# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7645 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.495 0.195 0.015 0.194 0.009 0.008 0.013 0.005 0.011 0.011 2 K 0.137 0.318 0.062 0.008 0.307 0.007 0.013 0.045 0.022 0.029 0.052 3 L 0.183 0.059 0.016 0.008 0.152 0.013 0.029 0.157 0.232 0.069 0.081 4 S 0.019 0.078 0.040 0.039 0.056 0.113 0.160 0.265 0.163 0.048 0.020 5 R 0.117 0.125 0.059 0.007 0.241 0.007 0.055 0.153 0.064 0.135 0.037 6 L 0.189 0.204 0.116 0.005 0.269 0.007 0.031 0.036 0.036 0.062 0.046 7 V 0.027 0.296 0.449 0.069 0.058 0.042 0.009 0.019 0.008 0.008 0.015 8 P 0.013 0.270 0.074 0.072 0.028 0.081 0.332 0.060 0.053 0.011 0.006 9 G 0.012 0.004 0.009 0.045 0.006 0.009 0.003 0.004 0.009 0.797 0.104 10 V 0.013 0.616 0.218 0.009 0.120 0.004 0.005 0.003 0.004 0.006 0.004 11 P 0.354 0.076 0.009 0.004 0.492 0.004 0.010 0.004 0.005 0.012 0.031 12 A 0.100 0.306 0.030 0.003 0.547 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 13 R 0.223 0.028 0.001 0.001 0.742 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 14 I 0.517 0.020 0.001 0.001 0.427 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 15 K 0.198 0.118 0.020 0.018 0.499 0.049 0.026 0.004 0.002 0.005 0.061 16 R 0.365 0.047 0.008 0.002 0.524 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.040 17 L 0.171 0.173 0.033 0.007 0.427 0.011 0.015 0.019 0.023 0.036 0.085 18 E 0.162 0.179 0.119 0.038 0.230 0.031 0.040 0.037 0.016 0.057 0.090 19 V 0.072 0.194 0.121 0.108 0.095 0.067 0.048 0.107 0.046 0.090 0.052 20 S 0.026 0.145 0.141 0.179 0.044 0.061 0.071 0.175 0.078 0.060 0.021 21 G 0.011 0.025 0.030 0.053 0.014 0.028 0.025 0.421 0.243 0.125 0.024 22 E 0.027 0.069 0.019 0.003 0.052 0.004 0.015 0.605 0.117 0.074 0.015 23 L 0.024 0.023 0.003 0.001 0.025 0.002 0.011 0.744 0.115 0.038 0.013 24 H 0.012 0.010 0.002 0.002 0.014 0.004 0.010 0.839 0.085 0.014 0.008 25 E 0.007 0.006 0.002 0.001 0.009 0.002 0.008 0.860 0.097 0.007 0.002 26 K 0.005 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.887 0.053 0.025 0.002 27 L 0.017 0.011 0.002 0.001 0.013 0.001 0.020 0.755 0.134 0.038 0.007 28 V 0.007 0.025 0.009 0.006 0.012 0.014 0.078 0.687 0.137 0.021 0.005 29 G 0.056 0.027 0.024 0.015 0.048 0.017 0.110 0.394 0.118 0.165 0.028 30 M 0.025 0.308 0.178 0.022 0.081 0.029 0.053 0.105 0.080 0.091 0.027 31 G 0.053 0.171 0.143 0.045 0.137 0.025 0.050 0.093 0.071 0.123 0.089 32 F 0.278 0.118 0.075 0.006 0.204 0.005 0.026 0.020 0.023 0.167 0.078 33 V 0.003 0.313 0.620 0.035 0.014 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 34 P 0.011 0.107 0.039 0.061 0.019 0.083 0.442 0.108 0.117 0.010 0.005 35 G 0.013 0.007 0.014 0.062 0.009 0.012 0.004 0.011 0.021 0.784 0.063 36 E 0.027 0.484 0.190 0.017 0.193 0.013 0.015 0.014 0.014 0.024 0.010 37 E 0.322 0.058 0.005 0.002 0.566 0.002 0.004 0.004 0.003 0.009 0.024 38 I 0.194 0.124 0.014 0.003 0.639 0.004 0.005 0.002 0.002 0.002 0.010 39 E 0.196 0.106 0.006 0.001 0.669 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 40 I 0.552 0.026 0.001 0.001 0.372 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.038 41 V 0.198 0.114 0.016 0.013 0.491 0.047 0.036 0.014 0.008 0.010 0.052 42 Q 0.292 0.090 0.017 0.004 0.492 0.006 0.006 0.012 0.006 0.019 0.057 43 V 0.177 0.105 0.034 0.011 0.277 0.018 0.039 0.038 0.044 0.131 0.127 44 A 0.056 0.316 0.312 0.053 0.133 0.023 0.025 0.020 0.015 0.023 0.023 45 P 0.111 0.126 0.114 0.063 0.115 0.045 0.053 0.128 0.095 0.095 0.055 46 L 0.029 0.165 0.109 0.120 0.050 0.089 0.172 0.084 0.096 0.070 0.016 47 G 0.034 0.029 0.047 0.157 0.036 0.059 0.032 0.022 0.033 0.466 0.083 48 D 0.072 0.353 0.176 0.013 0.317 0.004 0.006 0.009 0.011 0.024 0.016 49 P 0.243 0.142 0.032 0.009 0.389 0.017 0.036 0.030 0.043 0.023 0.038 50 I 0.190 0.212 0.031 0.004 0.476 0.009 0.020 0.010 0.011 0.010 0.028 51 V 0.302 0.036 0.002 0.001 0.645 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 52 C 0.152 0.156 0.012 0.001 0.664 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 53 K 0.408 0.050 0.011 0.002 0.425 0.003 0.002 0.002 0.001 0.007 0.088 54 I 0.129 0.088 0.049 0.209 0.118 0.156 0.046 0.037 0.025 0.051 0.092 55 G 0.014 0.046 0.054 0.473 0.023 0.172 0.143 0.016 0.011 0.037 0.011 56 N 0.077 0.070 0.100 0.139 0.084 0.020 0.010 0.018 0.034 0.348 0.101 57 R 0.103 0.290 0.063 0.012 0.353 0.017 0.029 0.038 0.047 0.027 0.020 58 N 0.219 0.149 0.018 0.005 0.499 0.007 0.012 0.021 0.012 0.018 0.039 59 I 0.324 0.088 0.011 0.004 0.482 0.007 0.009 0.019 0.011 0.013 0.034 60 T 0.190 0.173 0.031 0.006 0.494 0.009 0.011 0.032 0.010 0.010 0.033 61 L 0.288 0.119 0.017 0.004 0.337 0.009 0.018 0.091 0.022 0.038 0.058 62 R 0.118 0.261 0.064 0.019 0.242 0.025 0.027 0.099 0.043 0.052 0.050 63 K 0.096 0.096 0.031 0.019 0.112 0.022 0.036 0.304 0.180 0.059 0.043 64 R 0.016 0.065 0.039 0.014 0.031 0.028 0.091 0.388 0.254 0.060 0.014 65 E 0.075 0.036 0.015 0.005 0.062 0.008 0.074 0.218 0.155 0.280 0.072 66 A 0.136 0.167 0.037 0.007 0.195 0.017 0.074 0.115 0.154 0.034 0.062 67 D 0.067 0.075 0.034 0.021 0.112 0.099 0.225 0.159 0.072 0.080 0.057 68 L 0.273 0.129 0.019 0.004 0.388 0.006 0.034 0.038 0.024 0.038 0.046 69 I 0.162 0.104 0.011 0.002 0.685 0.005 0.011 0.006 0.003 0.002 0.009 70 E 0.303 0.040 0.005 0.001 0.598 0.003 0.004 0.005 0.002 0.005 0.033 71 V 0.275 0.119 0.014 0.002 0.515 0.004 0.006 0.005 0.003 0.008 0.049 72 E 0.111 0.302 0.071 0.006 0.464 0.006 0.008 0.005 0.002 0.003 0.021 73 V 0.298 0.135 0.040 0.007 0.311 0.008 0.013 0.045 0.020 0.039 0.084 74 V 0.040 0.162 0.088 0.171 0.075 0.150 0.087 0.079 0.049 0.061 0.038 75 G 0.027 0.061 0.058 0.349 0.037 0.137 0.113 0.054 0.043 0.094 0.026 76 G 0.036 0.074 0.116 0.129 0.065 0.030 0.028 0.062 0.094 0.304 0.062 77 E 0.152 0.137 0.050 0.013 0.262 0.013 0.046 0.054 0.083 0.135 0.054 78 L 0.075 0.410 0.146 0.023 0.197 0.019 0.024 0.026 0.026 0.025 0.030 79 P 0.147 0.189 0.083 0.026 0.244 0.028 0.046 0.081 0.068 0.037 0.051 80 L 0.188 0.146 0.043 0.007 0.317 0.011 0.026 0.092 0.072 0.058 0.041 81 I 0.152 0.214 0.039 0.005 0.380 0.009 0.019 0.071 0.026 0.042 0.044 82 L 0.189 0.165 0.051 0.012 0.313 0.014 0.023 0.073 0.029 0.058 0.074 83 A 0.109 0.169 0.153 0.044 0.159 0.033 0.040 0.128 0.047 0.065 0.052 84 D 0.057 0.109 0.121 0.112 0.080 0.077 0.067 0.183 0.080 0.080 0.034 85 D 0.026 0.196 0.098 0.132 0.049 0.080 0.112 0.116 0.084 0.082 0.025 86 G 0.036 0.045 0.053 0.087 0.042 0.033 0.026 0.056 0.067 0.426 0.129 87 T 0.129 0.210 0.074 0.020 0.244 0.012 0.022 0.054 0.046 0.116 0.074 88 Y 0.107 0.312 0.123 0.033 0.236 0.024 0.026 0.051 0.027 0.029 0.032 89 E 0.141 0.216 0.074 0.019 0.266 0.019 0.031 0.104 0.048 0.039 0.042 90 I 0.328 0.070 0.013 0.003 0.350 0.007 0.016 0.082 0.042 0.043 0.044 91 T 0.105 0.252 0.070 0.018 0.292 0.026 0.031 0.102 0.031 0.031 0.041 92 K 0.221 0.100 0.047 0.015 0.258 0.015 0.030 0.110 0.041 0.068 0.094 93 L 0.105 0.115 0.076 0.031 0.133 0.036 0.056 0.196 0.079 0.111 0.062 94 N 0.038 0.116 0.092 0.183 0.056 0.117 0.105 0.130 0.043 0.084 0.036 95 G 0.041 0.122 0.108 0.205 0.057 0.065 0.051 0.089 0.048 0.157 0.057 96 G 0.045 0.093 0.100 0.097 0.066 0.034 0.027 0.144 0.095 0.222 0.078 97 R 0.069 0.227 0.081 0.020 0.150 0.016 0.030 0.218 0.092 0.065 0.033 98 R 0.116 0.146 0.031 0.009 0.190 0.011 0.024 0.302 0.091 0.049 0.032 99 F 0.098 0.087 0.013 0.004 0.152 0.009 0.024 0.453 0.096 0.042 0.022 100 L 0.081 0.048 0.010 0.005 0.100 0.010 0.027 0.524 0.102 0.059 0.033 101 F 0.060 0.080 0.018 0.005 0.094 0.012 0.034 0.532 0.097 0.048 0.021 102 R 0.058 0.062 0.021 0.006 0.079 0.011 0.052 0.463 0.130 0.084 0.034 103 M 0.069 0.076 0.022 0.004 0.096 0.009 0.037 0.390 0.168 0.100 0.029 104 K 0.035 0.115 0.060 0.012 0.070 0.016 0.073 0.401 0.155 0.039 0.025 105 N 0.070 0.032 0.026 0.014 0.054 0.022 0.109 0.352 0.104 0.173 0.044 106 L 0.017 0.535 0.153 0.034 0.063 0.028 0.044 0.063 0.021 0.031 0.011 107 G 0.073 0.056 0.066 0.099 0.068 0.036 0.026 0.094 0.062 0.269 0.152 108 I 0.110 0.115 0.105 0.016 0.144 0.015 0.043 0.195 0.143 0.077 0.036 109 E 0.057 0.069 0.070 0.091 0.072 0.087 0.102 0.215 0.100 0.092 0.043 110 S 0.046 0.355 0.125 0.056 0.116 0.049 0.105 0.054 0.029 0.045 0.019 111 G 0.058 0.038 0.034 0.089 0.049 0.028 0.015 0.028 0.031 0.361 0.270 112 K 0.112 0.363 0.093 0.012 0.335 0.011 0.014 0.019 0.009 0.015 0.018 113 K 0.330 0.061 0.007 0.002 0.556 0.003 0.004 0.006 0.002 0.006 0.022 114 I 0.303 0.087 0.010 0.001 0.550 0.003 0.005 0.006 0.005 0.003 0.026 115 Q 0.223 0.109 0.015 0.003 0.559 0.008 0.010 0.012 0.004 0.006 0.051 116 V 0.402 0.039 0.010 0.007 0.247 0.010 0.012 0.028 0.013 0.067 0.165 117 S 0.031 0.136 0.073 0.260 0.060 0.169 0.157 0.034 0.015 0.037 0.029 118 G 0.055 0.039 0.082 0.407 0.054 0.069 0.031 0.024 0.017 0.169 0.052 119 R 0.121 0.148 0.126 0.037 0.245 0.016 0.017 0.068 0.103 0.088 0.032 120 R 0.045 0.106 0.053 0.024 0.091 0.036 0.090 0.200 0.267 0.060 0.029 121 Y 0.118 0.099 0.046 0.019 0.154 0.023 0.076 0.129 0.107 0.160 0.068 122 Y 0.136 0.148 0.076 0.023 0.200 0.022 0.029 0.106 0.069 0.118 0.074 123 I 0.096 0.139 0.103 0.047 0.145 0.038 0.051 0.174 0.064 0.089 0.055 124 E 0.098 0.111 0.070 0.051 0.133 0.034 0.047 0.162 0.076 0.159 0.059 125 G 0.077 0.189 0.110 0.045 0.155 0.022 0.025 0.181 0.073 0.087 0.037 126 R 0.053 0.113 0.049 0.014 0.111 0.015 0.028 0.393 0.150 0.047 0.027 127 E 0.108 0.058 0.011 0.003 0.129 0.007 0.030 0.422 0.114 0.089 0.029 128 I 0.102 0.162 0.025 0.007 0.210 0.014 0.028 0.301 0.067 0.056 0.028 129 D 0.136 0.064 0.023 0.009 0.191 0.013 0.034 0.319 0.108 0.058 0.044 130 L 0.040 0.049 0.025 0.008 0.054 0.014 0.049 0.480 0.198 0.056 0.026 131 G 0.052 0.063 0.042 0.027 0.062 0.032 0.191 0.284 0.087 0.127 0.034 132 Y 0.064 0.214 0.105 0.064 0.093 0.040 0.048 0.106 0.048 0.168 0.050 133 G 0.039 0.102 0.143 0.175 0.064 0.055 0.032 0.101 0.073 0.154 0.061 134 E 0.106 0.118 0.052 0.014 0.170 0.010 0.037 0.208 0.174 0.077 0.035 135 A 0.117 0.046 0.016 0.008 0.115 0.018 0.103 0.218 0.215 0.092 0.052 136 T 0.093 0.222 0.062 0.023 0.217 0.043 0.071 0.129 0.051 0.055 0.034 137 K 0.305 0.078 0.014 0.004 0.484 0.005 0.010 0.033 0.012 0.027 0.028 138 I 0.254 0.096 0.027 0.010 0.411 0.012 0.015 0.033 0.024 0.045 0.073 139 W 0.143 0.196 0.088 0.052 0.269 0.039 0.046 0.041 0.020 0.042 0.062 140 V 0.181 0.082 0.054 0.049 0.208 0.031 0.045 0.032 0.035 0.183 0.101 141 R 0.106 0.299 0.205 0.030 0.261 0.010 0.009 0.013 0.016 0.029 0.021 142 R 0.081 0.197 0.090 0.033 0.194 0.043 0.083 0.090 0.103 0.047 0.038 143 V 0.188 0.113 0.063 0.019 0.245 0.012 0.022 0.024 0.033 0.169 0.112 144 S 0.071 0.396 0.183 0.028 0.204 0.015 0.015 0.016 0.012 0.029 0.030 145 D 0.152 0.242 0.136 0.023 0.289 0.009 0.013 0.034 0.022 0.030 0.049 146 A 0.061 0.089 0.034 0.055 0.077 0.070 0.102 0.179 0.169 0.125 0.041 147 G 0.052 0.106 0.147 0.160 0.098 0.050 0.040 0.061 0.047 0.195 0.045 148 E 0.125 0.121 0.071 0.017 0.208 0.013 0.021 0.136 0.156 0.092 0.040 149 E 0.054 0.093 0.048 0.019 0.106 0.027 0.105 0.228 0.196 0.091 0.033 150 S 0.083 0.105 0.060 0.043 0.115 0.042 0.056 0.084 0.073 0.269 0.071 151 H 0.071 0.307 0.206 0.030 0.195 0.014 0.013 0.046 0.034 0.055 0.030 152 P 0.098 0.129 0.068 0.016 0.166 0.015 0.037 0.198 0.170 0.067 0.037 153 Q 0.125 0.138 0.057 0.012 0.202 0.016 0.047 0.138 0.106 0.112 0.046 154 K 0.091 0.264 0.095 0.019 0.211 0.024 0.036 0.100 0.058 0.060 0.040