# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.225 0.216 0.262 0.085 0.133 0.033 0.007 0.003 0.029 0.007 0.001 2 D 0.267 0.043 0.432 0.034 0.013 0.137 0.007 0.001 0.061 0.004 0.001 3 R 0.991 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.974 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.983 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 H 0.976 0.009 0.003 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 8 L 0.920 0.024 0.024 0.020 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 9 L 0.575 0.029 0.062 0.302 0.006 0.013 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 10 C 0.273 0.132 0.127 0.336 0.055 0.026 0.018 0.002 0.029 0.002 0.001 11 S 0.033 0.115 0.415 0.009 0.026 0.085 0.023 0.001 0.287 0.006 0.001 12 P 0.770 0.001 0.181 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 13 D 0.612 0.030 0.044 0.252 0.007 0.007 0.027 0.012 0.009 0.001 0.001 14 T 0.182 0.053 0.075 0.571 0.042 0.011 0.045 0.007 0.011 0.002 0.001 15 R 0.140 0.137 0.180 0.262 0.022 0.029 0.182 0.020 0.021 0.004 0.005 16 Q 0.009 0.359 0.376 0.003 0.075 0.009 0.007 0.001 0.158 0.003 0.001 17 P 0.068 0.004 0.819 0.006 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 18 L 0.063 0.462 0.292 0.071 0.047 0.032 0.012 0.004 0.016 0.001 0.001 19 S 0.036 0.449 0.376 0.007 0.050 0.053 0.003 0.001 0.023 0.002 0.001 20 L 0.167 0.141 0.467 0.028 0.007 0.169 0.003 0.001 0.011 0.001 0.004 21 L 0.442 0.243 0.126 0.086 0.031 0.047 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 22 E 0.602 0.106 0.169 0.054 0.020 0.025 0.009 0.001 0.012 0.002 0.001 23 S 0.865 0.020 0.035 0.054 0.010 0.005 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 24 K 0.843 0.012 0.032 0.098 0.002 0.002 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 25 G 0.739 0.009 0.036 0.039 0.061 0.011 0.018 0.051 0.005 0.030 0.001 26 L 0.978 0.003 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.984 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.983 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.973 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 N 0.974 0.004 0.012 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.985 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.958 0.003 0.006 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.917 0.012 0.012 0.049 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 34 A 0.832 0.024 0.042 0.068 0.006 0.006 0.014 0.001 0.005 0.002 0.001 35 S 0.270 0.026 0.063 0.526 0.015 0.007 0.073 0.009 0.008 0.003 0.001 36 G 0.072 0.008 0.035 0.028 0.091 0.005 0.072 0.586 0.003 0.100 0.001 37 T 0.279 0.201 0.283 0.149 0.026 0.037 0.009 0.002 0.011 0.001 0.001 38 V 0.170 0.481 0.197 0.068 0.036 0.019 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 39 Q 0.246 0.400 0.207 0.043 0.033 0.041 0.006 0.001 0.020 0.001 0.002 40 R 0.232 0.239 0.283 0.091 0.050 0.046 0.024 0.004 0.025 0.003 0.003 41 A 0.488 0.201 0.168 0.053 0.031 0.011 0.009 0.002 0.029 0.006 0.002 42 D 0.116 0.064 0.171 0.425 0.012 0.015 0.175 0.003 0.014 0.002 0.003 43 G 0.002 0.001 0.003 0.003 0.025 0.001 0.067 0.795 0.001 0.103 0.001 44 S 0.064 0.220 0.577 0.060 0.025 0.033 0.008 0.002 0.008 0.002 0.001 45 I 0.132 0.312 0.375 0.092 0.012 0.059 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 46 Q 0.220 0.444 0.174 0.076 0.041 0.025 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 47 N 0.200 0.138 0.191 0.173 0.057 0.137 0.068 0.016 0.011 0.006 0.003 48 Q 0.186 0.344 0.236 0.037 0.116 0.024 0.018 0.004 0.030 0.004 0.001 49 S 0.245 0.077 0.521 0.012 0.008 0.109 0.005 0.001 0.020 0.002 0.002 50 L 0.840 0.026 0.049 0.069 0.004 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 51 H 0.896 0.036 0.031 0.022 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 52 E 0.757 0.049 0.023 0.126 0.023 0.004 0.013 0.002 0.004 0.001 0.001 53 A 0.497 0.161 0.165 0.058 0.083 0.010 0.009 0.003 0.013 0.001 0.001 54 L 0.354 0.334 0.162 0.072 0.015 0.037 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 55 I 0.177 0.527 0.170 0.036 0.027 0.038 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 56 T 0.157 0.312 0.216 0.147 0.054 0.071 0.013 0.002 0.024 0.002 0.001 57 R 0.247 0.229 0.228 0.110 0.060 0.038 0.037 0.006 0.037 0.006 0.002 58 D 0.318 0.089 0.140 0.173 0.046 0.046 0.127 0.013 0.034 0.011 0.002 59 R 0.494 0.054 0.138 0.227 0.023 0.015 0.031 0.006 0.007 0.003 0.001 60 K 0.323 0.133 0.134 0.333 0.012 0.014 0.039 0.003 0.007 0.001 0.001 61 Q 0.124 0.301 0.192 0.261 0.044 0.025 0.033 0.001 0.018 0.001 0.001 62 V 0.051 0.516 0.281 0.047 0.019 0.040 0.028 0.001 0.017 0.001 0.001 63 F 0.013 0.580 0.234 0.008 0.119 0.029 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 64 R 0.016 0.152 0.539 0.004 0.014 0.250 0.002 0.001 0.019 0.001 0.003 65 I 0.108 0.423 0.281 0.015 0.014 0.097 0.002 0.001 0.057 0.001 0.002 66 E 0.473 0.144 0.208 0.101 0.015 0.014 0.009 0.001 0.025 0.004 0.006 67 D 0.073 0.029 0.045 0.276 0.096 0.009 0.319 0.101 0.017 0.033 0.004 68 S 0.008 0.022 0.050 0.065 0.024 0.019 0.626 0.171 0.006 0.008 0.002 69 I 0.003 0.430 0.386 0.001 0.121 0.005 0.001 0.001 0.044 0.008 0.001 70 P 0.004 0.002 0.836 0.002 0.001 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 71 V 0.013 0.678 0.152 0.023 0.082 0.035 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 72 L 0.008 0.578 0.293 0.009 0.023 0.066 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 73 L 0.008 0.260 0.460 0.003 0.030 0.098 0.001 0.001 0.138 0.001 0.001 74 P 0.377 0.010 0.536 0.012 0.008 0.032 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 75 E 0.954 0.007 0.024 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.774 0.022 0.014 0.181 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.703 0.089 0.061 0.069 0.044 0.008 0.013 0.004 0.008 0.001 0.001 78 I 0.735 0.160 0.059 0.013 0.002 0.014 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 79 A 0.718 0.083 0.121 0.025 0.021 0.017 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 80 T 0.692 0.066 0.071 0.125 0.015 0.018 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 81 I 0.637 0.150 0.072 0.093 0.020 0.010 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 82 Q 0.540 0.143 0.148 0.056 0.031 0.042 0.017 0.003 0.019 0.002 0.001 83 I 0.539 0.155 0.116 0.137 0.013 0.016 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 84 A 0.522 0.137 0.151 0.089 0.033 0.015 0.030 0.005 0.012 0.004 0.002 85 N 0.220 0.091 0.148 0.373 0.035 0.049 0.047 0.012 0.017 0.004 0.003 86 F 0.033 0.178 0.427 0.010 0.054 0.017 0.012 0.001 0.261 0.007 0.001 87 P 0.592 0.003 0.349 0.017 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 88 D 0.395 0.061 0.133 0.301 0.013 0.026 0.043 0.015 0.010 0.002 0.001 89 K 0.375 0.150 0.214 0.149 0.045 0.015 0.022 0.008 0.018 0.004 0.001