# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.0371 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.607 0.216 0.104 0.052 0.018 0.003 0.001 2 K 0.486 0.331 0.131 0.041 0.009 0.002 0.001 3 L 0.141 0.113 0.240 0.298 0.171 0.034 0.001 4 S 0.546 0.344 0.081 0.022 0.007 0.001 0.001 5 R 0.452 0.378 0.118 0.041 0.009 0.002 0.001 6 L 0.112 0.098 0.226 0.327 0.196 0.039 0.001 7 V 0.430 0.311 0.173 0.064 0.018 0.002 0.001 8 P 0.672 0.264 0.047 0.013 0.004 0.001 0.001 9 G 0.492 0.315 0.114 0.057 0.018 0.003 0.001 10 V 0.252 0.290 0.230 0.152 0.064 0.012 0.001 11 P 0.200 0.422 0.249 0.090 0.032 0.007 0.001 12 A 0.034 0.067 0.156 0.313 0.327 0.096 0.007 13 R 0.015 0.125 0.285 0.337 0.181 0.055 0.002 14 I 0.014 0.037 0.076 0.167 0.298 0.373 0.035 15 K 0.039 0.182 0.287 0.302 0.158 0.031 0.001 16 R 0.088 0.293 0.276 0.229 0.090 0.023 0.001 17 L 0.016 0.037 0.159 0.339 0.343 0.104 0.003 18 E 0.268 0.426 0.207 0.077 0.020 0.003 0.001 19 V 0.222 0.257 0.250 0.189 0.069 0.013 0.001 20 S 0.593 0.296 0.075 0.027 0.007 0.001 0.001 21 G 0.652 0.269 0.056 0.018 0.004 0.001 0.001 22 E 0.416 0.402 0.131 0.039 0.010 0.001 0.001 23 L 0.062 0.111 0.180 0.296 0.269 0.077 0.006 24 H 0.033 0.151 0.295 0.334 0.143 0.043 0.002 25 E 0.162 0.317 0.243 0.176 0.077 0.023 0.001 26 K 0.022 0.088 0.229 0.338 0.240 0.078 0.007 27 L 0.018 0.028 0.041 0.116 0.287 0.402 0.109 28 V 0.021 0.073 0.187 0.291 0.236 0.157 0.035 29 G 0.095 0.185 0.251 0.254 0.120 0.073 0.022 30 M 0.029 0.038 0.061 0.112 0.237 0.403 0.121 31 G 0.060 0.118 0.131 0.188 0.224 0.218 0.061 32 F 0.048 0.093 0.162 0.245 0.234 0.175 0.043 33 V 0.084 0.155 0.206 0.255 0.207 0.082 0.011 34 P 0.208 0.284 0.236 0.158 0.082 0.029 0.003 35 G 0.365 0.350 0.153 0.086 0.035 0.010 0.001 36 E 0.380 0.379 0.130 0.077 0.028 0.007 0.001 37 E 0.054 0.179 0.277 0.295 0.133 0.056 0.006 38 I 0.021 0.035 0.086 0.222 0.382 0.229 0.026 39 E 0.048 0.234 0.305 0.269 0.112 0.031 0.002 40 I 0.015 0.044 0.077 0.171 0.326 0.319 0.049 41 V 0.016 0.053 0.115 0.224 0.285 0.266 0.041 42 Q 0.068 0.179 0.250 0.271 0.157 0.066 0.009 43 V 0.084 0.186 0.259 0.246 0.150 0.065 0.009 44 A 0.081 0.107 0.156 0.242 0.258 0.139 0.016 45 P 0.145 0.201 0.192 0.197 0.155 0.095 0.016 46 L 0.188 0.199 0.237 0.192 0.113 0.060 0.011 47 G 0.270 0.292 0.216 0.137 0.055 0.024 0.005 48 D 0.126 0.188 0.180 0.187 0.177 0.114 0.028 49 P 0.035 0.057 0.096 0.182 0.262 0.264 0.102 50 I 0.016 0.047 0.078 0.154 0.288 0.331 0.086 51 V 0.023 0.086 0.168 0.257 0.239 0.182 0.045 52 C 0.007 0.022 0.043 0.090 0.244 0.476 0.118 53 K 0.020 0.127 0.246 0.347 0.185 0.068 0.006 54 I 0.017 0.042 0.110 0.259 0.340 0.213 0.018 55 G 0.153 0.307 0.248 0.180 0.089 0.022 0.001 56 N 0.411 0.397 0.113 0.049 0.023 0.007 0.001 57 R 0.088 0.190 0.279 0.290 0.121 0.030 0.003 58 N 0.102 0.274 0.271 0.205 0.105 0.040 0.003 59 I 0.016 0.031 0.068 0.161 0.330 0.350 0.045 60 T 0.029 0.094 0.223 0.269 0.235 0.134 0.016 61 L 0.018 0.042 0.085 0.157 0.260 0.356 0.082 62 R 0.035 0.119 0.217 0.244 0.248 0.124 0.014 63 K 0.096 0.213 0.252 0.274 0.130 0.034 0.002 64 R 0.452 0.408 0.086 0.033 0.017 0.004 0.001 65 E 0.173 0.317 0.241 0.183 0.065 0.020 0.001 66 A 0.048 0.063 0.196 0.309 0.293 0.085 0.006 67 D 0.345 0.446 0.139 0.048 0.017 0.004 0.001 68 L 0.194 0.312 0.248 0.161 0.065 0.018 0.002 69 I 0.036 0.048 0.085 0.188 0.342 0.270 0.030 70 E 0.064 0.187 0.259 0.262 0.160 0.062 0.005 71 V 0.052 0.082 0.150 0.238 0.281 0.177 0.020 72 E 0.163 0.339 0.262 0.147 0.074 0.015 0.001 73 V 0.186 0.274 0.248 0.194 0.078 0.020 0.001 74 V 0.222 0.211 0.242 0.200 0.105 0.020 0.001 75 G 0.623 0.265 0.076 0.027 0.007 0.001 0.001 76 G 0.660 0.235 0.068 0.028 0.008 0.001 0.001 77 E 0.612 0.271 0.081 0.029 0.007 0.001 0.001 78 L 0.302 0.224 0.226 0.170 0.065 0.013 0.001 79 P 0.449 0.333 0.134 0.057 0.022 0.005 0.001 80 L 0.162 0.176 0.232 0.242 0.143 0.043 0.002 81 I 0.204 0.263 0.251 0.167 0.088 0.026 0.001 82 L 0.176 0.216 0.263 0.213 0.100 0.031 0.001 83 A 0.261 0.202 0.219 0.190 0.100 0.026 0.001 84 D 0.576 0.271 0.094 0.041 0.015 0.003 0.001 85 D 0.698 0.223 0.052 0.020 0.006 0.001 0.001 86 G 0.527 0.267 0.118 0.061 0.021 0.005 0.001 87 T 0.282 0.306 0.203 0.136 0.054 0.017 0.002 88 Y 0.101 0.132 0.217 0.271 0.193 0.078 0.007 89 E 0.138 0.247 0.233 0.204 0.117 0.055 0.005 90 I 0.076 0.107 0.149 0.221 0.242 0.181 0.024 91 T 0.110 0.135 0.175 0.221 0.205 0.132 0.022 92 K 0.190 0.256 0.237 0.177 0.091 0.043 0.007 93 L 0.159 0.140 0.182 0.225 0.180 0.096 0.018 94 N 0.348 0.264 0.180 0.121 0.057 0.025 0.004 95 G 0.429 0.272 0.143 0.088 0.041 0.023 0.004 96 G 0.322 0.194 0.145 0.157 0.115 0.056 0.011 97 R 0.277 0.253 0.181 0.143 0.095 0.046 0.006 98 R 0.213 0.243 0.210 0.168 0.104 0.054 0.008 99 F 0.139 0.149 0.171 0.220 0.204 0.104 0.012 100 L 0.164 0.200 0.215 0.205 0.142 0.067 0.007 101 F 0.263 0.228 0.211 0.168 0.093 0.034 0.003 102 R 0.428 0.297 0.147 0.078 0.035 0.012 0.001 103 M 0.208 0.160 0.207 0.238 0.132 0.049 0.006 104 K 0.475 0.298 0.124 0.063 0.029 0.010 0.001 105 N 0.394 0.313 0.161 0.091 0.031 0.010 0.001 106 L 0.147 0.176 0.218 0.229 0.166 0.060 0.003 107 G 0.112 0.215 0.257 0.221 0.142 0.051 0.002 108 I 0.077 0.124 0.251 0.318 0.183 0.045 0.002 109 E 0.385 0.344 0.157 0.074 0.035 0.005 0.001 110 S 0.576 0.322 0.070 0.024 0.007 0.001 0.001 111 G 0.473 0.324 0.133 0.054 0.014 0.002 0.001 112 K 0.278 0.343 0.214 0.132 0.028 0.005 0.001 113 K 0.058 0.215 0.338 0.265 0.094 0.027 0.002 114 I 0.023 0.032 0.061 0.164 0.373 0.311 0.037 115 Q 0.033 0.147 0.241 0.334 0.164 0.076 0.005 116 V 0.021 0.038 0.065 0.129 0.244 0.380 0.122 117 S 0.015 0.032 0.065 0.120 0.195 0.363 0.211 118 G 0.051 0.097 0.132 0.180 0.221 0.194 0.125 119 R 0.059 0.132 0.181 0.205 0.186 0.156 0.080 120 R 0.137 0.205 0.167 0.176 0.156 0.121 0.038 121 Y 0.058 0.070 0.097 0.169 0.256 0.266 0.085 122 Y 0.116 0.155 0.155 0.194 0.193 0.145 0.043 123 I 0.098 0.112 0.146 0.192 0.224 0.178 0.051 124 E 0.143 0.220 0.218 0.199 0.121 0.076 0.024 125 G 0.166 0.147 0.151 0.190 0.179 0.128 0.039 126 R 0.222 0.227 0.200 0.168 0.106 0.061 0.016 127 E 0.120 0.174 0.204 0.231 0.139 0.099 0.033 128 I 0.064 0.049 0.068 0.139 0.248 0.315 0.118 129 D 0.123 0.208 0.209 0.211 0.140 0.088 0.021 130 L 0.129 0.123 0.135 0.197 0.199 0.166 0.051 131 G 0.133 0.136 0.137 0.184 0.187 0.177 0.045 132 Y 0.176 0.215 0.222 0.191 0.114 0.067 0.015 133 G 0.194 0.180 0.171 0.188 0.155 0.088 0.022 134 E 0.276 0.259 0.183 0.140 0.088 0.044 0.011 135 A 0.174 0.187 0.207 0.198 0.132 0.080 0.021 136 T 0.198 0.248 0.184 0.172 0.124 0.063 0.010 137 K 0.071 0.161 0.221 0.263 0.176 0.095 0.012 138 I 0.030 0.043 0.076 0.151 0.250 0.365 0.087 139 W 0.030 0.074 0.150 0.272 0.250 0.189 0.035 140 V 0.052 0.084 0.145 0.247 0.260 0.184 0.028 141 R 0.201 0.328 0.220 0.145 0.082 0.024 0.001 142 R 0.293 0.392 0.174 0.093 0.036 0.011 0.001 143 V 0.066 0.077 0.170 0.329 0.265 0.087 0.006 144 S 0.382 0.317 0.167 0.082 0.041 0.011 0.001 145 D 0.493 0.264 0.135 0.074 0.026 0.007 0.001 146 A 0.658 0.253 0.059 0.020 0.008 0.002 0.001 147 G 0.355 0.209 0.190 0.158 0.067 0.019 0.002 148 E 0.466 0.225 0.150 0.090 0.052 0.016 0.001 149 E 0.486 0.255 0.134 0.077 0.034 0.012 0.001 150 S 0.520 0.225 0.118 0.078 0.043 0.015 0.001 151 H 0.459 0.241 0.155 0.092 0.038 0.014 0.001 152 P 0.540 0.190 0.130 0.089 0.039 0.012 0.001 153 Q 0.818 0.141 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 154 K 0.823 0.133 0.030 0.011 0.003 0.001 0.001