# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.7645 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.285 0.097 0.095 0.114 0.132 0.106 0.067 0.044 0.031 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 2 K 0.175 0.136 0.152 0.173 0.142 0.094 0.064 0.031 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 3 L 0.083 0.042 0.062 0.095 0.151 0.152 0.124 0.119 0.082 0.049 0.023 0.012 0.005 0.002 4 S 0.269 0.174 0.150 0.147 0.099 0.073 0.044 0.021 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 5 R 0.377 0.241 0.143 0.092 0.059 0.035 0.024 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 6 L 0.069 0.047 0.078 0.131 0.208 0.181 0.121 0.086 0.044 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 7 V 0.132 0.127 0.159 0.191 0.161 0.109 0.059 0.031 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 8 P 0.364 0.167 0.125 0.111 0.082 0.059 0.041 0.022 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 9 G 0.171 0.174 0.135 0.164 0.132 0.088 0.068 0.031 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 10 V 0.048 0.058 0.096 0.132 0.164 0.167 0.132 0.091 0.057 0.029 0.014 0.007 0.003 0.002 11 P 0.047 0.054 0.065 0.110 0.169 0.156 0.133 0.113 0.071 0.037 0.024 0.010 0.007 0.003 12 A 0.009 0.007 0.008 0.016 0.033 0.056 0.084 0.130 0.180 0.162 0.154 0.107 0.041 0.013 13 R 0.013 0.015 0.024 0.065 0.107 0.100 0.122 0.146 0.127 0.102 0.082 0.060 0.022 0.014 14 I 0.003 0.003 0.004 0.004 0.007 0.014 0.023 0.044 0.109 0.216 0.250 0.172 0.108 0.043 15 K 0.023 0.030 0.039 0.064 0.087 0.108 0.139 0.151 0.129 0.085 0.068 0.042 0.025 0.009 16 R 0.028 0.037 0.050 0.093 0.126 0.112 0.108 0.121 0.133 0.088 0.056 0.023 0.015 0.009 17 L 0.019 0.020 0.032 0.052 0.112 0.121 0.165 0.166 0.116 0.089 0.061 0.029 0.011 0.006 18 E 0.117 0.168 0.154 0.172 0.133 0.095 0.062 0.041 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 19 V 0.060 0.051 0.091 0.127 0.183 0.163 0.131 0.088 0.062 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 20 S 0.227 0.220 0.151 0.155 0.105 0.061 0.045 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 21 G 0.565 0.186 0.109 0.059 0.039 0.020 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.355 0.242 0.150 0.109 0.077 0.034 0.020 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.060 0.045 0.087 0.145 0.209 0.185 0.125 0.083 0.038 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 24 H 0.087 0.115 0.150 0.216 0.183 0.140 0.059 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 25 E 0.581 0.265 0.090 0.032 0.014 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.099 0.148 0.171 0.197 0.186 0.106 0.048 0.026 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.037 0.022 0.039 0.067 0.151 0.201 0.187 0.173 0.078 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 28 V 0.131 0.114 0.129 0.160 0.164 0.125 0.083 0.054 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 29 G 0.506 0.245 0.116 0.066 0.027 0.015 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.085 0.044 0.074 0.152 0.231 0.167 0.106 0.066 0.041 0.016 0.008 0.007 0.002 0.001 31 G 0.127 0.091 0.121 0.150 0.154 0.136 0.107 0.058 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 32 F 0.184 0.077 0.082 0.117 0.152 0.129 0.088 0.082 0.044 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 33 V 0.140 0.085 0.107 0.142 0.151 0.144 0.094 0.060 0.038 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 34 P 0.174 0.113 0.130 0.144 0.127 0.116 0.085 0.047 0.030 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 35 G 0.163 0.121 0.108 0.133 0.139 0.116 0.086 0.054 0.038 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 36 E 0.101 0.130 0.137 0.164 0.133 0.117 0.091 0.055 0.035 0.017 0.011 0.006 0.003 0.001 37 E 0.046 0.052 0.080 0.134 0.199 0.161 0.122 0.096 0.060 0.025 0.014 0.005 0.004 0.002 38 I 0.013 0.011 0.017 0.029 0.059 0.096 0.169 0.174 0.151 0.111 0.088 0.052 0.023 0.006 39 E 0.036 0.036 0.056 0.111 0.149 0.124 0.113 0.126 0.106 0.065 0.042 0.022 0.009 0.005 40 I 0.013 0.008 0.013 0.021 0.035 0.051 0.073 0.106 0.146 0.177 0.169 0.121 0.045 0.022 41 V 0.024 0.035 0.043 0.047 0.069 0.092 0.105 0.123 0.128 0.129 0.096 0.055 0.040 0.015 42 Q 0.058 0.074 0.089 0.126 0.134 0.121 0.118 0.104 0.079 0.045 0.026 0.013 0.008 0.004 43 V 0.049 0.052 0.065 0.098 0.145 0.127 0.110 0.115 0.100 0.069 0.038 0.017 0.008 0.006 44 A 0.103 0.138 0.137 0.170 0.145 0.109 0.072 0.052 0.035 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 45 P 0.071 0.079 0.121 0.143 0.154 0.150 0.113 0.076 0.048 0.025 0.011 0.005 0.003 0.001 46 L 0.075 0.081 0.102 0.123 0.164 0.152 0.118 0.084 0.052 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 47 G 0.232 0.207 0.145 0.143 0.093 0.064 0.048 0.027 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 48 D 0.120 0.084 0.109 0.127 0.142 0.134 0.094 0.072 0.054 0.029 0.016 0.010 0.006 0.003 49 P 0.041 0.034 0.050 0.078 0.127 0.152 0.152 0.130 0.089 0.057 0.046 0.025 0.013 0.005 50 I 0.017 0.016 0.022 0.041 0.072 0.093 0.132 0.166 0.150 0.124 0.089 0.047 0.023 0.008 51 V 0.026 0.023 0.030 0.078 0.130 0.119 0.112 0.146 0.129 0.083 0.065 0.035 0.015 0.011 52 C 0.012 0.009 0.011 0.011 0.018 0.034 0.063 0.081 0.128 0.170 0.202 0.158 0.076 0.028 53 K 0.035 0.032 0.052 0.109 0.153 0.137 0.123 0.134 0.098 0.055 0.039 0.019 0.010 0.004 54 I 0.010 0.009 0.013 0.026 0.054 0.079 0.106 0.141 0.172 0.169 0.116 0.067 0.024 0.014 55 G 0.041 0.060 0.080 0.129 0.144 0.161 0.123 0.113 0.062 0.041 0.026 0.013 0.004 0.004 56 N 0.062 0.091 0.096 0.126 0.132 0.120 0.119 0.089 0.071 0.044 0.028 0.012 0.007 0.003 57 R 0.018 0.026 0.043 0.081 0.142 0.163 0.159 0.152 0.111 0.053 0.028 0.015 0.006 0.002 58 N 0.049 0.061 0.077 0.134 0.203 0.146 0.116 0.093 0.061 0.029 0.017 0.007 0.004 0.002 59 I 0.023 0.015 0.023 0.035 0.065 0.095 0.147 0.166 0.146 0.123 0.088 0.048 0.018 0.006 60 T 0.077 0.057 0.080 0.120 0.166 0.134 0.104 0.111 0.075 0.039 0.022 0.009 0.004 0.002 61 L 0.048 0.035 0.044 0.077 0.119 0.119 0.122 0.130 0.130 0.080 0.053 0.026 0.012 0.004 62 R 0.055 0.055 0.076 0.153 0.165 0.179 0.155 0.084 0.044 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 63 K 0.058 0.102 0.150 0.177 0.167 0.135 0.101 0.047 0.031 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 64 R 0.276 0.268 0.180 0.136 0.070 0.036 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.076 0.173 0.228 0.185 0.154 0.094 0.048 0.020 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.019 0.021 0.041 0.084 0.177 0.219 0.180 0.140 0.078 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 67 D 0.160 0.299 0.183 0.112 0.077 0.056 0.054 0.024 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 68 L 0.076 0.087 0.089 0.123 0.152 0.123 0.102 0.100 0.068 0.031 0.020 0.013 0.013 0.003 69 I 0.008 0.009 0.011 0.014 0.037 0.054 0.091 0.112 0.159 0.162 0.137 0.125 0.069 0.012 70 E 0.030 0.029 0.047 0.120 0.163 0.126 0.141 0.155 0.088 0.049 0.027 0.015 0.008 0.003 71 V 0.019 0.013 0.014 0.023 0.038 0.050 0.069 0.113 0.169 0.204 0.145 0.082 0.039 0.023 72 E 0.046 0.046 0.074 0.145 0.170 0.145 0.109 0.110 0.073 0.038 0.024 0.012 0.004 0.003 73 V 0.034 0.035 0.059 0.117 0.128 0.160 0.132 0.105 0.090 0.069 0.041 0.018 0.008 0.003 74 V 0.045 0.058 0.094 0.131 0.172 0.176 0.146 0.091 0.048 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 75 G 0.264 0.203 0.159 0.136 0.096 0.060 0.043 0.017 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 76 G 0.472 0.207 0.119 0.083 0.052 0.029 0.020 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 E 0.367 0.189 0.130 0.114 0.085 0.049 0.037 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.132 0.088 0.125 0.169 0.163 0.135 0.091 0.053 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 79 P 0.257 0.154 0.130 0.131 0.122 0.078 0.058 0.034 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 80 L 0.108 0.068 0.099 0.127 0.146 0.138 0.098 0.089 0.058 0.037 0.019 0.008 0.004 0.001 81 I 0.079 0.070 0.103 0.148 0.168 0.152 0.103 0.081 0.046 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 82 L 0.095 0.080 0.121 0.146 0.160 0.145 0.100 0.071 0.039 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 83 A 0.253 0.176 0.138 0.137 0.113 0.076 0.052 0.025 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 84 D 0.445 0.206 0.116 0.083 0.063 0.036 0.027 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.437 0.218 0.119 0.090 0.060 0.033 0.024 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 G 0.399 0.196 0.134 0.112 0.073 0.039 0.024 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 T 0.287 0.161 0.128 0.132 0.111 0.074 0.058 0.024 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 88 Y 0.147 0.101 0.131 0.149 0.147 0.125 0.086 0.055 0.033 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 89 E 0.203 0.151 0.137 0.149 0.145 0.084 0.057 0.034 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 90 I 0.055 0.041 0.075 0.107 0.147 0.169 0.132 0.115 0.069 0.045 0.025 0.012 0.006 0.002 91 T 0.118 0.098 0.120 0.136 0.151 0.131 0.093 0.067 0.040 0.024 0.013 0.005 0.003 0.001 92 K 0.396 0.212 0.116 0.087 0.067 0.040 0.032 0.020 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 93 L 0.148 0.096 0.107 0.142 0.162 0.129 0.082 0.057 0.040 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 94 N 0.179 0.127 0.139 0.150 0.140 0.104 0.078 0.040 0.022 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 95 G 0.301 0.164 0.132 0.125 0.104 0.067 0.049 0.026 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 96 G 0.321 0.159 0.127 0.124 0.104 0.067 0.046 0.023 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 97 R 0.286 0.139 0.129 0.131 0.124 0.080 0.054 0.028 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 98 R 0.268 0.154 0.132 0.139 0.117 0.080 0.047 0.029 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 99 F 0.182 0.094 0.115 0.149 0.160 0.123 0.074 0.050 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 100 L 0.216 0.135 0.137 0.161 0.133 0.091 0.059 0.031 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 101 F 0.245 0.121 0.130 0.152 0.128 0.097 0.056 0.032 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 102 R 0.353 0.179 0.130 0.114 0.085 0.056 0.047 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 103 M 0.202 0.119 0.141 0.163 0.141 0.101 0.054 0.037 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 104 K 0.381 0.168 0.124 0.120 0.086 0.054 0.033 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 105 N 0.304 0.156 0.138 0.132 0.098 0.072 0.050 0.024 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 106 L 0.141 0.088 0.132 0.172 0.184 0.129 0.078 0.039 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 107 G 0.445 0.201 0.124 0.092 0.064 0.033 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.311 0.138 0.143 0.148 0.115 0.074 0.038 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 109 E 0.446 0.185 0.111 0.103 0.070 0.037 0.029 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.319 0.209 0.159 0.118 0.082 0.054 0.028 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 111 G 0.149 0.123 0.118 0.156 0.146 0.123 0.092 0.045 0.028 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 112 K 0.035 0.052 0.078 0.124 0.153 0.151 0.145 0.113 0.071 0.037 0.021 0.011 0.006 0.002 113 K 0.021 0.029 0.049 0.115 0.208 0.165 0.133 0.128 0.080 0.032 0.021 0.009 0.006 0.003 114 I 0.004 0.004 0.006 0.008 0.017 0.037 0.077 0.112 0.155 0.185 0.190 0.124 0.066 0.017 115 Q 0.014 0.014 0.022 0.060 0.106 0.103 0.124 0.178 0.160 0.093 0.065 0.036 0.018 0.009 116 V 0.003 0.002 0.003 0.005 0.010 0.019 0.034 0.061 0.117 0.204 0.231 0.197 0.075 0.039 117 S 0.010 0.015 0.022 0.030 0.051 0.075 0.104 0.143 0.138 0.144 0.125 0.078 0.043 0.021 118 G 0.018 0.029 0.038 0.070 0.096 0.103 0.122 0.144 0.127 0.104 0.074 0.045 0.021 0.010 119 R 0.042 0.059 0.067 0.105 0.149 0.130 0.121 0.111 0.091 0.057 0.035 0.018 0.008 0.007 120 R 0.093 0.120 0.122 0.147 0.148 0.112 0.087 0.069 0.049 0.025 0.015 0.007 0.004 0.002 121 Y 0.051 0.052 0.087 0.124 0.151 0.154 0.116 0.104 0.080 0.043 0.022 0.009 0.005 0.002 122 Y 0.100 0.083 0.105 0.131 0.149 0.141 0.110 0.078 0.054 0.027 0.014 0.006 0.003 0.001 123 I 0.090 0.072 0.091 0.124 0.152 0.137 0.113 0.087 0.056 0.037 0.023 0.011 0.004 0.002 124 E 0.119 0.128 0.128 0.153 0.142 0.110 0.083 0.058 0.036 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 125 G 0.094 0.076 0.089 0.105 0.130 0.130 0.109 0.095 0.073 0.044 0.028 0.016 0.008 0.003 126 R 0.082 0.070 0.082 0.120 0.135 0.129 0.119 0.101 0.072 0.042 0.026 0.013 0.007 0.003 127 E 0.057 0.043 0.061 0.103 0.127 0.128 0.115 0.115 0.100 0.064 0.045 0.023 0.012 0.006 128 I 0.024 0.020 0.031 0.046 0.075 0.106 0.135 0.145 0.131 0.112 0.089 0.050 0.025 0.011 129 D 0.044 0.043 0.056 0.081 0.107 0.117 0.124 0.132 0.107 0.080 0.055 0.031 0.015 0.008 130 L 0.042 0.035 0.044 0.059 0.077 0.092 0.099 0.128 0.136 0.117 0.085 0.048 0.026 0.013 131 G 0.036 0.031 0.039 0.055 0.088 0.103 0.114 0.132 0.118 0.108 0.084 0.056 0.025 0.012 132 Y 0.052 0.053 0.072 0.100 0.119 0.137 0.122 0.112 0.081 0.065 0.044 0.025 0.012 0.006 133 G 0.049 0.051 0.067 0.096 0.134 0.136 0.138 0.120 0.081 0.056 0.037 0.022 0.008 0.005 134 E 0.116 0.140 0.129 0.155 0.129 0.098 0.081 0.059 0.043 0.024 0.015 0.007 0.003 0.002 135 A 0.059 0.064 0.091 0.148 0.146 0.144 0.108 0.089 0.071 0.036 0.023 0.012 0.006 0.003 136 T 0.037 0.046 0.072 0.112 0.132 0.153 0.149 0.109 0.091 0.048 0.028 0.013 0.007 0.004 137 K 0.025 0.023 0.039 0.063 0.093 0.124 0.140 0.144 0.131 0.093 0.063 0.034 0.018 0.009 138 I 0.008 0.007 0.011 0.016 0.028 0.049 0.075 0.107 0.150 0.176 0.174 0.121 0.052 0.025 139 W 0.007 0.009 0.014 0.020 0.031 0.047 0.068 0.101 0.130 0.171 0.164 0.130 0.069 0.039 140 V 0.006 0.007 0.010 0.014 0.026 0.040 0.060 0.092 0.134 0.176 0.173 0.128 0.082 0.050 141 R 0.009 0.012 0.016 0.025 0.040 0.056 0.081 0.122 0.162 0.156 0.135 0.093 0.057 0.035 142 R 0.013 0.016 0.023 0.044 0.062 0.078 0.114 0.141 0.144 0.132 0.105 0.070 0.035 0.025 143 V 0.007 0.010 0.018 0.027 0.044 0.071 0.105 0.140 0.140 0.163 0.132 0.084 0.037 0.020 144 S 0.021 0.035 0.056 0.065 0.095 0.114 0.123 0.146 0.116 0.105 0.066 0.033 0.017 0.006 145 D 0.051 0.082 0.102 0.140 0.144 0.128 0.103 0.100 0.076 0.040 0.020 0.007 0.004 0.002 146 A 0.042 0.037 0.066 0.095 0.149 0.174 0.160 0.124 0.071 0.042 0.022 0.010 0.004 0.002 147 G 0.293 0.203 0.159 0.131 0.087 0.052 0.042 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 148 E 0.445 0.186 0.119 0.097 0.069 0.036 0.024 0.010 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 149 E 0.629 0.176 0.081 0.056 0.027 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 S 0.521 0.200 0.124 0.071 0.044 0.020 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 H 0.320 0.171 0.147 0.158 0.096 0.058 0.026 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 152 P 0.299 0.120 0.151 0.132 0.124 0.081 0.060 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 153 Q 0.283 0.160 0.146 0.141 0.111 0.074 0.045 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 154 K 0.400 0.175 0.128 0.094 0.086 0.050 0.034 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001