# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7645 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.025 0.043 0.123 0.161 0.105 0.057 0.468 2 K 0.178 0.054 0.029 0.100 0.117 0.080 0.108 0.335 3 L 0.243 0.023 0.014 0.050 0.081 0.068 0.079 0.443 4 S 0.042 0.007 0.017 0.046 0.072 0.098 0.039 0.680 5 R 0.008 0.001 0.021 0.059 0.130 0.092 0.030 0.659 6 L 0.055 0.001 0.013 0.037 0.035 0.089 0.030 0.739 7 V 0.528 0.002 0.004 0.012 0.008 0.044 0.105 0.297 8 P 0.011 0.001 0.004 0.003 0.011 0.090 0.009 0.871 9 G 0.016 0.001 0.013 0.011 0.023 0.092 0.017 0.827 10 V 0.003 0.002 0.062 0.266 0.217 0.078 0.038 0.334 11 P 0.004 0.003 0.138 0.088 0.199 0.053 0.076 0.439 12 A 0.002 0.002 0.084 0.383 0.334 0.023 0.024 0.149 13 R 0.003 0.002 0.264 0.277 0.275 0.019 0.042 0.118 14 I 0.013 0.003 0.127 0.309 0.273 0.035 0.039 0.201 15 K 0.013 0.003 0.167 0.244 0.319 0.039 0.023 0.192 16 R 0.024 0.003 0.095 0.095 0.238 0.077 0.045 0.424 17 L 0.026 0.003 0.065 0.122 0.102 0.110 0.036 0.536 18 E 0.042 0.014 0.056 0.049 0.066 0.119 0.033 0.620 19 V 0.082 0.088 0.014 0.013 0.022 0.098 0.061 0.622 20 S 0.096 0.335 0.006 0.006 0.009 0.067 0.074 0.407 21 G 0.064 0.577 0.005 0.008 0.010 0.043 0.057 0.237 22 E 0.026 0.662 0.010 0.013 0.016 0.037 0.090 0.146 23 L 0.014 0.900 0.004 0.004 0.006 0.010 0.013 0.050 24 H 0.042 0.888 0.004 0.003 0.005 0.007 0.015 0.037 25 E 0.044 0.793 0.010 0.005 0.009 0.016 0.036 0.087 26 K 0.091 0.544 0.029 0.020 0.033 0.041 0.071 0.171 27 L 0.157 0.119 0.100 0.020 0.029 0.065 0.248 0.261 28 V 0.290 0.045 0.034 0.027 0.027 0.116 0.082 0.378 29 G 0.041 0.011 0.013 0.011 0.036 0.084 0.035 0.769 30 M 0.023 0.007 0.029 0.016 0.023 0.159 0.038 0.705 31 G 0.006 0.002 0.102 0.126 0.241 0.103 0.043 0.378 32 F 0.018 0.001 0.026 0.031 0.039 0.084 0.030 0.772 33 V 0.465 0.004 0.027 0.023 0.015 0.074 0.115 0.277 34 P 0.028 0.005 0.024 0.007 0.027 0.115 0.037 0.757 35 G 0.051 0.002 0.019 0.010 0.030 0.124 0.030 0.733 36 E 0.002 0.002 0.079 0.337 0.333 0.044 0.022 0.181 37 E 0.002 0.004 0.108 0.088 0.271 0.051 0.076 0.400 38 I 0.003 0.003 0.073 0.420 0.262 0.037 0.042 0.160 39 E 0.002 0.003 0.185 0.360 0.355 0.011 0.024 0.059 40 I 0.008 0.002 0.086 0.284 0.373 0.028 0.042 0.177 41 V 0.031 0.003 0.145 0.369 0.250 0.035 0.032 0.134 42 Q 0.011 0.004 0.126 0.118 0.380 0.052 0.022 0.287 43 V 0.025 0.003 0.060 0.105 0.109 0.107 0.040 0.552 44 A 0.069 0.004 0.081 0.153 0.140 0.106 0.034 0.412 45 P 0.174 0.004 0.015 0.013 0.024 0.098 0.066 0.606 46 L 0.066 0.003 0.013 0.025 0.038 0.171 0.039 0.644 47 G 0.007 0.004 0.010 0.011 0.028 0.142 0.015 0.783 48 D 0.021 0.009 0.035 0.084 0.138 0.147 0.138 0.429 49 P 0.005 0.006 0.071 0.112 0.355 0.075 0.069 0.308 50 I 0.002 0.004 0.075 0.318 0.413 0.024 0.031 0.133 51 V 0.003 0.002 0.144 0.237 0.369 0.023 0.081 0.141 52 C 0.003 0.001 0.173 0.422 0.265 0.021 0.033 0.083 53 K 0.006 0.001 0.197 0.208 0.395 0.029 0.023 0.142 54 I 0.165 0.003 0.076 0.153 0.119 0.086 0.077 0.322 55 G 0.112 0.017 0.045 0.037 0.064 0.150 0.077 0.498 56 N 0.024 0.011 0.024 0.022 0.102 0.123 0.061 0.633 57 R 0.005 0.021 0.039 0.223 0.398 0.060 0.053 0.201 58 N 0.008 0.078 0.059 0.233 0.321 0.040 0.080 0.179 59 I 0.009 0.092 0.047 0.284 0.244 0.030 0.140 0.154 60 T 0.024 0.185 0.047 0.205 0.290 0.027 0.098 0.123 61 L 0.035 0.223 0.063 0.173 0.205 0.040 0.087 0.174 62 R 0.066 0.399 0.031 0.088 0.132 0.036 0.062 0.186 63 K 0.193 0.204 0.027 0.042 0.055 0.067 0.105 0.305 64 R 0.114 0.142 0.024 0.032 0.038 0.097 0.115 0.438 65 E 0.106 0.097 0.020 0.025 0.060 0.110 0.110 0.473 66 A 0.054 0.034 0.018 0.013 0.028 0.126 0.063 0.664 67 D 0.017 0.030 0.077 0.115 0.168 0.111 0.082 0.400 68 L 0.011 0.015 0.058 0.035 0.129 0.072 0.076 0.603 69 I 0.006 0.010 0.114 0.330 0.218 0.055 0.035 0.231 70 E 0.005 0.011 0.233 0.141 0.291 0.037 0.060 0.223 71 V 0.008 0.004 0.140 0.256 0.185 0.055 0.053 0.299 72 E 0.007 0.002 0.359 0.134 0.219 0.038 0.033 0.208 73 V 0.095 0.005 0.131 0.083 0.089 0.064 0.082 0.451 74 V 0.191 0.005 0.048 0.017 0.020 0.067 0.067 0.586 75 G 0.083 0.003 0.013 0.006 0.010 0.087 0.021 0.777 76 G 0.016 0.005 0.018 0.023 0.045 0.097 0.017 0.779 77 E 0.029 0.018 0.012 0.041 0.048 0.099 0.034 0.720 78 L 0.055 0.050 0.018 0.104 0.084 0.107 0.059 0.524 79 P 0.056 0.093 0.019 0.060 0.133 0.094 0.053 0.490 80 L 0.057 0.051 0.031 0.092 0.148 0.092 0.073 0.455 81 I 0.036 0.022 0.064 0.148 0.197 0.074 0.072 0.387 82 L 0.084 0.011 0.046 0.069 0.113 0.084 0.078 0.514 83 A 0.176 0.007 0.027 0.034 0.034 0.083 0.075 0.565 84 D 0.117 0.010 0.011 0.011 0.016 0.085 0.050 0.700 85 D 0.057 0.006 0.008 0.010 0.014 0.110 0.019 0.777 86 G 0.024 0.012 0.025 0.049 0.071 0.107 0.028 0.684 87 T 0.038 0.013 0.022 0.044 0.073 0.102 0.091 0.617 88 Y 0.030 0.026 0.051 0.102 0.106 0.115 0.061 0.509 89 E 0.034 0.058 0.055 0.088 0.177 0.089 0.036 0.465 90 I 0.054 0.024 0.066 0.086 0.098 0.087 0.110 0.475 91 T 0.069 0.034 0.087 0.080 0.123 0.092 0.100 0.414 92 K 0.106 0.029 0.045 0.035 0.051 0.098 0.073 0.565 93 L 0.103 0.029 0.034 0.029 0.036 0.106 0.045 0.617 94 N 0.078 0.059 0.026 0.023 0.031 0.124 0.047 0.613 95 G 0.047 0.125 0.020 0.018 0.039 0.099 0.054 0.598 96 G 0.056 0.335 0.019 0.030 0.037 0.084 0.063 0.377 97 R 0.044 0.566 0.016 0.030 0.041 0.049 0.039 0.214 98 R 0.045 0.545 0.027 0.022 0.044 0.042 0.062 0.213 99 F 0.048 0.667 0.021 0.029 0.050 0.026 0.035 0.125 100 L 0.113 0.464 0.027 0.026 0.040 0.041 0.082 0.208 101 F 0.103 0.259 0.048 0.030 0.038 0.058 0.210 0.254 102 R 0.111 0.258 0.032 0.026 0.049 0.071 0.092 0.361 103 M 0.150 0.088 0.034 0.025 0.035 0.092 0.109 0.467 104 K 0.083 0.070 0.025 0.044 0.057 0.104 0.042 0.576 105 N 0.043 0.048 0.007 0.017 0.039 0.075 0.038 0.733 106 L 0.025 0.018 0.029 0.029 0.034 0.138 0.097 0.630 107 G 0.060 0.015 0.037 0.036 0.053 0.088 0.186 0.525 108 I 0.357 0.006 0.010 0.015 0.015 0.069 0.053 0.474 109 E 0.229 0.004 0.024 0.014 0.019 0.094 0.028 0.588 110 S 0.014 0.003 0.023 0.010 0.050 0.116 0.025 0.760 111 G 0.012 0.002 0.041 0.022 0.077 0.129 0.029 0.688 112 K 0.002 0.003 0.081 0.405 0.202 0.055 0.026 0.224 113 K 0.004 0.006 0.258 0.098 0.243 0.041 0.094 0.258 114 I 0.008 0.004 0.170 0.230 0.235 0.046 0.085 0.222 115 Q 0.007 0.003 0.332 0.214 0.299 0.020 0.023 0.102 116 V 0.013 0.003 0.164 0.223 0.244 0.045 0.039 0.268 117 S 0.017 0.005 0.145 0.130 0.190 0.101 0.043 0.369 118 G 0.052 0.016 0.061 0.047 0.063 0.138 0.093 0.532 119 R 0.087 0.038 0.035 0.056 0.080 0.112 0.110 0.483 120 R 0.054 0.045 0.039 0.054 0.077 0.108 0.047 0.577 121 Y 0.029 0.009 0.130 0.113 0.190 0.079 0.082 0.368 122 Y 0.059 0.006 0.061 0.055 0.102 0.095 0.076 0.547 123 I 0.217 0.012 0.053 0.108 0.064 0.098 0.052 0.397 124 E 0.027 0.021 0.028 0.013 0.045 0.090 0.031 0.746 125 G 0.072 0.025 0.036 0.024 0.057 0.126 0.047 0.614 126 R 0.024 0.037 0.098 0.223 0.159 0.089 0.053 0.317 127 E 0.031 0.079 0.088 0.054 0.084 0.092 0.070 0.502 128 I 0.080 0.093 0.086 0.057 0.089 0.112 0.099 0.385 129 D 0.119 0.092 0.059 0.039 0.071 0.096 0.202 0.322 130 L 0.048 0.110 0.035 0.048 0.083 0.115 0.078 0.483 131 G 0.048 0.155 0.039 0.063 0.079 0.113 0.085 0.417 132 Y 0.046 0.045 0.051 0.031 0.042 0.110 0.363 0.311 133 G 0.150 0.127 0.023 0.020 0.034 0.100 0.273 0.274 134 E 0.120 0.137 0.024 0.032 0.047 0.108 0.132 0.400 135 A 0.041 0.064 0.058 0.035 0.082 0.120 0.123 0.477 136 T 0.022 0.067 0.085 0.072 0.165 0.098 0.086 0.405 137 K 0.016 0.037 0.162 0.107 0.187 0.068 0.065 0.358 138 I 0.023 0.023 0.224 0.159 0.149 0.070 0.068 0.285 139 W 0.015 0.006 0.331 0.134 0.211 0.044 0.052 0.207 140 V 0.035 0.005 0.164 0.068 0.104 0.085 0.080 0.459 141 R 0.085 0.003 0.160 0.080 0.079 0.107 0.099 0.386 142 R 0.014 0.004 0.138 0.044 0.069 0.130 0.035 0.566 143 V 0.016 0.002 0.078 0.040 0.086 0.151 0.033 0.594 144 S 0.004 0.001 0.106 0.199 0.141 0.100 0.021 0.427 145 D 0.103 0.022 0.064 0.037 0.058 0.112 0.173 0.431 146 A 0.024 0.007 0.048 0.056 0.050 0.145 0.049 0.621 147 G 0.131 0.041 0.048 0.030 0.057 0.085 0.097 0.511 148 E 0.383 0.018 0.014 0.018 0.023 0.072 0.080 0.393 149 E 0.022 0.008 0.030 0.058 0.072 0.091 0.029 0.688 150 S 0.024 0.007 0.007 0.017 0.034 0.074 0.022 0.815 151 H 0.179 0.014 0.012 0.044 0.039 0.091 0.088 0.533 152 P 0.035 0.006 0.011 0.041 0.053 0.095 0.030 0.728 153 Q 0.022 0.003 0.018 0.047 0.070 0.085 0.038 0.717 154 K 0.020 0.004 0.043 0.046 0.062 0.113 0.043 0.669