# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.0371 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.013 0.121 0.050 0.069 0.093 0.014 0.531 2 K 0.023 0.007 0.031 0.027 0.040 0.076 0.005 0.791 3 L 0.034 0.012 0.071 0.034 0.139 0.077 0.003 0.631 4 S 0.043 0.028 0.030 0.058 0.092 0.309 0.009 0.431 5 R 0.281 0.025 0.020 0.024 0.038 0.194 0.031 0.387 6 L 0.387 0.070 0.056 0.034 0.042 0.048 0.029 0.333 7 V 0.091 0.049 0.071 0.117 0.107 0.107 0.013 0.445 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.031 0.013 0.028 0.077 0.238 0.086 0.042 0.485 10 V 0.688 0.001 0.021 0.033 0.024 0.037 0.012 0.184 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 A 0.014 0.001 0.114 0.237 0.469 0.048 0.001 0.116 13 R 0.074 0.001 0.272 0.267 0.232 0.026 0.003 0.125 14 I 0.008 0.001 0.183 0.216 0.369 0.020 0.001 0.203 15 K 0.002 0.001 0.446 0.293 0.246 0.004 0.001 0.009 16 R 0.002 0.001 0.106 0.190 0.308 0.016 0.001 0.377 17 L 0.002 0.001 0.407 0.115 0.358 0.015 0.001 0.100 18 E 0.004 0.001 0.087 0.139 0.154 0.106 0.001 0.507 19 V 0.015 0.003 0.078 0.051 0.156 0.096 0.003 0.598 20 S 0.011 0.005 0.026 0.012 0.048 0.188 0.003 0.706 21 G 0.065 0.009 0.011 0.007 0.013 0.086 0.010 0.800 22 E 0.096 0.017 0.007 0.004 0.005 0.353 0.007 0.512 23 L 0.133 0.142 0.010 0.007 0.017 0.249 0.010 0.432 24 H 0.055 0.534 0.014 0.008 0.026 0.058 0.006 0.298 25 E 0.017 0.601 0.008 0.005 0.012 0.061 0.005 0.291 26 K 0.051 0.742 0.007 0.005 0.007 0.021 0.009 0.159 27 L 0.031 0.889 0.005 0.005 0.010 0.005 0.006 0.049 28 V 0.018 0.857 0.009 0.008 0.022 0.011 0.010 0.065 29 G 0.037 0.844 0.010 0.006 0.007 0.007 0.013 0.077 30 M 0.158 0.637 0.022 0.017 0.011 0.007 0.069 0.079 31 G 0.770 0.025 0.007 0.008 0.004 0.005 0.105 0.076 32 F 0.031 0.027 0.683 0.032 0.025 0.013 0.028 0.160 33 V 0.032 0.016 0.079 0.159 0.191 0.125 0.011 0.387 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.009 0.004 0.074 0.134 0.204 0.181 0.015 0.380 36 E 0.819 0.001 0.021 0.015 0.016 0.045 0.006 0.078 37 E 0.020 0.001 0.027 0.111 0.086 0.057 0.002 0.697 38 I 0.018 0.001 0.033 0.365 0.512 0.024 0.001 0.047 39 E 0.005 0.001 0.073 0.492 0.373 0.007 0.001 0.049 40 I 0.001 0.001 0.030 0.274 0.549 0.010 0.001 0.136 41 V 0.001 0.001 0.191 0.315 0.475 0.004 0.001 0.013 42 Q 0.001 0.002 0.065 0.431 0.438 0.011 0.001 0.050 43 V 0.004 0.004 0.096 0.096 0.549 0.017 0.004 0.231 44 A 0.020 0.004 0.153 0.209 0.295 0.075 0.005 0.238 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 46 L 0.017 0.003 0.023 0.049 0.155 0.117 0.008 0.629 47 G 0.189 0.006 0.019 0.022 0.026 0.069 0.045 0.625 48 D 0.301 0.004 0.022 0.032 0.032 0.136 0.013 0.460 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 50 I 0.020 0.003 0.059 0.138 0.313 0.251 0.003 0.213 51 V 0.116 0.007 0.138 0.180 0.289 0.069 0.006 0.196 52 C 0.013 0.017 0.124 0.386 0.325 0.019 0.002 0.113 53 K 0.012 0.011 0.123 0.273 0.392 0.029 0.003 0.156 54 I 0.010 0.011 0.118 0.231 0.368 0.036 0.005 0.221 55 G 0.006 0.006 0.038 0.098 0.160 0.062 0.008 0.622 56 N 0.037 0.004 0.030 0.056 0.084 0.121 0.025 0.643 57 R 0.235 0.005 0.054 0.043 0.060 0.204 0.016 0.383 58 N 0.088 0.005 0.083 0.130 0.179 0.188 0.005 0.322 59 I 0.028 0.014 0.102 0.279 0.380 0.052 0.003 0.142 60 T 0.021 0.018 0.132 0.212 0.408 0.049 0.004 0.156 61 L 0.026 0.028 0.077 0.232 0.360 0.067 0.004 0.208 62 R 0.035 0.056 0.042 0.139 0.358 0.149 0.008 0.213 63 K 0.052 0.076 0.044 0.043 0.239 0.117 0.013 0.415 64 R 0.030 0.083 0.008 0.012 0.032 0.184 0.011 0.640 65 E 0.168 0.134 0.003 0.007 0.016 0.228 0.023 0.421 66 A 0.183 0.501 0.010 0.012 0.021 0.049 0.026 0.198 67 D 0.071 0.643 0.014 0.031 0.030 0.030 0.030 0.150 68 L 0.127 0.301 0.063 0.036 0.049 0.046 0.059 0.319 69 I 0.141 0.257 0.107 0.192 0.143 0.033 0.023 0.104 70 E 0.013 0.035 0.164 0.288 0.267 0.023 0.006 0.204 71 V 0.006 0.013 0.132 0.274 0.315 0.016 0.004 0.241 72 E 0.006 0.004 0.407 0.298 0.187 0.011 0.003 0.084 73 V 0.003 0.006 0.057 0.171 0.156 0.024 0.002 0.582 74 V 0.006 0.007 0.235 0.135 0.378 0.030 0.003 0.205 75 G 0.009 0.005 0.032 0.047 0.084 0.081 0.005 0.736 76 G 0.064 0.005 0.018 0.024 0.042 0.078 0.019 0.750 77 E 0.186 0.006 0.015 0.013 0.022 0.123 0.026 0.610 78 L 0.165 0.012 0.038 0.066 0.074 0.112 0.012 0.521 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 80 L 0.012 0.004 0.018 0.069 0.205 0.081 0.003 0.608 81 I 0.211 0.021 0.044 0.157 0.168 0.074 0.009 0.315 82 L 0.107 0.029 0.037 0.161 0.231 0.053 0.006 0.377 83 A 0.089 0.029 0.070 0.197 0.308 0.049 0.006 0.251 84 D 0.034 0.019 0.036 0.068 0.113 0.092 0.011 0.628 85 D 0.060 0.014 0.017 0.033 0.048 0.075 0.022 0.731 86 G 0.226 0.016 0.029 0.040 0.032 0.146 0.055 0.455 87 T 0.206 0.006 0.047 0.028 0.050 0.278 0.017 0.369 88 Y 0.032 0.009 0.074 0.108 0.128 0.105 0.005 0.540 89 E 0.023 0.010 0.076 0.177 0.282 0.130 0.004 0.299 90 I 0.018 0.008 0.068 0.079 0.166 0.046 0.002 0.613 91 T 0.010 0.020 0.097 0.235 0.310 0.046 0.003 0.279 92 K 0.019 0.024 0.046 0.122 0.233 0.070 0.006 0.479 93 L 0.066 0.057 0.099 0.107 0.255 0.090 0.012 0.314 94 N 0.077 0.044 0.036 0.051 0.081 0.197 0.022 0.493 95 G 0.173 0.037 0.028 0.021 0.024 0.080 0.031 0.607 96 G 0.197 0.050 0.057 0.021 0.027 0.124 0.030 0.495 97 R 0.144 0.038 0.038 0.024 0.035 0.146 0.014 0.561 98 R 0.027 0.051 0.025 0.025 0.040 0.099 0.004 0.729 99 F 0.050 0.157 0.035 0.058 0.131 0.177 0.006 0.387 100 L 0.038 0.311 0.028 0.044 0.087 0.088 0.006 0.399 101 F 0.030 0.484 0.015 0.033 0.062 0.083 0.007 0.286 102 R 0.040 0.779 0.007 0.017 0.025 0.037 0.006 0.090 103 M 0.048 0.848 0.005 0.011 0.023 0.009 0.008 0.047 104 K 0.062 0.782 0.007 0.015 0.025 0.016 0.026 0.066 105 N 0.226 0.494 0.016 0.017 0.016 0.019 0.061 0.152 106 L 0.369 0.313 0.044 0.063 0.041 0.014 0.055 0.101 107 G 0.119 0.081 0.039 0.059 0.064 0.035 0.033 0.571 108 I 0.049 0.043 0.229 0.142 0.228 0.041 0.014 0.254 109 E 0.021 0.030 0.041 0.071 0.101 0.138 0.009 0.589 110 S 0.040 0.021 0.032 0.040 0.048 0.097 0.020 0.702 111 G 0.200 0.030 0.064 0.053 0.033 0.076 0.111 0.433 112 K 0.608 0.002 0.095 0.039 0.041 0.132 0.016 0.067 113 K 0.002 0.001 0.046 0.049 0.042 0.027 0.001 0.833 114 I 0.005 0.001 0.097 0.231 0.570 0.025 0.001 0.070 115 Q 0.004 0.001 0.331 0.272 0.254 0.015 0.001 0.123 116 V 0.003 0.002 0.227 0.187 0.318 0.027 0.001 0.235 117 S 0.003 0.002 0.526 0.159 0.226 0.016 0.002 0.066 118 G 0.008 0.006 0.144 0.139 0.234 0.091 0.006 0.372 119 R 0.022 0.005 0.148 0.040 0.129 0.129 0.008 0.519 120 R 0.019 0.005 0.072 0.044 0.062 0.148 0.009 0.641 121 Y 0.079 0.005 0.020 0.031 0.037 0.124 0.015 0.688 122 Y 0.080 0.009 0.161 0.078 0.094 0.111 0.017 0.451 123 I 0.058 0.018 0.080 0.141 0.159 0.154 0.009 0.381 124 E 0.026 0.017 0.139 0.127 0.179 0.083 0.006 0.424 125 G 0.020 0.023 0.098 0.130 0.190 0.067 0.009 0.463 126 R 0.075 0.011 0.170 0.098 0.151 0.119 0.011 0.366 127 E 0.013 0.014 0.108 0.086 0.097 0.063 0.004 0.615 128 I 0.022 0.030 0.175 0.148 0.358 0.072 0.005 0.190 129 D 0.037 0.060 0.111 0.159 0.259 0.111 0.009 0.253 130 L 0.074 0.099 0.110 0.113 0.292 0.068 0.013 0.231 131 G 0.129 0.102 0.065 0.100 0.151 0.237 0.027 0.189 132 Y 0.287 0.105 0.052 0.088 0.108 0.119 0.043 0.198 133 G 0.210 0.126 0.048 0.098 0.101 0.047 0.054 0.315 134 E 0.162 0.034 0.095 0.047 0.125 0.168 0.031 0.338 135 A 0.064 0.038 0.040 0.066 0.091 0.145 0.029 0.526 136 T 0.212 0.043 0.070 0.094 0.120 0.144 0.040 0.277 137 K 0.136 0.021 0.141 0.087 0.115 0.106 0.017 0.376 138 I 0.026 0.017 0.219 0.231 0.198 0.044 0.007 0.258 139 W 0.010 0.007 0.152 0.170 0.239 0.047 0.005 0.369 140 V 0.010 0.009 0.153 0.173 0.281 0.037 0.003 0.334 141 R 0.006 0.005 0.095 0.095 0.138 0.052 0.002 0.607 142 R 0.016 0.004 0.042 0.058 0.114 0.100 0.005 0.661 143 V 0.099 0.016 0.117 0.103 0.130 0.096 0.009 0.431 144 S 0.016 0.014 0.073 0.102 0.105 0.089 0.005 0.595 145 D 0.005 0.007 0.012 0.024 0.041 0.022 0.001 0.888 146 A 0.025 0.024 0.029 0.050 0.112 0.253 0.006 0.501 147 G 0.096 0.032 0.011 0.016 0.035 0.244 0.016 0.551 148 E 0.158 0.229 0.030 0.031 0.036 0.143 0.015 0.359 149 E 0.043 0.153 0.021 0.023 0.027 0.087 0.018 0.628 150 S 0.146 0.170 0.027 0.037 0.045 0.034 0.065 0.477 151 H 0.312 0.030 0.051 0.046 0.063 0.052 0.019 0.426 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 153 Q 0.018 0.008 0.027 0.061 0.197 0.155 0.005 0.529 154 K 0.105 0.013 0.014 0.020 0.030 0.083 0.007 0.730