# TARGET T0464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.24702 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.202 0.107 0.108 0.143 0.156 0.128 0.073 0.043 0.026 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 2 D 0.196 0.169 0.187 0.158 0.108 0.093 0.045 0.018 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 R 0.264 0.172 0.157 0.159 0.113 0.071 0.034 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 4 K 0.221 0.234 0.205 0.141 0.086 0.062 0.027 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.040 0.031 0.042 0.081 0.126 0.165 0.173 0.179 0.079 0.035 0.028 0.010 0.008 0.002 6 L 0.032 0.045 0.047 0.110 0.153 0.178 0.185 0.131 0.061 0.028 0.015 0.009 0.004 0.002 7 H 0.169 0.126 0.141 0.159 0.130 0.113 0.061 0.042 0.030 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 8 L 0.053 0.040 0.051 0.102 0.148 0.146 0.155 0.116 0.073 0.051 0.031 0.021 0.010 0.004 9 L 0.042 0.030 0.046 0.066 0.117 0.154 0.163 0.150 0.087 0.053 0.054 0.020 0.013 0.006 10 C 0.083 0.072 0.069 0.103 0.146 0.143 0.140 0.106 0.063 0.039 0.020 0.009 0.005 0.002 11 S 0.104 0.083 0.082 0.131 0.158 0.139 0.113 0.089 0.048 0.026 0.017 0.006 0.003 0.002 12 P 0.143 0.106 0.128 0.159 0.161 0.129 0.074 0.047 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 13 D 0.203 0.137 0.180 0.157 0.121 0.093 0.050 0.031 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 14 T 0.231 0.118 0.119 0.141 0.146 0.102 0.069 0.034 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 15 R 0.272 0.166 0.178 0.130 0.100 0.064 0.041 0.022 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.321 0.167 0.155 0.119 0.090 0.060 0.040 0.023 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 17 P 0.092 0.121 0.117 0.187 0.176 0.135 0.082 0.044 0.028 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 18 L 0.060 0.049 0.048 0.108 0.140 0.159 0.152 0.126 0.071 0.038 0.028 0.013 0.007 0.002 19 S 0.280 0.190 0.231 0.113 0.073 0.055 0.024 0.015 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 20 L 0.082 0.070 0.095 0.160 0.186 0.125 0.110 0.080 0.053 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 21 L 0.066 0.086 0.067 0.168 0.233 0.167 0.097 0.065 0.034 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 22 E 0.346 0.246 0.154 0.081 0.053 0.077 0.024 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 S 0.406 0.158 0.179 0.103 0.074 0.041 0.027 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.565 0.164 0.176 0.045 0.025 0.013 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 G 0.142 0.153 0.145 0.187 0.153 0.125 0.059 0.017 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.031 0.041 0.036 0.129 0.216 0.221 0.167 0.106 0.036 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 27 E 0.430 0.250 0.182 0.065 0.034 0.023 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.209 0.191 0.195 0.176 0.111 0.068 0.025 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.018 0.019 0.023 0.082 0.143 0.198 0.231 0.164 0.073 0.021 0.018 0.005 0.003 0.001 30 N 0.034 0.074 0.119 0.212 0.240 0.166 0.080 0.042 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 31 K 0.595 0.223 0.098 0.038 0.018 0.018 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.088 0.114 0.139 0.218 0.211 0.142 0.050 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.042 0.036 0.052 0.096 0.164 0.181 0.187 0.144 0.057 0.020 0.014 0.004 0.003 0.001 34 A 0.191 0.156 0.153 0.166 0.148 0.094 0.048 0.024 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 35 S 0.417 0.177 0.115 0.097 0.071 0.059 0.031 0.015 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 36 G 0.158 0.100 0.120 0.145 0.161 0.138 0.084 0.043 0.026 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 37 T 0.112 0.111 0.165 0.177 0.170 0.120 0.067 0.041 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 38 V 0.119 0.069 0.057 0.100 0.136 0.135 0.133 0.113 0.066 0.034 0.024 0.008 0.004 0.001 39 Q 0.199 0.152 0.146 0.153 0.129 0.089 0.059 0.036 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 40 R 0.265 0.155 0.167 0.143 0.108 0.071 0.039 0.022 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 41 A 0.152 0.129 0.110 0.194 0.174 0.110 0.059 0.038 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 42 D 0.332 0.202 0.153 0.116 0.082 0.055 0.033 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 43 G 0.530 0.184 0.119 0.065 0.040 0.030 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.576 0.178 0.095 0.058 0.039 0.024 0.019 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 I 0.184 0.134 0.116 0.147 0.147 0.129 0.073 0.041 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 46 Q 0.165 0.111 0.131 0.159 0.164 0.119 0.068 0.038 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 47 N 0.259 0.163 0.156 0.149 0.113 0.071 0.043 0.020 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.284 0.183 0.144 0.130 0.101 0.072 0.042 0.020 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 49 S 0.074 0.105 0.112 0.177 0.188 0.145 0.084 0.058 0.029 0.017 0.005 0.003 0.002 0.001 50 L 0.033 0.030 0.032 0.075 0.119 0.157 0.182 0.178 0.086 0.048 0.035 0.014 0.008 0.003 51 H 0.076 0.095 0.128 0.160 0.159 0.141 0.094 0.061 0.050 0.020 0.011 0.004 0.001 0.001 52 E 0.077 0.071 0.098 0.133 0.157 0.137 0.112 0.081 0.059 0.036 0.021 0.010 0.005 0.002 53 A 0.035 0.033 0.045 0.085 0.134 0.151 0.167 0.132 0.084 0.059 0.039 0.020 0.011 0.004 54 L 0.034 0.035 0.050 0.084 0.122 0.145 0.150 0.152 0.096 0.060 0.036 0.019 0.012 0.005 55 I 0.046 0.044 0.036 0.075 0.133 0.147 0.166 0.152 0.093 0.049 0.035 0.014 0.008 0.004 56 T 0.103 0.140 0.149 0.177 0.155 0.120 0.066 0.042 0.029 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 57 R 0.173 0.154 0.150 0.177 0.139 0.109 0.052 0.024 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 58 D 0.215 0.153 0.215 0.149 0.105 0.081 0.047 0.014 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 59 R 0.175 0.146 0.188 0.178 0.138 0.088 0.050 0.018 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.368 0.231 0.155 0.086 0.057 0.047 0.032 0.009 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.069 0.078 0.091 0.155 0.195 0.172 0.110 0.068 0.034 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 62 V 0.027 0.024 0.033 0.073 0.122 0.145 0.171 0.187 0.093 0.056 0.034 0.019 0.012 0.004 63 F 0.094 0.057 0.058 0.102 0.122 0.124 0.114 0.114 0.084 0.058 0.030 0.028 0.011 0.004 64 R 0.097 0.100 0.101 0.130 0.143 0.126 0.103 0.087 0.053 0.026 0.019 0.009 0.003 0.002 65 I 0.022 0.020 0.023 0.051 0.111 0.141 0.177 0.152 0.123 0.070 0.068 0.021 0.014 0.006 66 E 0.043 0.094 0.125 0.185 0.184 0.150 0.095 0.058 0.039 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 67 D 0.197 0.185 0.144 0.160 0.112 0.087 0.050 0.029 0.018 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 68 S 0.049 0.079 0.091 0.145 0.176 0.166 0.129 0.081 0.049 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 69 I 0.017 0.019 0.033 0.065 0.124 0.173 0.200 0.166 0.102 0.057 0.024 0.011 0.006 0.003 70 P 0.034 0.038 0.050 0.097 0.145 0.153 0.173 0.140 0.084 0.051 0.018 0.009 0.005 0.002 71 V 0.087 0.051 0.055 0.089 0.110 0.106 0.124 0.111 0.085 0.074 0.046 0.038 0.018 0.007 72 L 0.046 0.044 0.050 0.073 0.108 0.138 0.134 0.146 0.097 0.059 0.044 0.036 0.016 0.008 73 L 0.019 0.019 0.022 0.038 0.076 0.121 0.192 0.184 0.140 0.078 0.069 0.021 0.014 0.007 74 P 0.043 0.072 0.073 0.162 0.183 0.181 0.131 0.081 0.044 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 75 E 0.267 0.173 0.202 0.126 0.078 0.073 0.036 0.017 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 76 E 0.089 0.100 0.145 0.192 0.192 0.139 0.070 0.038 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 77 A 0.053 0.054 0.057 0.116 0.165 0.182 0.156 0.120 0.055 0.025 0.010 0.005 0.003 0.001 78 I 0.095 0.083 0.068 0.117 0.161 0.144 0.147 0.103 0.042 0.020 0.012 0.005 0.003 0.001 79 A 0.219 0.149 0.151 0.134 0.114 0.096 0.052 0.034 0.028 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 80 T 0.071 0.062 0.087 0.139 0.177 0.154 0.121 0.087 0.049 0.027 0.015 0.007 0.003 0.002 81 I 0.112 0.077 0.091 0.124 0.163 0.141 0.119 0.077 0.045 0.025 0.017 0.006 0.003 0.002 82 Q 0.117 0.116 0.138 0.155 0.173 0.121 0.080 0.050 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 83 I 0.074 0.048 0.047 0.088 0.137 0.140 0.166 0.136 0.081 0.039 0.029 0.009 0.006 0.002 84 A 0.174 0.155 0.150 0.180 0.146 0.094 0.050 0.025 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 85 N 0.399 0.199 0.142 0.098 0.070 0.049 0.022 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 F 0.217 0.153 0.127 0.167 0.155 0.093 0.049 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 P 0.536 0.181 0.099 0.072 0.049 0.031 0.022 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.635 0.174 0.088 0.039 0.025 0.021 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.459 0.176 0.143 0.083 0.064 0.038 0.023 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001