# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7645 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.237 0.216 0.048 0.176 0.037 0.109 0.057 0.029 0.031 0.001 2 K 0.032 0.411 0.436 0.015 0.016 0.071 0.004 0.001 0.012 0.001 0.002 3 L 0.317 0.159 0.391 0.038 0.021 0.046 0.004 0.001 0.017 0.002 0.005 4 S 0.543 0.118 0.127 0.124 0.037 0.014 0.018 0.002 0.013 0.002 0.001 5 R 0.183 0.162 0.137 0.313 0.080 0.023 0.057 0.007 0.031 0.005 0.001 6 L 0.113 0.138 0.603 0.054 0.015 0.035 0.022 0.002 0.010 0.003 0.006 7 V 0.012 0.452 0.309 0.004 0.011 0.011 0.003 0.001 0.194 0.003 0.001 8 P 0.108 0.002 0.788 0.010 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.082 9 G 0.004 0.001 0.008 0.013 0.011 0.003 0.012 0.901 0.001 0.047 0.001 10 V 0.012 0.298 0.600 0.006 0.021 0.005 0.002 0.001 0.052 0.002 0.001 11 P 0.038 0.016 0.888 0.010 0.004 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 12 A 0.035 0.409 0.252 0.044 0.188 0.034 0.007 0.012 0.012 0.004 0.002 13 R 0.012 0.815 0.095 0.007 0.052 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 14 I 0.018 0.493 0.345 0.008 0.026 0.096 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 15 K 0.087 0.558 0.187 0.026 0.066 0.033 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 16 R 0.058 0.378 0.220 0.041 0.181 0.055 0.020 0.001 0.043 0.002 0.001 17 L 0.081 0.533 0.216 0.051 0.044 0.035 0.008 0.001 0.029 0.001 0.002 18 E 0.111 0.371 0.285 0.066 0.079 0.046 0.011 0.002 0.026 0.004 0.001 19 V 0.120 0.355 0.240 0.081 0.078 0.061 0.012 0.001 0.045 0.003 0.002 20 S 0.303 0.090 0.297 0.146 0.050 0.044 0.045 0.003 0.013 0.007 0.002 21 G 0.346 0.010 0.038 0.031 0.047 0.016 0.053 0.297 0.002 0.158 0.001 22 E 0.897 0.012 0.035 0.040 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.882 0.035 0.023 0.042 0.005 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 24 H 0.974 0.008 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.987 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.945 0.021 0.003 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 L 0.937 0.010 0.020 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 28 V 0.873 0.026 0.019 0.075 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 29 G 0.798 0.008 0.020 0.069 0.025 0.007 0.036 0.017 0.006 0.014 0.001 30 M 0.110 0.020 0.053 0.784 0.005 0.002 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 31 G 0.026 0.015 0.048 0.016 0.030 0.006 0.369 0.340 0.003 0.148 0.001 32 F 0.053 0.232 0.581 0.043 0.020 0.054 0.006 0.001 0.006 0.001 0.002 33 V 0.005 0.467 0.312 0.003 0.019 0.008 0.001 0.001 0.180 0.004 0.001 34 P 0.070 0.002 0.811 0.007 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.095 35 G 0.016 0.020 0.043 0.039 0.134 0.009 0.032 0.652 0.004 0.050 0.001 36 E 0.046 0.358 0.484 0.022 0.065 0.008 0.003 0.001 0.011 0.002 0.002 37 E 0.020 0.470 0.397 0.018 0.031 0.051 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 38 I 0.007 0.810 0.111 0.005 0.043 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 39 E 0.005 0.796 0.127 0.002 0.032 0.031 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 40 I 0.013 0.736 0.163 0.004 0.022 0.049 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 41 V 0.040 0.703 0.117 0.010 0.083 0.015 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 42 Q 0.056 0.515 0.207 0.017 0.132 0.030 0.009 0.001 0.030 0.001 0.001 43 V 0.095 0.497 0.239 0.067 0.038 0.035 0.008 0.001 0.015 0.001 0.003 44 A 0.022 0.210 0.376 0.004 0.137 0.007 0.005 0.001 0.208 0.030 0.001 45 P 0.347 0.007 0.483 0.018 0.003 0.013 0.001 0.001 0.004 0.002 0.122 46 L 0.144 0.060 0.345 0.306 0.020 0.016 0.086 0.010 0.009 0.003 0.001 47 G 0.005 0.004 0.015 0.010 0.018 0.002 0.032 0.785 0.001 0.130 0.001 48 D 0.008 0.281 0.561 0.013 0.057 0.010 0.008 0.001 0.059 0.002 0.001 49 P 0.027 0.079 0.795 0.015 0.017 0.030 0.002 0.001 0.007 0.001 0.028 50 I 0.011 0.751 0.126 0.013 0.078 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 51 V 0.003 0.854 0.090 0.003 0.031 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 52 C 0.002 0.824 0.084 0.002 0.059 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 53 K 0.002 0.792 0.127 0.002 0.020 0.046 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 54 I 0.013 0.629 0.246 0.010 0.027 0.052 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 55 G 0.040 0.088 0.113 0.051 0.209 0.028 0.170 0.106 0.017 0.178 0.001 56 N 0.030 0.063 0.077 0.099 0.216 0.025 0.245 0.158 0.014 0.071 0.001 57 R 0.055 0.462 0.284 0.066 0.082 0.011 0.015 0.003 0.017 0.003 0.001 58 N 0.037 0.520 0.271 0.024 0.081 0.038 0.008 0.002 0.014 0.002 0.002 59 I 0.018 0.785 0.136 0.008 0.029 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 60 T 0.030 0.717 0.156 0.008 0.043 0.029 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 61 L 0.037 0.477 0.266 0.016 0.108 0.059 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 62 R 0.064 0.353 0.403 0.016 0.051 0.058 0.006 0.001 0.045 0.002 0.001 63 K 0.689 0.038 0.182 0.028 0.022 0.017 0.009 0.001 0.007 0.005 0.003 64 R 0.747 0.023 0.056 0.106 0.021 0.015 0.020 0.005 0.004 0.004 0.001 65 E 0.394 0.086 0.059 0.390 0.012 0.021 0.018 0.003 0.018 0.001 0.001 66 A 0.528 0.120 0.159 0.074 0.021 0.011 0.067 0.007 0.009 0.003 0.001 67 D 0.434 0.110 0.063 0.265 0.027 0.014 0.073 0.003 0.008 0.002 0.001 68 L 0.108 0.328 0.103 0.294 0.091 0.015 0.039 0.002 0.019 0.001 0.001 69 I 0.007 0.857 0.097 0.005 0.018 0.006 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 70 E 0.004 0.543 0.297 0.002 0.006 0.143 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 V 0.004 0.855 0.084 0.002 0.016 0.014 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 72 E 0.006 0.479 0.375 0.002 0.041 0.045 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 73 V 0.035 0.252 0.563 0.012 0.042 0.064 0.004 0.001 0.023 0.001 0.005 74 V 0.077 0.564 0.189 0.045 0.072 0.013 0.009 0.002 0.025 0.002 0.002 75 G 0.034 0.065 0.149 0.071 0.237 0.015 0.141 0.104 0.009 0.175 0.001 76 G 0.047 0.037 0.079 0.064 0.170 0.015 0.086 0.305 0.004 0.191 0.001 77 E 0.143 0.311 0.312 0.141 0.046 0.020 0.007 0.003 0.012 0.003 0.001 78 L 0.041 0.429 0.392 0.007 0.041 0.010 0.004 0.001 0.071 0.003 0.001 79 P 0.128 0.031 0.753 0.013 0.008 0.030 0.002 0.001 0.004 0.001 0.031 80 L 0.145 0.379 0.334 0.034 0.054 0.025 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 81 I 0.091 0.573 0.216 0.019 0.057 0.016 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 82 L 0.077 0.421 0.327 0.029 0.049 0.067 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 83 A 0.238 0.387 0.214 0.048 0.057 0.024 0.005 0.001 0.023 0.002 0.001 84 D 0.301 0.209 0.174 0.116 0.078 0.045 0.025 0.002 0.042 0.006 0.002 85 D 0.141 0.055 0.158 0.434 0.035 0.016 0.132 0.009 0.013 0.008 0.001 86 G 0.032 0.012 0.037 0.020 0.036 0.007 0.132 0.573 0.002 0.148 0.001 87 T 0.172 0.253 0.329 0.160 0.036 0.025 0.009 0.002 0.010 0.002 0.001 88 Y 0.122 0.346 0.323 0.047 0.061 0.029 0.015 0.004 0.046 0.006 0.001 89 E 0.270 0.241 0.344 0.041 0.043 0.035 0.006 0.001 0.015 0.002 0.004 90 I 0.273 0.260 0.253 0.080 0.047 0.054 0.006 0.001 0.023 0.001 0.002 91 T 0.321 0.319 0.146 0.107 0.051 0.018 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001 92 K 0.219 0.186 0.196 0.106 0.119 0.051 0.053 0.007 0.048 0.013 0.001 93 L 0.316 0.204 0.209 0.168 0.027 0.032 0.015 0.002 0.023 0.002 0.002 94 N 0.186 0.123 0.241 0.242 0.044 0.026 0.075 0.013 0.029 0.020 0.001 95 G 0.035 0.014 0.087 0.048 0.063 0.010 0.174 0.330 0.004 0.235 0.001 96 G 0.110 0.032 0.132 0.054 0.092 0.022 0.060 0.269 0.005 0.224 0.001 97 R 0.416 0.148 0.270 0.093 0.030 0.022 0.006 0.002 0.009 0.003 0.001 98 R 0.521 0.160 0.143 0.060 0.062 0.023 0.009 0.002 0.017 0.003 0.001 99 F 0.606 0.159 0.119 0.037 0.041 0.020 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 100 L 0.812 0.077 0.058 0.027 0.011 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 101 F 0.810 0.059 0.042 0.043 0.026 0.006 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 102 R 0.738 0.071 0.045 0.094 0.021 0.009 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 103 M 0.673 0.075 0.079 0.107 0.023 0.012 0.013 0.001 0.016 0.001 0.001 104 K 0.599 0.134 0.108 0.110 0.014 0.012 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 105 N 0.432 0.099 0.195 0.122 0.036 0.047 0.030 0.002 0.034 0.003 0.001 106 L 0.315 0.090 0.183 0.337 0.016 0.013 0.028 0.002 0.012 0.002 0.001 107 G 0.076 0.022 0.106 0.035 0.075 0.024 0.173 0.237 0.014 0.238 0.001 108 I 0.473 0.107 0.290 0.087 0.017 0.011 0.002 0.001 0.008 0.002 0.002 109 E 0.333 0.200 0.195 0.133 0.038 0.036 0.018 0.003 0.034 0.007 0.001 110 S 0.137 0.100 0.272 0.290 0.039 0.017 0.113 0.007 0.016 0.007 0.003 111 G 0.011 0.023 0.037 0.023 0.105 0.006 0.096 0.571 0.005 0.123 0.001 112 K 0.022 0.387 0.482 0.024 0.056 0.013 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 113 K 0.012 0.610 0.266 0.014 0.041 0.042 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 114 I 0.003 0.889 0.056 0.002 0.035 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 115 Q 0.003 0.688 0.208 0.002 0.028 0.063 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 116 V 0.006 0.788 0.128 0.003 0.021 0.036 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 117 S 0.020 0.651 0.165 0.020 0.081 0.014 0.008 0.001 0.039 0.001 0.001 118 G 0.010 0.030 0.044 0.015 0.294 0.013 0.074 0.186 0.007 0.327 0.001 119 R 0.072 0.221 0.348 0.096 0.125 0.046 0.032 0.007 0.036 0.014 0.002 120 R 0.223 0.231 0.292 0.131 0.055 0.026 0.012 0.003 0.017 0.007 0.003 121 Y 0.221 0.211 0.181 0.166 0.091 0.049 0.038 0.010 0.023 0.009 0.002 122 Y 0.183 0.334 0.161 0.159 0.092 0.025 0.012 0.003 0.025 0.003 0.001 123 I 0.140 0.376 0.234 0.075 0.065 0.037 0.016 0.003 0.048 0.006 0.001 124 E 0.135 0.142 0.489 0.101 0.028 0.045 0.035 0.002 0.017 0.003 0.004 125 G 0.082 0.071 0.121 0.078 0.160 0.023 0.062 0.246 0.012 0.144 0.001 126 R 0.201 0.261 0.283 0.068 0.103 0.037 0.014 0.004 0.023 0.006 0.001 127 E 0.295 0.279 0.239 0.083 0.033 0.046 0.007 0.001 0.014 0.001 0.002 128 I 0.362 0.321 0.117 0.076 0.058 0.029 0.007 0.001 0.025 0.002 0.001 129 D 0.251 0.152 0.279 0.094 0.045 0.104 0.031 0.001 0.040 0.002 0.002 130 L 0.478 0.167 0.101 0.158 0.041 0.011 0.017 0.003 0.019 0.004 0.001 131 G 0.421 0.076 0.115 0.078 0.140 0.026 0.035 0.037 0.022 0.049 0.001 132 Y 0.333 0.145 0.223 0.218 0.031 0.015 0.016 0.002 0.014 0.003 0.001 133 G 0.131 0.020 0.083 0.027 0.075 0.015 0.078 0.230 0.008 0.332 0.001 134 E 0.586 0.074 0.150 0.130 0.027 0.013 0.009 0.001 0.006 0.003 0.001 135 A 0.366 0.089 0.121 0.259 0.060 0.023 0.043 0.008 0.024 0.006 0.001 136 T 0.282 0.274 0.183 0.127 0.063 0.017 0.022 0.003 0.024 0.002 0.001 137 K 0.122 0.362 0.261 0.083 0.075 0.049 0.018 0.002 0.024 0.001 0.002 138 I 0.095 0.597 0.168 0.062 0.031 0.023 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 139 W 0.103 0.290 0.246 0.092 0.119 0.070 0.033 0.006 0.034 0.007 0.001 140 V 0.097 0.338 0.211 0.135 0.077 0.068 0.028 0.005 0.037 0.003 0.001 141 R 0.069 0.405 0.260 0.073 0.066 0.043 0.018 0.002 0.060 0.003 0.001 142 R 0.192 0.235 0.305 0.111 0.050 0.058 0.016 0.002 0.024 0.002 0.005 143 V 0.085 0.480 0.122 0.132 0.092 0.028 0.016 0.005 0.036 0.003 0.001 144 S 0.086 0.334 0.285 0.084 0.073 0.079 0.017 0.003 0.032 0.004 0.001 145 D 0.051 0.230 0.341 0.076 0.043 0.140 0.024 0.002 0.085 0.005 0.002 146 A 0.496 0.082 0.210 0.135 0.026 0.013 0.012 0.003 0.012 0.007 0.004 147 G 0.135 0.026 0.099 0.108 0.106 0.044 0.115 0.203 0.011 0.152 0.001 148 E 0.471 0.129 0.210 0.109 0.031 0.013 0.007 0.003 0.020 0.004 0.002 149 E 0.603 0.064 0.199 0.074 0.013 0.021 0.011 0.001 0.009 0.002 0.002 150 S 0.213 0.114 0.150 0.404 0.029 0.027 0.034 0.008 0.015 0.003 0.002 151 H 0.038 0.163 0.457 0.012 0.076 0.011 0.026 0.003 0.197 0.016 0.001 152 P 0.271 0.010 0.608 0.031 0.004 0.018 0.001 0.001 0.003 0.001 0.053 153 Q 0.156 0.293 0.347 0.075 0.038 0.031 0.007 0.003 0.047 0.001 0.001 154 K 0.179 0.112 0.591 0.040 0.020 0.032 0.003 0.001 0.015 0.001 0.007