# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.0371 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.211 0.088 0.097 0.123 0.127 0.120 0.084 0.058 0.039 0.029 0.014 0.006 0.003 0.001 2 K 0.144 0.120 0.115 0.171 0.167 0.104 0.073 0.047 0.030 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 3 L 0.048 0.030 0.042 0.078 0.114 0.143 0.143 0.152 0.121 0.072 0.035 0.014 0.007 0.002 4 S 0.223 0.166 0.141 0.161 0.110 0.085 0.054 0.028 0.015 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 5 R 0.388 0.214 0.158 0.093 0.070 0.033 0.021 0.010 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 6 L 0.066 0.046 0.074 0.147 0.188 0.186 0.144 0.082 0.035 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 7 V 0.160 0.138 0.185 0.162 0.148 0.089 0.059 0.032 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 P 0.313 0.144 0.131 0.147 0.123 0.061 0.033 0.023 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 9 G 0.252 0.212 0.149 0.139 0.106 0.062 0.036 0.021 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 10 V 0.086 0.076 0.114 0.155 0.197 0.147 0.090 0.060 0.033 0.026 0.011 0.003 0.002 0.001 11 P 0.054 0.070 0.098 0.161 0.234 0.152 0.096 0.048 0.038 0.029 0.011 0.005 0.002 0.002 12 A 0.031 0.011 0.020 0.043 0.063 0.119 0.130 0.106 0.131 0.136 0.102 0.063 0.034 0.013 13 R 0.016 0.027 0.040 0.126 0.134 0.111 0.139 0.144 0.107 0.063 0.047 0.027 0.011 0.009 14 I 0.004 0.003 0.005 0.008 0.016 0.036 0.062 0.163 0.153 0.163 0.168 0.138 0.067 0.013 15 K 0.020 0.021 0.030 0.062 0.075 0.108 0.128 0.196 0.118 0.103 0.074 0.034 0.023 0.009 16 R 0.030 0.035 0.058 0.090 0.162 0.124 0.117 0.081 0.095 0.078 0.060 0.041 0.012 0.017 17 L 0.025 0.014 0.024 0.045 0.083 0.148 0.134 0.143 0.127 0.137 0.062 0.033 0.019 0.006 18 E 0.129 0.148 0.156 0.202 0.150 0.081 0.062 0.034 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 19 V 0.059 0.053 0.073 0.168 0.166 0.198 0.115 0.060 0.056 0.033 0.014 0.003 0.001 0.001 20 S 0.268 0.225 0.162 0.131 0.108 0.056 0.024 0.011 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 G 0.555 0.261 0.097 0.052 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.447 0.285 0.169 0.050 0.026 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.065 0.049 0.103 0.118 0.218 0.207 0.126 0.072 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 24 H 0.122 0.135 0.164 0.199 0.202 0.091 0.050 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.607 0.240 0.090 0.033 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.098 0.128 0.146 0.242 0.181 0.102 0.056 0.030 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.034 0.022 0.043 0.083 0.149 0.186 0.192 0.162 0.091 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 28 V 0.146 0.129 0.122 0.176 0.130 0.110 0.082 0.053 0.024 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 29 G 0.535 0.220 0.127 0.045 0.026 0.020 0.013 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 30 M 0.059 0.051 0.092 0.136 0.213 0.164 0.100 0.055 0.053 0.038 0.024 0.009 0.004 0.002 31 G 0.100 0.083 0.084 0.128 0.152 0.149 0.136 0.085 0.046 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 32 F 0.080 0.065 0.062 0.111 0.150 0.159 0.115 0.089 0.074 0.049 0.026 0.011 0.005 0.002 33 V 0.102 0.080 0.100 0.143 0.140 0.129 0.110 0.079 0.057 0.028 0.019 0.009 0.004 0.001 34 P 0.165 0.113 0.144 0.142 0.152 0.113 0.065 0.032 0.031 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 35 G 0.145 0.109 0.128 0.149 0.169 0.102 0.071 0.050 0.037 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 36 E 0.145 0.106 0.119 0.147 0.133 0.116 0.086 0.061 0.037 0.026 0.014 0.005 0.004 0.002 37 E 0.052 0.063 0.082 0.151 0.228 0.141 0.104 0.058 0.055 0.042 0.013 0.007 0.002 0.002 38 I 0.024 0.015 0.025 0.051 0.079 0.126 0.137 0.125 0.121 0.122 0.095 0.045 0.025 0.009 39 E 0.054 0.048 0.072 0.142 0.132 0.126 0.127 0.086 0.085 0.047 0.038 0.023 0.010 0.010 40 I 0.010 0.005 0.008 0.016 0.029 0.052 0.075 0.167 0.189 0.169 0.134 0.093 0.041 0.012 41 V 0.018 0.014 0.017 0.028 0.046 0.081 0.092 0.235 0.150 0.114 0.085 0.062 0.048 0.008 42 Q 0.059 0.073 0.077 0.124 0.130 0.101 0.113 0.096 0.069 0.059 0.048 0.030 0.011 0.010 43 V 0.045 0.048 0.077 0.102 0.137 0.149 0.137 0.091 0.098 0.061 0.034 0.015 0.004 0.003 44 A 0.062 0.070 0.096 0.129 0.152 0.161 0.121 0.085 0.065 0.030 0.018 0.006 0.004 0.002 45 P 0.069 0.092 0.103 0.147 0.150 0.142 0.122 0.082 0.050 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 46 L 0.078 0.085 0.110 0.131 0.163 0.167 0.108 0.066 0.043 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 47 G 0.184 0.164 0.161 0.133 0.121 0.087 0.064 0.039 0.022 0.010 0.009 0.003 0.002 0.001 48 D 0.127 0.111 0.139 0.144 0.157 0.101 0.076 0.047 0.038 0.026 0.019 0.008 0.004 0.002 49 P 0.049 0.048 0.052 0.086 0.121 0.130 0.135 0.133 0.109 0.065 0.038 0.019 0.010 0.004 50 I 0.023 0.017 0.025 0.049 0.066 0.099 0.130 0.141 0.130 0.127 0.099 0.051 0.029 0.014 51 V 0.019 0.023 0.038 0.063 0.105 0.115 0.135 0.131 0.116 0.092 0.076 0.047 0.021 0.019 52 C 0.024 0.009 0.013 0.020 0.029 0.051 0.062 0.082 0.126 0.157 0.161 0.141 0.091 0.034 53 K 0.021 0.030 0.049 0.122 0.137 0.113 0.153 0.131 0.108 0.063 0.033 0.021 0.010 0.009 54 I 0.011 0.008 0.011 0.024 0.040 0.085 0.100 0.176 0.167 0.153 0.120 0.063 0.034 0.008 55 G 0.046 0.073 0.107 0.153 0.160 0.145 0.120 0.088 0.051 0.028 0.015 0.008 0.004 0.002 56 N 0.068 0.093 0.107 0.133 0.183 0.117 0.099 0.081 0.055 0.036 0.017 0.008 0.002 0.002 57 R 0.019 0.034 0.058 0.110 0.172 0.192 0.149 0.106 0.079 0.047 0.022 0.007 0.003 0.002 58 N 0.040 0.059 0.077 0.134 0.183 0.153 0.129 0.080 0.072 0.039 0.019 0.008 0.003 0.003 59 I 0.023 0.016 0.030 0.054 0.090 0.131 0.132 0.170 0.136 0.106 0.057 0.028 0.020 0.008 60 T 0.042 0.030 0.045 0.098 0.150 0.126 0.125 0.145 0.107 0.060 0.033 0.022 0.011 0.005 61 L 0.033 0.022 0.031 0.061 0.082 0.118 0.118 0.146 0.129 0.115 0.075 0.042 0.024 0.005 62 R 0.099 0.093 0.092 0.174 0.192 0.133 0.089 0.043 0.050 0.017 0.010 0.005 0.001 0.001 63 K 0.149 0.160 0.151 0.204 0.146 0.072 0.049 0.022 0.025 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 64 R 0.326 0.257 0.198 0.097 0.055 0.036 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.155 0.183 0.173 0.175 0.178 0.075 0.025 0.015 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.034 0.040 0.059 0.171 0.264 0.176 0.114 0.073 0.038 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 67 D 0.325 0.245 0.149 0.120 0.069 0.041 0.027 0.012 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 68 L 0.074 0.080 0.141 0.160 0.200 0.119 0.099 0.047 0.039 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 69 I 0.023 0.010 0.020 0.036 0.069 0.129 0.131 0.224 0.131 0.110 0.059 0.032 0.023 0.004 70 E 0.036 0.046 0.065 0.148 0.199 0.126 0.112 0.090 0.072 0.051 0.023 0.021 0.006 0.005 71 V 0.018 0.009 0.012 0.029 0.045 0.089 0.104 0.160 0.166 0.199 0.097 0.050 0.018 0.005 72 E 0.075 0.088 0.107 0.165 0.182 0.132 0.086 0.061 0.051 0.025 0.015 0.008 0.003 0.002 73 V 0.090 0.083 0.102 0.155 0.149 0.124 0.101 0.074 0.057 0.035 0.020 0.007 0.002 0.001 74 V 0.075 0.066 0.087 0.138 0.184 0.177 0.109 0.069 0.057 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 75 G 0.264 0.204 0.179 0.147 0.092 0.046 0.032 0.017 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 76 G 0.486 0.203 0.135 0.074 0.047 0.026 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 E 0.334 0.191 0.163 0.112 0.102 0.048 0.025 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 78 L 0.134 0.088 0.109 0.143 0.169 0.133 0.095 0.071 0.028 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 79 P 0.247 0.149 0.127 0.132 0.134 0.080 0.051 0.040 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 80 L 0.108 0.077 0.097 0.146 0.156 0.124 0.094 0.091 0.048 0.038 0.013 0.005 0.002 0.001 81 I 0.132 0.093 0.099 0.142 0.159 0.128 0.086 0.078 0.041 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 82 L 0.125 0.098 0.125 0.166 0.158 0.113 0.080 0.063 0.037 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 83 A 0.162 0.098 0.112 0.157 0.145 0.141 0.080 0.044 0.033 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 84 D 0.391 0.200 0.137 0.114 0.079 0.038 0.019 0.009 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 85 D 0.386 0.214 0.156 0.114 0.067 0.029 0.017 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 86 G 0.447 0.208 0.145 0.080 0.053 0.034 0.017 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 87 T 0.274 0.157 0.168 0.125 0.125 0.067 0.038 0.022 0.012 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 88 Y 0.119 0.072 0.080 0.126 0.156 0.145 0.112 0.094 0.043 0.032 0.013 0.005 0.002 0.001 89 E 0.151 0.121 0.093 0.134 0.141 0.099 0.075 0.086 0.045 0.028 0.016 0.007 0.003 0.001 90 I 0.044 0.041 0.056 0.088 0.115 0.125 0.130 0.164 0.097 0.073 0.036 0.022 0.008 0.003 91 T 0.080 0.045 0.059 0.088 0.108 0.152 0.120 0.104 0.084 0.072 0.043 0.028 0.011 0.004 92 K 0.154 0.113 0.131 0.148 0.135 0.099 0.077 0.044 0.042 0.023 0.019 0.010 0.003 0.002 93 L 0.087 0.049 0.060 0.098 0.120 0.156 0.131 0.084 0.085 0.067 0.038 0.015 0.007 0.002 94 N 0.241 0.184 0.154 0.132 0.099 0.073 0.052 0.029 0.017 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 95 G 0.309 0.169 0.147 0.113 0.091 0.065 0.045 0.025 0.017 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 96 G 0.176 0.113 0.119 0.136 0.153 0.118 0.080 0.045 0.031 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 97 R 0.277 0.166 0.130 0.126 0.110 0.069 0.052 0.036 0.017 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 98 R 0.263 0.162 0.158 0.122 0.105 0.068 0.051 0.036 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 99 F 0.124 0.075 0.111 0.131 0.162 0.153 0.104 0.068 0.034 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 100 L 0.167 0.114 0.130 0.154 0.175 0.094 0.060 0.048 0.031 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 101 F 0.331 0.156 0.128 0.142 0.100 0.059 0.033 0.025 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 102 R 0.414 0.209 0.127 0.108 0.069 0.034 0.016 0.009 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 103 M 0.120 0.084 0.114 0.173 0.174 0.134 0.080 0.059 0.037 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 104 K 0.351 0.207 0.133 0.123 0.081 0.049 0.027 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 105 N 0.427 0.222 0.161 0.080 0.056 0.026 0.014 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 106 L 0.113 0.084 0.110 0.178 0.198 0.140 0.081 0.051 0.023 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 107 G 0.154 0.116 0.121 0.148 0.172 0.121 0.080 0.049 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 108 I 0.120 0.085 0.087 0.176 0.178 0.138 0.089 0.057 0.035 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 109 E 0.313 0.213 0.165 0.129 0.083 0.046 0.026 0.012 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 110 S 0.257 0.158 0.208 0.137 0.114 0.064 0.029 0.013 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 111 G 0.211 0.156 0.145 0.164 0.150 0.077 0.041 0.025 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 112 K 0.141 0.100 0.102 0.144 0.142 0.129 0.085 0.078 0.038 0.023 0.012 0.003 0.002 0.001 113 K 0.032 0.051 0.062 0.154 0.234 0.140 0.102 0.088 0.069 0.043 0.013 0.007 0.002 0.002 114 I 0.012 0.010 0.017 0.038 0.058 0.097 0.143 0.157 0.141 0.126 0.095 0.061 0.033 0.011 115 Q 0.030 0.030 0.057 0.093 0.104 0.123 0.151 0.123 0.110 0.067 0.055 0.028 0.015 0.014 116 V 0.010 0.004 0.008 0.015 0.035 0.061 0.064 0.104 0.132 0.163 0.161 0.126 0.080 0.036 117 S 0.022 0.010 0.013 0.028 0.048 0.072 0.092 0.114 0.122 0.138 0.109 0.123 0.085 0.025 118 G 0.035 0.038 0.044 0.110 0.114 0.121 0.152 0.115 0.099 0.069 0.052 0.030 0.012 0.008 119 R 0.049 0.053 0.072 0.119 0.133 0.153 0.138 0.081 0.082 0.051 0.045 0.017 0.005 0.003 120 R 0.090 0.117 0.118 0.124 0.139 0.123 0.102 0.073 0.058 0.028 0.019 0.006 0.003 0.001 121 Y 0.056 0.064 0.085 0.119 0.158 0.156 0.123 0.104 0.062 0.043 0.019 0.006 0.003 0.002 122 Y 0.068 0.063 0.105 0.122 0.181 0.143 0.111 0.084 0.060 0.036 0.014 0.008 0.003 0.002 123 I 0.071 0.035 0.045 0.074 0.108 0.130 0.117 0.137 0.101 0.095 0.042 0.024 0.015 0.004 124 E 0.108 0.103 0.111 0.158 0.145 0.098 0.089 0.071 0.050 0.030 0.018 0.011 0.004 0.003 125 G 0.068 0.044 0.054 0.081 0.103 0.132 0.122 0.112 0.100 0.088 0.052 0.028 0.011 0.005 126 R 0.103 0.081 0.092 0.129 0.131 0.115 0.103 0.087 0.066 0.040 0.029 0.014 0.007 0.003 127 E 0.067 0.068 0.081 0.112 0.129 0.125 0.114 0.100 0.084 0.055 0.037 0.017 0.006 0.005 128 I 0.026 0.019 0.028 0.047 0.084 0.125 0.139 0.160 0.137 0.106 0.065 0.038 0.020 0.007 129 D 0.051 0.058 0.074 0.121 0.129 0.121 0.129 0.113 0.080 0.052 0.040 0.017 0.009 0.006 130 L 0.034 0.025 0.038 0.057 0.091 0.128 0.129 0.119 0.119 0.102 0.075 0.049 0.021 0.012 131 G 0.053 0.030 0.038 0.066 0.101 0.125 0.132 0.143 0.117 0.081 0.053 0.033 0.021 0.007 132 Y 0.056 0.062 0.074 0.151 0.159 0.129 0.126 0.084 0.068 0.044 0.024 0.013 0.006 0.003 133 G 0.079 0.061 0.079 0.120 0.137 0.154 0.122 0.083 0.078 0.046 0.025 0.010 0.004 0.002 134 E 0.147 0.137 0.152 0.162 0.148 0.094 0.063 0.036 0.030 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 135 A 0.138 0.124 0.133 0.144 0.135 0.114 0.082 0.052 0.036 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 136 T 0.103 0.093 0.112 0.140 0.172 0.131 0.088 0.064 0.044 0.029 0.015 0.005 0.002 0.001 137 K 0.037 0.048 0.068 0.129 0.173 0.127 0.121 0.107 0.079 0.062 0.028 0.013 0.005 0.004 138 I 0.020 0.012 0.018 0.034 0.050 0.085 0.111 0.188 0.162 0.144 0.086 0.054 0.028 0.008 139 W 0.020 0.024 0.035 0.071 0.089 0.093 0.114 0.178 0.133 0.096 0.069 0.047 0.019 0.010 140 V 0.010 0.007 0.010 0.018 0.031 0.058 0.078 0.153 0.159 0.190 0.142 0.092 0.040 0.011 141 R 0.037 0.042 0.054 0.088 0.113 0.128 0.118 0.119 0.103 0.086 0.061 0.030 0.014 0.007 142 R 0.074 0.076 0.099 0.125 0.148 0.114 0.108 0.074 0.073 0.048 0.036 0.015 0.004 0.004 143 V 0.043 0.041 0.068 0.109 0.152 0.175 0.140 0.118 0.074 0.049 0.021 0.007 0.003 0.001 144 S 0.140 0.143 0.153 0.166 0.153 0.097 0.061 0.040 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 145 D 0.216 0.136 0.140 0.168 0.151 0.080 0.045 0.030 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 146 A 0.518 0.220 0.115 0.075 0.040 0.016 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 G 0.487 0.208 0.132 0.079 0.045 0.025 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 E 0.439 0.188 0.124 0.098 0.080 0.036 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 149 E 0.414 0.206 0.161 0.099 0.064 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 S 0.495 0.155 0.109 0.083 0.071 0.044 0.021 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 151 H 0.159 0.104 0.119 0.177 0.200 0.107 0.062 0.039 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 152 P 0.133 0.063 0.067 0.132 0.152 0.164 0.121 0.075 0.044 0.031 0.011 0.005 0.002 0.001 153 Q 0.371 0.210 0.156 0.110 0.067 0.041 0.024 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 154 K 0.392 0.151 0.152 0.100 0.081 0.055 0.033 0.015 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001