# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.0371 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.325 0.081 0.028 0.056 0.068 0.069 0.104 0.084 0.081 0.066 0.039 2 K 0.154 0.394 0.057 0.211 0.127 0.029 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 3 L 0.015 0.011 0.009 0.031 0.022 0.049 0.109 0.117 0.217 0.173 0.248 4 S 0.174 0.185 0.060 0.250 0.194 0.061 0.044 0.015 0.010 0.005 0.002 5 R 0.125 0.298 0.079 0.258 0.143 0.044 0.028 0.012 0.008 0.004 0.002 6 L 0.007 0.007 0.006 0.022 0.024 0.048 0.114 0.130 0.223 0.199 0.220 7 V 0.107 0.277 0.063 0.214 0.137 0.073 0.068 0.027 0.018 0.011 0.005 8 P 0.276 0.328 0.087 0.140 0.080 0.032 0.028 0.014 0.008 0.005 0.003 9 G 0.599 0.164 0.028 0.087 0.052 0.030 0.019 0.009 0.006 0.004 0.002 10 V 0.093 0.124 0.025 0.124 0.118 0.143 0.169 0.083 0.062 0.037 0.022 11 P 0.237 0.252 0.046 0.268 0.130 0.037 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 12 A 0.019 0.013 0.016 0.026 0.039 0.067 0.134 0.144 0.186 0.188 0.167 13 R 0.022 0.114 0.053 0.357 0.280 0.085 0.055 0.018 0.010 0.005 0.002 14 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.009 0.028 0.053 0.187 0.321 0.390 15 K 0.014 0.035 0.061 0.279 0.297 0.139 0.103 0.033 0.020 0.013 0.006 16 R 0.043 0.182 0.117 0.284 0.152 0.091 0.064 0.024 0.022 0.014 0.007 17 L 0.006 0.004 0.004 0.011 0.018 0.030 0.086 0.175 0.211 0.216 0.238 18 E 0.190 0.243 0.098 0.216 0.141 0.036 0.035 0.019 0.011 0.009 0.002 19 V 0.014 0.045 0.036 0.066 0.046 0.075 0.124 0.106 0.171 0.180 0.138 20 S 0.120 0.343 0.053 0.190 0.155 0.060 0.048 0.016 0.009 0.004 0.002 21 G 0.770 0.110 0.025 0.035 0.021 0.012 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 22 E 0.362 0.218 0.077 0.195 0.085 0.036 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 23 L 0.007 0.012 0.015 0.034 0.031 0.075 0.211 0.161 0.208 0.139 0.108 24 H 0.005 0.014 0.037 0.108 0.171 0.225 0.240 0.106 0.055 0.027 0.012 25 E 0.049 0.053 0.564 0.198 0.071 0.035 0.017 0.005 0.003 0.002 0.001 26 K 0.003 0.008 0.061 0.090 0.125 0.209 0.267 0.119 0.072 0.030 0.016 27 L 0.001 0.002 0.009 0.005 0.006 0.011 0.050 0.096 0.207 0.306 0.306 28 V 0.003 0.011 0.107 0.129 0.197 0.181 0.179 0.084 0.055 0.041 0.013 29 G 0.030 0.060 0.403 0.214 0.129 0.060 0.051 0.023 0.017 0.010 0.004 30 M 0.009 0.008 0.011 0.017 0.023 0.057 0.217 0.172 0.230 0.161 0.096 31 G 0.177 0.123 0.032 0.088 0.082 0.074 0.130 0.091 0.101 0.060 0.042 32 F 0.013 0.014 0.016 0.044 0.040 0.058 0.128 0.112 0.205 0.183 0.188 33 V 0.042 0.098 0.037 0.117 0.114 0.124 0.137 0.095 0.103 0.074 0.059 34 P 0.136 0.581 0.032 0.112 0.081 0.021 0.019 0.008 0.005 0.003 0.002 35 G 0.752 0.130 0.007 0.042 0.031 0.014 0.009 0.007 0.004 0.002 0.002 36 E 0.295 0.379 0.031 0.118 0.101 0.034 0.022 0.008 0.005 0.004 0.002 37 E 0.110 0.231 0.028 0.292 0.200 0.053 0.050 0.022 0.010 0.003 0.002 38 I 0.001 0.002 0.002 0.007 0.013 0.043 0.118 0.175 0.233 0.201 0.205 39 E 0.034 0.113 0.130 0.513 0.164 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 40 I 0.001 0.002 0.006 0.010 0.010 0.022 0.067 0.127 0.234 0.244 0.277 41 V 0.006 0.011 0.021 0.075 0.090 0.083 0.136 0.123 0.160 0.173 0.123 42 Q 0.026 0.069 0.197 0.222 0.165 0.110 0.097 0.044 0.035 0.025 0.010 43 V 0.032 0.043 0.116 0.188 0.167 0.133 0.139 0.071 0.054 0.036 0.021 44 A 0.045 0.025 0.025 0.051 0.047 0.078 0.192 0.139 0.189 0.133 0.075 45 P 0.189 0.178 0.061 0.154 0.108 0.084 0.094 0.048 0.041 0.026 0.017 46 L 0.088 0.069 0.041 0.088 0.081 0.110 0.154 0.111 0.107 0.081 0.070 47 G 0.389 0.174 0.047 0.119 0.086 0.057 0.050 0.029 0.023 0.016 0.010 48 D 0.065 0.070 0.027 0.103 0.111 0.121 0.161 0.116 0.102 0.072 0.051 49 P 0.064 0.062 0.037 0.109 0.118 0.133 0.128 0.103 0.097 0.084 0.063 50 I 0.010 0.019 0.020 0.060 0.080 0.147 0.196 0.178 0.127 0.099 0.064 51 V 0.010 0.038 0.049 0.169 0.144 0.131 0.142 0.119 0.095 0.066 0.036 52 C 0.001 0.002 0.005 0.006 0.007 0.014 0.051 0.138 0.222 0.283 0.270 53 K 0.021 0.068 0.079 0.255 0.233 0.111 0.101 0.052 0.039 0.027 0.013 54 I 0.004 0.005 0.010 0.015 0.014 0.031 0.072 0.109 0.203 0.254 0.283 55 G 0.091 0.167 0.068 0.276 0.197 0.080 0.063 0.024 0.018 0.011 0.005 56 N 0.271 0.234 0.060 0.138 0.101 0.048 0.052 0.035 0.031 0.020 0.010 57 R 0.072 0.080 0.031 0.134 0.155 0.162 0.147 0.078 0.068 0.048 0.026 58 N 0.060 0.102 0.060 0.201 0.169 0.133 0.137 0.062 0.044 0.022 0.010 59 I 0.005 0.011 0.021 0.034 0.043 0.060 0.154 0.186 0.200 0.180 0.108 60 T 0.016 0.034 0.076 0.129 0.122 0.096 0.173 0.128 0.106 0.076 0.044 61 L 0.002 0.007 0.029 0.027 0.027 0.046 0.115 0.145 0.210 0.241 0.151 62 R 0.012 0.060 0.109 0.152 0.152 0.130 0.173 0.075 0.065 0.050 0.022 63 K 0.027 0.033 0.068 0.150 0.165 0.185 0.198 0.088 0.046 0.027 0.013 64 R 0.545 0.091 0.147 0.107 0.051 0.021 0.018 0.008 0.005 0.004 0.002 65 E 0.063 0.152 0.083 0.216 0.157 0.114 0.121 0.043 0.030 0.015 0.007 66 A 0.005 0.005 0.011 0.017 0.018 0.050 0.101 0.111 0.227 0.224 0.232 67 D 0.087 0.104 0.300 0.299 0.130 0.049 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 68 L 0.009 0.062 0.168 0.272 0.199 0.155 0.081 0.026 0.017 0.007 0.004 69 I 0.004 0.003 0.006 0.006 0.010 0.018 0.077 0.147 0.216 0.252 0.262 70 E 0.023 0.100 0.114 0.283 0.285 0.087 0.067 0.024 0.011 0.005 0.002 71 V 0.001 0.004 0.032 0.017 0.012 0.020 0.048 0.069 0.220 0.299 0.278 72 E 0.055 0.075 0.087 0.305 0.296 0.067 0.072 0.020 0.014 0.007 0.002 73 V 0.069 0.117 0.063 0.121 0.101 0.097 0.143 0.098 0.095 0.062 0.033 74 V 0.056 0.088 0.037 0.134 0.128 0.153 0.149 0.079 0.075 0.059 0.042 75 G 0.356 0.310 0.060 0.108 0.063 0.032 0.035 0.018 0.010 0.005 0.002 76 G 0.502 0.182 0.050 0.100 0.073 0.032 0.027 0.018 0.009 0.006 0.003 77 E 0.397 0.254 0.055 0.116 0.074 0.038 0.032 0.015 0.010 0.006 0.003 78 L 0.053 0.051 0.027 0.091 0.096 0.143 0.205 0.147 0.098 0.057 0.032 79 P 0.330 0.191 0.120 0.163 0.080 0.046 0.035 0.017 0.010 0.006 0.002 80 L 0.046 0.047 0.057 0.140 0.133 0.177 0.177 0.102 0.066 0.036 0.018 81 I 0.101 0.083 0.091 0.143 0.123 0.112 0.133 0.072 0.070 0.048 0.023 82 L 0.034 0.058 0.069 0.130 0.144 0.131 0.186 0.102 0.072 0.049 0.025 83 A 0.029 0.044 0.089 0.103 0.102 0.117 0.157 0.129 0.105 0.079 0.046 84 D 0.211 0.222 0.139 0.176 0.108 0.052 0.048 0.020 0.012 0.008 0.003 85 D 0.336 0.219 0.071 0.136 0.095 0.052 0.047 0.024 0.012 0.006 0.003 86 G 0.614 0.118 0.031 0.068 0.049 0.039 0.036 0.019 0.014 0.008 0.004 87 T 0.163 0.167 0.067 0.188 0.145 0.098 0.085 0.035 0.027 0.016 0.008 88 Y 0.028 0.031 0.030 0.065 0.080 0.126 0.187 0.174 0.137 0.087 0.057 89 E 0.126 0.163 0.126 0.221 0.149 0.088 0.064 0.030 0.018 0.011 0.004 90 I 0.018 0.026 0.037 0.075 0.075 0.088 0.149 0.171 0.156 0.116 0.090 91 T 0.050 0.046 0.047 0.084 0.087 0.102 0.169 0.119 0.130 0.104 0.063 92 K 0.078 0.109 0.100 0.213 0.165 0.113 0.103 0.049 0.035 0.024 0.011 93 L 0.042 0.033 0.038 0.074 0.074 0.105 0.159 0.140 0.145 0.111 0.080 94 N 0.240 0.206 0.070 0.156 0.125 0.060 0.059 0.032 0.025 0.018 0.008 95 G 0.320 0.243 0.056 0.122 0.088 0.048 0.052 0.032 0.021 0.013 0.007 96 G 0.166 0.081 0.042 0.100 0.108 0.106 0.130 0.088 0.083 0.061 0.034 97 R 0.110 0.102 0.068 0.164 0.146 0.122 0.137 0.068 0.045 0.026 0.011 98 R 0.083 0.094 0.112 0.185 0.130 0.116 0.126 0.069 0.045 0.028 0.011 99 F 0.016 0.027 0.041 0.066 0.072 0.119 0.230 0.161 0.133 0.088 0.046 100 L 0.021 0.036 0.078 0.137 0.133 0.151 0.197 0.107 0.075 0.045 0.021 101 F 0.099 0.051 0.274 0.166 0.106 0.100 0.098 0.044 0.029 0.023 0.009 102 R 0.033 0.047 0.187 0.227 0.193 0.125 0.114 0.035 0.022 0.013 0.005 103 M 0.005 0.010 0.029 0.025 0.033 0.062 0.153 0.176 0.191 0.182 0.133 104 K 0.033 0.044 0.214 0.235 0.229 0.107 0.083 0.029 0.013 0.010 0.002 105 N 0.169 0.086 0.364 0.209 0.085 0.043 0.026 0.009 0.005 0.003 0.001 106 L 0.018 0.021 0.033 0.045 0.061 0.120 0.240 0.159 0.157 0.092 0.054 107 G 0.125 0.146 0.062 0.087 0.080 0.084 0.161 0.084 0.085 0.056 0.029 108 I 0.014 0.020 0.050 0.070 0.078 0.109 0.186 0.129 0.144 0.109 0.092 109 E 0.246 0.273 0.167 0.135 0.073 0.034 0.029 0.017 0.012 0.009 0.005 110 S 0.216 0.415 0.044 0.134 0.088 0.041 0.038 0.012 0.007 0.004 0.002 111 G 0.573 0.124 0.019 0.079 0.067 0.043 0.034 0.024 0.015 0.009 0.012 112 K 0.178 0.184 0.068 0.207 0.154 0.103 0.065 0.020 0.011 0.007 0.003 113 K 0.093 0.164 0.069 0.327 0.194 0.074 0.048 0.019 0.009 0.003 0.002 114 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.040 0.116 0.209 0.288 0.330 115 Q 0.037 0.116 0.073 0.378 0.258 0.075 0.040 0.012 0.007 0.004 0.001 116 V 0.003 0.006 0.011 0.010 0.008 0.015 0.046 0.073 0.192 0.293 0.343 117 S 0.028 0.024 0.021 0.072 0.074 0.084 0.165 0.120 0.144 0.132 0.136 118 G 0.106 0.105 0.051 0.103 0.076 0.083 0.113 0.094 0.105 0.088 0.076 119 R 0.072 0.067 0.038 0.176 0.170 0.147 0.123 0.073 0.060 0.042 0.031 120 R 0.105 0.084 0.043 0.137 0.125 0.132 0.133 0.080 0.076 0.055 0.029 121 Y 0.032 0.046 0.026 0.090 0.095 0.129 0.171 0.135 0.121 0.094 0.062 122 Y 0.024 0.043 0.037 0.106 0.102 0.115 0.150 0.126 0.115 0.099 0.081 123 I 0.016 0.020 0.026 0.038 0.044 0.063 0.117 0.136 0.176 0.202 0.161 124 E 0.066 0.204 0.100 0.274 0.196 0.062 0.046 0.021 0.016 0.010 0.006 125 G 0.024 0.014 0.013 0.033 0.032 0.054 0.103 0.128 0.194 0.173 0.234 126 R 0.120 0.132 0.070 0.233 0.199 0.085 0.070 0.031 0.029 0.022 0.010 127 E 0.080 0.148 0.070 0.246 0.168 0.097 0.087 0.045 0.032 0.016 0.011 128 I 0.007 0.006 0.007 0.018 0.018 0.035 0.078 0.108 0.226 0.243 0.254 129 D 0.057 0.095 0.060 0.237 0.197 0.106 0.119 0.057 0.040 0.022 0.011 130 L 0.027 0.057 0.051 0.101 0.078 0.086 0.133 0.116 0.155 0.118 0.078 131 G 0.028 0.019 0.017 0.036 0.035 0.068 0.141 0.119 0.187 0.176 0.172 132 Y 0.088 0.106 0.046 0.152 0.128 0.113 0.140 0.087 0.065 0.043 0.032 133 G 0.193 0.090 0.040 0.088 0.076 0.077 0.094 0.083 0.093 0.088 0.078 134 E 0.156 0.187 0.058 0.213 0.169 0.082 0.060 0.028 0.022 0.015 0.010 135 A 0.095 0.053 0.025 0.086 0.084 0.091 0.131 0.139 0.127 0.093 0.077 136 T 0.060 0.069 0.051 0.178 0.161 0.161 0.126 0.072 0.056 0.043 0.022 137 K 0.031 0.062 0.059 0.189 0.148 0.152 0.143 0.084 0.068 0.040 0.024 138 I 0.007 0.008 0.011 0.015 0.018 0.032 0.086 0.145 0.214 0.263 0.203 139 W 0.028 0.059 0.054 0.165 0.142 0.118 0.152 0.100 0.081 0.065 0.036 140 V 0.007 0.012 0.020 0.033 0.030 0.046 0.090 0.123 0.208 0.229 0.202 141 R 0.083 0.094 0.061 0.189 0.199 0.125 0.121 0.049 0.038 0.028 0.012 142 R 0.178 0.191 0.074 0.200 0.130 0.072 0.068 0.035 0.027 0.018 0.008 143 V 0.012 0.014 0.009 0.028 0.037 0.067 0.127 0.192 0.193 0.168 0.152 144 S 0.108 0.281 0.082 0.193 0.127 0.066 0.068 0.035 0.019 0.014 0.005 145 D 0.206 0.175 0.084 0.130 0.097 0.085 0.088 0.058 0.038 0.025 0.015 146 A 0.572 0.210 0.059 0.092 0.038 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 147 G 0.150 0.084 0.034 0.125 0.113 0.126 0.144 0.089 0.067 0.044 0.024 148 E 0.117 0.174 0.085 0.202 0.169 0.093 0.075 0.038 0.024 0.015 0.007 149 E 0.131 0.145 0.119 0.231 0.158 0.092 0.070 0.028 0.016 0.007 0.003 150 S 0.101 0.074 0.086 0.092 0.095 0.101 0.153 0.098 0.096 0.067 0.037 151 H 0.105 0.134 0.060 0.168 0.154 0.107 0.129 0.059 0.044 0.027 0.014 152 P 0.063 0.054 0.048 0.081 0.070 0.093 0.150 0.111 0.137 0.109 0.084 153 Q 0.231 0.256 0.094 0.195 0.128 0.040 0.027 0.013 0.008 0.005 0.002 154 K 0.486 0.168 0.049 0.095 0.067 0.043 0.041 0.024 0.015 0.009 0.005