# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7645 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.652 0.209 0.081 0.041 0.014 0.002 0.001 2 K 0.436 0.333 0.155 0.059 0.014 0.003 0.001 3 L 0.149 0.124 0.257 0.295 0.147 0.029 0.001 4 S 0.586 0.320 0.069 0.019 0.006 0.001 0.001 5 R 0.454 0.388 0.113 0.037 0.007 0.001 0.001 6 L 0.098 0.087 0.224 0.350 0.205 0.036 0.001 7 V 0.470 0.325 0.146 0.047 0.012 0.001 0.001 8 P 0.695 0.253 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 9 G 0.519 0.324 0.098 0.044 0.014 0.002 0.001 10 V 0.233 0.295 0.236 0.163 0.061 0.011 0.001 11 P 0.164 0.382 0.290 0.116 0.039 0.008 0.001 12 A 0.030 0.057 0.131 0.263 0.363 0.145 0.011 13 R 0.013 0.102 0.257 0.353 0.205 0.068 0.003 14 I 0.014 0.037 0.067 0.138 0.276 0.424 0.045 15 K 0.033 0.159 0.282 0.321 0.169 0.035 0.001 16 R 0.088 0.290 0.264 0.226 0.101 0.030 0.001 17 L 0.017 0.041 0.172 0.347 0.326 0.094 0.002 18 E 0.288 0.424 0.191 0.074 0.020 0.003 0.001 19 V 0.224 0.254 0.253 0.191 0.066 0.012 0.001 20 S 0.614 0.285 0.070 0.023 0.007 0.001 0.001 21 G 0.650 0.269 0.058 0.020 0.004 0.001 0.001 22 E 0.425 0.404 0.122 0.037 0.010 0.001 0.001 23 L 0.062 0.110 0.183 0.297 0.262 0.081 0.005 24 H 0.034 0.147 0.290 0.332 0.151 0.044 0.002 25 E 0.143 0.308 0.252 0.188 0.083 0.025 0.001 26 K 0.021 0.081 0.208 0.326 0.271 0.086 0.007 27 L 0.018 0.030 0.041 0.111 0.283 0.415 0.102 28 V 0.019 0.065 0.167 0.286 0.248 0.177 0.039 29 G 0.082 0.178 0.269 0.272 0.113 0.067 0.018 30 M 0.031 0.038 0.061 0.108 0.247 0.404 0.111 31 G 0.071 0.122 0.127 0.177 0.211 0.224 0.068 32 F 0.046 0.083 0.148 0.246 0.229 0.192 0.054 33 V 0.075 0.141 0.196 0.250 0.224 0.100 0.014 34 P 0.171 0.261 0.253 0.175 0.099 0.038 0.004 35 G 0.321 0.351 0.168 0.101 0.045 0.013 0.001 36 E 0.339 0.383 0.143 0.090 0.035 0.009 0.001 37 E 0.042 0.158 0.275 0.311 0.143 0.064 0.007 38 I 0.019 0.033 0.075 0.184 0.374 0.282 0.034 39 E 0.037 0.208 0.300 0.297 0.121 0.034 0.002 40 I 0.014 0.041 0.072 0.168 0.328 0.332 0.045 41 V 0.013 0.046 0.108 0.215 0.296 0.287 0.035 42 Q 0.054 0.166 0.246 0.287 0.169 0.070 0.008 43 V 0.075 0.170 0.263 0.257 0.160 0.068 0.008 44 A 0.090 0.129 0.180 0.250 0.231 0.110 0.010 45 P 0.138 0.195 0.194 0.201 0.164 0.094 0.013 46 L 0.194 0.195 0.219 0.197 0.126 0.060 0.009 47 G 0.328 0.329 0.185 0.100 0.040 0.016 0.003 48 D 0.148 0.208 0.192 0.183 0.155 0.093 0.020 49 P 0.043 0.061 0.101 0.182 0.263 0.253 0.098 50 I 0.019 0.054 0.087 0.154 0.282 0.321 0.082 51 V 0.026 0.091 0.184 0.272 0.230 0.160 0.039 52 C 0.007 0.020 0.038 0.075 0.233 0.503 0.124 53 K 0.019 0.118 0.245 0.354 0.187 0.070 0.007 54 I 0.014 0.032 0.077 0.209 0.348 0.291 0.029 55 G 0.134 0.288 0.254 0.191 0.104 0.027 0.001 56 N 0.340 0.391 0.147 0.076 0.033 0.012 0.001 57 R 0.080 0.175 0.288 0.293 0.126 0.035 0.003 58 N 0.104 0.246 0.257 0.223 0.117 0.050 0.004 59 I 0.018 0.035 0.071 0.148 0.329 0.353 0.046 60 T 0.037 0.098 0.221 0.266 0.228 0.132 0.018 61 L 0.023 0.048 0.088 0.156 0.257 0.346 0.082 62 R 0.035 0.119 0.221 0.247 0.246 0.121 0.011 63 K 0.096 0.211 0.258 0.282 0.121 0.031 0.001 64 R 0.447 0.412 0.087 0.034 0.016 0.003 0.001 65 E 0.167 0.326 0.242 0.185 0.061 0.019 0.001 66 A 0.039 0.055 0.191 0.314 0.311 0.086 0.005 67 D 0.336 0.470 0.134 0.044 0.013 0.003 0.001 68 L 0.159 0.282 0.263 0.193 0.078 0.022 0.002 69 I 0.029 0.038 0.062 0.149 0.341 0.340 0.041 70 E 0.050 0.167 0.257 0.287 0.167 0.067 0.005 71 V 0.040 0.073 0.129 0.209 0.293 0.229 0.028 72 E 0.109 0.290 0.286 0.186 0.104 0.024 0.001 73 V 0.111 0.218 0.250 0.258 0.127 0.035 0.001 74 V 0.152 0.199 0.264 0.228 0.131 0.026 0.001 75 G 0.584 0.287 0.086 0.033 0.009 0.001 0.001 76 G 0.664 0.255 0.055 0.020 0.005 0.001 0.001 77 E 0.535 0.297 0.108 0.047 0.011 0.002 0.001 78 L 0.275 0.236 0.242 0.176 0.061 0.011 0.001 79 P 0.439 0.364 0.130 0.047 0.015 0.003 0.001 80 L 0.120 0.165 0.242 0.267 0.164 0.041 0.001 81 I 0.116 0.194 0.253 0.232 0.159 0.045 0.001 82 L 0.148 0.217 0.295 0.224 0.093 0.023 0.001 83 A 0.388 0.283 0.176 0.106 0.039 0.007 0.001 84 D 0.596 0.281 0.077 0.032 0.012 0.002 0.001 85 D 0.632 0.249 0.076 0.033 0.009 0.002 0.001 86 G 0.537 0.286 0.110 0.048 0.015 0.003 0.001 87 T 0.357 0.326 0.177 0.100 0.032 0.008 0.001 88 Y 0.143 0.183 0.272 0.246 0.124 0.031 0.001 89 E 0.178 0.310 0.259 0.169 0.064 0.018 0.001 90 I 0.076 0.097 0.146 0.224 0.277 0.167 0.013 91 T 0.115 0.167 0.216 0.253 0.176 0.067 0.005 92 K 0.317 0.322 0.195 0.105 0.044 0.016 0.001 93 L 0.212 0.193 0.220 0.217 0.114 0.040 0.004 94 N 0.347 0.260 0.173 0.123 0.069 0.026 0.002 95 G 0.376 0.258 0.169 0.115 0.056 0.024 0.003 96 G 0.456 0.256 0.143 0.087 0.041 0.015 0.002 97 R 0.322 0.253 0.179 0.137 0.077 0.030 0.003 98 R 0.233 0.252 0.209 0.162 0.098 0.042 0.005 99 F 0.129 0.156 0.188 0.229 0.197 0.092 0.009 100 L 0.160 0.230 0.230 0.196 0.124 0.054 0.004 101 F 0.162 0.164 0.207 0.229 0.164 0.067 0.006 102 R 0.326 0.301 0.175 0.113 0.060 0.023 0.002 103 M 0.234 0.201 0.213 0.200 0.111 0.039 0.003 104 K 0.402 0.305 0.159 0.087 0.036 0.011 0.001 105 N 0.340 0.288 0.190 0.117 0.050 0.014 0.001 106 L 0.189 0.153 0.224 0.246 0.148 0.039 0.002 107 G 0.440 0.330 0.142 0.057 0.025 0.005 0.001 108 I 0.444 0.294 0.143 0.086 0.027 0.005 0.001 109 E 0.516 0.309 0.102 0.046 0.023 0.004 0.001 110 S 0.392 0.311 0.172 0.093 0.027 0.006 0.001 111 G 0.227 0.284 0.278 0.140 0.055 0.014 0.001 112 K 0.104 0.211 0.274 0.286 0.100 0.024 0.002 113 K 0.020 0.107 0.254 0.346 0.191 0.076 0.005 114 I 0.007 0.012 0.016 0.051 0.225 0.578 0.111 115 Q 0.009 0.062 0.163 0.375 0.240 0.139 0.012 116 V 0.009 0.023 0.043 0.102 0.235 0.445 0.142 117 S 0.011 0.028 0.079 0.156 0.249 0.347 0.130 118 G 0.053 0.114 0.154 0.213 0.247 0.169 0.050 119 R 0.095 0.216 0.267 0.218 0.130 0.063 0.011 120 R 0.224 0.301 0.196 0.148 0.086 0.040 0.005 121 Y 0.086 0.119 0.163 0.228 0.245 0.140 0.018 122 Y 0.143 0.162 0.179 0.217 0.194 0.094 0.012 123 I 0.242 0.255 0.208 0.152 0.100 0.039 0.005 124 E 0.307 0.305 0.195 0.121 0.048 0.020 0.004 125 G 0.205 0.161 0.163 0.201 0.164 0.089 0.018 126 R 0.188 0.212 0.202 0.194 0.121 0.070 0.014 127 E 0.091 0.119 0.165 0.227 0.183 0.162 0.053 128 I 0.063 0.047 0.053 0.101 0.192 0.351 0.193 129 D 0.096 0.128 0.138 0.183 0.190 0.181 0.084 130 L 0.126 0.112 0.118 0.172 0.184 0.186 0.103 131 G 0.111 0.117 0.114 0.156 0.176 0.227 0.099 132 Y 0.138 0.161 0.178 0.201 0.159 0.121 0.041 133 G 0.167 0.165 0.163 0.189 0.164 0.117 0.036 134 E 0.255 0.259 0.186 0.139 0.095 0.053 0.014 135 A 0.171 0.187 0.207 0.200 0.135 0.078 0.022 136 T 0.203 0.234 0.177 0.170 0.131 0.070 0.015 137 K 0.060 0.127 0.168 0.243 0.205 0.165 0.032 138 I 0.035 0.039 0.063 0.136 0.224 0.366 0.138 139 W 0.036 0.066 0.115 0.189 0.229 0.255 0.110 140 V 0.029 0.054 0.077 0.138 0.230 0.306 0.166 141 R 0.037 0.077 0.136 0.201 0.244 0.228 0.077 142 R 0.064 0.167 0.199 0.224 0.186 0.128 0.032 143 V 0.042 0.065 0.097 0.176 0.242 0.281 0.098 144 S 0.042 0.046 0.065 0.145 0.268 0.345 0.089 145 D 0.131 0.266 0.251 0.178 0.104 0.062 0.009 146 A 0.079 0.099 0.174 0.279 0.236 0.121 0.012 147 G 0.342 0.309 0.171 0.109 0.053 0.015 0.001 148 E 0.505 0.258 0.126 0.075 0.029 0.006 0.001 149 E 0.767 0.190 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 150 S 0.673 0.224 0.070 0.027 0.006 0.001 0.001 151 H 0.654 0.210 0.086 0.037 0.011 0.002 0.001 152 P 0.728 0.198 0.050 0.018 0.005 0.001 0.001 153 Q 0.704 0.184 0.071 0.030 0.008 0.002 0.001 154 K 0.770 0.166 0.043 0.015 0.004 0.001 0.001