# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.0371 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.009 0.004 0.040 0.046 0.059 0.082 0.001 0.001 0.006 0.662 2 K 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.086 0.001 0.001 0.001 0.899 3 L 0.068 0.006 0.002 0.051 0.029 0.080 0.067 0.001 0.001 0.003 0.693 4 S 0.032 0.029 0.001 0.071 0.057 0.055 0.246 0.001 0.001 0.010 0.500 5 R 0.181 0.030 0.002 0.041 0.026 0.053 0.135 0.003 0.001 0.013 0.516 6 L 0.293 0.068 0.005 0.215 0.038 0.072 0.073 0.003 0.001 0.016 0.216 7 V 0.047 0.020 0.004 0.048 0.055 0.044 0.259 0.002 0.001 0.004 0.517 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.997 9 G 0.023 0.003 0.003 0.036 0.087 0.308 0.069 0.001 0.001 0.009 0.461 10 V 0.795 0.001 0.002 0.022 0.030 0.029 0.030 0.001 0.001 0.003 0.089 11 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.978 12 A 0.009 0.001 0.001 0.142 0.305 0.425 0.011 0.001 0.001 0.001 0.107 13 R 0.007 0.001 0.001 0.450 0.212 0.160 0.031 0.001 0.001 0.002 0.137 14 I 0.009 0.001 0.001 0.190 0.229 0.371 0.021 0.001 0.001 0.004 0.174 15 K 0.005 0.001 0.001 0.245 0.283 0.454 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 16 R 0.001 0.001 0.001 0.054 0.115 0.195 0.096 0.001 0.001 0.001 0.537 17 L 0.006 0.001 0.001 0.119 0.279 0.491 0.018 0.001 0.001 0.002 0.084 18 E 0.011 0.003 0.001 0.045 0.138 0.177 0.143 0.001 0.001 0.004 0.478 19 V 0.015 0.004 0.001 0.031 0.091 0.160 0.152 0.001 0.001 0.005 0.540 20 S 0.010 0.004 0.001 0.010 0.014 0.056 0.212 0.001 0.001 0.003 0.691 21 G 0.071 0.006 0.001 0.013 0.006 0.014 0.100 0.001 0.001 0.037 0.752 22 E 0.046 0.020 0.005 0.005 0.003 0.005 0.340 0.001 0.001 0.006 0.569 23 L 0.075 0.129 0.004 0.010 0.009 0.022 0.303 0.001 0.001 0.007 0.440 24 H 0.060 0.535 0.003 0.013 0.004 0.023 0.035 0.002 0.001 0.002 0.323 25 E 0.023 0.730 0.002 0.004 0.005 0.008 0.019 0.002 0.001 0.001 0.207 26 K 0.049 0.782 0.002 0.002 0.002 0.002 0.020 0.006 0.001 0.001 0.134 27 L 0.038 0.905 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.040 28 V 0.015 0.943 0.003 0.003 0.007 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.016 29 G 0.046 0.858 0.009 0.003 0.008 0.003 0.004 0.023 0.001 0.001 0.045 30 M 0.185 0.655 0.005 0.007 0.006 0.008 0.005 0.068 0.001 0.001 0.059 31 G 0.262 0.192 0.018 0.023 0.010 0.014 0.008 0.144 0.001 0.011 0.318 32 F 0.090 0.022 0.485 0.063 0.011 0.014 0.069 0.008 0.001 0.004 0.234 33 V 0.062 0.010 0.014 0.134 0.074 0.053 0.330 0.002 0.001 0.004 0.314 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 35 G 0.010 0.003 0.002 0.099 0.104 0.231 0.066 0.001 0.001 0.006 0.479 36 E 0.737 0.001 0.001 0.030 0.064 0.057 0.026 0.001 0.001 0.003 0.081 37 E 0.011 0.001 0.001 0.014 0.035 0.037 0.108 0.001 0.001 0.001 0.794 38 I 0.019 0.001 0.001 0.090 0.306 0.422 0.019 0.001 0.001 0.001 0.141 39 E 0.006 0.001 0.001 0.197 0.419 0.317 0.016 0.001 0.001 0.001 0.043 40 I 0.002 0.001 0.001 0.091 0.270 0.285 0.034 0.001 0.001 0.001 0.317 41 V 0.001 0.001 0.001 0.306 0.220 0.455 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 42 Q 0.003 0.001 0.001 0.161 0.334 0.401 0.020 0.001 0.001 0.001 0.079 43 V 0.003 0.003 0.001 0.137 0.153 0.393 0.026 0.001 0.001 0.002 0.282 44 A 0.017 0.002 0.001 0.185 0.217 0.420 0.030 0.001 0.001 0.004 0.124 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.975 46 L 0.011 0.001 0.001 0.020 0.059 0.153 0.057 0.001 0.001 0.002 0.696 47 G 0.099 0.004 0.001 0.026 0.037 0.063 0.074 0.001 0.001 0.032 0.664 48 D 0.417 0.002 0.004 0.014 0.033 0.033 0.103 0.001 0.001 0.007 0.387 49 P 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.963 50 I 0.011 0.001 0.001 0.095 0.269 0.332 0.138 0.001 0.001 0.003 0.150 51 V 0.032 0.003 0.001 0.171 0.152 0.307 0.072 0.001 0.001 0.004 0.259 52 C 0.010 0.004 0.001 0.167 0.310 0.435 0.010 0.001 0.001 0.001 0.062 53 K 0.003 0.007 0.001 0.155 0.405 0.310 0.019 0.001 0.001 0.001 0.100 54 I 0.001 0.004 0.001 0.049 0.363 0.493 0.011 0.001 0.001 0.001 0.078 55 G 0.006 0.005 0.001 0.053 0.172 0.386 0.092 0.001 0.001 0.004 0.281 56 N 0.069 0.002 0.002 0.032 0.045 0.069 0.142 0.001 0.001 0.013 0.624 57 R 0.167 0.007 0.004 0.039 0.136 0.199 0.128 0.001 0.001 0.007 0.312 58 N 0.050 0.007 0.004 0.046 0.100 0.141 0.157 0.001 0.001 0.007 0.489 59 I 0.034 0.009 0.003 0.055 0.251 0.348 0.052 0.001 0.001 0.004 0.243 60 T 0.018 0.027 0.001 0.068 0.238 0.369 0.079 0.001 0.001 0.004 0.195 61 L 0.022 0.046 0.001 0.053 0.257 0.399 0.048 0.001 0.001 0.004 0.169 62 R 0.016 0.099 0.002 0.035 0.141 0.312 0.117 0.002 0.001 0.003 0.275 63 K 0.056 0.097 0.002 0.037 0.087 0.214 0.060 0.002 0.001 0.005 0.439 64 R 0.030 0.086 0.004 0.011 0.044 0.080 0.122 0.003 0.001 0.005 0.615 65 E 0.156 0.146 0.010 0.018 0.048 0.078 0.147 0.004 0.001 0.010 0.383 66 A 0.177 0.346 0.011 0.026 0.060 0.093 0.026 0.006 0.001 0.006 0.251 67 D 0.093 0.287 0.007 0.027 0.164 0.161 0.054 0.008 0.001 0.006 0.193 68 L 0.408 0.108 0.011 0.033 0.055 0.074 0.063 0.012 0.001 0.007 0.230 69 I 0.212 0.103 0.017 0.093 0.213 0.235 0.028 0.009 0.001 0.003 0.087 70 E 0.021 0.017 0.010 0.204 0.275 0.271 0.035 0.003 0.001 0.002 0.162 71 V 0.004 0.008 0.010 0.175 0.243 0.351 0.016 0.001 0.001 0.001 0.191 72 E 0.004 0.002 0.001 0.178 0.258 0.524 0.008 0.001 0.001 0.001 0.026 73 V 0.001 0.001 0.001 0.026 0.041 0.063 0.036 0.001 0.001 0.001 0.830 74 V 0.005 0.002 0.001 0.114 0.176 0.519 0.023 0.001 0.001 0.001 0.159 75 G 0.017 0.002 0.001 0.032 0.031 0.053 0.128 0.001 0.001 0.007 0.729 76 G 0.084 0.005 0.002 0.028 0.037 0.054 0.111 0.001 0.001 0.012 0.666 77 E 0.072 0.004 0.002 0.011 0.014 0.033 0.106 0.001 0.001 0.003 0.754 78 L 0.081 0.005 0.003 0.029 0.104 0.138 0.101 0.001 0.001 0.005 0.534 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.980 80 L 0.030 0.007 0.001 0.022 0.117 0.286 0.052 0.001 0.001 0.002 0.483 81 I 0.084 0.048 0.001 0.052 0.222 0.194 0.067 0.001 0.001 0.005 0.327 82 L 0.045 0.043 0.002 0.026 0.182 0.235 0.042 0.003 0.001 0.002 0.421 83 A 0.104 0.031 0.001 0.044 0.219 0.367 0.035 0.001 0.001 0.002 0.194 84 D 0.030 0.019 0.001 0.016 0.069 0.091 0.182 0.002 0.001 0.002 0.587 85 D 0.037 0.011 0.002 0.012 0.033 0.050 0.084 0.002 0.001 0.015 0.755 86 G 0.110 0.009 0.008 0.022 0.033 0.042 0.263 0.002 0.001 0.042 0.469 87 T 0.256 0.006 0.018 0.019 0.020 0.026 0.387 0.001 0.001 0.014 0.253 88 Y 0.105 0.021 0.007 0.063 0.168 0.216 0.108 0.001 0.001 0.015 0.296 89 E 0.029 0.016 0.004 0.072 0.123 0.237 0.100 0.001 0.001 0.003 0.414 90 I 0.025 0.016 0.002 0.068 0.171 0.290 0.054 0.001 0.001 0.002 0.372 91 T 0.014 0.016 0.001 0.044 0.190 0.359 0.063 0.001 0.001 0.002 0.312 92 K 0.023 0.025 0.001 0.044 0.187 0.301 0.064 0.001 0.001 0.003 0.350 93 L 0.038 0.059 0.002 0.061 0.198 0.272 0.088 0.002 0.001 0.005 0.276 94 N 0.075 0.065 0.002 0.028 0.083 0.116 0.226 0.003 0.001 0.015 0.386 95 G 0.175 0.050 0.007 0.020 0.025 0.046 0.106 0.007 0.001 0.025 0.540 96 G 0.225 0.035 0.038 0.021 0.021 0.041 0.168 0.004 0.001 0.013 0.434 97 R 0.141 0.032 0.028 0.028 0.033 0.047 0.187 0.002 0.001 0.009 0.494 98 R 0.025 0.049 0.006 0.021 0.034 0.064 0.164 0.001 0.001 0.004 0.630 99 F 0.030 0.138 0.003 0.026 0.042 0.120 0.138 0.001 0.001 0.003 0.498 100 L 0.046 0.379 0.002 0.027 0.041 0.096 0.082 0.002 0.001 0.003 0.322 101 F 0.025 0.577 0.002 0.006 0.037 0.041 0.049 0.002 0.001 0.002 0.260 102 R 0.044 0.669 0.002 0.006 0.016 0.028 0.030 0.005 0.001 0.001 0.200 103 M 0.050 0.796 0.004 0.005 0.019 0.029 0.007 0.006 0.001 0.001 0.083 104 K 0.043 0.802 0.004 0.006 0.027 0.023 0.011 0.008 0.001 0.001 0.075 105 N 0.193 0.610 0.017 0.005 0.008 0.009 0.017 0.026 0.001 0.001 0.113 106 L 0.292 0.490 0.011 0.016 0.032 0.032 0.009 0.032 0.001 0.002 0.084 107 G 0.072 0.199 0.046 0.027 0.023 0.043 0.038 0.046 0.001 0.002 0.503 108 I 0.121 0.115 0.057 0.182 0.112 0.130 0.067 0.007 0.001 0.006 0.203 109 E 0.020 0.094 0.003 0.040 0.090 0.065 0.224 0.007 0.001 0.002 0.456 110 S 0.034 0.079 0.003 0.042 0.055 0.089 0.095 0.010 0.001 0.007 0.587 111 G 0.158 0.027 0.009 0.049 0.043 0.093 0.094 0.010 0.001 0.051 0.467 112 K 0.614 0.003 0.068 0.032 0.032 0.019 0.107 0.002 0.001 0.009 0.113 113 K 0.018 0.001 0.003 0.031 0.022 0.023 0.115 0.001 0.001 0.001 0.785 114 I 0.012 0.002 0.002 0.250 0.179 0.430 0.016 0.001 0.001 0.001 0.109 115 Q 0.007 0.001 0.001 0.654 0.120 0.149 0.019 0.001 0.001 0.001 0.049 116 V 0.003 0.002 0.001 0.268 0.089 0.114 0.033 0.001 0.001 0.001 0.489 117 S 0.001 0.002 0.001 0.690 0.085 0.175 0.012 0.001 0.001 0.005 0.030 118 G 0.008 0.004 0.001 0.190 0.075 0.148 0.097 0.001 0.001 0.008 0.469 119 R 0.031 0.007 0.003 0.207 0.055 0.093 0.124 0.001 0.001 0.010 0.470 120 R 0.061 0.005 0.002 0.086 0.046 0.071 0.185 0.001 0.001 0.009 0.535 121 Y 0.048 0.010 0.003 0.068 0.051 0.077 0.205 0.001 0.001 0.009 0.526 122 Y 0.096 0.016 0.003 0.095 0.065 0.122 0.081 0.001 0.001 0.011 0.510 123 I 0.051 0.034 0.005 0.110 0.113 0.142 0.122 0.001 0.001 0.006 0.416 124 E 0.028 0.034 0.002 0.089 0.074 0.116 0.197 0.002 0.001 0.008 0.451 125 G 0.082 0.049 0.004 0.074 0.042 0.093 0.084 0.004 0.001 0.012 0.557 126 R 0.141 0.061 0.014 0.167 0.094 0.107 0.157 0.003 0.001 0.011 0.245 127 E 0.038 0.043 0.012 0.091 0.039 0.056 0.162 0.003 0.001 0.005 0.551 128 I 0.062 0.083 0.006 0.223 0.080 0.253 0.041 0.002 0.001 0.005 0.245 129 D 0.039 0.149 0.005 0.112 0.057 0.080 0.134 0.004 0.001 0.008 0.414 130 L 0.087 0.165 0.010 0.094 0.042 0.062 0.099 0.005 0.001 0.009 0.427 131 G 0.084 0.209 0.012 0.067 0.026 0.077 0.148 0.007 0.001 0.006 0.365 132 Y 0.102 0.167 0.012 0.045 0.019 0.036 0.094 0.005 0.001 0.013 0.507 133 G 0.069 0.163 0.012 0.021 0.015 0.032 0.048 0.008 0.001 0.006 0.626 134 E 0.141 0.267 0.020 0.032 0.031 0.057 0.095 0.010 0.001 0.005 0.342 135 A 0.130 0.284 0.008 0.037 0.042 0.062 0.038 0.010 0.001 0.005 0.384 136 T 0.142 0.246 0.018 0.036 0.045 0.085 0.062 0.012 0.001 0.004 0.350 137 K 0.295 0.114 0.010 0.080 0.061 0.061 0.045 0.015 0.001 0.008 0.311 138 I 0.072 0.058 0.017 0.087 0.109 0.105 0.052 0.011 0.001 0.002 0.487 139 W 0.022 0.013 0.008 0.208 0.119 0.193 0.050 0.003 0.001 0.003 0.382 140 V 0.025 0.008 0.004 0.217 0.169 0.256 0.034 0.001 0.001 0.002 0.284 141 R 0.008 0.003 0.001 0.102 0.082 0.163 0.051 0.001 0.001 0.001 0.589 142 R 0.009 0.002 0.001 0.110 0.070 0.124 0.099 0.001 0.001 0.004 0.582 143 V 0.043 0.003 0.003 0.115 0.051 0.067 0.132 0.001 0.001 0.004 0.581 144 S 0.063 0.003 0.001 0.105 0.064 0.120 0.134 0.001 0.001 0.005 0.504 145 D 0.021 0.009 0.002 0.075 0.116 0.134 0.114 0.001 0.001 0.008 0.522 146 A 0.010 0.006 0.001 0.030 0.023 0.049 0.195 0.001 0.001 0.003 0.682 147 G 0.128 0.015 0.001 0.061 0.051 0.128 0.156 0.001 0.001 0.012 0.447 148 E 0.058 0.057 0.001 0.023 0.032 0.039 0.305 0.002 0.001 0.010 0.475 149 E 0.202 0.083 0.003 0.011 0.017 0.028 0.384 0.004 0.001 0.013 0.257 150 S 0.652 0.074 0.006 0.010 0.009 0.023 0.032 0.013 0.001 0.023 0.159 151 H 0.219 0.041 0.172 0.018 0.027 0.028 0.152 0.008 0.001 0.004 0.331 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.984 153 Q 0.018 0.010 0.001 0.018 0.075 0.313 0.089 0.001 0.001 0.001 0.473 154 K 0.091 0.020 0.001 0.018 0.020 0.032 0.081 0.002 0.001 0.004 0.733