# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7645 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.004 0.003 0.046 0.200 0.143 0.122 0.001 0.001 0.034 0.444 2 K 0.218 0.058 0.003 0.038 0.064 0.117 0.067 0.012 0.001 0.047 0.374 3 L 0.397 0.007 0.001 0.008 0.028 0.046 0.079 0.010 0.002 0.030 0.391 4 S 0.026 0.005 0.001 0.014 0.042 0.074 0.091 0.001 0.001 0.025 0.722 5 R 0.003 0.001 0.002 0.016 0.051 0.210 0.078 0.001 0.001 0.026 0.613 6 L 0.032 0.001 0.001 0.014 0.083 0.086 0.128 0.001 0.001 0.039 0.616 7 V 0.570 0.001 0.001 0.009 0.025 0.018 0.046 0.002 0.001 0.037 0.290 8 P 0.004 0.001 0.001 0.008 0.012 0.021 0.113 0.001 0.001 0.012 0.829 9 G 0.006 0.001 0.001 0.010 0.008 0.014 0.056 0.001 0.001 0.009 0.895 10 V 0.011 0.001 0.001 0.039 0.337 0.142 0.080 0.001 0.001 0.031 0.358 11 P 0.002 0.002 0.001 0.070 0.106 0.208 0.088 0.001 0.001 0.061 0.462 12 A 0.001 0.001 0.001 0.043 0.325 0.464 0.026 0.001 0.001 0.019 0.121 13 R 0.004 0.004 0.001 0.221 0.206 0.386 0.018 0.001 0.001 0.020 0.140 14 I 0.005 0.002 0.001 0.055 0.327 0.340 0.030 0.001 0.001 0.031 0.208 15 K 0.008 0.002 0.001 0.125 0.294 0.388 0.031 0.001 0.001 0.018 0.133 16 R 0.020 0.003 0.001 0.153 0.127 0.242 0.063 0.001 0.001 0.052 0.337 17 L 0.005 0.001 0.001 0.131 0.159 0.159 0.111 0.001 0.001 0.031 0.400 18 E 0.069 0.021 0.001 0.056 0.064 0.066 0.081 0.004 0.001 0.037 0.600 19 V 0.139 0.070 0.001 0.016 0.023 0.017 0.077 0.009 0.001 0.051 0.597 20 S 0.049 0.327 0.003 0.006 0.009 0.010 0.065 0.007 0.001 0.058 0.466 21 G 0.048 0.661 0.002 0.004 0.008 0.011 0.024 0.005 0.001 0.039 0.198 22 E 0.029 0.693 0.002 0.006 0.008 0.014 0.027 0.006 0.001 0.058 0.158 23 L 0.016 0.888 0.002 0.001 0.003 0.007 0.007 0.006 0.001 0.008 0.061 24 H 0.052 0.803 0.003 0.001 0.006 0.009 0.009 0.006 0.001 0.043 0.067 25 E 0.089 0.518 0.021 0.003 0.014 0.027 0.026 0.007 0.004 0.116 0.175 26 K 0.172 0.326 0.019 0.011 0.018 0.033 0.066 0.011 0.006 0.086 0.252 27 L 0.127 0.060 0.089 0.021 0.020 0.038 0.071 0.042 0.047 0.170 0.317 28 V 0.335 0.034 0.010 0.019 0.024 0.033 0.071 0.007 0.006 0.029 0.432 29 G 0.043 0.014 0.002 0.010 0.016 0.031 0.055 0.003 0.001 0.012 0.813 30 M 0.011 0.004 0.001 0.016 0.032 0.038 0.101 0.001 0.001 0.026 0.769 31 G 0.010 0.002 0.005 0.064 0.138 0.218 0.121 0.001 0.001 0.053 0.387 32 F 0.010 0.001 0.001 0.012 0.033 0.044 0.085 0.001 0.001 0.020 0.795 33 V 0.423 0.001 0.002 0.064 0.034 0.030 0.062 0.003 0.001 0.096 0.287 34 P 0.013 0.001 0.001 0.031 0.008 0.018 0.117 0.001 0.001 0.030 0.781 35 G 0.007 0.001 0.001 0.044 0.010 0.024 0.095 0.001 0.001 0.022 0.797 36 E 0.003 0.002 0.001 0.169 0.211 0.198 0.094 0.001 0.001 0.023 0.300 37 E 0.001 0.009 0.001 0.222 0.093 0.210 0.061 0.001 0.001 0.040 0.363 38 I 0.002 0.007 0.001 0.133 0.366 0.241 0.029 0.001 0.001 0.058 0.163 39 E 0.005 0.027 0.001 0.396 0.191 0.270 0.012 0.001 0.001 0.032 0.066 40 I 0.012 0.019 0.001 0.134 0.195 0.349 0.037 0.004 0.001 0.051 0.197 41 V 0.089 0.009 0.002 0.173 0.179 0.229 0.052 0.003 0.001 0.079 0.183 42 Q 0.012 0.011 0.002 0.201 0.150 0.268 0.059 0.001 0.001 0.033 0.262 43 V 0.034 0.011 0.009 0.030 0.031 0.055 0.089 0.004 0.002 0.046 0.692 44 A 0.333 0.006 0.009 0.038 0.126 0.078 0.088 0.010 0.003 0.086 0.223 45 P 0.176 0.003 0.002 0.009 0.009 0.015 0.089 0.002 0.001 0.034 0.660 46 L 0.005 0.001 0.001 0.018 0.020 0.043 0.168 0.001 0.001 0.023 0.721 47 G 0.013 0.005 0.001 0.019 0.007 0.019 0.119 0.001 0.001 0.020 0.796 48 D 0.106 0.015 0.002 0.056 0.089 0.103 0.132 0.004 0.001 0.084 0.409 49 P 0.004 0.010 0.001 0.054 0.037 0.076 0.150 0.001 0.001 0.046 0.621 50 I 0.004 0.006 0.001 0.266 0.150 0.365 0.036 0.001 0.001 0.038 0.134 51 V 0.006 0.007 0.001 0.303 0.107 0.278 0.038 0.001 0.001 0.064 0.194 52 C 0.002 0.002 0.001 0.266 0.277 0.229 0.037 0.001 0.001 0.034 0.151 53 K 0.056 0.006 0.004 0.107 0.231 0.320 0.031 0.002 0.001 0.070 0.173 54 I 0.306 0.008 0.001 0.077 0.053 0.075 0.083 0.004 0.001 0.115 0.278 55 G 0.015 0.009 0.001 0.056 0.040 0.092 0.153 0.002 0.001 0.032 0.601 56 N 0.006 0.006 0.002 0.046 0.057 0.141 0.113 0.001 0.001 0.097 0.532 57 R 0.003 0.012 0.001 0.105 0.364 0.207 0.054 0.001 0.001 0.055 0.197 58 N 0.009 0.128 0.001 0.086 0.210 0.255 0.035 0.004 0.001 0.094 0.179 59 I 0.020 0.158 0.001 0.098 0.197 0.196 0.034 0.005 0.001 0.061 0.229 60 T 0.026 0.100 0.002 0.113 0.143 0.253 0.037 0.002 0.001 0.124 0.199 61 L 0.004 0.056 0.005 0.096 0.180 0.234 0.058 0.001 0.001 0.065 0.302 62 R 0.174 0.403 0.005 0.017 0.044 0.047 0.046 0.016 0.001 0.052 0.193 63 K 0.483 0.275 0.006 0.003 0.013 0.012 0.028 0.009 0.002 0.061 0.107 64 R 0.043 0.288 0.017 0.006 0.010 0.031 0.078 0.007 0.004 0.064 0.453 65 E 0.152 0.194 0.023 0.019 0.024 0.119 0.079 0.010 0.002 0.052 0.327 66 A 0.093 0.029 0.010 0.036 0.043 0.108 0.104 0.008 0.004 0.080 0.485 67 D 0.017 0.014 0.003 0.052 0.211 0.305 0.048 0.001 0.001 0.025 0.323 68 L 0.008 0.010 0.001 0.096 0.130 0.333 0.052 0.001 0.001 0.038 0.331 69 I 0.002 0.003 0.001 0.114 0.407 0.230 0.045 0.001 0.001 0.014 0.186 70 E 0.002 0.006 0.001 0.129 0.276 0.504 0.012 0.001 0.001 0.013 0.058 71 V 0.006 0.002 0.001 0.120 0.280 0.239 0.039 0.001 0.001 0.028 0.284 72 E 0.012 0.001 0.001 0.103 0.432 0.300 0.025 0.001 0.001 0.027 0.098 73 V 0.287 0.004 0.002 0.051 0.046 0.062 0.041 0.003 0.001 0.036 0.467 74 V 0.148 0.003 0.001 0.027 0.036 0.021 0.066 0.004 0.001 0.016 0.677 75 G 0.058 0.003 0.003 0.006 0.019 0.018 0.053 0.001 0.001 0.015 0.824 76 G 0.008 0.003 0.001 0.011 0.074 0.070 0.088 0.001 0.001 0.013 0.732 77 E 0.026 0.033 0.001 0.007 0.040 0.041 0.056 0.002 0.001 0.015 0.780 78 L 0.056 0.050 0.001 0.008 0.159 0.160 0.069 0.004 0.001 0.034 0.458 79 P 0.045 0.091 0.001 0.012 0.069 0.162 0.058 0.003 0.001 0.035 0.524 80 L 0.049 0.028 0.001 0.022 0.131 0.271 0.054 0.002 0.001 0.046 0.396 81 I 0.028 0.013 0.003 0.041 0.149 0.250 0.064 0.002 0.001 0.047 0.402 82 L 0.090 0.012 0.006 0.048 0.114 0.148 0.067 0.004 0.002 0.069 0.439 83 A 0.204 0.008 0.005 0.026 0.071 0.070 0.075 0.004 0.002 0.063 0.472 84 D 0.164 0.013 0.002 0.020 0.029 0.036 0.088 0.004 0.001 0.030 0.612 85 D 0.039 0.007 0.001 0.009 0.019 0.026 0.084 0.001 0.001 0.020 0.794 86 G 0.019 0.010 0.001 0.023 0.053 0.070 0.117 0.002 0.001 0.024 0.682 87 T 0.018 0.009 0.002 0.024 0.071 0.085 0.108 0.001 0.001 0.108 0.573 88 Y 0.011 0.011 0.001 0.054 0.172 0.165 0.104 0.001 0.001 0.078 0.403 89 E 0.034 0.040 0.001 0.059 0.088 0.172 0.077 0.003 0.001 0.050 0.477 90 I 0.032 0.008 0.002 0.048 0.082 0.150 0.100 0.003 0.001 0.090 0.485 91 T 0.022 0.008 0.004 0.122 0.129 0.192 0.082 0.002 0.001 0.071 0.369 92 K 0.092 0.019 0.003 0.059 0.069 0.092 0.073 0.004 0.001 0.051 0.538 93 L 0.176 0.021 0.002 0.029 0.044 0.040 0.107 0.004 0.001 0.040 0.535 94 N 0.072 0.067 0.002 0.019 0.023 0.032 0.091 0.004 0.001 0.028 0.663 95 G 0.028 0.101 0.001 0.019 0.019 0.035 0.086 0.003 0.001 0.031 0.677 96 G 0.031 0.283 0.002 0.014 0.051 0.057 0.077 0.003 0.001 0.033 0.449 97 R 0.028 0.630 0.001 0.009 0.044 0.059 0.026 0.005 0.001 0.022 0.176 98 R 0.034 0.688 0.002 0.009 0.020 0.040 0.018 0.005 0.001 0.047 0.136 99 F 0.042 0.764 0.002 0.005 0.021 0.040 0.013 0.006 0.001 0.015 0.091 100 L 0.088 0.469 0.007 0.010 0.039 0.064 0.025 0.008 0.002 0.121 0.165 101 F 0.119 0.205 0.034 0.014 0.056 0.078 0.049 0.012 0.009 0.145 0.280 102 R 0.195 0.250 0.010 0.024 0.041 0.053 0.051 0.019 0.005 0.062 0.290 103 M 0.224 0.097 0.027 0.008 0.013 0.020 0.049 0.036 0.017 0.045 0.463 104 K 0.062 0.044 0.005 0.009 0.054 0.060 0.094 0.003 0.002 0.025 0.643 105 N 0.066 0.043 0.002 0.003 0.005 0.013 0.045 0.003 0.001 0.015 0.803 106 L 0.045 0.013 0.003 0.010 0.029 0.025 0.190 0.002 0.001 0.072 0.608 107 G 0.045 0.010 0.017 0.020 0.012 0.023 0.113 0.004 0.006 0.100 0.650 108 I 0.129 0.004 0.003 0.011 0.015 0.018 0.115 0.002 0.001 0.048 0.656 109 E 0.114 0.004 0.002 0.033 0.006 0.013 0.113 0.003 0.001 0.067 0.645 110 S 0.011 0.003 0.001 0.049 0.011 0.038 0.147 0.001 0.001 0.040 0.700 111 G 0.003 0.002 0.001 0.070 0.017 0.056 0.144 0.001 0.001 0.034 0.673 112 K 0.001 0.001 0.001 0.238 0.222 0.220 0.075 0.001 0.001 0.047 0.194 113 K 0.001 0.002 0.001 0.486 0.092 0.188 0.025 0.001 0.001 0.097 0.109 114 I 0.001 0.001 0.001 0.474 0.169 0.157 0.030 0.001 0.001 0.058 0.109 115 Q 0.002 0.002 0.001 0.712 0.078 0.104 0.014 0.001 0.001 0.027 0.061 116 V 0.015 0.004 0.001 0.464 0.093 0.131 0.045 0.001 0.001 0.060 0.184 117 S 0.014 0.007 0.002 0.392 0.072 0.120 0.084 0.002 0.001 0.067 0.240 118 G 0.024 0.028 0.003 0.168 0.061 0.090 0.126 0.005 0.001 0.047 0.449 119 R 0.145 0.060 0.004 0.066 0.069 0.083 0.107 0.010 0.001 0.084 0.371 120 R 0.083 0.096 0.003 0.036 0.045 0.067 0.124 0.007 0.001 0.076 0.462 121 Y 0.060 0.062 0.010 0.053 0.044 0.136 0.114 0.009 0.002 0.137 0.371 122 Y 0.076 0.024 0.010 0.046 0.044 0.117 0.142 0.007 0.003 0.122 0.411 123 I 0.140 0.025 0.004 0.045 0.066 0.106 0.106 0.005 0.001 0.055 0.446 124 E 0.037 0.037 0.002 0.039 0.051 0.106 0.106 0.005 0.001 0.036 0.580 125 G 0.048 0.044 0.005 0.036 0.033 0.059 0.134 0.005 0.001 0.089 0.546 126 R 0.033 0.064 0.002 0.105 0.137 0.148 0.116 0.003 0.001 0.066 0.324 127 E 0.035 0.091 0.003 0.083 0.057 0.130 0.093 0.006 0.001 0.069 0.434 128 I 0.031 0.038 0.003 0.109 0.121 0.161 0.124 0.008 0.002 0.080 0.324 129 D 0.141 0.061 0.008 0.079 0.073 0.147 0.067 0.009 0.003 0.132 0.278 130 L 0.075 0.039 0.002 0.057 0.075 0.106 0.103 0.003 0.001 0.070 0.468 131 G 0.043 0.030 0.008 0.055 0.056 0.101 0.125 0.005 0.002 0.075 0.501 132 Y 0.061 0.009 0.010 0.045 0.067 0.129 0.144 0.005 0.003 0.133 0.393 133 G 0.166 0.011 0.006 0.052 0.045 0.058 0.111 0.006 0.002 0.106 0.438 134 E 0.053 0.014 0.002 0.032 0.067 0.089 0.132 0.003 0.001 0.030 0.578 135 A 0.013 0.009 0.002 0.023 0.025 0.063 0.132 0.001 0.001 0.044 0.687 136 T 0.010 0.008 0.002 0.067 0.142 0.161 0.123 0.001 0.001 0.063 0.422 137 K 0.016 0.013 0.002 0.203 0.123 0.282 0.068 0.003 0.001 0.075 0.215 138 I 0.015 0.003 0.001 0.101 0.147 0.205 0.108 0.002 0.001 0.056 0.361 139 W 0.004 0.002 0.001 0.215 0.225 0.325 0.046 0.001 0.001 0.036 0.145 140 V 0.013 0.006 0.001 0.158 0.109 0.206 0.062 0.001 0.001 0.050 0.393 141 R 0.025 0.004 0.001 0.163 0.195 0.208 0.098 0.002 0.001 0.073 0.232 142 R 0.018 0.006 0.001 0.163 0.094 0.148 0.108 0.003 0.001 0.041 0.418 143 V 0.018 0.004 0.002 0.107 0.122 0.185 0.109 0.002 0.001 0.049 0.402 144 S 0.012 0.005 0.001 0.063 0.109 0.154 0.111 0.001 0.001 0.033 0.511 145 D 0.135 0.024 0.002 0.055 0.051 0.076 0.093 0.005 0.001 0.064 0.496 146 A 0.024 0.009 0.003 0.027 0.043 0.042 0.133 0.003 0.001 0.053 0.663 147 G 0.127 0.022 0.005 0.031 0.041 0.071 0.103 0.012 0.002 0.066 0.519 148 E 0.273 0.008 0.002 0.012 0.032 0.036 0.085 0.004 0.001 0.060 0.488 149 E 0.011 0.004 0.002 0.009 0.029 0.042 0.116 0.001 0.001 0.031 0.755 150 S 0.033 0.007 0.002 0.009 0.025 0.049 0.096 0.002 0.001 0.037 0.739 151 H 0.218 0.005 0.003 0.010 0.033 0.037 0.100 0.005 0.001 0.059 0.527 152 P 0.019 0.002 0.001 0.006 0.026 0.034 0.116 0.001 0.001 0.018 0.777 153 Q 0.022 0.003 0.001 0.010 0.021 0.043 0.077 0.001 0.001 0.018 0.805 154 K 0.021 0.004 0.001 0.021 0.030 0.039 0.129 0.001 0.001 0.024 0.730