# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.4163 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.053 0.009 0.052 0.085 0.078 0.156 0.005 0.002 0.068 0.476 2 K 0.270 0.094 0.010 0.033 0.063 0.106 0.073 0.035 0.003 0.050 0.262 3 L 0.579 0.020 0.001 0.014 0.027 0.033 0.025 0.014 0.001 0.019 0.268 4 S 0.050 0.005 0.001 0.062 0.049 0.072 0.071 0.002 0.001 0.030 0.659 5 R 0.007 0.002 0.003 0.052 0.042 0.112 0.170 0.001 0.001 0.021 0.590 6 L 0.046 0.002 0.002 0.014 0.050 0.061 0.103 0.005 0.001 0.019 0.698 7 V 0.619 0.001 0.001 0.010 0.020 0.030 0.064 0.003 0.001 0.032 0.221 8 P 0.008 0.001 0.001 0.010 0.009 0.010 0.096 0.001 0.001 0.006 0.861 9 G 0.005 0.001 0.001 0.029 0.017 0.045 0.086 0.001 0.001 0.014 0.804 10 V 0.010 0.001 0.001 0.049 0.053 0.139 0.201 0.001 0.001 0.067 0.480 11 P 0.001 0.001 0.001 0.112 0.133 0.188 0.107 0.001 0.001 0.043 0.415 12 A 0.001 0.001 0.001 0.187 0.200 0.382 0.040 0.001 0.001 0.034 0.156 13 R 0.002 0.001 0.001 0.260 0.226 0.379 0.018 0.001 0.001 0.019 0.094 14 I 0.004 0.002 0.001 0.168 0.207 0.327 0.028 0.001 0.001 0.040 0.224 15 K 0.006 0.003 0.001 0.212 0.217 0.324 0.044 0.001 0.001 0.031 0.164 16 R 0.004 0.003 0.001 0.117 0.138 0.299 0.071 0.001 0.001 0.048 0.320 17 L 0.014 0.008 0.001 0.072 0.168 0.210 0.118 0.001 0.001 0.054 0.354 18 E 0.116 0.030 0.001 0.050 0.055 0.093 0.077 0.004 0.001 0.041 0.532 19 V 0.116 0.077 0.001 0.019 0.021 0.022 0.063 0.004 0.001 0.023 0.654 20 S 0.038 0.193 0.001 0.006 0.008 0.013 0.072 0.002 0.001 0.024 0.643 21 G 0.028 0.552 0.001 0.005 0.010 0.013 0.040 0.003 0.001 0.053 0.295 22 E 0.042 0.673 0.005 0.005 0.013 0.019 0.029 0.007 0.001 0.061 0.144 23 L 0.015 0.907 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.001 0.008 0.052 24 H 0.034 0.849 0.004 0.003 0.008 0.008 0.009 0.005 0.002 0.031 0.047 25 E 0.018 0.726 0.008 0.007 0.013 0.031 0.029 0.003 0.003 0.079 0.084 26 K 0.044 0.473 0.035 0.016 0.026 0.024 0.042 0.007 0.007 0.185 0.141 27 L 0.186 0.084 0.143 0.028 0.045 0.070 0.045 0.024 0.034 0.164 0.177 28 V 0.449 0.018 0.012 0.019 0.014 0.033 0.079 0.012 0.006 0.034 0.323 29 G 0.076 0.002 0.001 0.035 0.016 0.034 0.044 0.005 0.001 0.020 0.766 30 M 0.005 0.001 0.001 0.070 0.036 0.023 0.150 0.001 0.001 0.020 0.695 31 G 0.005 0.001 0.002 0.084 0.029 0.103 0.215 0.001 0.001 0.022 0.537 32 F 0.025 0.001 0.001 0.022 0.024 0.019 0.092 0.002 0.001 0.014 0.801 33 V 0.382 0.002 0.001 0.048 0.019 0.032 0.101 0.003 0.001 0.047 0.364 34 P 0.008 0.002 0.001 0.021 0.006 0.009 0.081 0.001 0.001 0.010 0.864 35 G 0.005 0.003 0.001 0.058 0.020 0.051 0.113 0.001 0.001 0.035 0.716 36 E 0.004 0.003 0.001 0.146 0.095 0.244 0.087 0.001 0.001 0.047 0.372 37 E 0.001 0.002 0.001 0.134 0.181 0.344 0.066 0.001 0.001 0.036 0.234 38 I 0.001 0.002 0.001 0.183 0.306 0.377 0.022 0.001 0.001 0.029 0.079 39 E 0.002 0.004 0.001 0.312 0.276 0.320 0.015 0.001 0.001 0.013 0.057 40 I 0.005 0.005 0.001 0.165 0.226 0.469 0.017 0.001 0.001 0.015 0.097 41 V 0.017 0.004 0.001 0.109 0.229 0.381 0.050 0.001 0.001 0.030 0.178 42 Q 0.022 0.006 0.001 0.120 0.155 0.303 0.065 0.001 0.001 0.032 0.294 43 V 0.029 0.004 0.003 0.058 0.104 0.113 0.107 0.002 0.001 0.026 0.554 44 A 0.171 0.006 0.002 0.022 0.058 0.109 0.097 0.007 0.001 0.027 0.500 45 P 0.205 0.001 0.001 0.014 0.020 0.037 0.108 0.002 0.001 0.044 0.567 46 L 0.021 0.001 0.001 0.020 0.024 0.031 0.108 0.001 0.001 0.012 0.781 47 G 0.008 0.002 0.001 0.011 0.018 0.040 0.075 0.001 0.001 0.010 0.834 48 D 0.009 0.002 0.001 0.021 0.116 0.186 0.155 0.001 0.001 0.050 0.459 49 P 0.002 0.002 0.001 0.058 0.165 0.249 0.109 0.001 0.001 0.058 0.356 50 I 0.002 0.001 0.001 0.135 0.233 0.458 0.032 0.001 0.001 0.044 0.095 51 V 0.001 0.001 0.001 0.227 0.252 0.314 0.035 0.001 0.001 0.038 0.133 52 C 0.001 0.004 0.001 0.233 0.274 0.370 0.023 0.001 0.001 0.030 0.065 53 K 0.011 0.006 0.001 0.130 0.180 0.367 0.045 0.001 0.001 0.113 0.146 54 I 0.053 0.016 0.002 0.093 0.151 0.148 0.042 0.002 0.001 0.155 0.338 55 G 0.031 0.023 0.001 0.077 0.078 0.098 0.090 0.001 0.001 0.045 0.555 56 N 0.014 0.014 0.001 0.043 0.046 0.144 0.081 0.001 0.001 0.141 0.515 57 R 0.006 0.036 0.001 0.052 0.151 0.148 0.137 0.001 0.001 0.088 0.380 58 N 0.008 0.140 0.003 0.081 0.164 0.222 0.075 0.002 0.001 0.057 0.249 59 I 0.017 0.171 0.004 0.051 0.181 0.201 0.044 0.004 0.001 0.048 0.278 60 T 0.051 0.216 0.005 0.053 0.110 0.202 0.056 0.006 0.002 0.081 0.220 61 L 0.054 0.193 0.010 0.042 0.066 0.082 0.063 0.008 0.004 0.115 0.364 62 R 0.097 0.429 0.013 0.024 0.038 0.040 0.057 0.011 0.007 0.056 0.230 63 K 0.167 0.232 0.011 0.012 0.016 0.025 0.057 0.015 0.006 0.128 0.329 64 R 0.084 0.204 0.034 0.016 0.026 0.026 0.083 0.011 0.009 0.129 0.378 65 E 0.190 0.170 0.024 0.018 0.018 0.037 0.102 0.011 0.008 0.117 0.304 66 A 0.094 0.032 0.015 0.028 0.034 0.043 0.089 0.008 0.003 0.111 0.543 67 D 0.027 0.023 0.004 0.059 0.063 0.105 0.170 0.003 0.001 0.060 0.486 68 L 0.009 0.010 0.001 0.079 0.092 0.215 0.080 0.001 0.001 0.046 0.467 69 I 0.003 0.006 0.001 0.139 0.269 0.211 0.070 0.001 0.001 0.033 0.267 70 E 0.004 0.003 0.001 0.177 0.166 0.424 0.036 0.001 0.001 0.035 0.155 71 V 0.004 0.006 0.001 0.188 0.230 0.161 0.071 0.001 0.001 0.034 0.304 72 E 0.010 0.006 0.001 0.231 0.176 0.269 0.059 0.001 0.001 0.045 0.201 73 V 0.066 0.009 0.003 0.073 0.073 0.117 0.068 0.004 0.001 0.055 0.531 74 V 0.284 0.019 0.002 0.035 0.040 0.053 0.043 0.007 0.001 0.021 0.495 75 G 0.074 0.006 0.001 0.020 0.018 0.035 0.090 0.002 0.001 0.024 0.730 76 G 0.013 0.007 0.001 0.020 0.021 0.057 0.128 0.001 0.001 0.017 0.734 77 E 0.028 0.033 0.001 0.014 0.039 0.051 0.102 0.003 0.001 0.016 0.714 78 L 0.111 0.068 0.003 0.022 0.117 0.091 0.113 0.009 0.001 0.037 0.430 79 P 0.080 0.063 0.001 0.027 0.067 0.153 0.123 0.005 0.001 0.037 0.444 80 L 0.064 0.052 0.002 0.055 0.095 0.186 0.081 0.003 0.001 0.049 0.413 81 I 0.036 0.029 0.004 0.077 0.167 0.191 0.080 0.003 0.001 0.049 0.364 82 L 0.075 0.017 0.005 0.048 0.089 0.196 0.093 0.005 0.002 0.076 0.395 83 A 0.164 0.005 0.002 0.021 0.047 0.050 0.095 0.005 0.001 0.068 0.542 84 D 0.124 0.007 0.001 0.020 0.028 0.030 0.114 0.002 0.001 0.044 0.630 85 D 0.024 0.004 0.001 0.012 0.018 0.025 0.095 0.001 0.001 0.020 0.802 86 G 0.014 0.012 0.001 0.019 0.045 0.082 0.091 0.001 0.001 0.022 0.715 87 T 0.019 0.010 0.001 0.026 0.104 0.247 0.084 0.002 0.001 0.045 0.463 88 Y 0.009 0.012 0.001 0.038 0.217 0.254 0.068 0.001 0.001 0.039 0.363 89 E 0.012 0.023 0.001 0.058 0.240 0.310 0.053 0.001 0.001 0.035 0.267 90 I 0.018 0.021 0.001 0.052 0.211 0.287 0.061 0.001 0.001 0.064 0.285 91 T 0.025 0.024 0.003 0.055 0.190 0.280 0.070 0.001 0.001 0.069 0.281 92 K 0.077 0.038 0.004 0.028 0.088 0.179 0.102 0.004 0.001 0.062 0.418 93 L 0.256 0.037 0.003 0.018 0.038 0.058 0.076 0.007 0.001 0.055 0.450 94 N 0.154 0.044 0.001 0.016 0.024 0.033 0.097 0.004 0.001 0.038 0.588 95 G 0.025 0.083 0.001 0.013 0.019 0.035 0.089 0.002 0.001 0.024 0.708 96 G 0.025 0.220 0.001 0.014 0.052 0.063 0.089 0.005 0.001 0.034 0.497 97 R 0.050 0.402 0.002 0.016 0.070 0.104 0.054 0.008 0.001 0.058 0.235 98 R 0.029 0.502 0.003 0.011 0.067 0.065 0.039 0.005 0.001 0.059 0.218 99 F 0.021 0.766 0.003 0.007 0.033 0.035 0.014 0.003 0.001 0.023 0.094 100 L 0.038 0.724 0.005 0.009 0.030 0.041 0.014 0.004 0.002 0.049 0.084 101 F 0.060 0.221 0.015 0.013 0.057 0.094 0.052 0.010 0.006 0.252 0.220 102 R 0.122 0.308 0.028 0.011 0.034 0.042 0.060 0.012 0.011 0.127 0.245 103 M 0.309 0.148 0.019 0.017 0.027 0.034 0.049 0.016 0.009 0.071 0.302 104 K 0.133 0.067 0.006 0.019 0.026 0.046 0.094 0.011 0.003 0.040 0.555 105 N 0.048 0.031 0.001 0.027 0.025 0.069 0.081 0.005 0.001 0.033 0.680 106 L 0.017 0.009 0.002 0.058 0.093 0.083 0.140 0.002 0.001 0.064 0.531 107 G 0.028 0.006 0.009 0.045 0.058 0.134 0.227 0.003 0.002 0.080 0.409 108 I 0.243 0.002 0.004 0.020 0.035 0.055 0.059 0.004 0.001 0.037 0.541 109 E 0.389 0.001 0.001 0.016 0.013 0.016 0.066 0.001 0.001 0.017 0.481 110 S 0.005 0.001 0.001 0.007 0.005 0.014 0.083 0.001 0.001 0.008 0.877 111 G 0.001 0.001 0.001 0.020 0.016 0.037 0.219 0.001 0.001 0.026 0.679 112 K 0.001 0.001 0.001 0.183 0.134 0.328 0.079 0.001 0.001 0.050 0.224 113 K 0.001 0.001 0.001 0.139 0.175 0.319 0.055 0.001 0.001 0.091 0.221 114 I 0.001 0.001 0.001 0.512 0.197 0.191 0.016 0.001 0.001 0.034 0.049 115 Q 0.001 0.001 0.001 0.614 0.096 0.205 0.011 0.001 0.001 0.026 0.047 116 V 0.004 0.002 0.001 0.426 0.160 0.202 0.025 0.001 0.001 0.041 0.140 117 S 0.012 0.005 0.001 0.206 0.122 0.254 0.094 0.001 0.001 0.038 0.269 118 G 0.027 0.023 0.001 0.086 0.066 0.122 0.112 0.002 0.001 0.050 0.511 119 R 0.145 0.022 0.002 0.081 0.071 0.130 0.109 0.006 0.001 0.077 0.357 120 R 0.025 0.019 0.001 0.048 0.049 0.066 0.107 0.001 0.001 0.050 0.634 121 Y 0.021 0.024 0.002 0.067 0.067 0.089 0.140 0.002 0.001 0.070 0.517 122 Y 0.034 0.023 0.004 0.056 0.072 0.117 0.118 0.004 0.001 0.084 0.487 123 I 0.044 0.041 0.003 0.046 0.088 0.079 0.094 0.004 0.001 0.057 0.544 124 E 0.031 0.103 0.003 0.050 0.081 0.102 0.107 0.004 0.001 0.041 0.477 125 G 0.036 0.140 0.004 0.044 0.089 0.127 0.095 0.007 0.001 0.076 0.381 126 R 0.063 0.250 0.005 0.052 0.108 0.162 0.057 0.013 0.001 0.068 0.221 127 E 0.050 0.221 0.006 0.061 0.123 0.160 0.060 0.008 0.001 0.067 0.243 128 I 0.029 0.103 0.009 0.074 0.172 0.176 0.065 0.007 0.002 0.080 0.282 129 D 0.060 0.093 0.014 0.060 0.118 0.241 0.073 0.013 0.006 0.079 0.244 130 L 0.084 0.063 0.008 0.037 0.114 0.101 0.066 0.010 0.004 0.052 0.462 131 G 0.098 0.045 0.008 0.047 0.117 0.120 0.096 0.010 0.004 0.087 0.368 132 Y 0.049 0.011 0.005 0.031 0.052 0.090 0.135 0.004 0.002 0.122 0.501 133 G 0.072 0.013 0.007 0.045 0.059 0.084 0.140 0.005 0.002 0.074 0.498 134 E 0.110 0.011 0.002 0.051 0.076 0.125 0.110 0.004 0.001 0.035 0.475 135 A 0.013 0.002 0.001 0.038 0.075 0.131 0.090 0.001 0.001 0.036 0.614 136 T 0.006 0.001 0.001 0.107 0.156 0.303 0.087 0.001 0.001 0.033 0.306 137 K 0.002 0.001 0.001 0.122 0.150 0.290 0.093 0.001 0.001 0.048 0.294 138 I 0.002 0.001 0.001 0.126 0.279 0.245 0.071 0.001 0.001 0.041 0.237 139 W 0.020 0.002 0.001 0.109 0.171 0.264 0.061 0.001 0.001 0.044 0.327 140 V 0.101 0.003 0.001 0.067 0.087 0.120 0.045 0.001 0.001 0.053 0.523 141 R 0.012 0.001 0.001 0.059 0.059 0.094 0.102 0.001 0.001 0.023 0.650 142 R 0.004 0.005 0.001 0.052 0.038 0.125 0.117 0.001 0.001 0.022 0.635 143 V 0.013 0.014 0.001 0.030 0.111 0.147 0.116 0.002 0.001 0.038 0.530 144 S 0.117 0.083 0.001 0.045 0.105 0.105 0.105 0.003 0.001 0.067 0.368 145 D 0.038 0.056 0.001 0.043 0.061 0.089 0.065 0.002 0.001 0.056 0.588 146 A 0.044 0.057 0.003 0.035 0.059 0.088 0.137 0.003 0.001 0.089 0.485 147 G 0.254 0.063 0.003 0.026 0.045 0.115 0.047 0.009 0.001 0.061 0.374 148 E 0.183 0.015 0.001 0.030 0.060 0.074 0.096 0.004 0.001 0.052 0.483 149 E 0.013 0.010 0.001 0.025 0.048 0.107 0.100 0.001 0.001 0.017 0.677 150 S 0.037 0.015 0.001 0.017 0.059 0.071 0.114 0.003 0.001 0.032 0.650 151 H 0.231 0.013 0.002 0.021 0.065 0.085 0.104 0.008 0.001 0.065 0.404 152 P 0.066 0.005 0.001 0.010 0.021 0.027 0.100 0.001 0.001 0.024 0.745 153 Q 0.038 0.007 0.001 0.020 0.031 0.046 0.104 0.001 0.001 0.022 0.730 154 K 0.022 0.007 0.001 0.016 0.032 0.060 0.123 0.001 0.001 0.029 0.710