# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.4163 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.008 0.029 0.125 0.157 0.130 0.043 0.495 2 K 0.131 0.023 0.025 0.074 0.115 0.099 0.065 0.468 3 L 0.193 0.016 0.017 0.079 0.048 0.071 0.061 0.515 4 S 0.122 0.007 0.022 0.057 0.124 0.090 0.033 0.545 5 R 0.004 0.001 0.028 0.036 0.069 0.123 0.021 0.717 6 L 0.027 0.002 0.030 0.061 0.068 0.103 0.026 0.683 7 V 0.719 0.007 0.006 0.020 0.023 0.028 0.058 0.139 8 P 0.012 0.001 0.016 0.012 0.016 0.134 0.014 0.794 9 G 0.005 0.001 0.017 0.014 0.051 0.124 0.019 0.769 10 V 0.006 0.004 0.147 0.243 0.242 0.080 0.081 0.197 11 P 0.005 0.002 0.157 0.123 0.218 0.073 0.025 0.398 12 A 0.001 0.001 0.225 0.244 0.272 0.040 0.041 0.175 13 R 0.003 0.001 0.363 0.209 0.269 0.028 0.029 0.097 14 I 0.012 0.002 0.186 0.253 0.223 0.044 0.036 0.244 15 K 0.012 0.006 0.280 0.184 0.224 0.041 0.045 0.208 16 R 0.019 0.009 0.226 0.109 0.201 0.066 0.049 0.321 17 L 0.010 0.007 0.148 0.105 0.109 0.096 0.036 0.488 18 E 0.085 0.039 0.075 0.056 0.064 0.112 0.051 0.517 19 V 0.253 0.177 0.016 0.008 0.011 0.064 0.059 0.413 20 S 0.096 0.542 0.004 0.003 0.003 0.039 0.054 0.258 21 G 0.059 0.633 0.006 0.004 0.005 0.029 0.104 0.160 22 E 0.019 0.663 0.009 0.008 0.009 0.024 0.126 0.142 23 L 0.026 0.891 0.003 0.002 0.005 0.006 0.025 0.042 24 H 0.008 0.921 0.002 0.006 0.003 0.004 0.037 0.018 25 E 0.016 0.878 0.004 0.008 0.007 0.006 0.038 0.043 26 K 0.055 0.709 0.012 0.008 0.019 0.009 0.109 0.079 27 L 0.130 0.166 0.132 0.065 0.030 0.050 0.291 0.137 28 V 0.582 0.036 0.015 0.009 0.016 0.028 0.126 0.188 29 G 0.028 0.006 0.016 0.005 0.007 0.077 0.020 0.842 30 M 0.021 0.004 0.052 0.015 0.033 0.125 0.026 0.724 31 G 0.010 0.002 0.067 0.028 0.037 0.192 0.057 0.607 32 F 0.024 0.001 0.016 0.011 0.009 0.102 0.012 0.825 33 V 0.415 0.004 0.036 0.024 0.042 0.067 0.090 0.322 34 P 0.026 0.001 0.034 0.008 0.012 0.112 0.014 0.792 35 G 0.006 0.001 0.012 0.013 0.036 0.101 0.014 0.817 36 E 0.003 0.002 0.162 0.171 0.394 0.061 0.067 0.140 37 E 0.003 0.002 0.151 0.243 0.288 0.051 0.029 0.234 38 I 0.001 0.001 0.066 0.355 0.243 0.043 0.021 0.270 39 E 0.002 0.002 0.255 0.339 0.316 0.015 0.024 0.047 40 I 0.018 0.003 0.070 0.258 0.281 0.035 0.031 0.305 41 V 0.026 0.003 0.156 0.199 0.215 0.054 0.050 0.296 42 Q 0.047 0.005 0.086 0.162 0.317 0.068 0.029 0.286 43 V 0.018 0.002 0.051 0.062 0.083 0.087 0.028 0.669 44 A 0.231 0.005 0.029 0.054 0.049 0.071 0.062 0.499 45 P 0.403 0.002 0.009 0.007 0.016 0.063 0.047 0.452 46 L 0.006 0.001 0.020 0.009 0.017 0.140 0.013 0.793 47 G 0.009 0.001 0.004 0.012 0.028 0.117 0.011 0.818 48 D 0.012 0.010 0.048 0.208 0.208 0.125 0.099 0.290 49 P 0.005 0.003 0.093 0.090 0.351 0.073 0.097 0.287 50 I 0.001 0.002 0.094 0.278 0.510 0.015 0.042 0.059 51 V 0.001 0.001 0.142 0.325 0.465 0.011 0.013 0.044 52 C 0.001 0.001 0.139 0.576 0.219 0.009 0.021 0.036 53 K 0.029 0.001 0.091 0.227 0.464 0.025 0.055 0.110 54 I 0.298 0.001 0.077 0.071 0.099 0.089 0.039 0.325 55 G 0.011 0.001 0.005 0.020 0.027 0.136 0.007 0.793 56 N 0.005 0.002 0.002 0.021 0.031 0.136 0.021 0.783 57 R 0.007 0.036 0.027 0.323 0.203 0.075 0.082 0.247 58 N 0.070 0.197 0.033 0.144 0.198 0.048 0.067 0.242 59 I 0.016 0.134 0.023 0.398 0.184 0.037 0.048 0.159 60 T 0.024 0.076 0.042 0.228 0.365 0.040 0.084 0.140 61 L 0.054 0.149 0.032 0.222 0.246 0.037 0.107 0.153 62 R 0.221 0.279 0.012 0.049 0.062 0.039 0.082 0.256 63 K 0.253 0.233 0.007 0.037 0.025 0.052 0.075 0.317 64 R 0.072 0.153 0.013 0.026 0.044 0.071 0.066 0.555 65 E 0.105 0.101 0.034 0.029 0.053 0.104 0.066 0.509 66 A 0.185 0.071 0.019 0.046 0.072 0.083 0.109 0.415 67 D 0.010 0.027 0.070 0.055 0.158 0.132 0.082 0.466 68 L 0.004 0.014 0.120 0.083 0.281 0.104 0.088 0.305 69 I 0.002 0.017 0.164 0.284 0.251 0.055 0.066 0.162 70 E 0.004 0.017 0.293 0.285 0.243 0.028 0.039 0.090 71 V 0.005 0.007 0.133 0.373 0.188 0.034 0.068 0.191 72 E 0.012 0.006 0.181 0.308 0.256 0.032 0.057 0.149 73 V 0.167 0.010 0.117 0.109 0.163 0.062 0.050 0.323 74 V 0.139 0.011 0.032 0.062 0.076 0.074 0.034 0.572 75 G 0.093 0.005 0.010 0.015 0.031 0.089 0.024 0.733 76 G 0.027 0.012 0.011 0.036 0.039 0.090 0.022 0.763 77 E 0.073 0.019 0.010 0.018 0.039 0.082 0.028 0.730 78 L 0.092 0.057 0.017 0.106 0.080 0.086 0.078 0.484 79 P 0.077 0.038 0.015 0.068 0.120 0.079 0.050 0.553 80 L 0.077 0.024 0.027 0.110 0.238 0.064 0.042 0.417 81 I 0.062 0.010 0.042 0.132 0.298 0.068 0.061 0.326 82 L 0.060 0.006 0.029 0.109 0.174 0.080 0.057 0.485 83 A 0.226 0.004 0.021 0.044 0.084 0.071 0.065 0.485 84 D 0.143 0.004 0.012 0.024 0.031 0.087 0.032 0.666 85 D 0.017 0.002 0.006 0.011 0.019 0.119 0.010 0.817 86 G 0.025 0.010 0.014 0.047 0.098 0.130 0.034 0.641 87 T 0.020 0.007 0.022 0.102 0.123 0.117 0.067 0.541 88 Y 0.009 0.012 0.058 0.190 0.189 0.090 0.061 0.390 89 E 0.039 0.039 0.075 0.165 0.248 0.059 0.063 0.312 90 I 0.048 0.013 0.054 0.205 0.183 0.066 0.091 0.339 91 T 0.023 0.007 0.070 0.202 0.221 0.084 0.066 0.327 92 K 0.151 0.015 0.034 0.060 0.112 0.083 0.064 0.481 93 L 0.315 0.019 0.013 0.031 0.028 0.075 0.052 0.467 94 N 0.156 0.043 0.009 0.016 0.025 0.096 0.028 0.627 95 G 0.032 0.037 0.005 0.008 0.017 0.112 0.022 0.766 96 G 0.028 0.139 0.007 0.036 0.043 0.115 0.049 0.582 97 R 0.046 0.495 0.012 0.071 0.067 0.046 0.082 0.181 98 R 0.045 0.528 0.012 0.039 0.059 0.035 0.073 0.211 99 F 0.023 0.730 0.013 0.039 0.063 0.016 0.053 0.064 100 L 0.030 0.734 0.016 0.043 0.059 0.012 0.059 0.047 101 F 0.058 0.304 0.038 0.092 0.080 0.028 0.285 0.114 102 R 0.067 0.323 0.032 0.086 0.093 0.043 0.154 0.203 103 M 0.254 0.133 0.059 0.043 0.067 0.059 0.150 0.235 104 K 0.145 0.094 0.015 0.036 0.043 0.074 0.062 0.531 105 N 0.039 0.023 0.013 0.015 0.033 0.095 0.030 0.751 106 L 0.020 0.010 0.036 0.068 0.136 0.112 0.041 0.576 107 G 0.029 0.004 0.070 0.082 0.078 0.109 0.129 0.499 108 I 0.262 0.001 0.017 0.056 0.034 0.061 0.050 0.520 109 E 0.393 0.001 0.024 0.010 0.041 0.048 0.026 0.458 110 S 0.007 0.001 0.035 0.011 0.022 0.135 0.007 0.783 111 G 0.002 0.001 0.005 0.017 0.030 0.120 0.007 0.819 112 K 0.002 0.001 0.131 0.251 0.394 0.051 0.038 0.132 113 K 0.002 0.001 0.152 0.209 0.277 0.046 0.023 0.291 114 I 0.001 0.001 0.268 0.360 0.206 0.028 0.027 0.110 115 Q 0.003 0.001 0.461 0.181 0.246 0.017 0.023 0.068 116 V 0.025 0.001 0.282 0.235 0.218 0.035 0.047 0.156 117 S 0.030 0.002 0.198 0.090 0.126 0.085 0.043 0.426 118 G 0.046 0.003 0.063 0.046 0.075 0.116 0.028 0.623 119 R 0.047 0.011 0.062 0.067 0.093 0.126 0.070 0.524 120 R 0.030 0.010 0.066 0.067 0.103 0.107 0.059 0.559 121 Y 0.046 0.016 0.073 0.089 0.118 0.097 0.082 0.477 122 Y 0.027 0.008 0.068 0.096 0.112 0.105 0.060 0.523 123 I 0.032 0.013 0.106 0.073 0.149 0.086 0.060 0.480 124 E 0.051 0.047 0.067 0.082 0.113 0.105 0.073 0.462 125 G 0.056 0.032 0.039 0.043 0.072 0.104 0.068 0.586 126 R 0.049 0.118 0.087 0.147 0.147 0.071 0.113 0.267 127 E 0.087 0.098 0.060 0.053 0.128 0.074 0.084 0.415 128 I 0.056 0.086 0.097 0.117 0.124 0.081 0.104 0.333 129 D 0.146 0.103 0.048 0.066 0.139 0.071 0.155 0.271 130 L 0.080 0.069 0.038 0.068 0.112 0.100 0.047 0.486 131 G 0.158 0.069 0.032 0.031 0.107 0.098 0.071 0.435 132 Y 0.039 0.019 0.035 0.049 0.080 0.159 0.163 0.456 133 G 0.058 0.047 0.045 0.060 0.105 0.148 0.142 0.395 134 E 0.183 0.037 0.040 0.037 0.064 0.123 0.117 0.400 135 A 0.018 0.015 0.037 0.054 0.063 0.146 0.079 0.588 136 T 0.004 0.014 0.108 0.097 0.233 0.106 0.063 0.376 137 K 0.004 0.007 0.184 0.173 0.312 0.061 0.043 0.215 138 I 0.002 0.002 0.295 0.239 0.180 0.051 0.037 0.193 139 W 0.037 0.006 0.304 0.130 0.181 0.069 0.055 0.218 140 V 0.115 0.007 0.108 0.041 0.065 0.089 0.084 0.491 141 R 0.007 0.004 0.216 0.041 0.065 0.095 0.038 0.535 142 R 0.005 0.008 0.138 0.052 0.126 0.109 0.038 0.524 143 V 0.008 0.008 0.150 0.108 0.111 0.090 0.039 0.486 144 S 0.108 0.036 0.156 0.119 0.166 0.071 0.104 0.240 145 D 0.102 0.025 0.120 0.082 0.121 0.086 0.108 0.356 146 A 0.051 0.013 0.119 0.058 0.101 0.092 0.075 0.492 147 G 0.153 0.011 0.063 0.053 0.137 0.084 0.107 0.393 148 E 0.041 0.006 0.047 0.079 0.131 0.115 0.048 0.534 149 E 0.009 0.002 0.024 0.052 0.139 0.108 0.016 0.649 150 S 0.012 0.003 0.047 0.140 0.217 0.098 0.039 0.443 151 H 0.101 0.005 0.031 0.149 0.130 0.089 0.066 0.429 152 P 0.220 0.003 0.013 0.032 0.047 0.077 0.039 0.569 153 Q 0.050 0.004 0.014 0.024 0.043 0.096 0.020 0.749 154 K 0.025 0.003 0.007 0.022 0.046 0.109 0.016 0.772