# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7645 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.016 0.012 0.198 0.126 0.134 0.021 0.002 0.001 0.004 0.457 2 K 0.006 0.004 0.002 0.067 0.073 0.154 0.035 0.001 0.001 0.002 0.653 3 L 0.028 0.008 0.007 0.158 0.106 0.336 0.043 0.001 0.001 0.003 0.310 4 S 0.009 0.017 0.001 0.107 0.181 0.195 0.095 0.001 0.001 0.004 0.390 5 R 0.087 0.011 0.003 0.044 0.073 0.141 0.253 0.005 0.001 0.014 0.370 6 L 0.413 0.033 0.002 0.088 0.061 0.126 0.042 0.002 0.001 0.004 0.230 7 V 0.036 0.022 0.004 0.040 0.121 0.108 0.242 0.003 0.001 0.008 0.415 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.021 0.002 0.001 0.035 0.071 0.236 0.080 0.002 0.001 0.017 0.534 10 V 0.721 0.001 0.012 0.016 0.023 0.017 0.076 0.001 0.001 0.009 0.124 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 12 A 0.003 0.001 0.001 0.074 0.298 0.578 0.011 0.001 0.001 0.002 0.033 13 R 0.007 0.001 0.001 0.289 0.155 0.283 0.041 0.001 0.001 0.001 0.223 14 I 0.003 0.001 0.001 0.162 0.300 0.440 0.008 0.001 0.001 0.001 0.085 15 K 0.001 0.001 0.001 0.401 0.201 0.348 0.013 0.001 0.001 0.001 0.035 16 R 0.004 0.001 0.001 0.104 0.167 0.240 0.046 0.001 0.001 0.001 0.437 17 L 0.013 0.001 0.001 0.252 0.156 0.344 0.030 0.001 0.001 0.001 0.203 18 E 0.008 0.002 0.001 0.079 0.130 0.213 0.083 0.001 0.001 0.009 0.475 19 V 0.027 0.004 0.005 0.064 0.060 0.120 0.104 0.001 0.001 0.007 0.610 20 S 0.019 0.005 0.001 0.026 0.017 0.051 0.101 0.001 0.001 0.005 0.774 21 G 0.034 0.003 0.002 0.006 0.006 0.013 0.055 0.001 0.001 0.011 0.869 22 E 0.084 0.020 0.006 0.007 0.006 0.007 0.322 0.001 0.001 0.007 0.542 23 L 0.042 0.080 0.005 0.010 0.006 0.018 0.240 0.001 0.001 0.005 0.594 24 H 0.063 0.351 0.003 0.021 0.016 0.051 0.154 0.003 0.001 0.005 0.334 25 E 0.064 0.590 0.002 0.006 0.016 0.019 0.058 0.002 0.001 0.002 0.241 26 K 0.056 0.796 0.003 0.004 0.007 0.007 0.024 0.003 0.001 0.001 0.098 27 L 0.041 0.890 0.004 0.002 0.011 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.032 28 V 0.012 0.934 0.002 0.003 0.004 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.032 29 G 0.065 0.720 0.005 0.005 0.005 0.010 0.040 0.058 0.001 0.001 0.091 30 M 0.265 0.568 0.017 0.006 0.005 0.007 0.005 0.065 0.001 0.003 0.057 31 G 0.421 0.142 0.042 0.023 0.027 0.025 0.027 0.099 0.001 0.004 0.190 32 F 0.048 0.030 0.500 0.024 0.014 0.024 0.035 0.010 0.001 0.004 0.311 33 V 0.035 0.025 0.017 0.174 0.143 0.136 0.109 0.002 0.001 0.005 0.354 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.015 0.003 0.001 0.076 0.072 0.140 0.059 0.001 0.001 0.011 0.622 36 E 0.625 0.001 0.010 0.031 0.031 0.024 0.077 0.001 0.001 0.010 0.191 37 E 0.017 0.001 0.001 0.057 0.026 0.035 0.063 0.001 0.001 0.002 0.797 38 I 0.015 0.001 0.001 0.074 0.343 0.455 0.013 0.001 0.001 0.002 0.096 39 E 0.002 0.002 0.001 0.149 0.309 0.397 0.037 0.001 0.001 0.002 0.102 40 I 0.003 0.001 0.001 0.087 0.247 0.324 0.016 0.001 0.001 0.001 0.321 41 V 0.001 0.001 0.001 0.197 0.242 0.493 0.013 0.001 0.001 0.001 0.052 42 Q 0.005 0.004 0.001 0.124 0.321 0.343 0.036 0.001 0.001 0.002 0.164 43 V 0.023 0.005 0.001 0.088 0.210 0.426 0.027 0.001 0.001 0.002 0.219 44 A 0.020 0.008 0.001 0.076 0.208 0.369 0.071 0.001 0.001 0.003 0.243 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 46 L 0.018 0.003 0.001 0.026 0.033 0.159 0.072 0.001 0.001 0.005 0.682 47 G 0.272 0.003 0.003 0.012 0.019 0.036 0.058 0.005 0.001 0.025 0.567 48 D 0.472 0.003 0.030 0.011 0.021 0.022 0.088 0.001 0.001 0.008 0.344 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 I 0.005 0.001 0.001 0.064 0.266 0.531 0.032 0.001 0.001 0.005 0.094 51 V 0.046 0.005 0.001 0.133 0.144 0.240 0.044 0.001 0.001 0.002 0.386 52 C 0.012 0.002 0.001 0.097 0.401 0.419 0.005 0.001 0.001 0.001 0.064 53 K 0.004 0.004 0.001 0.121 0.300 0.384 0.030 0.001 0.001 0.002 0.153 54 I 0.011 0.004 0.001 0.115 0.318 0.393 0.026 0.001 0.001 0.001 0.132 55 G 0.003 0.003 0.001 0.100 0.126 0.342 0.117 0.001 0.001 0.006 0.302 56 N 0.042 0.001 0.003 0.034 0.051 0.103 0.076 0.001 0.001 0.044 0.646 57 R 0.214 0.003 0.017 0.062 0.050 0.058 0.194 0.001 0.001 0.021 0.380 58 N 0.017 0.004 0.007 0.056 0.102 0.166 0.214 0.001 0.001 0.017 0.416 59 I 0.012 0.006 0.003 0.068 0.271 0.466 0.042 0.001 0.001 0.004 0.127 60 T 0.012 0.017 0.001 0.064 0.210 0.428 0.038 0.001 0.001 0.001 0.229 61 L 0.018 0.027 0.001 0.076 0.281 0.319 0.047 0.001 0.001 0.002 0.229 62 R 0.022 0.044 0.001 0.038 0.094 0.325 0.106 0.002 0.001 0.003 0.367 63 K 0.043 0.081 0.002 0.045 0.133 0.247 0.100 0.002 0.001 0.005 0.341 64 R 0.025 0.183 0.001 0.012 0.058 0.085 0.073 0.004 0.001 0.005 0.554 65 E 0.128 0.122 0.004 0.015 0.029 0.109 0.198 0.014 0.001 0.009 0.373 66 A 0.250 0.330 0.008 0.017 0.046 0.076 0.047 0.016 0.001 0.007 0.203 67 D 0.160 0.146 0.016 0.029 0.219 0.248 0.034 0.011 0.001 0.005 0.131 68 L 0.072 0.129 0.064 0.068 0.063 0.091 0.026 0.016 0.001 0.004 0.467 69 I 0.040 0.015 0.004 0.142 0.374 0.315 0.007 0.001 0.001 0.001 0.102 70 E 0.006 0.016 0.004 0.272 0.159 0.272 0.031 0.004 0.001 0.005 0.230 71 V 0.007 0.004 0.001 0.114 0.343 0.392 0.009 0.001 0.001 0.001 0.129 72 E 0.001 0.003 0.001 0.329 0.188 0.386 0.016 0.001 0.001 0.002 0.074 73 V 0.004 0.003 0.001 0.075 0.179 0.211 0.031 0.001 0.001 0.001 0.496 74 V 0.008 0.005 0.001 0.110 0.165 0.375 0.071 0.001 0.001 0.002 0.264 75 G 0.016 0.006 0.001 0.033 0.070 0.098 0.121 0.001 0.001 0.015 0.638 76 G 0.194 0.006 0.003 0.022 0.026 0.038 0.096 0.001 0.001 0.018 0.594 77 E 0.162 0.007 0.012 0.016 0.009 0.024 0.150 0.002 0.001 0.014 0.603 78 L 0.055 0.011 0.015 0.026 0.084 0.143 0.123 0.001 0.001 0.011 0.531 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 80 L 0.022 0.007 0.001 0.041 0.133 0.311 0.062 0.001 0.001 0.002 0.419 81 I 0.124 0.020 0.001 0.071 0.169 0.209 0.057 0.001 0.001 0.003 0.344 82 L 0.071 0.043 0.001 0.053 0.215 0.290 0.042 0.001 0.001 0.002 0.281 83 A 0.046 0.057 0.002 0.083 0.128 0.267 0.073 0.002 0.001 0.003 0.339 84 D 0.033 0.040 0.001 0.033 0.078 0.111 0.157 0.006 0.001 0.006 0.536 85 D 0.075 0.030 0.005 0.025 0.026 0.050 0.075 0.005 0.001 0.021 0.688 86 G 0.159 0.012 0.014 0.018 0.021 0.023 0.333 0.004 0.001 0.030 0.387 87 T 0.281 0.007 0.049 0.015 0.011 0.017 0.285 0.001 0.001 0.041 0.293 88 Y 0.048 0.023 0.018 0.052 0.072 0.087 0.169 0.001 0.001 0.012 0.519 89 E 0.011 0.011 0.003 0.032 0.065 0.089 0.118 0.001 0.001 0.006 0.665 90 I 0.045 0.025 0.003 0.054 0.064 0.129 0.113 0.001 0.001 0.004 0.562 91 T 0.049 0.056 0.002 0.061 0.185 0.232 0.099 0.001 0.001 0.004 0.310 92 K 0.060 0.068 0.003 0.039 0.103 0.122 0.096 0.003 0.001 0.007 0.500 93 L 0.094 0.141 0.006 0.053 0.069 0.118 0.104 0.003 0.001 0.005 0.406 94 N 0.066 0.133 0.004 0.034 0.055 0.098 0.144 0.007 0.001 0.011 0.448 95 G 0.128 0.083 0.010 0.020 0.024 0.049 0.087 0.006 0.001 0.014 0.577 96 G 0.114 0.077 0.031 0.019 0.019 0.035 0.123 0.004 0.001 0.010 0.568 97 R 0.089 0.059 0.020 0.020 0.027 0.042 0.179 0.003 0.001 0.012 0.550 98 R 0.051 0.109 0.013 0.023 0.036 0.053 0.120 0.002 0.001 0.007 0.586 99 F 0.049 0.218 0.010 0.027 0.077 0.116 0.089 0.002 0.001 0.003 0.410 100 L 0.059 0.389 0.004 0.029 0.052 0.093 0.061 0.003 0.001 0.003 0.307 101 F 0.052 0.580 0.003 0.014 0.047 0.054 0.037 0.003 0.001 0.002 0.207 102 R 0.077 0.652 0.004 0.009 0.023 0.037 0.038 0.009 0.001 0.002 0.148 103 M 0.082 0.722 0.005 0.006 0.020 0.031 0.012 0.008 0.001 0.002 0.111 104 K 0.087 0.613 0.007 0.009 0.016 0.036 0.021 0.020 0.001 0.002 0.188 105 N 0.191 0.373 0.015 0.010 0.013 0.027 0.062 0.050 0.001 0.005 0.255 106 L 0.303 0.376 0.057 0.018 0.018 0.027 0.017 0.031 0.001 0.005 0.147 107 G 0.151 0.088 0.022 0.015 0.036 0.048 0.103 0.055 0.001 0.007 0.473 108 I 0.070 0.034 0.129 0.027 0.017 0.027 0.030 0.003 0.001 0.004 0.660 109 E 0.017 0.046 0.002 0.029 0.043 0.041 0.258 0.004 0.001 0.005 0.556 110 S 0.111 0.016 0.003 0.023 0.009 0.019 0.193 0.005 0.001 0.014 0.607 111 G 0.278 0.044 0.003 0.070 0.036 0.031 0.066 0.007 0.001 0.015 0.450 112 K 0.500 0.006 0.066 0.082 0.068 0.033 0.101 0.001 0.001 0.019 0.124 113 K 0.009 0.004 0.004 0.344 0.045 0.044 0.152 0.001 0.001 0.004 0.393 114 I 0.003 0.001 0.002 0.342 0.204 0.381 0.012 0.001 0.001 0.002 0.052 115 Q 0.001 0.002 0.001 0.678 0.091 0.169 0.020 0.001 0.001 0.002 0.038 116 V 0.002 0.002 0.001 0.454 0.131 0.234 0.031 0.001 0.001 0.001 0.144 117 S 0.001 0.001 0.001 0.620 0.071 0.200 0.029 0.001 0.001 0.002 0.075 118 G 0.004 0.002 0.001 0.316 0.074 0.124 0.089 0.001 0.001 0.008 0.380 119 R 0.017 0.001 0.001 0.230 0.041 0.073 0.135 0.001 0.001 0.007 0.494 120 R 0.028 0.002 0.002 0.105 0.023 0.044 0.185 0.001 0.001 0.011 0.600 121 Y 0.050 0.005 0.002 0.076 0.041 0.065 0.185 0.001 0.001 0.018 0.558 122 Y 0.110 0.022 0.005 0.097 0.043 0.091 0.095 0.001 0.001 0.010 0.526 123 I 0.054 0.064 0.005 0.120 0.059 0.101 0.133 0.003 0.001 0.008 0.451 124 E 0.068 0.052 0.007 0.065 0.027 0.053 0.152 0.004 0.001 0.008 0.563 125 G 0.120 0.067 0.008 0.088 0.044 0.073 0.076 0.005 0.001 0.015 0.506 126 R 0.145 0.052 0.022 0.119 0.079 0.058 0.177 0.003 0.001 0.015 0.330 127 E 0.043 0.049 0.016 0.091 0.031 0.054 0.192 0.002 0.001 0.008 0.515 128 I 0.058 0.058 0.010 0.267 0.090 0.224 0.101 0.001 0.001 0.008 0.184 129 D 0.027 0.123 0.003 0.093 0.081 0.110 0.121 0.003 0.001 0.009 0.429 130 L 0.062 0.170 0.012 0.124 0.052 0.119 0.087 0.005 0.001 0.006 0.365 131 G 0.065 0.134 0.003 0.061 0.046 0.076 0.314 0.006 0.001 0.007 0.288 132 Y 0.166 0.150 0.015 0.058 0.053 0.080 0.138 0.008 0.001 0.024 0.309 133 G 0.135 0.178 0.008 0.051 0.087 0.110 0.065 0.009 0.001 0.009 0.347 134 E 0.110 0.112 0.025 0.044 0.041 0.067 0.115 0.005 0.001 0.009 0.473 135 A 0.054 0.081 0.004 0.051 0.029 0.047 0.170 0.008 0.001 0.007 0.549 136 T 0.231 0.059 0.008 0.063 0.104 0.117 0.069 0.009 0.001 0.019 0.321 137 K 0.197 0.056 0.019 0.183 0.081 0.073 0.082 0.006 0.001 0.009 0.294 138 I 0.040 0.021 0.011 0.165 0.104 0.135 0.070 0.002 0.001 0.003 0.449 139 W 0.008 0.006 0.002 0.466 0.132 0.245 0.033 0.001 0.001 0.007 0.101 140 V 0.005 0.005 0.002 0.141 0.075 0.133 0.036 0.001 0.001 0.002 0.601 141 R 0.005 0.004 0.002 0.383 0.114 0.289 0.047 0.001 0.001 0.004 0.150 142 R 0.005 0.002 0.001 0.126 0.050 0.072 0.096 0.001 0.001 0.003 0.645 143 V 0.031 0.002 0.001 0.085 0.081 0.157 0.068 0.001 0.001 0.009 0.564 144 S 0.102 0.003 0.003 0.161 0.101 0.131 0.082 0.001 0.001 0.006 0.412 145 D 0.025 0.007 0.001 0.054 0.157 0.108 0.152 0.001 0.001 0.010 0.485 146 A 0.036 0.012 0.007 0.082 0.055 0.124 0.094 0.001 0.001 0.008 0.581 147 G 0.013 0.005 0.001 0.018 0.036 0.042 0.617 0.002 0.001 0.008 0.260 148 E 0.497 0.004 0.009 0.011 0.011 0.010 0.117 0.001 0.001 0.049 0.292 149 E 0.039 0.033 0.002 0.013 0.010 0.016 0.255 0.001 0.001 0.004 0.628 150 S 0.051 0.014 0.008 0.016 0.030 0.072 0.214 0.005 0.001 0.033 0.558 151 H 0.147 0.030 0.008 0.014 0.024 0.044 0.194 0.002 0.001 0.008 0.529 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 153 Q 0.012 0.004 0.001 0.010 0.063 0.206 0.111 0.001 0.001 0.004 0.587 154 K 0.154 0.017 0.001 0.014 0.026 0.042 0.042 0.001 0.001 0.002 0.701