# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.057 0.031 0.020 0.036 0.109 0.008 0.664 2 D 0.064 0.097 0.019 0.028 0.044 0.218 0.008 0.522 3 R 0.024 0.093 0.012 0.008 0.016 0.047 0.002 0.798 4 K 0.015 0.117 0.006 0.003 0.007 0.470 0.003 0.379 5 L 0.134 0.401 0.006 0.003 0.005 0.265 0.010 0.175 6 L 0.038 0.847 0.020 0.006 0.013 0.010 0.003 0.062 7 H 0.020 0.843 0.049 0.012 0.014 0.010 0.004 0.048 8 L 0.057 0.750 0.047 0.013 0.018 0.004 0.014 0.098 9 L 0.086 0.710 0.059 0.023 0.030 0.009 0.030 0.054 10 C 0.094 0.349 0.170 0.053 0.070 0.023 0.054 0.187 11 S 0.067 0.064 0.491 0.062 0.054 0.070 0.018 0.174 12 P 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.987 13 D 0.013 0.005 0.047 0.014 0.027 0.212 0.006 0.675 14 T 0.226 0.009 0.023 0.010 0.009 0.380 0.020 0.323 15 R 0.433 0.041 0.023 0.010 0.024 0.056 0.049 0.365 16 Q 0.180 0.028 0.042 0.037 0.032 0.264 0.008 0.409 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 L 0.033 0.030 0.032 0.108 0.303 0.137 0.003 0.354 19 S 0.139 0.100 0.043 0.042 0.052 0.140 0.004 0.480 20 L 0.150 0.173 0.020 0.013 0.028 0.040 0.007 0.569 21 L 0.173 0.409 0.055 0.018 0.061 0.064 0.010 0.208 22 E 0.183 0.347 0.012 0.011 0.022 0.128 0.021 0.275 23 S 0.152 0.454 0.011 0.004 0.009 0.037 0.032 0.301 24 K 0.062 0.255 0.012 0.001 0.002 0.128 0.025 0.515 25 G 0.096 0.150 0.009 0.002 0.002 0.227 0.021 0.493 26 L 0.075 0.493 0.054 0.004 0.007 0.061 0.006 0.299 27 E 0.033 0.737 0.025 0.008 0.007 0.054 0.003 0.133 28 A 0.025 0.799 0.005 0.001 0.002 0.016 0.002 0.150 29 L 0.015 0.949 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.024 30 N 0.020 0.918 0.004 0.001 0.002 0.007 0.006 0.041 31 K 0.025 0.897 0.014 0.002 0.002 0.006 0.007 0.046 32 A 0.042 0.815 0.023 0.003 0.004 0.010 0.018 0.085 33 I 0.056 0.817 0.025 0.007 0.008 0.009 0.015 0.064 34 A 0.032 0.838 0.032 0.011 0.013 0.010 0.010 0.053 35 S 0.062 0.642 0.042 0.011 0.016 0.013 0.054 0.161 36 G 0.375 0.173 0.053 0.024 0.026 0.018 0.167 0.166 37 T 0.321 0.081 0.103 0.074 0.032 0.154 0.043 0.191 38 V 0.020 0.042 0.088 0.215 0.160 0.040 0.006 0.429 39 Q 0.020 0.030 0.057 0.241 0.353 0.106 0.004 0.189 40 R 0.045 0.037 0.035 0.182 0.233 0.102 0.006 0.360 41 A 0.053 0.064 0.046 0.104 0.214 0.156 0.014 0.350 42 D 0.036 0.030 0.021 0.041 0.065 0.121 0.020 0.666 43 G 0.168 0.022 0.021 0.020 0.038 0.066 0.088 0.577 44 S 0.179 0.017 0.028 0.024 0.018 0.504 0.016 0.215 45 I 0.023 0.014 0.016 0.019 0.029 0.117 0.004 0.778 46 Q 0.048 0.044 0.044 0.087 0.294 0.221 0.004 0.258 47 N 0.104 0.085 0.036 0.055 0.122 0.127 0.006 0.465 48 Q 0.153 0.175 0.046 0.076 0.131 0.080 0.012 0.328 49 S 0.051 0.071 0.011 0.013 0.029 0.087 0.009 0.729 50 L 0.079 0.177 0.046 0.065 0.159 0.053 0.016 0.405 51 H 0.059 0.171 0.062 0.063 0.093 0.154 0.013 0.384 52 E 0.091 0.174 0.045 0.045 0.050 0.146 0.029 0.419 53 A 0.314 0.188 0.141 0.037 0.058 0.029 0.048 0.185 54 L 0.125 0.154 0.272 0.127 0.104 0.037 0.021 0.160 55 I 0.033 0.067 0.215 0.261 0.228 0.049 0.007 0.141 56 T 0.022 0.029 0.094 0.338 0.347 0.032 0.006 0.133 57 R 0.021 0.015 0.078 0.140 0.169 0.107 0.007 0.463 58 D 0.013 0.008 0.046 0.070 0.071 0.297 0.009 0.486 59 R 0.082 0.006 0.025 0.025 0.023 0.259 0.023 0.557 60 K 0.047 0.005 0.008 0.008 0.006 0.817 0.012 0.098 61 Q 0.376 0.019 0.034 0.032 0.048 0.306 0.040 0.145 62 V 0.053 0.029 0.262 0.094 0.170 0.045 0.007 0.341 63 F 0.008 0.004 0.241 0.345 0.287 0.033 0.001 0.082 64 R 0.006 0.002 0.089 0.067 0.144 0.028 0.001 0.663 65 I 0.003 0.003 0.076 0.323 0.480 0.029 0.001 0.086 66 E 0.013 0.006 0.114 0.110 0.148 0.175 0.004 0.430 67 D 0.049 0.007 0.064 0.047 0.062 0.160 0.012 0.598 68 S 0.316 0.011 0.119 0.022 0.062 0.111 0.055 0.304 69 I 0.162 0.009 0.205 0.115 0.087 0.135 0.009 0.278 70 P 0.001 0.001 0.018 0.007 0.014 0.011 0.001 0.949 71 V 0.020 0.003 0.191 0.096 0.202 0.047 0.001 0.439 72 L 0.024 0.009 0.471 0.050 0.108 0.064 0.001 0.273 73 L 0.025 0.009 0.185 0.051 0.077 0.132 0.002 0.519 74 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.992 75 E 0.011 0.008 0.012 0.004 0.013 0.502 0.003 0.447 76 E 0.317 0.041 0.010 0.004 0.005 0.257 0.019 0.347 77 A 0.341 0.348 0.047 0.004 0.010 0.022 0.017 0.212 78 I 0.073 0.522 0.102 0.018 0.029 0.039 0.006 0.209 79 A 0.060 0.458 0.026 0.013 0.025 0.039 0.011 0.367 80 T 0.075 0.623 0.029 0.008 0.019 0.015 0.018 0.214 81 I 0.100 0.525 0.083 0.013 0.017 0.034 0.030 0.198 82 Q 0.092 0.386 0.136 0.030 0.022 0.069 0.025 0.238 83 I 0.114 0.385 0.137 0.030 0.037 0.031 0.020 0.247 84 A 0.124 0.317 0.084 0.034 0.040 0.069 0.027 0.305 85 N 0.144 0.129 0.042 0.016 0.030 0.077 0.045 0.517 86 F 0.264 0.059 0.066 0.020 0.028 0.100 0.041 0.422 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 88 D 0.018 0.007 0.015 0.018 0.029 0.099 0.004 0.810 89 K 0.167 0.017 0.023 0.013 0.016 0.082 0.006 0.675