# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.136 0.037 0.007 0.017 0.015 0.027 0.115 0.002 0.001 0.003 0.641 2 D 0.032 0.016 0.002 0.009 0.009 0.016 0.102 0.001 0.001 0.001 0.812 3 R 0.018 0.008 0.001 0.004 0.003 0.008 0.023 0.001 0.001 0.001 0.935 4 K 0.015 0.014 0.001 0.006 0.002 0.006 0.412 0.001 0.001 0.002 0.542 5 L 0.356 0.061 0.004 0.014 0.004 0.006 0.259 0.002 0.001 0.005 0.291 6 L 0.071 0.709 0.020 0.031 0.011 0.016 0.036 0.004 0.001 0.002 0.100 7 H 0.023 0.690 0.008 0.041 0.032 0.036 0.022 0.007 0.001 0.001 0.140 8 L 0.080 0.568 0.004 0.047 0.016 0.036 0.010 0.014 0.001 0.001 0.225 9 L 0.145 0.391 0.006 0.158 0.057 0.099 0.014 0.025 0.001 0.001 0.104 10 C 0.121 0.180 0.034 0.077 0.045 0.093 0.040 0.044 0.001 0.003 0.363 11 S 0.099 0.085 0.106 0.098 0.084 0.099 0.056 0.022 0.001 0.005 0.348 12 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.986 13 D 0.022 0.003 0.003 0.038 0.024 0.059 0.172 0.001 0.001 0.002 0.676 14 T 0.260 0.009 0.006 0.026 0.015 0.018 0.160 0.002 0.001 0.027 0.475 15 R 0.268 0.020 0.027 0.025 0.012 0.018 0.079 0.002 0.001 0.021 0.528 16 Q 0.102 0.007 0.016 0.027 0.054 0.042 0.348 0.001 0.001 0.014 0.391 17 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.983 18 L 0.015 0.008 0.003 0.109 0.111 0.276 0.064 0.001 0.001 0.001 0.412 19 S 0.016 0.013 0.001 0.098 0.064 0.084 0.227 0.001 0.001 0.004 0.493 20 L 0.052 0.037 0.002 0.048 0.037 0.081 0.068 0.001 0.001 0.002 0.673 21 L 0.050 0.087 0.004 0.121 0.057 0.166 0.147 0.001 0.001 0.005 0.361 22 E 0.136 0.177 0.004 0.026 0.029 0.070 0.184 0.004 0.001 0.006 0.365 23 S 0.161 0.412 0.004 0.020 0.009 0.026 0.041 0.006 0.001 0.002 0.319 24 K 0.055 0.329 0.004 0.005 0.003 0.009 0.092 0.004 0.001 0.002 0.496 25 G 0.098 0.249 0.004 0.002 0.001 0.003 0.251 0.004 0.001 0.002 0.388 26 L 0.065 0.628 0.011 0.002 0.001 0.002 0.074 0.003 0.001 0.001 0.213 27 E 0.011 0.695 0.003 0.001 0.001 0.002 0.031 0.002 0.001 0.001 0.255 28 A 0.010 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.103 29 L 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 30 N 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 31 K 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 32 A 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.008 33 I 0.007 0.972 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 34 A 0.009 0.954 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.006 35 S 0.084 0.764 0.021 0.004 0.001 0.001 0.003 0.056 0.001 0.001 0.065 36 G 0.329 0.355 0.054 0.008 0.006 0.007 0.011 0.063 0.001 0.003 0.163 37 T 0.149 0.129 0.173 0.024 0.019 0.017 0.128 0.016 0.001 0.003 0.342 38 V 0.024 0.056 0.048 0.057 0.061 0.099 0.080 0.005 0.001 0.003 0.566 39 Q 0.023 0.051 0.015 0.055 0.145 0.226 0.080 0.004 0.001 0.006 0.395 40 R 0.070 0.062 0.011 0.088 0.073 0.129 0.057 0.004 0.001 0.005 0.500 41 A 0.095 0.056 0.006 0.075 0.109 0.161 0.065 0.003 0.001 0.003 0.427 42 D 0.054 0.035 0.004 0.062 0.046 0.071 0.118 0.003 0.001 0.007 0.601 43 G 0.162 0.022 0.013 0.048 0.039 0.075 0.114 0.003 0.001 0.051 0.474 44 S 0.235 0.015 0.011 0.022 0.034 0.032 0.319 0.001 0.001 0.017 0.315 45 I 0.035 0.009 0.003 0.013 0.025 0.033 0.098 0.001 0.001 0.002 0.782 46 Q 0.034 0.031 0.006 0.027 0.138 0.273 0.141 0.001 0.001 0.005 0.342 47 N 0.067 0.052 0.006 0.033 0.046 0.116 0.115 0.003 0.001 0.009 0.553 48 Q 0.175 0.075 0.010 0.037 0.114 0.167 0.062 0.004 0.001 0.006 0.351 49 S 0.018 0.015 0.002 0.015 0.025 0.031 0.084 0.001 0.001 0.001 0.808 50 L 0.045 0.047 0.008 0.033 0.112 0.189 0.096 0.002 0.001 0.007 0.463 51 H 0.053 0.084 0.006 0.045 0.092 0.181 0.187 0.001 0.001 0.017 0.334 52 E 0.100 0.133 0.005 0.045 0.070 0.106 0.148 0.002 0.001 0.008 0.383 53 A 0.184 0.247 0.011 0.067 0.089 0.134 0.067 0.003 0.001 0.004 0.193 54 L 0.080 0.280 0.009 0.076 0.147 0.227 0.034 0.007 0.001 0.002 0.138 55 I 0.050 0.201 0.008 0.065 0.200 0.305 0.024 0.011 0.001 0.002 0.134 56 T 0.052 0.093 0.014 0.062 0.228 0.328 0.029 0.018 0.001 0.004 0.173 57 R 0.061 0.055 0.013 0.032 0.120 0.183 0.053 0.009 0.001 0.004 0.468 58 D 0.017 0.007 0.007 0.022 0.055 0.075 0.310 0.002 0.001 0.006 0.499 59 R 0.141 0.014 0.018 0.034 0.044 0.053 0.198 0.002 0.001 0.037 0.460 60 K 0.059 0.021 0.015 0.021 0.042 0.072 0.338 0.001 0.001 0.066 0.364 61 Q 0.200 0.016 0.008 0.044 0.120 0.090 0.331 0.001 0.001 0.015 0.177 62 V 0.044 0.032 0.008 0.043 0.104 0.248 0.040 0.001 0.001 0.003 0.477 63 F 0.006 0.009 0.002 0.082 0.423 0.391 0.017 0.001 0.001 0.001 0.068 64 R 0.001 0.002 0.001 0.025 0.120 0.182 0.021 0.001 0.001 0.001 0.648 65 I 0.002 0.001 0.001 0.029 0.264 0.636 0.004 0.001 0.001 0.001 0.063 66 E 0.005 0.003 0.001 0.056 0.134 0.261 0.128 0.001 0.001 0.002 0.409 67 D 0.027 0.002 0.001 0.016 0.021 0.041 0.091 0.001 0.001 0.012 0.788 68 S 0.515 0.001 0.009 0.018 0.015 0.049 0.100 0.001 0.001 0.058 0.233 69 I 0.684 0.002 0.022 0.026 0.015 0.009 0.082 0.001 0.001 0.005 0.156 70 P 0.002 0.001 0.001 0.014 0.005 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.962 71 V 0.019 0.001 0.002 0.150 0.148 0.253 0.019 0.001 0.001 0.001 0.408 72 L 0.015 0.001 0.001 0.473 0.066 0.152 0.053 0.001 0.001 0.002 0.237 73 L 0.006 0.002 0.001 0.174 0.229 0.253 0.110 0.001 0.001 0.002 0.223 74 P 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.951 75 E 0.010 0.002 0.001 0.134 0.023 0.230 0.127 0.001 0.001 0.003 0.471 76 E 0.284 0.015 0.001 0.054 0.003 0.007 0.220 0.001 0.001 0.010 0.407 77 A 0.486 0.174 0.004 0.035 0.006 0.009 0.044 0.003 0.001 0.003 0.237 78 I 0.235 0.343 0.025 0.051 0.017 0.028 0.047 0.009 0.001 0.003 0.242 79 A 0.067 0.255 0.004 0.042 0.026 0.034 0.065 0.009 0.001 0.002 0.496 80 T 0.074 0.189 0.006 0.043 0.021 0.039 0.041 0.008 0.001 0.002 0.577 81 I 0.082 0.360 0.013 0.085 0.029 0.061 0.086 0.009 0.001 0.004 0.271 82 Q 0.067 0.221 0.015 0.061 0.033 0.053 0.130 0.008 0.001 0.004 0.409 83 I 0.118 0.391 0.026 0.070 0.023 0.051 0.038 0.013 0.001 0.004 0.266 84 A 0.143 0.347 0.015 0.080 0.025 0.063 0.053 0.015 0.001 0.005 0.254 85 N 0.293 0.106 0.013 0.033 0.010 0.022 0.058 0.023 0.001 0.005 0.435 86 F 0.364 0.069 0.043 0.024 0.025 0.032 0.036 0.013 0.001 0.004 0.389 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 88 D 0.028 0.004 0.003 0.016 0.010 0.025 0.131 0.001 0.001 0.001 0.782 89 K 0.241 0.020 0.003 0.015 0.008 0.014 0.090 0.001 0.001 0.012 0.596