# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7645 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.018 0.257 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.095 0.002 0.595 0.017 2 K 0.003 0.009 0.638 0.002 0.008 0.004 0.002 0.001 0.010 0.019 0.006 0.011 0.288 3 L 0.009 0.009 0.107 0.026 0.572 0.061 0.002 0.001 0.004 0.016 0.030 0.092 0.072 4 S 0.009 0.003 0.042 0.025 0.721 0.040 0.001 0.001 0.008 0.016 0.064 0.027 0.041 5 R 0.039 0.015 0.118 0.005 0.259 0.040 0.007 0.002 0.022 0.072 0.104 0.143 0.174 6 L 0.019 0.128 0.393 0.005 0.055 0.022 0.003 0.004 0.026 0.107 0.041 0.061 0.135 7 V 0.004 0.018 0.714 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.005 0.106 0.019 0.081 0.036 8 P 0.001 0.003 0.042 0.019 0.037 0.007 0.001 0.001 0.002 0.088 0.780 0.008 0.014 9 G 0.001 0.001 0.049 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.837 0.002 0.003 10 V 0.002 0.007 0.521 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.016 0.280 0.022 0.110 0.019 11 P 0.016 0.032 0.276 0.006 0.005 0.001 0.008 0.003 0.137 0.067 0.016 0.018 0.416 12 A 0.090 0.018 0.218 0.054 0.001 0.001 0.058 0.016 0.091 0.035 0.002 0.351 0.066 13 R 0.229 0.003 0.049 0.046 0.001 0.001 0.193 0.030 0.071 0.007 0.001 0.170 0.201 14 I 0.337 0.001 0.009 0.013 0.001 0.001 0.158 0.101 0.071 0.002 0.001 0.027 0.280 15 K 0.442 0.001 0.005 0.101 0.001 0.001 0.069 0.037 0.021 0.002 0.001 0.302 0.020 16 R 0.391 0.001 0.018 0.005 0.001 0.001 0.076 0.036 0.070 0.004 0.002 0.045 0.350 17 L 0.298 0.011 0.081 0.020 0.003 0.004 0.106 0.044 0.101 0.023 0.015 0.142 0.153 18 E 0.169 0.029 0.194 0.047 0.007 0.010 0.023 0.008 0.057 0.080 0.048 0.197 0.131 19 V 0.018 0.013 0.416 0.005 0.018 0.030 0.004 0.001 0.014 0.173 0.159 0.044 0.105 20 S 0.002 0.005 0.374 0.005 0.017 0.082 0.001 0.001 0.006 0.142 0.347 0.007 0.011 21 G 0.002 0.005 0.110 0.004 0.047 0.486 0.001 0.001 0.002 0.162 0.167 0.007 0.010 22 E 0.001 0.005 0.055 0.001 0.031 0.792 0.001 0.001 0.001 0.053 0.048 0.006 0.007 23 L 0.001 0.004 0.031 0.001 0.043 0.877 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.003 0.010 24 H 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 28 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.890 0.001 0.001 0.001 0.002 0.081 0.001 0.002 29 G 0.011 0.002 0.027 0.005 0.070 0.628 0.001 0.001 0.001 0.021 0.212 0.014 0.007 30 M 0.009 0.002 0.070 0.009 0.031 0.234 0.001 0.001 0.003 0.079 0.543 0.007 0.013 31 G 0.013 0.009 0.167 0.004 0.010 0.026 0.001 0.001 0.006 0.147 0.530 0.069 0.017 32 F 0.009 0.077 0.555 0.002 0.017 0.015 0.001 0.002 0.018 0.108 0.098 0.007 0.090 33 V 0.003 0.023 0.650 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.144 0.014 0.115 0.028 34 P 0.001 0.004 0.041 0.107 0.021 0.004 0.001 0.001 0.011 0.087 0.676 0.009 0.037 35 G 0.001 0.001 0.026 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.062 0.866 0.002 0.003 36 E 0.018 0.006 0.400 0.032 0.012 0.001 0.014 0.004 0.071 0.182 0.020 0.199 0.040 37 E 0.094 0.014 0.039 0.004 0.002 0.001 0.031 0.011 0.215 0.019 0.003 0.023 0.546 38 I 0.373 0.007 0.017 0.044 0.001 0.001 0.121 0.057 0.048 0.004 0.001 0.291 0.039 39 E 0.439 0.001 0.006 0.035 0.001 0.001 0.211 0.030 0.022 0.001 0.001 0.136 0.120 40 I 0.533 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.133 0.052 0.020 0.001 0.001 0.030 0.224 41 V 0.571 0.001 0.002 0.235 0.001 0.001 0.031 0.006 0.007 0.001 0.001 0.112 0.032 42 Q 0.327 0.001 0.018 0.003 0.004 0.001 0.014 0.002 0.031 0.006 0.004 0.367 0.222 43 V 0.121 0.022 0.071 0.006 0.004 0.002 0.013 0.002 0.034 0.023 0.018 0.017 0.667 44 A 0.004 0.007 0.119 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.789 0.008 45 P 0.006 0.007 0.215 0.001 0.050 0.004 0.001 0.001 0.002 0.057 0.093 0.004 0.560 46 L 0.003 0.010 0.128 0.015 0.090 0.007 0.001 0.001 0.001 0.209 0.456 0.074 0.008 47 G 0.006 0.012 0.235 0.006 0.082 0.003 0.001 0.001 0.002 0.305 0.263 0.010 0.076 48 D 0.003 0.004 0.610 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.236 0.084 0.022 0.022 49 P 0.013 0.013 0.416 0.064 0.009 0.001 0.005 0.001 0.022 0.150 0.190 0.035 0.082 50 I 0.241 0.007 0.190 0.038 0.008 0.001 0.051 0.002 0.039 0.055 0.065 0.139 0.163 51 V 0.563 0.004 0.009 0.012 0.001 0.001 0.054 0.016 0.021 0.004 0.001 0.172 0.143 52 C 0.684 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.066 0.017 0.008 0.001 0.001 0.108 0.110 53 K 0.688 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.056 0.023 0.016 0.001 0.001 0.079 0.122 54 I 0.341 0.002 0.047 0.030 0.001 0.001 0.034 0.011 0.026 0.006 0.008 0.195 0.299 55 G 0.066 0.002 0.048 0.245 0.002 0.003 0.008 0.002 0.019 0.075 0.321 0.123 0.087 56 N 0.034 0.003 0.061 0.074 0.007 0.002 0.003 0.001 0.009 0.212 0.505 0.026 0.065 57 R 0.138 0.012 0.131 0.042 0.010 0.004 0.008 0.001 0.010 0.188 0.074 0.302 0.079 58 N 0.368 0.020 0.028 0.007 0.006 0.001 0.018 0.003 0.010 0.013 0.005 0.066 0.455 59 I 0.547 0.006 0.016 0.023 0.001 0.002 0.041 0.004 0.007 0.004 0.002 0.245 0.104 60 T 0.499 0.004 0.016 0.032 0.001 0.003 0.021 0.002 0.004 0.002 0.001 0.169 0.247 61 L 0.369 0.004 0.024 0.006 0.005 0.015 0.010 0.001 0.004 0.004 0.005 0.131 0.422 62 R 0.152 0.006 0.131 0.047 0.022 0.060 0.003 0.001 0.011 0.034 0.030 0.182 0.323 63 K 0.068 0.006 0.103 0.014 0.153 0.216 0.001 0.001 0.004 0.081 0.065 0.088 0.200 64 R 0.021 0.007 0.065 0.026 0.180 0.222 0.002 0.001 0.004 0.094 0.254 0.059 0.065 65 E 0.046 0.012 0.109 0.020 0.115 0.162 0.003 0.001 0.009 0.068 0.273 0.065 0.116 66 A 0.112 0.010 0.246 0.036 0.068 0.083 0.006 0.003 0.019 0.081 0.084 0.069 0.183 67 D 0.166 0.006 0.119 0.074 0.018 0.019 0.018 0.004 0.026 0.083 0.094 0.265 0.107 68 L 0.235 0.003 0.067 0.022 0.008 0.006 0.036 0.012 0.074 0.027 0.026 0.028 0.458 69 I 0.440 0.002 0.028 0.071 0.001 0.001 0.051 0.014 0.031 0.010 0.003 0.317 0.032 70 E 0.449 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.103 0.034 0.055 0.004 0.001 0.120 0.212 71 V 0.449 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.172 0.076 0.052 0.002 0.001 0.050 0.180 72 E 0.283 0.006 0.020 0.045 0.001 0.001 0.063 0.059 0.074 0.005 0.001 0.393 0.051 73 V 0.073 0.005 0.093 0.005 0.004 0.002 0.032 0.013 0.091 0.013 0.007 0.052 0.607 74 V 0.024 0.014 0.277 0.045 0.022 0.007 0.007 0.004 0.056 0.110 0.153 0.192 0.089 75 G 0.007 0.008 0.206 0.049 0.049 0.007 0.002 0.001 0.011 0.254 0.322 0.022 0.063 76 G 0.004 0.009 0.170 0.006 0.050 0.008 0.001 0.001 0.003 0.408 0.250 0.070 0.022 77 E 0.013 0.042 0.352 0.004 0.044 0.006 0.001 0.001 0.004 0.253 0.088 0.020 0.172 78 L 0.007 0.020 0.473 0.007 0.009 0.004 0.001 0.001 0.004 0.191 0.014 0.230 0.039 79 P 0.014 0.014 0.550 0.008 0.022 0.010 0.003 0.001 0.010 0.049 0.038 0.026 0.255 80 L 0.045 0.020 0.273 0.029 0.066 0.039 0.008 0.001 0.012 0.063 0.037 0.199 0.207 81 I 0.058 0.023 0.170 0.016 0.085 0.046 0.008 0.001 0.026 0.035 0.025 0.246 0.261 82 L 0.054 0.035 0.144 0.007 0.065 0.070 0.007 0.004 0.039 0.031 0.050 0.095 0.400 83 A 0.023 0.051 0.321 0.017 0.051 0.064 0.006 0.004 0.025 0.085 0.090 0.142 0.122 84 D 0.008 0.012 0.335 0.010 0.052 0.051 0.002 0.001 0.008 0.140 0.282 0.040 0.058 85 D 0.002 0.004 0.087 0.012 0.024 0.020 0.001 0.001 0.002 0.120 0.715 0.006 0.008 86 G 0.002 0.007 0.171 0.005 0.019 0.021 0.001 0.001 0.002 0.176 0.568 0.021 0.008 87 T 0.013 0.041 0.463 0.003 0.031 0.023 0.002 0.001 0.007 0.186 0.076 0.021 0.134 88 Y 0.020 0.046 0.427 0.017 0.015 0.027 0.002 0.001 0.011 0.136 0.026 0.195 0.076 89 E 0.054 0.018 0.221 0.023 0.029 0.058 0.007 0.001 0.016 0.042 0.043 0.104 0.386 90 I 0.111 0.015 0.114 0.028 0.047 0.102 0.010 0.002 0.014 0.028 0.037 0.185 0.307 91 T 0.114 0.021 0.117 0.033 0.052 0.115 0.007 0.002 0.022 0.034 0.035 0.209 0.239 92 K 0.062 0.018 0.151 0.009 0.054 0.181 0.004 0.002 0.023 0.044 0.091 0.118 0.243 93 L 0.024 0.020 0.225 0.010 0.062 0.190 0.003 0.002 0.016 0.077 0.208 0.043 0.120 94 N 0.009 0.009 0.228 0.014 0.025 0.107 0.002 0.001 0.006 0.148 0.399 0.033 0.020 95 G 0.004 0.005 0.158 0.006 0.017 0.083 0.001 0.001 0.003 0.147 0.548 0.009 0.019 96 G 0.006 0.012 0.344 0.005 0.016 0.165 0.001 0.001 0.003 0.157 0.237 0.027 0.027 97 R 0.016 0.024 0.331 0.006 0.029 0.273 0.002 0.001 0.007 0.098 0.058 0.040 0.114 98 R 0.016 0.012 0.128 0.007 0.038 0.570 0.002 0.001 0.007 0.039 0.034 0.066 0.080 99 F 0.015 0.004 0.059 0.006 0.037 0.729 0.002 0.001 0.007 0.013 0.024 0.029 0.075 100 L 0.015 0.002 0.030 0.005 0.032 0.824 0.001 0.001 0.005 0.007 0.014 0.032 0.033 101 F 0.015 0.001 0.016 0.003 0.027 0.852 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 0.015 0.045 102 R 0.018 0.002 0.027 0.003 0.025 0.820 0.001 0.001 0.003 0.008 0.030 0.036 0.027 103 M 0.006 0.002 0.035 0.001 0.032 0.833 0.001 0.001 0.004 0.010 0.043 0.006 0.026 104 K 0.005 0.003 0.064 0.003 0.033 0.755 0.001 0.001 0.004 0.022 0.063 0.034 0.013 105 N 0.011 0.005 0.083 0.002 0.070 0.607 0.001 0.001 0.004 0.018 0.126 0.010 0.064 106 L 0.011 0.008 0.145 0.012 0.043 0.359 0.001 0.001 0.003 0.066 0.310 0.026 0.015 107 G 0.007 0.010 0.213 0.005 0.051 0.133 0.001 0.001 0.004 0.121 0.402 0.017 0.034 108 I 0.003 0.013 0.381 0.002 0.086 0.159 0.001 0.001 0.008 0.091 0.213 0.011 0.032 109 E 0.009 0.022 0.436 0.010 0.074 0.074 0.002 0.001 0.011 0.121 0.169 0.034 0.040 110 S 0.007 0.006 0.103 0.045 0.051 0.025 0.002 0.001 0.012 0.181 0.517 0.027 0.023 111 G 0.006 0.004 0.178 0.035 0.013 0.005 0.002 0.002 0.024 0.211 0.478 0.012 0.030 112 K 0.021 0.007 0.561 0.027 0.005 0.002 0.005 0.007 0.092 0.111 0.009 0.105 0.047 113 K 0.094 0.010 0.096 0.014 0.003 0.001 0.040 0.042 0.322 0.040 0.005 0.093 0.240 114 I 0.155 0.002 0.015 0.015 0.001 0.001 0.181 0.318 0.203 0.003 0.001 0.035 0.070 115 Q 0.141 0.002 0.004 0.029 0.001 0.001 0.158 0.504 0.075 0.001 0.001 0.069 0.016 116 V 0.109 0.002 0.021 0.007 0.002 0.001 0.148 0.309 0.266 0.002 0.002 0.019 0.112 117 S 0.104 0.006 0.130 0.077 0.003 0.005 0.069 0.069 0.268 0.031 0.048 0.129 0.061 118 G 0.032 0.011 0.282 0.029 0.012 0.007 0.010 0.009 0.122 0.208 0.119 0.032 0.128 119 R 0.006 0.011 0.517 0.010 0.015 0.007 0.002 0.001 0.021 0.275 0.038 0.070 0.029 120 R 0.011 0.041 0.268 0.019 0.118 0.043 0.002 0.001 0.013 0.176 0.149 0.027 0.132 121 Y 0.018 0.040 0.214 0.013 0.127 0.078 0.005 0.002 0.016 0.124 0.229 0.081 0.053 122 Y 0.013 0.038 0.302 0.012 0.100 0.066 0.005 0.004 0.022 0.125 0.196 0.021 0.096 123 I 0.010 0.024 0.438 0.014 0.031 0.044 0.004 0.003 0.020 0.172 0.137 0.061 0.042 124 E 0.007 0.015 0.213 0.019 0.039 0.050 0.002 0.002 0.014 0.215 0.355 0.015 0.055 125 G 0.007 0.009 0.291 0.025 0.024 0.035 0.002 0.001 0.010 0.250 0.288 0.037 0.021 126 R 0.030 0.015 0.427 0.012 0.035 0.055 0.009 0.004 0.035 0.145 0.085 0.060 0.086 127 E 0.111 0.039 0.160 0.015 0.045 0.088 0.043 0.030 0.075 0.062 0.034 0.058 0.241 128 I 0.160 0.034 0.087 0.053 0.028 0.079 0.045 0.048 0.053 0.029 0.015 0.288 0.080 129 D 0.095 0.013 0.184 0.024 0.050 0.142 0.029 0.025 0.063 0.023 0.040 0.049 0.262 130 L 0.040 0.012 0.148 0.026 0.116 0.312 0.010 0.014 0.036 0.041 0.133 0.049 0.063 131 G 0.026 0.010 0.183 0.013 0.132 0.227 0.004 0.003 0.024 0.076 0.224 0.034 0.043 132 Y 0.016 0.016 0.206 0.007 0.106 0.134 0.002 0.001 0.008 0.196 0.252 0.020 0.036 133 G 0.005 0.016 0.359 0.006 0.049 0.077 0.001 0.001 0.006 0.261 0.183 0.021 0.016 134 E 0.004 0.015 0.312 0.005 0.144 0.114 0.001 0.002 0.008 0.160 0.189 0.011 0.035 135 A 0.005 0.016 0.285 0.015 0.151 0.109 0.002 0.002 0.018 0.129 0.224 0.023 0.022 136 T 0.006 0.014 0.303 0.015 0.082 0.067 0.002 0.005 0.032 0.236 0.178 0.021 0.037 137 K 0.010 0.016 0.432 0.021 0.029 0.031 0.008 0.017 0.061 0.189 0.123 0.026 0.037 138 I 0.023 0.023 0.379 0.014 0.033 0.035 0.029 0.061 0.174 0.082 0.046 0.037 0.064 139 W 0.073 0.038 0.158 0.027 0.032 0.021 0.083 0.072 0.171 0.091 0.072 0.058 0.104 140 V 0.057 0.033 0.251 0.058 0.021 0.013 0.037 0.056 0.132 0.122 0.072 0.073 0.075 141 R 0.017 0.010 0.501 0.028 0.017 0.009 0.011 0.015 0.083 0.144 0.043 0.047 0.076 142 R 0.016 0.009 0.450 0.022 0.042 0.016 0.009 0.005 0.070 0.176 0.075 0.042 0.068 143 V 0.025 0.020 0.375 0.016 0.049 0.052 0.009 0.006 0.045 0.166 0.099 0.052 0.087 144 S 0.030 0.052 0.427 0.014 0.024 0.047 0.013 0.005 0.043 0.128 0.046 0.077 0.093 145 D 0.018 0.039 0.496 0.004 0.026 0.058 0.014 0.005 0.054 0.069 0.060 0.043 0.114 146 A 0.008 0.031 0.213 0.016 0.055 0.120 0.007 0.007 0.031 0.094 0.333 0.023 0.061 147 G 0.003 0.009 0.401 0.011 0.029 0.055 0.002 0.001 0.013 0.132 0.310 0.021 0.013 148 E 0.002 0.009 0.215 0.005 0.147 0.161 0.001 0.001 0.006 0.157 0.245 0.011 0.039 149 E 0.006 0.029 0.210 0.006 0.132 0.125 0.001 0.001 0.006 0.109 0.306 0.040 0.030 150 S 0.008 0.033 0.410 0.005 0.062 0.055 0.001 0.001 0.007 0.208 0.119 0.023 0.068 151 H 0.002 0.013 0.639 0.003 0.018 0.023 0.001 0.001 0.005 0.192 0.045 0.042 0.017 152 P 0.003 0.028 0.585 0.002 0.030 0.052 0.001 0.001 0.007 0.090 0.145 0.011 0.046 153 Q 0.002 0.036 0.579 0.005 0.025 0.042 0.001 0.001 0.005 0.171 0.076 0.027 0.032 154 K 0.001 0.014 0.611 0.002 0.071 0.070 0.001 0.001 0.004 0.122 0.046 0.025 0.034