# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.0371 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.391 0.224 0.011 0.264 0.008 0.007 0.008 0.007 0.015 0.010 2 K 0.182 0.258 0.026 0.002 0.480 0.002 0.003 0.008 0.005 0.005 0.029 3 L 0.296 0.074 0.009 0.010 0.116 0.012 0.011 0.067 0.164 0.033 0.207 4 S 0.009 0.044 0.037 0.050 0.035 0.240 0.332 0.135 0.088 0.025 0.006 5 R 0.104 0.077 0.024 0.008 0.190 0.004 0.017 0.086 0.087 0.365 0.039 6 L 0.123 0.245 0.097 0.010 0.261 0.008 0.013 0.043 0.076 0.088 0.037 7 V 0.050 0.203 0.552 0.016 0.109 0.031 0.016 0.011 0.006 0.003 0.005 8 P 0.015 0.350 0.047 0.023 0.034 0.030 0.257 0.095 0.134 0.009 0.006 9 G 0.017 0.006 0.012 0.035 0.007 0.012 0.009 0.008 0.014 0.711 0.170 10 V 0.024 0.583 0.134 0.005 0.212 0.005 0.009 0.005 0.005 0.010 0.009 11 P 0.413 0.067 0.006 0.005 0.242 0.019 0.033 0.006 0.010 0.031 0.167 12 A 0.130 0.220 0.030 0.007 0.589 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.009 13 R 0.187 0.057 0.003 0.001 0.742 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 14 I 0.679 0.022 0.002 0.001 0.188 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 15 K 0.094 0.203 0.062 0.020 0.427 0.096 0.040 0.004 0.005 0.012 0.037 16 R 0.323 0.049 0.006 0.002 0.597 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 17 L 0.224 0.196 0.016 0.010 0.419 0.010 0.005 0.004 0.004 0.017 0.096 18 E 0.187 0.148 0.187 0.058 0.199 0.064 0.068 0.012 0.005 0.019 0.053 19 V 0.071 0.178 0.169 0.104 0.116 0.045 0.040 0.108 0.078 0.048 0.042 20 S 0.019 0.082 0.043 0.183 0.035 0.124 0.050 0.196 0.145 0.109 0.014 21 G 0.011 0.019 0.028 0.039 0.016 0.024 0.028 0.346 0.209 0.254 0.026 22 E 0.015 0.051 0.021 0.003 0.030 0.004 0.014 0.688 0.101 0.060 0.013 23 L 0.019 0.036 0.011 0.002 0.023 0.003 0.006 0.716 0.127 0.047 0.010 24 H 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.867 0.107 0.004 0.001 25 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.925 0.060 0.002 0.001 26 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.942 0.040 0.003 0.001 27 L 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.012 0.876 0.089 0.008 0.002 28 V 0.003 0.028 0.006 0.002 0.009 0.007 0.039 0.735 0.160 0.009 0.002 29 G 0.020 0.006 0.006 0.004 0.012 0.011 0.105 0.441 0.122 0.194 0.079 30 M 0.007 0.663 0.207 0.004 0.063 0.004 0.019 0.009 0.008 0.010 0.004 31 G 0.095 0.055 0.022 0.015 0.080 0.018 0.024 0.028 0.028 0.374 0.261 32 F 0.121 0.285 0.103 0.029 0.215 0.009 0.015 0.026 0.043 0.093 0.060 33 V 0.036 0.197 0.576 0.037 0.099 0.027 0.007 0.008 0.004 0.003 0.007 34 P 0.017 0.156 0.059 0.047 0.027 0.043 0.256 0.190 0.190 0.007 0.007 35 G 0.026 0.014 0.020 0.030 0.017 0.011 0.013 0.018 0.031 0.695 0.126 36 E 0.024 0.570 0.139 0.010 0.164 0.011 0.016 0.015 0.014 0.021 0.015 37 E 0.351 0.049 0.005 0.002 0.517 0.005 0.016 0.005 0.005 0.010 0.034 38 I 0.290 0.101 0.008 0.006 0.548 0.005 0.005 0.003 0.003 0.003 0.030 39 E 0.181 0.113 0.009 0.002 0.660 0.006 0.010 0.003 0.001 0.002 0.013 40 I 0.423 0.045 0.003 0.001 0.504 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 41 V 0.250 0.141 0.016 0.008 0.434 0.015 0.010 0.006 0.005 0.013 0.102 42 Q 0.222 0.129 0.034 0.008 0.513 0.008 0.015 0.007 0.005 0.012 0.047 43 V 0.194 0.154 0.037 0.025 0.244 0.017 0.020 0.020 0.038 0.156 0.095 44 A 0.061 0.327 0.269 0.038 0.181 0.022 0.026 0.025 0.025 0.014 0.012 45 P 0.125 0.137 0.179 0.055 0.149 0.051 0.067 0.081 0.084 0.035 0.037 46 L 0.037 0.163 0.053 0.066 0.064 0.060 0.211 0.127 0.167 0.037 0.016 47 G 0.027 0.017 0.034 0.102 0.015 0.054 0.030 0.022 0.041 0.553 0.104 48 D 0.045 0.448 0.214 0.010 0.226 0.004 0.009 0.006 0.006 0.020 0.014 49 P 0.329 0.147 0.012 0.004 0.359 0.012 0.023 0.016 0.021 0.018 0.059 50 I 0.156 0.156 0.018 0.010 0.543 0.020 0.046 0.009 0.008 0.010 0.023 51 V 0.298 0.038 0.002 0.001 0.638 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 52 C 0.178 0.124 0.016 0.001 0.666 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 53 K 0.401 0.084 0.009 0.002 0.431 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.063 54 I 0.210 0.120 0.061 0.144 0.149 0.048 0.021 0.009 0.012 0.041 0.185 55 G 0.008 0.029 0.050 0.581 0.012 0.166 0.102 0.017 0.013 0.017 0.006 56 N 0.092 0.047 0.053 0.110 0.082 0.021 0.014 0.021 0.045 0.388 0.128 57 R 0.097 0.271 0.080 0.016 0.243 0.037 0.030 0.052 0.056 0.078 0.043 58 N 0.191 0.162 0.023 0.005 0.467 0.011 0.033 0.029 0.023 0.022 0.033 59 I 0.298 0.099 0.010 0.003 0.532 0.004 0.005 0.011 0.009 0.006 0.024 60 T 0.248 0.142 0.017 0.007 0.404 0.019 0.031 0.045 0.011 0.017 0.059 61 L 0.258 0.140 0.034 0.016 0.329 0.015 0.016 0.042 0.019 0.044 0.087 62 R 0.086 0.352 0.118 0.034 0.206 0.020 0.019 0.057 0.020 0.050 0.039 63 K 0.060 0.048 0.016 0.009 0.096 0.014 0.022 0.324 0.298 0.086 0.027 64 R 0.018 0.055 0.034 0.008 0.039 0.022 0.055 0.511 0.206 0.042 0.008 65 E 0.054 0.029 0.009 0.004 0.050 0.006 0.032 0.444 0.140 0.199 0.033 66 A 0.203 0.066 0.013 0.009 0.160 0.016 0.028 0.245 0.119 0.073 0.068 67 D 0.030 0.059 0.023 0.021 0.078 0.094 0.143 0.358 0.106 0.073 0.015 68 L 0.324 0.051 0.010 0.007 0.325 0.005 0.026 0.090 0.039 0.074 0.048 69 I 0.101 0.204 0.036 0.008 0.545 0.015 0.019 0.033 0.012 0.012 0.015 70 E 0.281 0.086 0.011 0.003 0.545 0.003 0.008 0.010 0.004 0.007 0.042 71 V 0.280 0.176 0.019 0.004 0.424 0.003 0.004 0.011 0.009 0.012 0.058 72 E 0.129 0.215 0.051 0.007 0.510 0.012 0.023 0.016 0.005 0.007 0.024 73 V 0.441 0.091 0.036 0.009 0.241 0.009 0.019 0.030 0.018 0.021 0.086 74 V 0.061 0.097 0.048 0.205 0.085 0.127 0.134 0.080 0.051 0.060 0.050 75 G 0.010 0.027 0.048 0.685 0.012 0.097 0.041 0.019 0.021 0.033 0.008 76 G 0.026 0.053 0.100 0.295 0.055 0.036 0.023 0.049 0.070 0.242 0.051 77 E 0.141 0.158 0.078 0.024 0.207 0.012 0.022 0.043 0.061 0.174 0.081 78 L 0.069 0.438 0.190 0.011 0.199 0.011 0.012 0.019 0.019 0.014 0.019 79 P 0.130 0.324 0.079 0.012 0.261 0.015 0.035 0.046 0.040 0.019 0.037 80 L 0.274 0.130 0.028 0.008 0.295 0.009 0.018 0.060 0.064 0.040 0.075 81 I 0.113 0.255 0.068 0.012 0.330 0.024 0.034 0.070 0.030 0.027 0.036 82 L 0.214 0.167 0.044 0.012 0.347 0.013 0.023 0.050 0.022 0.048 0.060 83 A 0.095 0.171 0.175 0.057 0.111 0.032 0.047 0.141 0.069 0.056 0.045 84 D 0.029 0.045 0.067 0.094 0.041 0.111 0.169 0.242 0.105 0.067 0.030 85 D 0.028 0.318 0.152 0.162 0.061 0.051 0.062 0.044 0.043 0.061 0.016 86 G 0.028 0.030 0.048 0.096 0.032 0.037 0.018 0.050 0.053 0.456 0.154 87 T 0.099 0.346 0.089 0.012 0.265 0.007 0.023 0.040 0.030 0.048 0.040 88 Y 0.182 0.250 0.052 0.008 0.373 0.017 0.014 0.019 0.016 0.019 0.050 89 E 0.165 0.246 0.063 0.018 0.375 0.015 0.024 0.026 0.014 0.018 0.036 90 I 0.365 0.108 0.019 0.005 0.398 0.005 0.005 0.021 0.014 0.013 0.047 91 T 0.106 0.255 0.086 0.020 0.329 0.044 0.036 0.052 0.021 0.020 0.031 92 K 0.282 0.115 0.053 0.014 0.303 0.011 0.026 0.044 0.021 0.054 0.079 93 L 0.097 0.136 0.111 0.092 0.141 0.053 0.059 0.106 0.062 0.086 0.058 94 N 0.026 0.083 0.103 0.288 0.038 0.140 0.117 0.087 0.043 0.056 0.021 95 G 0.033 0.058 0.078 0.228 0.041 0.046 0.036 0.077 0.062 0.285 0.056 96 G 0.050 0.129 0.095 0.090 0.091 0.028 0.017 0.172 0.101 0.175 0.052 97 R 0.053 0.136 0.068 0.020 0.112 0.020 0.027 0.333 0.127 0.070 0.034 98 R 0.053 0.090 0.033 0.007 0.083 0.012 0.027 0.488 0.133 0.049 0.025 99 F 0.045 0.069 0.022 0.005 0.066 0.007 0.017 0.601 0.105 0.045 0.019 100 L 0.026 0.019 0.006 0.002 0.035 0.004 0.006 0.756 0.121 0.015 0.009 101 F 0.009 0.013 0.004 0.002 0.019 0.005 0.016 0.823 0.095 0.010 0.003 102 R 0.012 0.015 0.006 0.002 0.016 0.004 0.027 0.807 0.082 0.023 0.006 103 M 0.022 0.016 0.006 0.004 0.026 0.008 0.026 0.683 0.156 0.042 0.010 104 K 0.012 0.058 0.017 0.007 0.026 0.017 0.068 0.621 0.143 0.024 0.006 105 N 0.052 0.020 0.017 0.009 0.040 0.014 0.066 0.281 0.113 0.287 0.100 106 L 0.029 0.517 0.208 0.011 0.133 0.009 0.018 0.027 0.016 0.020 0.014 107 G 0.158 0.155 0.043 0.019 0.234 0.020 0.028 0.056 0.027 0.143 0.118 108 I 0.169 0.174 0.083 0.026 0.184 0.012 0.021 0.123 0.087 0.057 0.064 109 E 0.039 0.062 0.165 0.121 0.051 0.212 0.092 0.152 0.061 0.022 0.022 110 S 0.010 0.135 0.060 0.115 0.025 0.065 0.337 0.157 0.079 0.012 0.005 111 G 0.014 0.004 0.007 0.022 0.004 0.005 0.002 0.005 0.007 0.688 0.242 112 K 0.011 0.699 0.088 0.002 0.183 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.003 113 K 0.429 0.034 0.002 0.001 0.504 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 114 I 0.219 0.156 0.013 0.006 0.580 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 115 Q 0.231 0.078 0.008 0.001 0.653 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 116 V 0.509 0.058 0.014 0.007 0.284 0.004 0.003 0.002 0.001 0.007 0.111 117 S 0.095 0.164 0.058 0.190 0.194 0.105 0.082 0.010 0.009 0.038 0.055 118 G 0.051 0.067 0.143 0.495 0.047 0.057 0.016 0.007 0.011 0.072 0.035 119 R 0.113 0.199 0.159 0.074 0.300 0.016 0.009 0.016 0.022 0.052 0.040 120 R 0.172 0.150 0.042 0.023 0.195 0.051 0.060 0.082 0.107 0.051 0.068 121 Y 0.113 0.236 0.091 0.018 0.276 0.028 0.051 0.048 0.044 0.049 0.046 122 Y 0.270 0.143 0.026 0.007 0.383 0.010 0.018 0.037 0.024 0.033 0.048 123 I 0.224 0.156 0.036 0.012 0.382 0.020 0.019 0.040 0.021 0.028 0.062 124 E 0.163 0.168 0.065 0.039 0.229 0.051 0.059 0.064 0.024 0.071 0.067 125 G 0.104 0.204 0.118 0.057 0.177 0.025 0.021 0.093 0.061 0.094 0.046 126 R 0.054 0.172 0.114 0.032 0.159 0.022 0.029 0.266 0.095 0.038 0.020 127 E 0.075 0.041 0.013 0.006 0.090 0.008 0.032 0.410 0.224 0.072 0.029 128 I 0.076 0.189 0.051 0.015 0.147 0.033 0.041 0.259 0.097 0.055 0.038 129 D 0.127 0.111 0.052 0.017 0.203 0.027 0.057 0.202 0.065 0.086 0.053 130 L 0.077 0.077 0.045 0.014 0.092 0.017 0.051 0.299 0.173 0.112 0.041 131 G 0.059 0.091 0.085 0.049 0.099 0.060 0.137 0.215 0.071 0.097 0.036 132 Y 0.068 0.200 0.111 0.164 0.085 0.058 0.087 0.056 0.035 0.106 0.031 133 G 0.040 0.093 0.262 0.299 0.066 0.042 0.011 0.029 0.030 0.087 0.042 134 E 0.047 0.073 0.044 0.040 0.082 0.032 0.106 0.282 0.206 0.060 0.028 135 A 0.170 0.092 0.028 0.017 0.148 0.019 0.033 0.079 0.095 0.194 0.125 136 T 0.076 0.225 0.060 0.022 0.263 0.057 0.096 0.059 0.047 0.063 0.032 137 K 0.347 0.052 0.006 0.002 0.527 0.002 0.006 0.007 0.006 0.008 0.036 138 I 0.172 0.229 0.026 0.003 0.534 0.005 0.004 0.003 0.002 0.004 0.020 139 W 0.337 0.094 0.013 0.004 0.419 0.005 0.007 0.004 0.002 0.009 0.106 140 V 0.323 0.159 0.041 0.029 0.224 0.011 0.006 0.011 0.015 0.030 0.151 141 R 0.029 0.083 0.058 0.144 0.073 0.288 0.194 0.043 0.039 0.036 0.014 142 R 0.185 0.131 0.081 0.033 0.253 0.009 0.016 0.023 0.034 0.166 0.068 143 V 0.125 0.303 0.084 0.010 0.346 0.010 0.009 0.022 0.023 0.036 0.033 144 S 0.116 0.304 0.194 0.010 0.313 0.008 0.009 0.016 0.008 0.006 0.018 145 D 0.066 0.133 0.044 0.021 0.106 0.046 0.082 0.229 0.201 0.031 0.041 146 A 0.044 0.082 0.060 0.059 0.068 0.069 0.122 0.196 0.086 0.180 0.034 147 G 0.073 0.100 0.071 0.029 0.105 0.016 0.026 0.209 0.105 0.194 0.072 148 E 0.060 0.108 0.075 0.039 0.107 0.049 0.060 0.222 0.115 0.114 0.052 149 E 0.049 0.214 0.123 0.076 0.104 0.051 0.073 0.108 0.074 0.094 0.034 150 S 0.068 0.095 0.089 0.073 0.092 0.029 0.035 0.080 0.073 0.267 0.098 151 H 0.089 0.299 0.146 0.019 0.236 0.009 0.016 0.065 0.039 0.049 0.032 152 P 0.112 0.211 0.081 0.023 0.194 0.029 0.041 0.126 0.079 0.054 0.051 153 Q 0.072 0.161 0.124 0.052 0.129 0.047 0.071 0.144 0.088 0.074 0.038 154 K 0.090 0.148 0.096 0.032 0.148 0.025 0.045 0.165 0.090 0.109 0.051