# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7645 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.457 0.094 0.069 0.087 0.075 0.052 0.069 0.049 0.025 0.015 0.008 2 K 0.123 0.182 0.096 0.235 0.142 0.081 0.079 0.034 0.017 0.007 0.004 3 L 0.008 0.008 0.010 0.016 0.028 0.042 0.101 0.128 0.215 0.218 0.224 4 S 0.137 0.154 0.157 0.245 0.165 0.059 0.044 0.023 0.010 0.005 0.002 5 R 0.124 0.137 0.187 0.293 0.139 0.050 0.038 0.020 0.008 0.004 0.002 6 L 0.009 0.006 0.007 0.011 0.019 0.044 0.104 0.113 0.210 0.254 0.224 7 V 0.079 0.333 0.089 0.208 0.132 0.064 0.047 0.024 0.013 0.008 0.003 8 P 0.324 0.217 0.105 0.160 0.086 0.043 0.033 0.018 0.008 0.004 0.002 9 G 0.701 0.133 0.025 0.052 0.030 0.018 0.018 0.011 0.006 0.004 0.002 10 V 0.126 0.138 0.028 0.114 0.093 0.119 0.167 0.104 0.064 0.034 0.013 11 P 0.185 0.205 0.071 0.236 0.152 0.078 0.039 0.020 0.008 0.004 0.002 12 A 0.030 0.011 0.017 0.020 0.031 0.056 0.124 0.148 0.199 0.183 0.180 13 R 0.031 0.143 0.076 0.347 0.224 0.082 0.059 0.024 0.009 0.003 0.002 14 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.008 0.021 0.048 0.154 0.261 0.494 15 K 0.030 0.073 0.102 0.270 0.266 0.118 0.074 0.041 0.016 0.008 0.004 16 R 0.038 0.108 0.128 0.260 0.154 0.105 0.098 0.053 0.030 0.018 0.007 17 L 0.011 0.005 0.006 0.014 0.026 0.058 0.118 0.132 0.198 0.195 0.236 18 E 0.225 0.289 0.085 0.203 0.101 0.036 0.032 0.015 0.008 0.004 0.002 19 V 0.026 0.043 0.029 0.053 0.069 0.098 0.157 0.129 0.148 0.137 0.111 20 S 0.216 0.387 0.061 0.135 0.089 0.048 0.036 0.014 0.007 0.004 0.002 21 G 0.782 0.078 0.024 0.050 0.024 0.015 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 22 E 0.492 0.190 0.053 0.143 0.064 0.026 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 23 L 0.003 0.010 0.007 0.019 0.031 0.046 0.100 0.131 0.235 0.229 0.188 24 H 0.007 0.015 0.026 0.089 0.181 0.225 0.224 0.122 0.059 0.039 0.014 25 E 0.016 0.050 0.596 0.209 0.067 0.030 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 26 K 0.004 0.009 0.031 0.079 0.105 0.265 0.309 0.108 0.054 0.027 0.009 27 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.007 0.023 0.055 0.184 0.286 0.433 28 V 0.007 0.013 0.047 0.078 0.147 0.174 0.206 0.134 0.099 0.064 0.031 29 G 0.057 0.092 0.341 0.226 0.116 0.059 0.053 0.026 0.015 0.010 0.005 30 M 0.009 0.007 0.010 0.018 0.031 0.076 0.157 0.164 0.203 0.183 0.141 31 G 0.100 0.088 0.027 0.102 0.109 0.099 0.144 0.124 0.102 0.062 0.044 32 F 0.019 0.016 0.021 0.041 0.062 0.061 0.120 0.150 0.173 0.153 0.185 33 V 0.045 0.069 0.048 0.094 0.136 0.117 0.159 0.115 0.090 0.071 0.055 34 P 0.246 0.380 0.059 0.149 0.069 0.035 0.033 0.014 0.009 0.004 0.002 35 G 0.585 0.102 0.019 0.073 0.057 0.043 0.045 0.028 0.021 0.015 0.012 36 E 0.378 0.215 0.043 0.127 0.075 0.053 0.051 0.029 0.016 0.009 0.004 37 E 0.064 0.156 0.056 0.254 0.173 0.117 0.092 0.045 0.025 0.012 0.006 38 I 0.004 0.003 0.004 0.005 0.009 0.026 0.059 0.085 0.211 0.256 0.339 39 E 0.040 0.159 0.132 0.356 0.198 0.063 0.031 0.013 0.006 0.002 0.001 40 I 0.003 0.003 0.010 0.011 0.020 0.021 0.052 0.099 0.193 0.239 0.349 41 V 0.007 0.012 0.018 0.066 0.122 0.133 0.164 0.154 0.135 0.112 0.078 42 Q 0.056 0.083 0.121 0.200 0.130 0.099 0.120 0.079 0.060 0.036 0.014 43 V 0.029 0.036 0.057 0.123 0.131 0.162 0.175 0.113 0.077 0.057 0.039 44 A 0.034 0.034 0.029 0.061 0.067 0.086 0.159 0.153 0.166 0.126 0.085 45 P 0.183 0.187 0.072 0.144 0.100 0.075 0.091 0.056 0.043 0.029 0.018 46 L 0.059 0.047 0.036 0.085 0.101 0.105 0.145 0.119 0.126 0.090 0.088 47 G 0.525 0.168 0.044 0.093 0.055 0.033 0.034 0.020 0.014 0.009 0.005 48 D 0.034 0.047 0.027 0.099 0.109 0.132 0.188 0.128 0.113 0.072 0.051 49 P 0.041 0.042 0.029 0.080 0.106 0.104 0.125 0.134 0.128 0.113 0.097 50 I 0.021 0.028 0.027 0.070 0.087 0.114 0.195 0.161 0.144 0.101 0.052 51 V 0.028 0.050 0.056 0.187 0.174 0.133 0.141 0.093 0.068 0.044 0.027 52 C 0.003 0.002 0.004 0.005 0.009 0.018 0.049 0.080 0.208 0.287 0.336 53 K 0.024 0.073 0.069 0.275 0.263 0.110 0.090 0.048 0.027 0.013 0.008 54 I 0.005 0.006 0.010 0.010 0.016 0.023 0.059 0.085 0.185 0.262 0.340 55 G 0.046 0.108 0.065 0.230 0.221 0.125 0.102 0.047 0.029 0.016 0.010 56 N 0.300 0.172 0.081 0.133 0.073 0.062 0.072 0.041 0.032 0.023 0.011 57 R 0.049 0.056 0.040 0.127 0.129 0.167 0.188 0.105 0.073 0.042 0.022 58 N 0.077 0.134 0.068 0.170 0.128 0.119 0.137 0.076 0.050 0.028 0.013 59 I 0.007 0.006 0.011 0.018 0.027 0.065 0.121 0.126 0.213 0.205 0.201 60 T 0.025 0.049 0.076 0.149 0.175 0.137 0.153 0.093 0.069 0.043 0.033 61 L 0.002 0.002 0.007 0.008 0.019 0.026 0.064 0.107 0.215 0.259 0.292 62 R 0.008 0.046 0.084 0.133 0.176 0.132 0.173 0.110 0.069 0.046 0.022 63 K 0.035 0.041 0.111 0.163 0.155 0.158 0.176 0.078 0.050 0.024 0.010 64 R 0.410 0.141 0.164 0.142 0.064 0.032 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 65 E 0.036 0.100 0.100 0.199 0.156 0.108 0.164 0.080 0.034 0.016 0.007 66 A 0.022 0.012 0.026 0.032 0.052 0.080 0.166 0.160 0.161 0.175 0.115 67 D 0.039 0.152 0.482 0.204 0.073 0.028 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 68 L 0.018 0.032 0.193 0.183 0.182 0.127 0.132 0.077 0.031 0.016 0.009 69 I 0.010 0.007 0.016 0.013 0.019 0.040 0.108 0.139 0.224 0.231 0.194 70 E 0.030 0.114 0.167 0.319 0.196 0.071 0.056 0.028 0.013 0.005 0.003 71 V 0.007 0.003 0.017 0.011 0.022 0.033 0.092 0.145 0.189 0.239 0.243 72 E 0.054 0.104 0.169 0.260 0.197 0.085 0.067 0.034 0.017 0.008 0.004 73 V 0.040 0.045 0.060 0.075 0.091 0.105 0.212 0.159 0.106 0.071 0.036 74 V 0.066 0.101 0.067 0.138 0.123 0.119 0.147 0.092 0.070 0.049 0.028 75 G 0.419 0.276 0.067 0.100 0.046 0.030 0.033 0.014 0.009 0.005 0.002 76 G 0.554 0.156 0.056 0.113 0.055 0.024 0.020 0.011 0.005 0.003 0.002 77 E 0.313 0.290 0.059 0.123 0.067 0.046 0.046 0.026 0.016 0.010 0.005 78 L 0.033 0.038 0.018 0.064 0.089 0.144 0.185 0.148 0.135 0.089 0.055 79 P 0.283 0.236 0.131 0.178 0.085 0.037 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 80 L 0.035 0.026 0.044 0.091 0.100 0.157 0.203 0.129 0.107 0.075 0.033 81 I 0.063 0.060 0.058 0.119 0.117 0.124 0.166 0.114 0.088 0.062 0.028 82 L 0.035 0.067 0.072 0.151 0.133 0.137 0.163 0.102 0.073 0.047 0.018 83 A 0.061 0.074 0.092 0.130 0.123 0.123 0.152 0.103 0.068 0.049 0.024 84 D 0.253 0.278 0.108 0.168 0.075 0.041 0.039 0.020 0.009 0.005 0.002 85 D 0.327 0.188 0.065 0.152 0.095 0.058 0.050 0.033 0.017 0.011 0.006 86 G 0.496 0.157 0.039 0.086 0.063 0.043 0.047 0.033 0.018 0.011 0.006 87 T 0.140 0.175 0.066 0.171 0.121 0.098 0.097 0.060 0.036 0.024 0.010 88 Y 0.037 0.034 0.031 0.057 0.077 0.169 0.193 0.125 0.129 0.098 0.050 89 E 0.228 0.240 0.115 0.216 0.101 0.043 0.031 0.015 0.006 0.003 0.001 90 I 0.021 0.019 0.018 0.043 0.052 0.091 0.154 0.146 0.185 0.168 0.103 91 T 0.049 0.056 0.029 0.103 0.120 0.127 0.172 0.127 0.101 0.075 0.040 92 K 0.144 0.188 0.141 0.253 0.127 0.060 0.041 0.024 0.012 0.007 0.003 93 L 0.055 0.039 0.033 0.067 0.082 0.137 0.183 0.136 0.113 0.093 0.062 94 N 0.147 0.167 0.047 0.140 0.112 0.089 0.111 0.075 0.056 0.036 0.021 95 G 0.287 0.147 0.047 0.128 0.101 0.073 0.088 0.059 0.037 0.022 0.013 96 G 0.285 0.131 0.065 0.130 0.101 0.075 0.083 0.051 0.038 0.026 0.015 97 R 0.126 0.132 0.065 0.167 0.129 0.110 0.125 0.069 0.042 0.024 0.011 98 R 0.085 0.084 0.069 0.170 0.153 0.139 0.130 0.080 0.047 0.028 0.014 99 F 0.041 0.045 0.058 0.088 0.097 0.140 0.207 0.131 0.097 0.065 0.031 100 L 0.036 0.058 0.111 0.201 0.169 0.123 0.131 0.079 0.049 0.031 0.013 101 F 0.032 0.032 0.073 0.083 0.091 0.137 0.199 0.128 0.105 0.085 0.033 102 R 0.041 0.110 0.189 0.283 0.156 0.081 0.068 0.038 0.020 0.011 0.004 103 M 0.023 0.025 0.044 0.057 0.072 0.125 0.202 0.159 0.130 0.111 0.052 104 K 0.086 0.120 0.184 0.223 0.158 0.089 0.068 0.039 0.019 0.009 0.005 105 N 0.130 0.126 0.138 0.140 0.110 0.094 0.121 0.069 0.037 0.024 0.012 106 L 0.037 0.028 0.030 0.053 0.072 0.117 0.185 0.133 0.150 0.118 0.077 107 G 0.405 0.287 0.089 0.111 0.050 0.020 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 108 I 0.134 0.074 0.076 0.167 0.147 0.109 0.128 0.078 0.044 0.027 0.015 109 E 0.244 0.287 0.108 0.134 0.078 0.051 0.045 0.025 0.013 0.010 0.004 110 S 0.072 0.160 0.062 0.192 0.156 0.137 0.117 0.060 0.026 0.013 0.006 111 G 0.396 0.130 0.069 0.111 0.085 0.059 0.055 0.043 0.023 0.018 0.011 112 K 0.063 0.052 0.049 0.105 0.103 0.143 0.209 0.122 0.085 0.051 0.016 113 K 0.042 0.139 0.106 0.304 0.177 0.090 0.071 0.037 0.020 0.010 0.004 114 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.014 0.041 0.079 0.207 0.288 0.362 115 Q 0.023 0.083 0.109 0.276 0.244 0.124 0.074 0.036 0.018 0.008 0.005 116 V 0.003 0.003 0.013 0.013 0.025 0.026 0.066 0.127 0.174 0.216 0.334 117 S 0.007 0.011 0.014 0.040 0.075 0.093 0.123 0.131 0.183 0.172 0.152 118 G 0.100 0.069 0.036 0.099 0.091 0.088 0.184 0.112 0.117 0.070 0.034 119 R 0.102 0.100 0.097 0.239 0.156 0.108 0.090 0.049 0.030 0.017 0.012 120 R 0.139 0.120 0.073 0.145 0.118 0.109 0.126 0.075 0.048 0.030 0.017 121 Y 0.113 0.105 0.040 0.118 0.106 0.120 0.149 0.102 0.072 0.047 0.029 122 Y 0.076 0.061 0.036 0.091 0.097 0.100 0.136 0.114 0.117 0.095 0.078 123 I 0.132 0.091 0.064 0.113 0.102 0.106 0.138 0.086 0.076 0.063 0.029 124 E 0.103 0.230 0.119 0.264 0.128 0.062 0.045 0.023 0.014 0.008 0.004 125 G 0.067 0.040 0.023 0.053 0.063 0.089 0.137 0.133 0.143 0.139 0.110 126 R 0.139 0.163 0.078 0.208 0.142 0.088 0.074 0.051 0.030 0.018 0.009 127 E 0.075 0.073 0.052 0.144 0.128 0.127 0.156 0.105 0.070 0.045 0.023 128 I 0.011 0.009 0.011 0.023 0.031 0.055 0.096 0.117 0.209 0.236 0.201 129 D 0.042 0.085 0.057 0.159 0.141 0.123 0.148 0.098 0.077 0.047 0.025 130 L 0.022 0.020 0.028 0.070 0.096 0.103 0.147 0.156 0.146 0.119 0.094 131 G 0.034 0.024 0.024 0.042 0.056 0.069 0.120 0.133 0.179 0.162 0.158 132 Y 0.035 0.053 0.031 0.120 0.141 0.120 0.176 0.126 0.098 0.061 0.039 133 G 0.088 0.052 0.035 0.073 0.082 0.074 0.124 0.114 0.136 0.117 0.105 134 E 0.206 0.228 0.074 0.199 0.117 0.059 0.054 0.027 0.018 0.010 0.006 135 A 0.082 0.059 0.034 0.117 0.114 0.110 0.141 0.116 0.102 0.078 0.047 136 T 0.090 0.103 0.059 0.143 0.119 0.120 0.135 0.095 0.068 0.045 0.023 137 K 0.033 0.071 0.060 0.186 0.162 0.159 0.151 0.079 0.051 0.029 0.018 138 I 0.012 0.008 0.013 0.015 0.019 0.032 0.063 0.087 0.193 0.259 0.299 139 W 0.020 0.041 0.032 0.119 0.155 0.152 0.170 0.109 0.100 0.063 0.039 140 V 0.014 0.018 0.027 0.041 0.051 0.047 0.097 0.127 0.195 0.192 0.192 141 R 0.037 0.037 0.040 0.119 0.162 0.159 0.159 0.108 0.081 0.058 0.040 142 R 0.106 0.146 0.090 0.186 0.128 0.095 0.109 0.069 0.042 0.021 0.010 143 V 0.040 0.042 0.028 0.101 0.114 0.113 0.158 0.133 0.116 0.084 0.072 144 S 0.021 0.011 0.010 0.021 0.031 0.047 0.108 0.132 0.204 0.198 0.216 145 D 0.111 0.227 0.137 0.268 0.140 0.053 0.034 0.014 0.008 0.004 0.002 146 A 0.009 0.005 0.009 0.015 0.032 0.037 0.091 0.134 0.195 0.194 0.279 147 G 0.189 0.171 0.082 0.196 0.133 0.066 0.069 0.042 0.026 0.018 0.008 148 E 0.080 0.150 0.117 0.223 0.131 0.103 0.099 0.046 0.028 0.015 0.007 149 E 0.248 0.157 0.088 0.159 0.115 0.079 0.068 0.042 0.022 0.013 0.009 150 S 0.336 0.217 0.068 0.125 0.072 0.050 0.060 0.035 0.020 0.011 0.006 151 H 0.225 0.140 0.073 0.141 0.113 0.086 0.092 0.058 0.038 0.022 0.013 152 P 0.282 0.142 0.078 0.126 0.093 0.070 0.089 0.054 0.035 0.021 0.011 153 Q 0.120 0.170 0.127 0.180 0.119 0.093 0.091 0.048 0.030 0.016 0.008 154 K 0.203 0.190 0.122 0.177 0.122 0.065 0.059 0.035 0.016 0.008 0.004