# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7645 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.102 0.023 0.028 0.030 0.030 0.068 0.008 0.710 2 K 0.021 0.009 0.013 0.027 0.032 0.092 0.005 0.800 3 L 0.051 0.023 0.054 0.066 0.220 0.051 0.006 0.527 4 S 0.026 0.036 0.024 0.076 0.068 0.323 0.007 0.439 5 R 0.289 0.030 0.018 0.042 0.048 0.103 0.045 0.427 6 L 0.299 0.208 0.045 0.033 0.072 0.051 0.021 0.271 7 V 0.128 0.046 0.058 0.107 0.103 0.145 0.012 0.400 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 9 G 0.027 0.003 0.040 0.044 0.145 0.079 0.010 0.652 10 V 0.461 0.003 0.031 0.089 0.056 0.043 0.011 0.307 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 12 A 0.005 0.001 0.104 0.288 0.441 0.021 0.001 0.140 13 R 0.017 0.001 0.338 0.179 0.292 0.041 0.001 0.131 14 I 0.002 0.001 0.212 0.250 0.274 0.016 0.001 0.245 15 K 0.001 0.001 0.356 0.263 0.359 0.006 0.001 0.016 16 R 0.003 0.001 0.156 0.133 0.125 0.050 0.002 0.530 17 L 0.003 0.001 0.333 0.133 0.361 0.033 0.002 0.134 18 E 0.006 0.003 0.135 0.118 0.187 0.143 0.004 0.403 19 V 0.026 0.004 0.061 0.042 0.091 0.121 0.008 0.647 20 S 0.030 0.006 0.021 0.014 0.049 0.130 0.005 0.745 21 G 0.021 0.005 0.007 0.004 0.014 0.068 0.004 0.876 22 E 0.061 0.018 0.005 0.004 0.008 0.353 0.005 0.545 23 L 0.117 0.083 0.008 0.006 0.011 0.346 0.007 0.421 24 H 0.074 0.453 0.012 0.012 0.040 0.073 0.004 0.332 25 E 0.022 0.642 0.005 0.004 0.015 0.042 0.003 0.267 26 K 0.026 0.800 0.003 0.004 0.007 0.015 0.004 0.140 27 L 0.015 0.950 0.002 0.002 0.004 0.004 0.002 0.021 28 V 0.029 0.892 0.012 0.014 0.011 0.007 0.006 0.030 29 G 0.059 0.762 0.024 0.010 0.016 0.010 0.044 0.075 30 M 0.395 0.320 0.027 0.014 0.015 0.012 0.118 0.100 31 G 0.448 0.059 0.052 0.048 0.026 0.029 0.121 0.218 32 F 0.029 0.018 0.452 0.088 0.052 0.045 0.011 0.307 33 V 0.021 0.005 0.165 0.271 0.202 0.122 0.004 0.210 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.006 0.001 0.052 0.027 0.092 0.105 0.004 0.715 36 E 0.418 0.001 0.053 0.056 0.038 0.058 0.017 0.359 37 E 0.027 0.001 0.019 0.020 0.021 0.056 0.002 0.854 38 I 0.003 0.001 0.044 0.320 0.499 0.011 0.001 0.122 39 E 0.002 0.001 0.133 0.346 0.441 0.018 0.001 0.060 40 I 0.003 0.001 0.077 0.195 0.204 0.033 0.001 0.487 41 V 0.001 0.001 0.164 0.245 0.559 0.004 0.001 0.027 42 Q 0.002 0.001 0.110 0.315 0.316 0.021 0.002 0.233 43 V 0.006 0.001 0.127 0.179 0.406 0.025 0.004 0.252 44 A 0.011 0.002 0.119 0.287 0.332 0.054 0.002 0.193 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.993 46 L 0.021 0.001 0.039 0.063 0.367 0.099 0.004 0.406 47 G 0.084 0.003 0.018 0.017 0.030 0.175 0.020 0.653 48 D 0.559 0.002 0.012 0.041 0.031 0.079 0.016 0.260 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 50 I 0.021 0.002 0.069 0.238 0.208 0.294 0.002 0.167 51 V 0.043 0.003 0.157 0.137 0.401 0.058 0.003 0.199 52 C 0.007 0.004 0.096 0.435 0.401 0.006 0.001 0.051 53 K 0.004 0.003 0.232 0.211 0.437 0.017 0.001 0.095 54 I 0.007 0.007 0.137 0.348 0.335 0.035 0.002 0.129 55 G 0.004 0.006 0.083 0.245 0.400 0.062 0.005 0.194 56 N 0.027 0.007 0.057 0.101 0.197 0.121 0.024 0.467 57 R 0.209 0.008 0.071 0.092 0.114 0.153 0.038 0.315 58 N 0.059 0.008 0.075 0.087 0.134 0.226 0.009 0.401 59 I 0.016 0.007 0.094 0.226 0.297 0.105 0.003 0.251 60 T 0.008 0.006 0.094 0.193 0.493 0.053 0.002 0.151 61 L 0.023 0.026 0.096 0.174 0.286 0.069 0.004 0.321 62 R 0.018 0.044 0.069 0.151 0.323 0.096 0.005 0.294 63 K 0.024 0.072 0.047 0.084 0.257 0.058 0.007 0.450 64 R 0.017 0.052 0.015 0.029 0.052 0.221 0.014 0.599 65 E 0.293 0.058 0.015 0.031 0.054 0.218 0.054 0.277 66 A 0.211 0.317 0.032 0.047 0.063 0.063 0.017 0.250 67 D 0.081 0.107 0.057 0.223 0.216 0.084 0.017 0.214 68 L 0.066 0.063 0.091 0.076 0.147 0.064 0.017 0.475 69 I 0.031 0.020 0.136 0.358 0.326 0.013 0.007 0.109 70 E 0.010 0.006 0.183 0.296 0.389 0.018 0.004 0.095 71 V 0.004 0.004 0.187 0.332 0.291 0.011 0.002 0.169 72 E 0.002 0.001 0.190 0.310 0.448 0.008 0.001 0.040 73 V 0.003 0.002 0.023 0.091 0.070 0.031 0.002 0.778 74 V 0.005 0.002 0.146 0.104 0.508 0.033 0.002 0.199 75 G 0.008 0.004 0.028 0.042 0.051 0.095 0.005 0.768 76 G 0.088 0.004 0.023 0.027 0.060 0.094 0.024 0.680 77 E 0.195 0.009 0.031 0.031 0.046 0.127 0.023 0.539 78 L 0.100 0.011 0.031 0.051 0.070 0.171 0.006 0.560 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 80 L 0.027 0.005 0.017 0.067 0.200 0.107 0.003 0.575 81 I 0.156 0.022 0.028 0.122 0.152 0.061 0.006 0.453 82 L 0.072 0.054 0.026 0.137 0.195 0.042 0.005 0.468 83 A 0.064 0.055 0.048 0.162 0.241 0.056 0.007 0.366 84 D 0.049 0.055 0.024 0.093 0.100 0.107 0.013 0.557 85 D 0.061 0.038 0.028 0.034 0.072 0.074 0.026 0.667 86 G 0.194 0.020 0.034 0.030 0.041 0.261 0.062 0.358 87 T 0.308 0.009 0.045 0.035 0.033 0.203 0.042 0.324 88 Y 0.035 0.010 0.098 0.124 0.150 0.118 0.007 0.459 89 E 0.011 0.004 0.050 0.090 0.130 0.154 0.003 0.558 90 I 0.014 0.006 0.068 0.088 0.209 0.095 0.003 0.517 91 T 0.012 0.010 0.103 0.239 0.378 0.054 0.003 0.200 92 K 0.025 0.028 0.048 0.107 0.144 0.077 0.007 0.564 93 L 0.048 0.046 0.127 0.105 0.206 0.087 0.011 0.369 94 N 0.049 0.056 0.072 0.078 0.133 0.179 0.017 0.416 95 G 0.079 0.033 0.037 0.032 0.062 0.106 0.024 0.626 96 G 0.080 0.030 0.044 0.031 0.053 0.177 0.019 0.566 97 R 0.072 0.030 0.040 0.034 0.054 0.205 0.012 0.554 98 R 0.033 0.051 0.026 0.027 0.057 0.137 0.005 0.663 99 F 0.036 0.125 0.029 0.042 0.094 0.154 0.005 0.514 100 L 0.049 0.254 0.040 0.045 0.109 0.111 0.007 0.385 101 F 0.051 0.467 0.023 0.045 0.068 0.074 0.009 0.263 102 R 0.081 0.533 0.016 0.030 0.053 0.039 0.015 0.234 103 M 0.081 0.630 0.016 0.025 0.048 0.018 0.016 0.165 104 K 0.109 0.453 0.030 0.038 0.054 0.049 0.031 0.236 105 N 0.150 0.269 0.030 0.034 0.052 0.054 0.043 0.368 106 L 0.161 0.190 0.048 0.042 0.061 0.067 0.030 0.402 107 G 0.085 0.061 0.025 0.028 0.031 0.113 0.024 0.633 108 I 0.098 0.054 0.073 0.048 0.061 0.109 0.017 0.540 109 E 0.054 0.065 0.043 0.049 0.053 0.139 0.011 0.586 110 S 0.114 0.058 0.027 0.044 0.065 0.120 0.027 0.544 111 G 0.179 0.059 0.077 0.045 0.068 0.096 0.028 0.447 112 K 0.121 0.029 0.146 0.212 0.152 0.086 0.022 0.231 113 K 0.045 0.012 0.106 0.082 0.087 0.161 0.010 0.498 114 I 0.011 0.004 0.184 0.211 0.358 0.022 0.002 0.208 115 Q 0.002 0.001 0.256 0.335 0.353 0.013 0.001 0.039 116 V 0.008 0.007 0.162 0.184 0.226 0.047 0.003 0.364 117 S 0.006 0.004 0.320 0.173 0.379 0.025 0.002 0.092 118 G 0.012 0.007 0.076 0.113 0.206 0.076 0.006 0.503 119 R 0.024 0.005 0.093 0.080 0.182 0.109 0.009 0.498 120 R 0.015 0.003 0.025 0.031 0.048 0.068 0.004 0.806 121 Y 0.049 0.009 0.027 0.048 0.097 0.169 0.008 0.593 122 Y 0.130 0.018 0.051 0.080 0.129 0.106 0.012 0.474 123 I 0.086 0.031 0.067 0.114 0.139 0.102 0.008 0.453 124 E 0.044 0.021 0.038 0.060 0.087 0.097 0.008 0.644 125 G 0.068 0.023 0.070 0.068 0.141 0.085 0.016 0.529 126 R 0.139 0.020 0.111 0.109 0.112 0.121 0.019 0.369 127 E 0.045 0.015 0.114 0.084 0.102 0.116 0.008 0.516 128 I 0.021 0.013 0.182 0.196 0.287 0.051 0.004 0.246 129 D 0.015 0.028 0.106 0.120 0.230 0.097 0.004 0.400 130 L 0.043 0.040 0.113 0.057 0.173 0.084 0.010 0.480 131 G 0.077 0.043 0.108 0.057 0.105 0.306 0.021 0.283 132 Y 0.165 0.034 0.061 0.049 0.065 0.150 0.042 0.435 133 G 0.105 0.059 0.061 0.054 0.086 0.139 0.017 0.477 134 E 0.075 0.032 0.039 0.056 0.064 0.243 0.013 0.477 135 A 0.080 0.045 0.038 0.039 0.072 0.146 0.016 0.565 136 T 0.195 0.060 0.067 0.100 0.125 0.110 0.024 0.320 137 K 0.168 0.027 0.103 0.088 0.101 0.098 0.017 0.398 138 I 0.027 0.017 0.191 0.202 0.212 0.039 0.005 0.306 139 W 0.007 0.004 0.212 0.235 0.359 0.027 0.003 0.152 140 V 0.010 0.005 0.139 0.134 0.168 0.073 0.004 0.465 141 R 0.008 0.003 0.318 0.120 0.220 0.060 0.003 0.268 142 R 0.005 0.002 0.080 0.047 0.082 0.069 0.003 0.712 143 V 0.019 0.002 0.117 0.052 0.129 0.058 0.007 0.617 144 S 0.031 0.004 0.206 0.126 0.138 0.155 0.006 0.335 145 D 0.019 0.004 0.048 0.069 0.074 0.126 0.005 0.656 146 A 0.027 0.007 0.086 0.072 0.188 0.066 0.004 0.551 147 G 0.011 0.006 0.041 0.041 0.068 0.338 0.006 0.488 148 E 0.154 0.007 0.032 0.044 0.056 0.148 0.023 0.537 149 E 0.047 0.020 0.021 0.032 0.032 0.101 0.008 0.738 150 S 0.065 0.025 0.022 0.041 0.090 0.144 0.017 0.595 151 H 0.223 0.031 0.030 0.045 0.078 0.113 0.011 0.471 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 153 Q 0.021 0.005 0.013 0.045 0.116 0.101 0.004 0.696 154 K 0.161 0.017 0.015 0.025 0.044 0.049 0.008 0.680