# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.4163 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.025 0.671 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.022 0.131 0.003 0.108 0.029 2 K 0.001 0.006 0.844 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.013 0.001 0.011 0.103 3 L 0.001 0.017 0.313 0.020 0.412 0.049 0.002 0.001 0.017 0.022 0.057 0.016 0.074 4 S 0.001 0.003 0.074 0.030 0.595 0.045 0.001 0.001 0.009 0.028 0.176 0.025 0.013 5 R 0.005 0.027 0.122 0.004 0.380 0.038 0.001 0.001 0.012 0.123 0.157 0.024 0.106 6 L 0.003 0.118 0.578 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.010 0.177 0.019 0.035 0.041 7 V 0.001 0.011 0.823 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.073 0.023 0.039 0.018 8 P 0.001 0.003 0.022 0.002 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.032 0.914 0.002 0.005 9 G 0.001 0.006 0.107 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.623 0.006 0.006 10 V 0.005 0.006 0.540 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.161 0.008 0.213 0.032 11 P 0.012 0.010 0.119 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.032 0.014 0.006 0.011 0.770 12 A 0.112 0.004 0.043 0.074 0.001 0.001 0.028 0.011 0.066 0.005 0.001 0.593 0.062 13 R 0.436 0.001 0.013 0.013 0.001 0.001 0.112 0.052 0.120 0.002 0.001 0.119 0.132 14 I 0.430 0.001 0.012 0.014 0.001 0.001 0.181 0.078 0.072 0.001 0.001 0.025 0.185 15 K 0.200 0.001 0.031 0.106 0.001 0.001 0.212 0.057 0.142 0.005 0.002 0.205 0.037 16 R 0.313 0.002 0.032 0.010 0.001 0.001 0.107 0.061 0.236 0.009 0.003 0.043 0.183 17 L 0.201 0.008 0.112 0.012 0.003 0.004 0.083 0.043 0.218 0.031 0.009 0.127 0.150 18 E 0.055 0.018 0.329 0.020 0.007 0.012 0.028 0.020 0.145 0.078 0.033 0.123 0.132 19 V 0.012 0.018 0.382 0.008 0.022 0.050 0.004 0.002 0.031 0.229 0.123 0.027 0.092 20 S 0.001 0.004 0.306 0.008 0.021 0.149 0.001 0.001 0.006 0.224 0.262 0.007 0.011 21 G 0.001 0.003 0.073 0.001 0.045 0.508 0.001 0.001 0.001 0.178 0.186 0.002 0.003 22 E 0.001 0.003 0.049 0.001 0.035 0.854 0.001 0.001 0.001 0.031 0.021 0.001 0.004 23 L 0.001 0.003 0.016 0.001 0.016 0.938 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.007 24 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 27 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.002 28 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.045 0.898 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.002 0.001 29 G 0.002 0.002 0.013 0.001 0.025 0.797 0.001 0.001 0.002 0.017 0.132 0.003 0.006 30 M 0.005 0.006 0.090 0.007 0.033 0.393 0.001 0.001 0.004 0.089 0.353 0.005 0.013 31 G 0.004 0.017 0.190 0.002 0.026 0.107 0.001 0.001 0.006 0.172 0.405 0.060 0.009 32 F 0.005 0.046 0.642 0.001 0.013 0.020 0.001 0.001 0.010 0.087 0.098 0.004 0.071 33 V 0.002 0.029 0.570 0.007 0.012 0.010 0.001 0.001 0.007 0.209 0.044 0.101 0.008 34 P 0.001 0.005 0.076 0.009 0.027 0.011 0.001 0.001 0.009 0.091 0.742 0.002 0.028 35 G 0.001 0.002 0.072 0.009 0.010 0.004 0.001 0.001 0.003 0.096 0.796 0.003 0.006 36 E 0.015 0.008 0.545 0.020 0.017 0.007 0.003 0.001 0.023 0.162 0.012 0.132 0.056 37 E 0.072 0.015 0.080 0.011 0.004 0.009 0.034 0.008 0.139 0.022 0.004 0.072 0.531 38 I 0.211 0.006 0.030 0.050 0.001 0.003 0.087 0.035 0.094 0.004 0.002 0.200 0.276 39 E 0.311 0.002 0.011 0.064 0.001 0.002 0.112 0.053 0.071 0.003 0.001 0.314 0.057 40 I 0.596 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.108 0.034 0.032 0.001 0.001 0.032 0.189 41 V 0.611 0.002 0.012 0.058 0.001 0.002 0.083 0.035 0.048 0.002 0.002 0.071 0.073 42 Q 0.271 0.003 0.021 0.028 0.004 0.003 0.078 0.012 0.028 0.009 0.006 0.473 0.063 43 V 0.256 0.015 0.053 0.018 0.007 0.005 0.032 0.010 0.041 0.020 0.018 0.024 0.501 44 A 0.017 0.016 0.310 0.030 0.008 0.005 0.003 0.002 0.016 0.104 0.020 0.449 0.019 45 P 0.004 0.011 0.485 0.004 0.022 0.004 0.001 0.001 0.007 0.118 0.126 0.009 0.208 46 L 0.001 0.005 0.164 0.006 0.037 0.004 0.001 0.001 0.002 0.178 0.572 0.019 0.011 47 G 0.001 0.004 0.072 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.363 0.532 0.008 0.004 48 D 0.004 0.010 0.305 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.540 0.070 0.026 0.029 49 P 0.018 0.010 0.479 0.027 0.006 0.001 0.002 0.001 0.012 0.057 0.042 0.022 0.322 50 I 0.313 0.007 0.054 0.060 0.004 0.002 0.054 0.010 0.067 0.009 0.006 0.300 0.116 51 V 0.736 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.078 0.009 0.008 0.001 0.001 0.049 0.109 52 C 0.709 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.109 0.009 0.003 0.001 0.001 0.064 0.099 53 K 0.725 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.026 0.010 0.009 0.001 0.001 0.168 0.056 54 I 0.442 0.002 0.014 0.015 0.001 0.001 0.021 0.006 0.008 0.006 0.008 0.070 0.407 55 G 0.058 0.001 0.038 0.259 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.045 0.408 0.135 0.042 56 N 0.027 0.001 0.046 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.185 0.643 0.013 0.057 57 R 0.086 0.009 0.219 0.010 0.007 0.007 0.008 0.001 0.011 0.131 0.043 0.362 0.107 58 N 0.262 0.019 0.044 0.006 0.004 0.019 0.070 0.003 0.013 0.014 0.007 0.107 0.432 59 I 0.420 0.009 0.015 0.027 0.003 0.025 0.066 0.006 0.011 0.005 0.003 0.280 0.129 60 T 0.487 0.006 0.023 0.019 0.005 0.032 0.037 0.007 0.017 0.011 0.007 0.156 0.192 61 L 0.261 0.016 0.058 0.008 0.008 0.026 0.027 0.006 0.019 0.023 0.018 0.110 0.420 62 R 0.067 0.009 0.386 0.017 0.015 0.086 0.004 0.001 0.017 0.092 0.033 0.137 0.137 63 K 0.008 0.005 0.087 0.011 0.222 0.435 0.001 0.001 0.003 0.080 0.109 0.013 0.028 64 R 0.003 0.002 0.045 0.005 0.336 0.423 0.001 0.001 0.001 0.042 0.132 0.005 0.007 65 E 0.009 0.005 0.047 0.004 0.426 0.387 0.001 0.001 0.002 0.029 0.073 0.004 0.014 66 A 0.023 0.012 0.242 0.027 0.189 0.183 0.001 0.001 0.008 0.048 0.174 0.014 0.079 67 D 0.013 0.004 0.109 0.061 0.071 0.139 0.002 0.001 0.022 0.092 0.416 0.050 0.019 68 L 0.084 0.009 0.189 0.020 0.033 0.051 0.013 0.011 0.058 0.060 0.192 0.026 0.255 69 I 0.229 0.007 0.212 0.026 0.003 0.019 0.052 0.047 0.112 0.050 0.013 0.120 0.109 70 E 0.235 0.005 0.046 0.009 0.002 0.009 0.126 0.120 0.223 0.011 0.006 0.144 0.065 71 V 0.124 0.006 0.038 0.018 0.003 0.006 0.165 0.171 0.241 0.007 0.004 0.029 0.189 72 E 0.108 0.004 0.076 0.040 0.002 0.005 0.048 0.064 0.272 0.016 0.003 0.312 0.049 73 V 0.070 0.011 0.104 0.010 0.007 0.007 0.028 0.034 0.205 0.026 0.013 0.032 0.453 74 V 0.021 0.012 0.414 0.033 0.017 0.012 0.009 0.006 0.076 0.094 0.097 0.125 0.085 75 G 0.007 0.007 0.329 0.022 0.032 0.011 0.001 0.001 0.015 0.203 0.289 0.035 0.049 76 G 0.003 0.011 0.204 0.005 0.055 0.019 0.001 0.001 0.005 0.302 0.339 0.027 0.029 77 E 0.007 0.033 0.402 0.007 0.040 0.035 0.001 0.001 0.009 0.222 0.139 0.029 0.075 78 L 0.014 0.035 0.480 0.014 0.033 0.035 0.002 0.001 0.014 0.179 0.040 0.086 0.067 79 P 0.019 0.015 0.485 0.020 0.029 0.055 0.003 0.001 0.017 0.070 0.061 0.047 0.178 80 L 0.056 0.027 0.262 0.039 0.078 0.089 0.009 0.002 0.023 0.057 0.061 0.095 0.200 81 I 0.100 0.019 0.171 0.032 0.046 0.083 0.015 0.003 0.023 0.037 0.042 0.221 0.208 82 L 0.084 0.024 0.148 0.015 0.062 0.075 0.013 0.003 0.021 0.032 0.051 0.081 0.389 83 A 0.050 0.030 0.276 0.034 0.034 0.061 0.008 0.004 0.020 0.076 0.101 0.167 0.139 84 D 0.023 0.014 0.250 0.017 0.029 0.034 0.002 0.001 0.012 0.192 0.250 0.091 0.084 85 D 0.004 0.005 0.074 0.009 0.013 0.009 0.001 0.001 0.002 0.142 0.710 0.011 0.020 86 G 0.005 0.009 0.165 0.013 0.013 0.010 0.001 0.001 0.003 0.266 0.467 0.033 0.016 87 T 0.032 0.031 0.418 0.011 0.016 0.017 0.005 0.001 0.016 0.128 0.060 0.092 0.174 88 Y 0.095 0.036 0.244 0.020 0.008 0.019 0.017 0.003 0.038 0.041 0.020 0.112 0.346 89 E 0.114 0.015 0.150 0.055 0.007 0.025 0.024 0.004 0.034 0.027 0.018 0.380 0.148 90 I 0.143 0.014 0.123 0.035 0.011 0.025 0.034 0.007 0.027 0.032 0.017 0.094 0.439 91 T 0.134 0.013 0.157 0.043 0.015 0.040 0.026 0.006 0.033 0.040 0.026 0.272 0.194 92 K 0.111 0.023 0.160 0.021 0.044 0.072 0.018 0.008 0.036 0.050 0.056 0.131 0.271 93 L 0.067 0.027 0.214 0.027 0.073 0.098 0.009 0.005 0.020 0.078 0.141 0.083 0.159 94 N 0.016 0.010 0.166 0.028 0.053 0.091 0.002 0.001 0.009 0.127 0.405 0.057 0.036 95 G 0.005 0.008 0.132 0.007 0.027 0.069 0.001 0.001 0.004 0.206 0.507 0.012 0.022 96 G 0.007 0.018 0.356 0.008 0.020 0.113 0.001 0.001 0.005 0.276 0.137 0.026 0.032 97 R 0.014 0.023 0.352 0.009 0.020 0.231 0.001 0.001 0.011 0.156 0.057 0.054 0.071 98 R 0.023 0.019 0.190 0.011 0.031 0.415 0.003 0.001 0.011 0.043 0.070 0.028 0.154 99 F 0.035 0.009 0.097 0.021 0.032 0.590 0.003 0.001 0.010 0.022 0.042 0.055 0.082 100 L 0.036 0.006 0.046 0.012 0.029 0.641 0.005 0.001 0.006 0.016 0.033 0.043 0.126 101 F 0.035 0.005 0.030 0.013 0.034 0.691 0.004 0.001 0.006 0.012 0.033 0.035 0.101 102 R 0.054 0.004 0.036 0.011 0.031 0.658 0.002 0.001 0.004 0.013 0.035 0.080 0.071 103 M 0.044 0.006 0.054 0.015 0.050 0.584 0.002 0.001 0.006 0.015 0.056 0.021 0.144 104 K 0.026 0.003 0.067 0.024 0.042 0.575 0.002 0.001 0.006 0.024 0.125 0.077 0.029 105 N 0.048 0.007 0.090 0.019 0.053 0.411 0.003 0.001 0.008 0.064 0.166 0.027 0.102 106 L 0.061 0.015 0.198 0.028 0.037 0.200 0.004 0.001 0.009 0.110 0.102 0.148 0.088 107 G 0.069 0.020 0.222 0.012 0.037 0.132 0.004 0.001 0.012 0.057 0.097 0.086 0.251 108 I 0.073 0.044 0.331 0.012 0.032 0.044 0.003 0.003 0.016 0.051 0.083 0.083 0.225 109 E 0.044 0.020 0.233 0.031 0.033 0.028 0.002 0.002 0.009 0.119 0.190 0.210 0.079 110 S 0.003 0.002 0.034 0.015 0.008 0.005 0.001 0.001 0.004 0.055 0.841 0.011 0.023 111 G 0.004 0.003 0.184 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.159 0.588 0.006 0.023 112 K 0.009 0.003 0.463 0.025 0.003 0.001 0.005 0.001 0.033 0.102 0.004 0.323 0.027 113 K 0.066 0.007 0.043 0.009 0.001 0.001 0.110 0.020 0.111 0.009 0.003 0.019 0.602 114 I 0.169 0.005 0.017 0.070 0.001 0.001 0.169 0.164 0.149 0.003 0.001 0.215 0.038 115 Q 0.168 0.002 0.016 0.008 0.001 0.001 0.161 0.323 0.184 0.003 0.001 0.076 0.058 116 V 0.175 0.002 0.029 0.003 0.001 0.001 0.127 0.316 0.198 0.003 0.002 0.022 0.121 117 S 0.043 0.006 0.188 0.108 0.007 0.003 0.066 0.117 0.242 0.041 0.049 0.087 0.043 118 G 0.015 0.009 0.277 0.053 0.010 0.003 0.008 0.011 0.109 0.299 0.134 0.034 0.039 119 R 0.005 0.010 0.531 0.005 0.013 0.003 0.002 0.002 0.047 0.293 0.025 0.030 0.033 120 R 0.006 0.027 0.474 0.015 0.037 0.014 0.003 0.003 0.055 0.162 0.095 0.019 0.091 121 Y 0.014 0.032 0.320 0.026 0.060 0.028 0.006 0.003 0.029 0.159 0.174 0.095 0.054 122 Y 0.032 0.028 0.395 0.016 0.037 0.019 0.009 0.006 0.030 0.135 0.081 0.028 0.185 123 I 0.038 0.018 0.392 0.027 0.019 0.018 0.008 0.005 0.035 0.139 0.059 0.170 0.074 124 E 0.030 0.014 0.301 0.038 0.021 0.027 0.008 0.004 0.048 0.161 0.147 0.074 0.127 125 G 0.032 0.014 0.323 0.061 0.026 0.026 0.009 0.005 0.033 0.152 0.162 0.039 0.119 126 R 0.069 0.013 0.268 0.038 0.019 0.033 0.033 0.013 0.063 0.088 0.045 0.217 0.100 127 E 0.193 0.024 0.067 0.012 0.016 0.037 0.117 0.051 0.082 0.021 0.019 0.078 0.284 128 I 0.249 0.025 0.062 0.034 0.012 0.039 0.097 0.064 0.062 0.017 0.017 0.210 0.113 129 D 0.201 0.013 0.136 0.036 0.019 0.059 0.042 0.022 0.045 0.042 0.035 0.209 0.141 130 L 0.098 0.019 0.193 0.028 0.047 0.099 0.022 0.015 0.034 0.083 0.107 0.045 0.209 131 G 0.050 0.019 0.204 0.034 0.047 0.112 0.008 0.006 0.020 0.157 0.197 0.094 0.052 132 Y 0.024 0.018 0.205 0.012 0.070 0.074 0.002 0.001 0.009 0.227 0.253 0.032 0.074 133 G 0.011 0.012 0.277 0.013 0.088 0.088 0.001 0.001 0.005 0.194 0.247 0.025 0.040 134 E 0.025 0.016 0.261 0.023 0.135 0.098 0.002 0.002 0.012 0.141 0.187 0.037 0.061 135 A 0.054 0.014 0.235 0.056 0.079 0.049 0.004 0.003 0.025 0.128 0.189 0.026 0.138 136 T 0.067 0.007 0.248 0.091 0.036 0.034 0.008 0.003 0.029 0.143 0.131 0.132 0.070 137 K 0.188 0.011 0.125 0.033 0.015 0.018 0.057 0.019 0.052 0.059 0.035 0.090 0.299 138 I 0.466 0.008 0.036 0.012 0.003 0.005 0.072 0.076 0.081 0.009 0.005 0.121 0.106 139 W 0.429 0.007 0.048 0.013 0.002 0.004 0.070 0.100 0.109 0.007 0.003 0.098 0.110 140 V 0.194 0.007 0.187 0.043 0.005 0.005 0.054 0.058 0.159 0.025 0.010 0.114 0.140 141 R 0.032 0.006 0.284 0.108 0.009 0.011 0.023 0.013 0.166 0.094 0.086 0.079 0.089 142 R 0.018 0.010 0.354 0.029 0.011 0.010 0.008 0.004 0.074 0.251 0.107 0.059 0.065 143 V 0.021 0.020 0.552 0.004 0.005 0.007 0.004 0.003 0.068 0.143 0.016 0.062 0.095 144 S 0.017 0.026 0.553 0.004 0.010 0.021 0.003 0.002 0.046 0.085 0.021 0.064 0.148 145 D 0.009 0.042 0.265 0.031 0.064 0.111 0.004 0.001 0.020 0.107 0.201 0.044 0.101 146 A 0.004 0.010 0.309 0.025 0.119 0.094 0.001 0.001 0.013 0.097 0.217 0.031 0.080 147 G 0.003 0.006 0.158 0.011 0.170 0.209 0.001 0.001 0.008 0.067 0.303 0.009 0.056 148 E 0.005 0.016 0.166 0.007 0.151 0.258 0.002 0.001 0.012 0.116 0.168 0.065 0.036 149 E 0.005 0.029 0.222 0.008 0.101 0.174 0.002 0.001 0.010 0.105 0.193 0.025 0.125 150 S 0.006 0.034 0.358 0.012 0.041 0.064 0.001 0.001 0.009 0.185 0.190 0.070 0.029 151 H 0.004 0.015 0.666 0.003 0.015 0.020 0.001 0.001 0.008 0.140 0.045 0.040 0.043 152 P 0.004 0.035 0.529 0.004 0.041 0.036 0.001 0.001 0.010 0.117 0.145 0.015 0.063 153 Q 0.003 0.024 0.580 0.011 0.034 0.027 0.001 0.001 0.010 0.131 0.110 0.048 0.021 154 K 0.001 0.011 0.621 0.005 0.045 0.024 0.001 0.001 0.007 0.167 0.068 0.013 0.039