# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.357 0.140 0.016 0.129 0.022 0.026 0.058 0.032 0.128 0.043 2 D 0.157 0.258 0.051 0.006 0.461 0.002 0.002 0.030 0.009 0.007 0.020 3 R 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.445 0.526 0.011 0.001 4 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.029 0.813 0.120 0.023 0.001 5 L 0.014 0.007 0.002 0.001 0.011 0.002 0.004 0.716 0.137 0.100 0.007 6 L 0.016 0.017 0.008 0.007 0.019 0.012 0.021 0.752 0.130 0.012 0.007 7 H 0.018 0.023 0.012 0.008 0.036 0.011 0.042 0.662 0.146 0.034 0.007 8 L 0.083 0.020 0.006 0.005 0.063 0.004 0.104 0.609 0.060 0.039 0.007 9 L 0.177 0.106 0.016 0.005 0.258 0.006 0.044 0.266 0.046 0.043 0.032 10 C 0.089 0.167 0.051 0.019 0.194 0.023 0.051 0.189 0.069 0.085 0.062 11 S 0.068 0.286 0.257 0.017 0.241 0.005 0.007 0.046 0.023 0.016 0.035 12 P 0.029 0.078 0.028 0.005 0.051 0.015 0.092 0.387 0.276 0.026 0.013 13 D 0.043 0.113 0.049 0.018 0.053 0.037 0.109 0.175 0.149 0.214 0.042 14 T 0.065 0.293 0.070 0.033 0.197 0.018 0.042 0.074 0.058 0.106 0.044 15 R 0.133 0.071 0.058 0.067 0.094 0.034 0.045 0.095 0.084 0.209 0.109 16 Q 0.027 0.413 0.265 0.043 0.112 0.021 0.021 0.035 0.024 0.019 0.019 17 P 0.163 0.223 0.059 0.010 0.312 0.009 0.016 0.085 0.046 0.040 0.037 18 L 0.136 0.229 0.038 0.007 0.271 0.015 0.031 0.133 0.068 0.036 0.035 19 S 0.076 0.364 0.080 0.002 0.324 0.004 0.012 0.081 0.014 0.007 0.037 20 L 0.096 0.058 0.009 0.003 0.067 0.004 0.012 0.434 0.167 0.102 0.047 21 L 0.021 0.094 0.026 0.008 0.069 0.022 0.040 0.514 0.144 0.047 0.013 22 E 0.041 0.063 0.030 0.006 0.057 0.011 0.023 0.518 0.097 0.137 0.018 23 S 0.007 0.018 0.008 0.002 0.015 0.003 0.016 0.795 0.111 0.021 0.005 24 K 0.003 0.026 0.011 0.003 0.004 0.009 0.015 0.800 0.107 0.020 0.003 25 G 0.004 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.825 0.083 0.066 0.004 26 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.064 0.005 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.957 0.038 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.965 0.023 0.004 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.038 0.011 0.001 30 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.055 0.002 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.940 0.049 0.002 0.001 32 A 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.945 0.022 0.006 0.001 33 I 0.014 0.006 0.004 0.002 0.012 0.003 0.026 0.821 0.082 0.024 0.008 34 A 0.004 0.004 0.003 0.005 0.004 0.011 0.088 0.812 0.050 0.018 0.003 35 S 0.012 0.469 0.118 0.028 0.050 0.024 0.066 0.151 0.038 0.036 0.009 36 G 0.044 0.046 0.070 0.072 0.036 0.037 0.019 0.066 0.055 0.348 0.205 37 T 0.157 0.226 0.060 0.008 0.272 0.010 0.027 0.111 0.049 0.035 0.045 38 V 0.159 0.131 0.027 0.006 0.252 0.011 0.023 0.162 0.114 0.065 0.051 39 Q 0.103 0.171 0.054 0.017 0.255 0.031 0.057 0.158 0.063 0.051 0.040 40 R 0.250 0.127 0.115 0.016 0.200 0.012 0.025 0.110 0.034 0.048 0.064 41 A 0.032 0.087 0.106 0.135 0.056 0.138 0.068 0.230 0.067 0.057 0.026 42 D 0.006 0.279 0.139 0.221 0.022 0.082 0.149 0.063 0.021 0.012 0.005 43 G 0.010 0.006 0.010 0.028 0.005 0.011 0.006 0.016 0.019 0.726 0.163 44 S 0.056 0.525 0.059 0.005 0.283 0.004 0.008 0.014 0.009 0.018 0.018 45 I 0.369 0.104 0.018 0.004 0.342 0.009 0.010 0.031 0.023 0.026 0.065 46 Q 0.110 0.255 0.072 0.030 0.263 0.051 0.068 0.057 0.036 0.026 0.034 47 N 0.214 0.088 0.038 0.026 0.244 0.025 0.030 0.071 0.042 0.143 0.080 48 Q 0.073 0.370 0.097 0.018 0.300 0.011 0.015 0.037 0.019 0.027 0.031 49 S 0.142 0.250 0.074 0.006 0.307 0.007 0.012 0.084 0.033 0.026 0.059 50 L 0.124 0.097 0.023 0.011 0.149 0.020 0.032 0.263 0.174 0.064 0.042 51 H 0.049 0.095 0.060 0.039 0.083 0.061 0.141 0.273 0.119 0.058 0.020 52 E 0.104 0.039 0.016 0.014 0.074 0.024 0.046 0.182 0.138 0.289 0.074 53 A 0.061 0.329 0.026 0.007 0.352 0.011 0.019 0.096 0.054 0.026 0.020 54 L 0.226 0.081 0.016 0.004 0.384 0.005 0.023 0.111 0.051 0.053 0.045 55 I 0.208 0.156 0.051 0.014 0.283 0.014 0.038 0.065 0.034 0.059 0.077 56 T 0.057 0.325 0.215 0.045 0.182 0.022 0.029 0.052 0.019 0.023 0.032 57 R 0.034 0.065 0.043 0.040 0.057 0.078 0.171 0.274 0.126 0.091 0.023 58 D 0.128 0.123 0.076 0.021 0.216 0.013 0.022 0.088 0.082 0.168 0.062 59 R 0.061 0.035 0.015 0.008 0.066 0.011 0.016 0.239 0.409 0.113 0.027 60 K 0.044 0.057 0.029 0.028 0.058 0.079 0.106 0.295 0.169 0.109 0.026 61 Q 0.164 0.104 0.027 0.015 0.301 0.026 0.036 0.110 0.049 0.129 0.038 62 V 0.369 0.094 0.017 0.006 0.362 0.009 0.018 0.039 0.016 0.032 0.038 63 F 0.080 0.347 0.121 0.004 0.382 0.004 0.005 0.014 0.005 0.004 0.035 64 R 0.196 0.252 0.064 0.004 0.373 0.003 0.006 0.026 0.010 0.010 0.056 65 I 0.225 0.164 0.067 0.015 0.202 0.024 0.045 0.105 0.056 0.044 0.055 66 E 0.044 0.081 0.084 0.118 0.059 0.158 0.129 0.153 0.080 0.067 0.027 67 D 0.022 0.182 0.139 0.192 0.050 0.080 0.147 0.086 0.039 0.046 0.016 68 S 0.045 0.024 0.032 0.086 0.025 0.033 0.019 0.024 0.044 0.511 0.158 69 I 0.048 0.479 0.157 0.033 0.180 0.016 0.015 0.017 0.017 0.019 0.020 70 P 0.242 0.151 0.025 0.007 0.386 0.014 0.023 0.034 0.029 0.036 0.053 71 V 0.184 0.194 0.012 0.002 0.548 0.003 0.009 0.014 0.008 0.009 0.019 72 L 0.189 0.244 0.079 0.005 0.367 0.007 0.012 0.016 0.004 0.015 0.063 73 L 0.024 0.603 0.258 0.006 0.071 0.002 0.001 0.009 0.002 0.005 0.019 74 P 0.031 0.125 0.026 0.012 0.056 0.015 0.020 0.565 0.112 0.022 0.017 75 E 0.003 0.014 0.007 0.002 0.006 0.005 0.014 0.708 0.227 0.012 0.002 76 E 0.005 0.007 0.004 0.001 0.006 0.002 0.027 0.776 0.124 0.043 0.004 77 A 0.012 0.011 0.005 0.002 0.015 0.005 0.010 0.722 0.126 0.086 0.007 78 I 0.013 0.030 0.011 0.007 0.025 0.015 0.033 0.677 0.155 0.026 0.008 79 A 0.025 0.051 0.022 0.005 0.030 0.006 0.059 0.680 0.070 0.043 0.007 80 T 0.031 0.021 0.007 0.002 0.035 0.003 0.018 0.657 0.133 0.081 0.011 81 I 0.032 0.060 0.009 0.004 0.049 0.008 0.032 0.643 0.132 0.023 0.009 82 Q 0.036 0.039 0.012 0.003 0.056 0.008 0.038 0.600 0.134 0.056 0.019 83 I 0.028 0.023 0.009 0.004 0.037 0.013 0.030 0.478 0.254 0.109 0.016 84 A 0.024 0.071 0.026 0.014 0.058 0.028 0.138 0.405 0.161 0.059 0.016 85 N 0.051 0.057 0.036 0.012 0.067 0.020 0.067 0.133 0.085 0.418 0.055 86 F 0.078 0.347 0.124 0.009 0.282 0.006 0.012 0.044 0.026 0.037 0.036 87 P 0.076 0.174 0.053 0.016 0.138 0.022 0.043 0.221 0.169 0.057 0.030 88 D 0.066 0.069 0.030 0.012 0.089 0.021 0.062 0.275 0.209 0.129 0.037 89 K 0.058 0.103 0.030 0.012 0.117 0.019 0.042 0.285 0.163 0.140 0.032