 0.386 0.264 0.156 0.065 0.032 0.010 0.004 0.002 0.001 28 A 0.006 0.019 0.172 0.135 0.139 0.201 0.189 0.073 0.036 0.020 0.008 29 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.018 0.064 0.105 0.243 0.272 0.277 30 N 0.003 0.004 0.014 0.035 0.067 0.120 0.256 0.185 0.153 0.121 0.042 31 K 0.013 0.048 0.612 0.198 0.075 0.031 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 32 A 0.017 0.022 0.061 0.103 0.155 0.170 0.260 0.131 0.045 0.022 0.014 33 I 0.004 0.004 0.006 0.007 0.011 0.020 0.059 0.112 0.206 0.273 0.299 34 A 0.041 0.090 0.098 0.146 0.167 0.146 0.160 0.074 0.043 0.025 0.012 35 S 0.100 0.126 0.211 0.237 0.145 0.078 0.052 0.024 0.014 0.008 0.005 36 G 0.236 0.057 0.042 0.058 0.065 0.084 0.168 0.108 0.088 0.058 0.038 37 T 0.148 0.208 0.057 0.238 0.132 0.077 0.070 0.035 0.020 0.009 0.005 38 V 0.004 0.003 0.006 0.008 0.015 0.028 0.061 0.096 0.211 0.247 0.319 39 Q 0.039 0.063 0.086 0.203 0.224 0.136 0.123 0.066 0.033 0.018 0.011 40 R 0.039 0.063 0.137 0.165 0.136 0.134 0.147 0.076 0.053 0.035 0.016 41 A 0.028 0.044 0.032 0.065 0.077 0.133 0.185 0.124 0.130 0.108 0.074 42 D 0.176 0.260 0.057 0.168 0.102 0.064 0.073 0.044 0.030 0.018 0.008 43 G 0.524 0.116 0.056 0.098 0.065 0.045 0.046 0.024 0.014 0.007 0.004 44 S 0.463 0.194 0.090 0.131 0.056 0.029 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 45 I 0.057 0.090 0.040 0.102 0.109 0.143 0.164 0.114 0.087 0.060 0.034 46 Q 0.068 0.082 0.045 0.109 0.125 0.109 0.149 0.131 0.087 0.059 0.035 47 N 0.093 0.128 0.146 0.181 0.126 0.123 0.106 0.048 0.026 0.018 0.006 48 Q 0.111 0.123 0.212 0.250 0.134 0.081 0.049 0.021 0.011 0.005 0.002 49 S 0.249 0.211 0.075 0.165 0.099 0.066 0.067 0.037 0.016 0.009 0.005 50 L 0.012 0.013 0.012 0.027 0.043 0.059 0.124 0.156 0.208 0.189 0.156 51 H 0.116 0.157 0.141 0.203 0.150 0.086 0.075 0.039 0.019 0.011 0.004 52 E 0.030 0.045 0.150 0.225 0.175 0.156 0.114 0.051 0.030 0.017 0.007 53 A 0.032 0.027 0.044 0.055 0.067 0.128 0.227 0.154 0.123 0.092 0.052 54 L 0.005 0.009 0.014 0.041 0.056 0.088 0.179 0.173 0.200 0.151 0.083 55 I 0.004 0.004 0.015 0.014 0.024 0.047 0.134 0.152 0.219 0.232 0.155 56 T 0.028 0.115 0.258 0.254 0.152 0.083 0.059 0.022 0.016 0.009 0.004 57 R 0.178 0.132 0.110 0.173 0.138 0.096 0.093 0.044 0.020 0.010 0.005 58 D 0.325 0.317 0.057 0.113 0.061 0.041 0.038 0.024 0.012 0.008 0.004 59 R 0.112 0.080 0.034 0.124 0.133 0.146 0.175 0.097 0.054 0.031 0.014 60 K 0.383 0.157 0.156 0.146 0.070 0.038 0.024 0.013 0.006 0.004 0.001 61 Q 0.023 0.075 0.106 0.192 0.153 0.189 0.164 0.052 0.028 0.013 0.005 62 V 0.007 0.007 0.015 0.018 0.028 0.042 0.093 0.128 0.200 0.238 0.223 63 F 0.013 0.014 0.038 0.068 0.091 0.155 0.210 0.151 0.130 0.095 0.036 64 R 0.024 0.151 0.272 0.293 0.134 0.061 0.034 0.015 0.009 0.005 0.003 65 I 0.005 0.003 0.006 0.010 0.024 0.032 0.101 0.166 0.180 0.179 0.292 66 E 0.277 0.290 0.088 0.155 0.082 0.046 0.031 0.014 0.009 0.005 0.003 67 D 0.133 0.094 0.077 0.184 0.145 0.116 0.125 0.061 0.037 0.018 0.011 68 S 0.246 0.137 0.064 0.129 0.095 0.074 0.088 0.060 0.049 0.036 0.022 69 I 0.005 0.011 0.008 0.021 0.027 0.057 0.143 0.136 0.253 0.216 0.123 70 P 0.027 0.084 0.071 0.175 0.153 0.144 0.107 0.085 0.067 0.051 0.034 71 V 0.010 0.008 0.017 0.030 0.049 0.078 0.153 0.202 0.179 0.143 0.130 72 L 0.012 0.014 0.021 0.050 0.077 0.066 0.140 0.212 0.151 0.126 0.129 73 L 0.002 0.004 0.008 0.013 0.023 0.023 0.074 0.140 0.219 0.243 0.252 74 P 0.072 0.114 0.098 0.238 0.185 0.109 0.089 0.038 0.031 0.016 0.009 75 E 0.229 0.097 0.111 0.187 0.123 0.089 0.087 0.037 0.024 0.011 0.006 76 E 0.113 0.130 0.090 0.207 0.154 0.117 0.107 0.045 0.022 0.010 0.006 77 A 0.011 0.018 0.024 0.040 0.054 0.058 0.136 0.153 0.182 0.157 0.168 78 I 0.010 0.012 0.030 0.038 0.063 0.091 0.146 0.138 0.164 0.173 0.133 79 A 0.032 0.124 0.265 0.264 0.146 0.072 0.046 0.022 0.016 0.009 0.004 80 T 0.022 0.020 0.038 0.082 0.110 0.134 0.193 0.156 0.115 0.082 0.048 81 I 0.027 0.019 0.026 0.052 0.067 0.100 0.175 0.167 0.163 0.124 0.077 82 Q 0.050 0.082 0.109 0.229 0.172 0.117 0.119 0.061 0.034 0.018 0.009 83 I 0.004 0.005 0.013 0.013 0.020 0.047 0.107 0.110 0.215 0.247 0.218 84 A 0.062 0.063 0.063 0.142 0.159 0.136 0.181 0.085 0.060 0.033 0.017 85 N 0.235 0.207 0.172 0.187 0.084 0.046 0.036 0.016 0.009 0.005 0.003 86 F 0.046 0.056 0.036 0.074 0.087 0.132 0.189 0.122 0.111 0.086 0.062 87 P 0.342 0.270 0.047 0.115 0.071 0.046 0.050 0.029 0.016 0.009 0.004 88 D 0.440 0.233 0.082 0.124 0.055 0.029 0.018 0.009 0.005 0.003 0.002 89 K 0.394 0.164 0.073 0.123 0.088 0.053 0.050 0.028 0.014 0.008 0.005