# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.0371 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.427 0.302 0.029 0.103 0.021 0.024 0.005 0.051 0.005 0.001 2 K 0.060 0.104 0.700 0.015 0.017 0.069 0.003 0.001 0.026 0.001 0.004 3 L 0.454 0.093 0.332 0.048 0.016 0.038 0.002 0.001 0.009 0.002 0.006 4 S 0.582 0.125 0.068 0.133 0.064 0.008 0.007 0.002 0.007 0.004 0.001 5 R 0.244 0.159 0.135 0.207 0.081 0.041 0.090 0.018 0.016 0.007 0.002 6 L 0.127 0.233 0.438 0.108 0.012 0.035 0.017 0.001 0.026 0.001 0.001 7 V 0.012 0.348 0.363 0.002 0.023 0.007 0.001 0.001 0.243 0.001 0.001 8 P 0.061 0.002 0.848 0.011 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.068 9 G 0.008 0.004 0.016 0.009 0.030 0.005 0.026 0.868 0.003 0.032 0.001 10 V 0.007 0.252 0.647 0.003 0.035 0.005 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 11 P 0.055 0.007 0.812 0.011 0.001 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.093 12 A 0.010 0.705 0.086 0.012 0.164 0.005 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 13 R 0.005 0.835 0.108 0.003 0.036 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 I 0.006 0.393 0.510 0.005 0.007 0.051 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 15 K 0.035 0.720 0.108 0.020 0.084 0.019 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 16 R 0.015 0.539 0.103 0.032 0.196 0.044 0.017 0.003 0.049 0.001 0.001 17 L 0.014 0.780 0.140 0.008 0.035 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 18 E 0.067 0.356 0.351 0.031 0.053 0.093 0.006 0.001 0.038 0.002 0.001 19 V 0.136 0.428 0.204 0.049 0.102 0.047 0.006 0.001 0.022 0.005 0.001 20 S 0.352 0.049 0.216 0.202 0.039 0.052 0.063 0.002 0.019 0.004 0.003 21 G 0.346 0.009 0.040 0.025 0.078 0.008 0.073 0.268 0.004 0.150 0.001 22 E 0.809 0.022 0.090 0.035 0.010 0.024 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 23 L 0.910 0.017 0.024 0.030 0.003 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 24 H 0.975 0.006 0.007 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.990 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.985 0.002 0.002 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.955 0.005 0.008 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 V 0.947 0.004 0.013 0.026 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 29 G 0.841 0.007 0.010 0.117 0.003 0.005 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 30 M 0.287 0.016 0.046 0.621 0.005 0.003 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 31 G 0.082 0.011 0.056 0.050 0.054 0.004 0.200 0.393 0.002 0.148 0.001 32 F 0.093 0.208 0.478 0.105 0.022 0.044 0.022 0.002 0.022 0.002 0.001 33 V 0.003 0.590 0.281 0.001 0.036 0.005 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 34 P 0.035 0.002 0.886 0.010 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.055 35 G 0.015 0.014 0.051 0.012 0.064 0.007 0.031 0.732 0.009 0.067 0.001 36 E 0.050 0.393 0.426 0.038 0.068 0.010 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 37 E 0.021 0.375 0.472 0.036 0.023 0.037 0.011 0.001 0.016 0.001 0.006 38 I 0.002 0.845 0.108 0.002 0.030 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 39 E 0.009 0.587 0.288 0.004 0.042 0.041 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 40 I 0.012 0.498 0.406 0.006 0.018 0.035 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 41 V 0.037 0.705 0.148 0.011 0.041 0.031 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 42 Q 0.050 0.629 0.136 0.023 0.096 0.041 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 43 V 0.045 0.723 0.085 0.031 0.080 0.021 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 44 A 0.013 0.218 0.364 0.002 0.069 0.021 0.004 0.001 0.305 0.003 0.001 45 P 0.173 0.007 0.745 0.015 0.001 0.020 0.002 0.001 0.004 0.001 0.032 46 L 0.214 0.106 0.286 0.303 0.030 0.011 0.032 0.005 0.009 0.003 0.002 47 G 0.017 0.007 0.031 0.021 0.074 0.007 0.042 0.582 0.004 0.215 0.001 48 D 0.003 0.186 0.484 0.006 0.060 0.008 0.010 0.001 0.238 0.004 0.001 49 P 0.076 0.002 0.807 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 50 I 0.069 0.571 0.242 0.049 0.038 0.012 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 51 V 0.013 0.649 0.278 0.013 0.014 0.016 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 52 C 0.004 0.859 0.081 0.002 0.038 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 53 K 0.008 0.778 0.123 0.003 0.036 0.032 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 54 I 0.038 0.323 0.436 0.035 0.025 0.079 0.003 0.001 0.057 0.001 0.002 55 G 0.077 0.020 0.037 0.053 0.118 0.009 0.092 0.296 0.003 0.295 0.001 56 N 0.010 0.032 0.027 0.336 0.051 0.022 0.463 0.039 0.012 0.008 0.001 57 R 0.020 0.613 0.223 0.058 0.038 0.008 0.025 0.003 0.011 0.001 0.001 58 N 0.042 0.510 0.292 0.022 0.053 0.054 0.007 0.001 0.016 0.001 0.002 59 I 0.016 0.790 0.125 0.009 0.034 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 60 T 0.036 0.710 0.122 0.008 0.054 0.041 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 61 L 0.100 0.473 0.213 0.025 0.094 0.061 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 62 R 0.175 0.442 0.189 0.030 0.091 0.042 0.006 0.001 0.022 0.003 0.001 63 K 0.610 0.103 0.149 0.049 0.030 0.032 0.009 0.002 0.012 0.002 0.001 64 R 0.573 0.082 0.082 0.117 0.057 0.024 0.039 0.009 0.013 0.004 0.001 65 E 0.309 0.114 0.060 0.346 0.052 0.029 0.071 0.006 0.012 0.003 0.001 66 A 0.287 0.251 0.235 0.065 0.062 0.030 0.021 0.005 0.039 0.004 0.001 67 D 0.480 0.109 0.190 0.146 0.021 0.023 0.019 0.003 0.006 0.001 0.003 68 L 0.075 0.410 0.168 0.219 0.052 0.021 0.031 0.003 0.020 0.001 0.001 69 I 0.006 0.803 0.151 0.006 0.025 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 70 E 0.018 0.375 0.501 0.006 0.017 0.053 0.005 0.001 0.022 0.001 0.002 71 V 0.006 0.793 0.140 0.004 0.025 0.016 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 72 E 0.026 0.540 0.277 0.006 0.046 0.063 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 73 V 0.082 0.316 0.401 0.024 0.034 0.100 0.005 0.001 0.035 0.001 0.002 74 V 0.169 0.310 0.240 0.146 0.045 0.042 0.013 0.001 0.032 0.002 0.002 75 G 0.100 0.026 0.112 0.092 0.158 0.013 0.122 0.132 0.012 0.232 0.001 76 G 0.121 0.035 0.150 0.072 0.151 0.018 0.090 0.160 0.009 0.193 0.001 77 E 0.158 0.194 0.329 0.175 0.039 0.055 0.019 0.002 0.021 0.004 0.005 78 L 0.042 0.290 0.477 0.007 0.047 0.017 0.003 0.001 0.112 0.002 0.002 79 P 0.206 0.008 0.710 0.014 0.002 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.038 80 L 0.291 0.242 0.254 0.110 0.041 0.027 0.008 0.005 0.019 0.001 0.002 81 I 0.139 0.478 0.263 0.037 0.038 0.019 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 82 L 0.170 0.259 0.386 0.055 0.027 0.072 0.007 0.001 0.019 0.001 0.002 83 A 0.252 0.301 0.266 0.055 0.063 0.026 0.007 0.002 0.020 0.007 0.001 84 D 0.356 0.132 0.200 0.156 0.041 0.036 0.028 0.007 0.035 0.007 0.001 85 D 0.097 0.040 0.153 0.419 0.024 0.018 0.209 0.017 0.017 0.005 0.001 86 G 0.012 0.004 0.014 0.009 0.029 0.003 0.066 0.737 0.001 0.126 0.001 87 T 0.100 0.334 0.389 0.095 0.038 0.021 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 88 Y 0.047 0.522 0.257 0.032 0.093 0.022 0.008 0.002 0.015 0.002 0.001 89 E 0.058 0.430 0.339 0.028 0.062 0.047 0.009 0.002 0.022 0.001 0.001 90 I 0.045 0.633 0.217 0.017 0.036 0.023 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 91 T 0.132 0.464 0.242 0.030 0.065 0.044 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 92 K 0.185 0.340 0.198 0.064 0.087 0.072 0.015 0.004 0.028 0.006 0.001 93 L 0.339 0.225 0.197 0.125 0.039 0.025 0.016 0.003 0.024 0.006 0.001 94 N 0.135 0.057 0.130 0.390 0.043 0.024 0.170 0.018 0.020 0.014 0.001 95 G 0.042 0.007 0.053 0.056 0.067 0.006 0.197 0.364 0.004 0.204 0.001 96 G 0.115 0.011 0.093 0.036 0.103 0.011 0.052 0.223 0.003 0.352 0.001 97 R 0.413 0.129 0.254 0.092 0.046 0.035 0.012 0.002 0.011 0.006 0.001 98 R 0.675 0.098 0.100 0.043 0.029 0.037 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 99 F 0.734 0.091 0.063 0.042 0.029 0.030 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 100 L 0.939 0.017 0.019 0.010 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 101 F 0.960 0.006 0.008 0.011 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 R 0.911 0.010 0.007 0.057 0.003 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 103 M 0.904 0.015 0.017 0.044 0.004 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 104 K 0.905 0.006 0.021 0.053 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 105 N 0.610 0.020 0.028 0.239 0.011 0.015 0.056 0.014 0.005 0.001 0.001 106 L 0.356 0.061 0.173 0.359 0.007 0.010 0.019 0.001 0.013 0.001 0.001 107 G 0.216 0.058 0.246 0.083 0.091 0.030 0.100 0.099 0.011 0.065 0.001 108 I 0.124 0.437 0.337 0.030 0.038 0.018 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 109 E 0.210 0.253 0.358 0.063 0.038 0.040 0.005 0.001 0.026 0.003 0.002 110 S 0.109 0.112 0.214 0.401 0.057 0.013 0.071 0.006 0.010 0.004 0.001 111 G 0.002 0.002 0.008 0.003 0.031 0.002 0.066 0.785 0.002 0.099 0.001 112 K 0.017 0.430 0.472 0.026 0.035 0.006 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 113 K 0.009 0.536 0.353 0.015 0.030 0.031 0.005 0.001 0.016 0.001 0.003 114 I 0.001 0.878 0.079 0.001 0.028 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 115 Q 0.006 0.631 0.279 0.003 0.032 0.027 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 116 V 0.010 0.686 0.209 0.005 0.026 0.038 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 117 S 0.032 0.589 0.213 0.028 0.079 0.028 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 118 G 0.037 0.081 0.121 0.021 0.311 0.026 0.043 0.133 0.018 0.209 0.001 119 R 0.048 0.223 0.427 0.069 0.093 0.050 0.029 0.003 0.048 0.008 0.002 120 R 0.265 0.111 0.411 0.078 0.032 0.041 0.023 0.009 0.013 0.008 0.008 121 Y 0.207 0.248 0.217 0.173 0.053 0.040 0.029 0.009 0.020 0.003 0.002 122 Y 0.108 0.367 0.202 0.128 0.074 0.042 0.032 0.005 0.040 0.003 0.001 123 I 0.112 0.379 0.275 0.063 0.080 0.045 0.017 0.003 0.023 0.004 0.001 124 E 0.139 0.326 0.294 0.108 0.060 0.039 0.009 0.001 0.021 0.002 0.001 125 G 0.178 0.109 0.218 0.047 0.235 0.023 0.021 0.029 0.015 0.125 0.001 126 R 0.297 0.216 0.208 0.060 0.148 0.038 0.013 0.002 0.011 0.005 0.001 127 E 0.559 0.115 0.122 0.072 0.038 0.057 0.017 0.003 0.011 0.002 0.002 128 I 0.491 0.291 0.109 0.046 0.026 0.015 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 129 D 0.575 0.074 0.114 0.066 0.017 0.112 0.015 0.002 0.024 0.001 0.001 130 L 0.641 0.076 0.077 0.140 0.012 0.028 0.012 0.001 0.013 0.001 0.001 131 G 0.477 0.035 0.065 0.154 0.089 0.016 0.062 0.041 0.009 0.051 0.001 132 Y 0.203 0.133 0.186 0.237 0.082 0.027 0.096 0.004 0.028 0.004 0.001 133 G 0.104 0.028 0.149 0.043 0.161 0.018 0.070 0.157 0.007 0.263 0.001 134 E 0.341 0.239 0.219 0.105 0.057 0.021 0.005 0.001 0.009 0.002 0.001 135 A 0.262 0.141 0.235 0.199 0.056 0.044 0.028 0.007 0.019 0.006 0.003 136 T 0.113 0.507 0.089 0.119 0.131 0.010 0.019 0.004 0.006 0.001 0.001 137 K 0.048 0.490 0.260 0.059 0.043 0.041 0.026 0.002 0.029 0.001 0.001 138 I 0.007 0.850 0.107 0.004 0.017 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 139 W 0.028 0.368 0.355 0.016 0.035 0.143 0.013 0.001 0.038 0.001 0.002 140 V 0.030 0.424 0.355 0.019 0.039 0.059 0.004 0.001 0.067 0.001 0.001 141 R 0.212 0.139 0.397 0.104 0.044 0.034 0.033 0.005 0.021 0.005 0.007 142 R 0.034 0.124 0.166 0.092 0.158 0.080 0.190 0.101 0.036 0.017 0.001 143 V 0.013 0.715 0.199 0.024 0.025 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 144 S 0.040 0.242 0.553 0.016 0.067 0.044 0.003 0.001 0.026 0.006 0.002 145 D 0.291 0.229 0.226 0.071 0.106 0.046 0.005 0.003 0.014 0.005 0.003 146 A 0.201 0.181 0.260 0.128 0.072 0.060 0.027 0.002 0.057 0.011 0.002 147 G 0.659 0.056 0.146 0.057 0.033 0.016 0.010 0.009 0.005 0.010 0.002 148 E 0.600 0.109 0.111 0.121 0.019 0.013 0.013 0.002 0.010 0.002 0.001 149 E 0.250 0.107 0.142 0.340 0.037 0.024 0.069 0.008 0.019 0.003 0.001 150 S 0.153 0.082 0.160 0.108 0.111 0.026 0.147 0.147 0.015 0.051 0.001 151 H 0.057 0.392 0.357 0.012 0.062 0.028 0.005 0.001 0.084 0.002 0.001 152 P 0.323 0.023 0.541 0.036 0.005 0.044 0.004 0.001 0.005 0.001 0.017 153 Q 0.331 0.155 0.159 0.224 0.044 0.027 0.030 0.011 0.016 0.004 0.001 154 K 0.251 0.138 0.216 0.136 0.086 0.037 0.058 0.032 0.029 0.015 0.001