# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.133 0.046 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.010 0.153 0.599 2 D 0.061 0.073 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.013 0.250 0.529 3 R 0.016 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.004 0.038 0.851 4 K 0.006 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.669 0.222 5 L 0.195 0.233 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.032 0.346 0.160 6 L 0.056 0.863 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.007 0.006 0.043 7 H 0.031 0.846 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 0.012 0.073 8 L 0.101 0.754 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.035 0.009 0.057 9 L 0.132 0.662 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.001 0.058 0.054 0.008 0.046 10 C 0.145 0.292 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.251 0.051 0.027 0.192 11 S 0.064 0.072 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.020 0.240 0.003 0.011 0.003 0.001 0.003 0.059 0.033 0.090 0.333 12 P 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.013 0.962 13 D 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.013 0.663 0.265 14 T 0.604 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.049 0.156 0.170 15 R 0.225 0.226 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.038 0.105 0.292 16 Q 0.142 0.011 0.028 0.005 0.031 0.010 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.008 0.464 0.236 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 L 0.018 0.005 0.006 0.001 0.037 0.048 0.427 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.123 0.005 0.064 0.244 19 S 0.043 0.040 0.001 0.001 0.003 0.010 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.133 0.003 0.149 0.590 20 L 0.026 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.002 0.030 0.003 0.027 0.874 21 L 0.064 0.142 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.139 0.008 0.224 0.400 22 E 0.094 0.237 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.012 0.267 0.355 23 S 0.092 0.475 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.020 0.020 0.341 24 K 0.019 0.369 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.019 0.581 25 G 0.077 0.338 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.061 0.045 0.458 26 L 0.037 0.718 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.015 0.176 27 E 0.008 0.871 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.088 28 A 0.030 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.078 29 L 0.020 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 30 N 0.014 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.019 31 K 0.013 0.908 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.048 32 A 0.022 0.917 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.040 33 I 0.017 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.021 34 A 0.055 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.002 0.025 35 S 0.086 0.810 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.036 0.002 0.050 36 G 0.258 0.385 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.126 0.009 0.130 37 T 0.145 0.139 0.449 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.021 0.050 0.145 38 V 0.028 0.113 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.032 0.009 0.003 0.269 0.012 0.056 0.425 39 Q 0.034 0.115 0.005 0.006 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.003 0.023 0.003 0.120 0.037 0.008 0.006 0.217 0.010 0.079 0.313 40 R 0.037 0.093 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.100 0.012 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.191 0.012 0.117 0.399 41 A 0.038 0.084 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.009 0.139 0.292 42 D 0.033 0.097 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.037 0.155 0.544 43 G 0.113 0.027 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.122 0.085 0.571 44 S 0.208 0.017 0.094 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.020 0.288 0.325 45 I 0.014 0.014 0.007 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.002 0.080 0.829 46 Q 0.019 0.023 0.007 0.005 0.211 0.197 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.004 0.002 0.163 0.006 0.123 0.195 47 N 0.053 0.049 0.003 0.002 0.005 0.014 0.012 0.006 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.004 0.005 0.004 0.073 0.016 0.076 0.665 48 Q 0.104 0.059 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.371 0.010 0.084 0.337 49 S 0.045 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.007 0.173 0.678 50 L 0.073 0.046 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.410 0.012 0.106 0.336 51 H 0.037 0.118 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.018 0.211 0.338 52 E 0.187 0.092 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.031 0.195 0.315 53 A 0.199 0.284 0.009 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.235 0.019 0.068 0.165 54 L 0.067 0.210 0.016 0.002 0.007 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.052 0.036 0.006 0.384 0.014 0.045 0.124 55 I 0.027 0.121 0.010 0.004 0.007 0.009 0.004 0.004 0.002 0.005 0.008 0.005 0.042 0.066 0.037 0.008 0.412 0.014 0.040 0.177 56 T 0.026 0.058 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.084 0.069 0.135 0.007 0.028 0.014 0.006 0.008 0.219 0.020 0.042 0.269 57 R 0.017 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.260 0.005 0.100 0.539 58 D 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.016 0.402 0.505 59 R 0.142 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.057 0.139 0.588 60 K 0.077 0.039 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.036 0.356 0.350 61 Q 0.125 0.020 0.027 0.009 0.066 0.009 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.023 0.432 0.154 62 V 0.055 0.122 0.010 0.004 0.062 0.054 0.019 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.111 0.007 0.072 0.452 63 F 0.005 0.015 0.002 0.001 0.016 0.033 0.099 0.023 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.109 0.054 0.012 0.518 0.003 0.026 0.063 64 R 0.006 0.015 0.001 0.001 0.005 0.015 0.018 0.007 0.001 0.001 0.049 0.002 0.183 0.069 0.052 0.021 0.102 0.006 0.062 0.384 65 I 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.191 0.008 0.003 0.008 0.003 0.002 0.004 0.646 0.002 0.018 0.086 66 E 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.010 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.190 0.002 0.165 0.286 67 D 0.019 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.010 0.144 0.667 68 S 0.134 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.213 0.109 0.386 69 I 0.368 0.006 0.074 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.022 0.260 0.231 70 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.995 71 V 0.004 0.001 0.003 0.001 0.413 0.092 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.312 0.001 0.047 0.107 72 L 0.022 0.005 0.001 0.002 0.008 0.028 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.518 0.003 0.057 0.340 73 L 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.592 0.002 0.069 0.277 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 75 E 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.195 0.002 0.230 0.543 76 E 0.126 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.003 0.164 0.651 77 A 0.243 0.177 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.007 0.045 0.476 78 I 0.146 0.438 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.015 0.047 0.289 79 A 0.129 0.422 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.019 0.020 0.380 80 T 0.157 0.457 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.038 0.008 0.291 81 I 0.166 0.543 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.033 0.013 0.187 82 Q 0.064 0.485 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.014 0.069 0.253 83 I 0.089 0.404 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.016 0.057 0.290 84 A 0.105 0.479 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.013 0.048 0.210 85 N 0.327 0.186 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.054 0.039 0.340 86 F 0.344 0.084 0.054 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 0.036 0.051 0.359 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 88 D 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.005 0.086 0.838 89 K 0.272 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.011 0.055 0.596