# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.4163 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.424 0.092 0.065 0.081 0.068 0.054 0.075 0.059 0.039 0.026 0.015 2 K 0.103 0.210 0.106 0.258 0.148 0.074 0.057 0.024 0.013 0.005 0.003 3 L 0.008 0.006 0.010 0.016 0.031 0.038 0.105 0.165 0.198 0.194 0.230 4 S 0.151 0.164 0.175 0.237 0.149 0.056 0.035 0.017 0.009 0.004 0.002 5 R 0.135 0.122 0.158 0.278 0.154 0.061 0.050 0.024 0.011 0.005 0.003 6 L 0.012 0.008 0.010 0.015 0.023 0.047 0.117 0.130 0.205 0.240 0.193 7 V 0.086 0.339 0.106 0.206 0.120 0.060 0.043 0.018 0.012 0.007 0.003 8 P 0.332 0.213 0.109 0.162 0.087 0.041 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 9 G 0.685 0.136 0.026 0.053 0.031 0.021 0.021 0.012 0.007 0.006 0.003 10 V 0.139 0.171 0.032 0.130 0.103 0.116 0.145 0.081 0.049 0.026 0.010 11 P 0.203 0.198 0.074 0.226 0.147 0.079 0.040 0.019 0.008 0.004 0.002 12 A 0.048 0.016 0.027 0.028 0.040 0.069 0.154 0.165 0.181 0.148 0.123 13 R 0.029 0.144 0.073 0.351 0.213 0.091 0.062 0.023 0.010 0.003 0.002 14 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.020 0.049 0.154 0.260 0.501 15 K 0.022 0.068 0.109 0.277 0.262 0.128 0.071 0.036 0.015 0.008 0.004 16 R 0.033 0.104 0.132 0.285 0.169 0.107 0.085 0.042 0.024 0.013 0.006 17 L 0.006 0.002 0.004 0.006 0.013 0.029 0.079 0.124 0.200 0.214 0.323 18 E 0.170 0.264 0.086 0.243 0.124 0.047 0.036 0.016 0.009 0.004 0.002 19 V 0.016 0.031 0.028 0.037 0.053 0.073 0.141 0.135 0.166 0.165 0.155 20 S 0.193 0.371 0.061 0.155 0.103 0.055 0.035 0.013 0.007 0.004 0.002 21 G 0.839 0.066 0.018 0.036 0.015 0.009 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 22 E 0.474 0.184 0.050 0.153 0.074 0.031 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 23 L 0.003 0.010 0.008 0.017 0.028 0.042 0.101 0.138 0.237 0.229 0.187 24 H 0.006 0.012 0.022 0.083 0.174 0.236 0.231 0.122 0.060 0.039 0.015 25 E 0.017 0.049 0.611 0.200 0.066 0.031 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 26 K 0.004 0.009 0.031 0.091 0.117 0.265 0.293 0.102 0.054 0.026 0.010 27 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.020 0.054 0.181 0.284 0.449 28 V 0.006 0.014 0.056 0.090 0.161 0.180 0.205 0.123 0.085 0.054 0.025 29 G 0.045 0.080 0.345 0.224 0.122 0.067 0.056 0.026 0.017 0.012 0.005 30 M 0.009 0.006 0.010 0.018 0.029 0.075 0.165 0.167 0.205 0.184 0.132 31 G 0.092 0.077 0.023 0.092 0.096 0.094 0.150 0.134 0.115 0.071 0.055 32 F 0.015 0.013 0.020 0.032 0.048 0.052 0.114 0.149 0.179 0.166 0.211 33 V 0.041 0.069 0.051 0.099 0.138 0.118 0.162 0.116 0.085 0.067 0.053 34 P 0.265 0.396 0.053 0.141 0.064 0.031 0.026 0.011 0.007 0.003 0.002 35 G 0.604 0.098 0.017 0.068 0.056 0.042 0.041 0.027 0.020 0.015 0.012 36 E 0.363 0.221 0.038 0.131 0.081 0.058 0.052 0.029 0.016 0.008 0.003 37 E 0.064 0.169 0.055 0.266 0.176 0.113 0.082 0.038 0.022 0.010 0.005 38 I 0.003 0.002 0.003 0.003 0.006 0.019 0.053 0.084 0.212 0.249 0.366 39 E 0.033 0.157 0.141 0.383 0.191 0.058 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 40 I 0.002 0.002 0.009 0.008 0.015 0.018 0.051 0.106 0.198 0.238 0.354 41 V 0.007 0.012 0.019 0.076 0.130 0.136 0.168 0.159 0.123 0.099 0.071 42 Q 0.055 0.080 0.138 0.203 0.129 0.103 0.116 0.071 0.057 0.034 0.013 43 V 0.033 0.042 0.071 0.148 0.149 0.165 0.160 0.096 0.062 0.043 0.031 44 A 0.030 0.028 0.026 0.049 0.055 0.069 0.146 0.155 0.181 0.145 0.116 45 P 0.180 0.183 0.074 0.143 0.108 0.079 0.091 0.055 0.040 0.027 0.019 46 L 0.085 0.063 0.049 0.105 0.113 0.104 0.141 0.107 0.102 0.069 0.062 47 G 0.500 0.158 0.042 0.098 0.062 0.039 0.041 0.025 0.017 0.012 0.007 48 D 0.035 0.053 0.027 0.096 0.106 0.125 0.184 0.128 0.117 0.077 0.053 49 P 0.042 0.046 0.031 0.093 0.123 0.121 0.137 0.131 0.112 0.093 0.072 50 I 0.017 0.022 0.024 0.059 0.074 0.104 0.190 0.167 0.159 0.118 0.064 51 V 0.023 0.045 0.050 0.186 0.175 0.134 0.148 0.095 0.071 0.044 0.029 52 C 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.012 0.039 0.072 0.205 0.288 0.370 53 K 0.023 0.076 0.079 0.289 0.253 0.111 0.082 0.041 0.024 0.012 0.008 54 I 0.006 0.008 0.015 0.014 0.022 0.034 0.088 0.111 0.195 0.248 0.260 55 G 0.064 0.130 0.062 0.231 0.200 0.122 0.093 0.043 0.028 0.016 0.011 56 N 0.338 0.175 0.070 0.132 0.074 0.058 0.063 0.036 0.027 0.019 0.009 57 R 0.049 0.058 0.039 0.126 0.135 0.168 0.182 0.102 0.074 0.045 0.023 58 N 0.056 0.122 0.061 0.173 0.140 0.131 0.142 0.078 0.053 0.030 0.014 59 I 0.005 0.005 0.011 0.016 0.024 0.062 0.130 0.134 0.221 0.207 0.186 60 T 0.020 0.040 0.073 0.140 0.153 0.136 0.170 0.104 0.078 0.048 0.039 61 L 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.020 0.060 0.111 0.222 0.264 0.296 62 R 0.006 0.040 0.080 0.134 0.163 0.139 0.181 0.111 0.072 0.049 0.025 63 K 0.030 0.037 0.114 0.167 0.163 0.169 0.172 0.070 0.046 0.021 0.010 64 R 0.395 0.137 0.184 0.146 0.068 0.032 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 65 E 0.031 0.088 0.091 0.195 0.168 0.122 0.175 0.078 0.032 0.015 0.007 66 A 0.019 0.010 0.027 0.027 0.049 0.068 0.148 0.160 0.168 0.189 0.136 67 D 0.027 0.126 0.482 0.210 0.087 0.040 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 68 L 0.014 0.034 0.261 0.210 0.186 0.121 0.094 0.044 0.019 0.010 0.006 69 I 0.010 0.005 0.017 0.010 0.018 0.038 0.110 0.157 0.219 0.216 0.201 70 E 0.026 0.119 0.168 0.341 0.193 0.067 0.047 0.021 0.010 0.004 0.002 71 V 0.003 0.001 0.011 0.005 0.012 0.018 0.071 0.139 0.187 0.247 0.306 72 E 0.056 0.123 0.241 0.294 0.167 0.061 0.033 0.013 0.007 0.004 0.002 73 V 0.042 0.052 0.084 0.101 0.112 0.129 0.216 0.128 0.072 0.045 0.021 74 V 0.066 0.081 0.056 0.110 0.107 0.123 0.150 0.106 0.090 0.068 0.042 75 G 0.358 0.294 0.062 0.108 0.054 0.038 0.045 0.019 0.013 0.007 0.003 76 G 0.487 0.155 0.071 0.125 0.068 0.035 0.028 0.015 0.009 0.005 0.003 77 E 0.415 0.281 0.056 0.108 0.052 0.032 0.027 0.013 0.008 0.005 0.002 78 L 0.050 0.050 0.022 0.077 0.097 0.137 0.171 0.138 0.123 0.082 0.052 79 P 0.233 0.215 0.094 0.180 0.112 0.062 0.049 0.029 0.013 0.008 0.004 80 L 0.026 0.025 0.040 0.090 0.101 0.159 0.200 0.131 0.112 0.082 0.035 81 I 0.075 0.069 0.074 0.141 0.127 0.135 0.158 0.095 0.064 0.043 0.019 82 L 0.036 0.064 0.067 0.150 0.128 0.139 0.163 0.101 0.078 0.051 0.023 83 A 0.040 0.043 0.046 0.072 0.087 0.108 0.173 0.140 0.124 0.101 0.066 84 D 0.230 0.273 0.104 0.173 0.090 0.049 0.042 0.020 0.011 0.007 0.003 85 D 0.340 0.197 0.074 0.157 0.092 0.053 0.040 0.023 0.013 0.008 0.004 86 G 0.512 0.151 0.039 0.088 0.061 0.043 0.045 0.029 0.016 0.010 0.006 87 T 0.161 0.175 0.062 0.182 0.124 0.091 0.087 0.055 0.033 0.021 0.010 88 Y 0.027 0.028 0.029 0.054 0.074 0.149 0.179 0.138 0.141 0.119 0.063 89 E 0.109 0.171 0.123 0.229 0.137 0.089 0.070 0.036 0.020 0.011 0.005 90 I 0.025 0.025 0.029 0.069 0.081 0.128 0.192 0.152 0.136 0.110 0.055 91 T 0.079 0.058 0.044 0.100 0.100 0.108 0.148 0.120 0.109 0.086 0.047 92 K 0.101 0.133 0.077 0.221 0.153 0.109 0.096 0.053 0.032 0.017 0.009 93 L 0.030 0.026 0.024 0.040 0.054 0.078 0.142 0.144 0.161 0.153 0.148 94 N 0.211 0.187 0.060 0.158 0.129 0.078 0.078 0.045 0.028 0.016 0.010 95 G 0.381 0.194 0.050 0.137 0.081 0.047 0.048 0.029 0.017 0.010 0.006 96 G 0.192 0.087 0.035 0.089 0.088 0.093 0.129 0.088 0.088 0.067 0.044 97 R 0.152 0.145 0.065 0.187 0.138 0.105 0.100 0.051 0.031 0.017 0.008 98 R 0.085 0.100 0.097 0.179 0.148 0.136 0.112 0.064 0.040 0.026 0.012 99 F 0.019 0.032 0.034 0.057 0.074 0.129 0.220 0.151 0.134 0.100 0.050 100 L 0.042 0.050 0.077 0.179 0.165 0.142 0.158 0.087 0.054 0.033 0.012 101 F 0.085 0.060 0.198 0.162 0.118 0.126 0.128 0.058 0.034 0.023 0.008 102 R 0.027 0.091 0.162 0.277 0.172 0.110 0.083 0.039 0.022 0.012 0.005 103 M 0.005 0.007 0.011 0.016 0.028 0.056 0.139 0.170 0.207 0.224 0.138 104 K 0.045 0.085 0.189 0.230 0.191 0.112 0.075 0.036 0.020 0.011 0.005 105 N 0.080 0.092 0.278 0.198 0.120 0.090 0.075 0.035 0.016 0.011 0.004 106 L 0.021 0.017 0.022 0.041 0.058 0.144 0.228 0.146 0.153 0.111 0.058 107 G 0.124 0.091 0.049 0.078 0.073 0.067 0.141 0.120 0.118 0.083 0.058 108 I 0.039 0.042 0.081 0.129 0.141 0.137 0.171 0.102 0.076 0.051 0.032 109 E 0.169 0.293 0.163 0.154 0.090 0.052 0.040 0.017 0.010 0.007 0.004 110 S 0.184 0.216 0.053 0.180 0.130 0.087 0.080 0.040 0.017 0.008 0.005 111 G 0.595 0.102 0.035 0.074 0.055 0.041 0.037 0.026 0.015 0.013 0.008 112 K 0.072 0.087 0.070 0.154 0.136 0.156 0.161 0.082 0.047 0.026 0.008 113 K 0.029 0.117 0.094 0.288 0.192 0.110 0.083 0.043 0.025 0.013 0.006 114 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.043 0.081 0.212 0.302 0.344 115 Q 0.023 0.134 0.193 0.364 0.182 0.065 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 116 V 0.003 0.002 0.011 0.009 0.021 0.022 0.067 0.154 0.164 0.195 0.353 117 S 0.013 0.022 0.020 0.060 0.092 0.083 0.122 0.155 0.156 0.143 0.133 118 G 0.134 0.075 0.038 0.100 0.089 0.090 0.169 0.102 0.105 0.065 0.033 119 R 0.138 0.129 0.105 0.256 0.149 0.089 0.062 0.032 0.020 0.011 0.008 120 R 0.118 0.122 0.058 0.161 0.140 0.119 0.127 0.070 0.044 0.026 0.015 121 Y 0.065 0.047 0.027 0.059 0.068 0.092 0.151 0.144 0.142 0.112 0.092 122 Y 0.054 0.073 0.046 0.158 0.156 0.134 0.147 0.091 0.067 0.043 0.031 123 I 0.025 0.016 0.021 0.025 0.030 0.048 0.101 0.106 0.202 0.237 0.190 124 E 0.063 0.172 0.091 0.287 0.182 0.085 0.058 0.028 0.018 0.010 0.006 125 G 0.036 0.026 0.025 0.050 0.062 0.086 0.138 0.144 0.160 0.156 0.118 126 R 0.112 0.139 0.074 0.211 0.158 0.103 0.082 0.054 0.034 0.021 0.012 127 E 0.064 0.071 0.042 0.139 0.126 0.123 0.167 0.113 0.077 0.050 0.026 128 I 0.012 0.008 0.011 0.022 0.029 0.048 0.088 0.116 0.203 0.242 0.221 129 D 0.050 0.112 0.077 0.192 0.152 0.125 0.127 0.067 0.052 0.030 0.016 130 L 0.022 0.019 0.029 0.063 0.086 0.091 0.144 0.155 0.152 0.125 0.114 131 G 0.044 0.030 0.028 0.045 0.056 0.070 0.126 0.132 0.171 0.151 0.146 132 Y 0.059 0.082 0.045 0.168 0.157 0.124 0.155 0.090 0.063 0.035 0.022 133 G 0.096 0.052 0.039 0.066 0.074 0.070 0.119 0.116 0.133 0.118 0.117 134 E 0.166 0.224 0.066 0.211 0.137 0.070 0.059 0.030 0.019 0.011 0.007 135 A 0.096 0.061 0.034 0.108 0.112 0.105 0.134 0.118 0.103 0.082 0.047 136 T 0.071 0.099 0.060 0.153 0.132 0.135 0.148 0.087 0.060 0.037 0.018 137 K 0.035 0.067 0.068 0.200 0.179 0.157 0.140 0.069 0.044 0.025 0.016 138 I 0.018 0.009 0.019 0.016 0.024 0.043 0.086 0.110 0.199 0.231 0.244 139 W 0.020 0.050 0.044 0.160 0.170 0.135 0.178 0.105 0.076 0.040 0.022 140 V 0.006 0.006 0.012 0.014 0.022 0.030 0.081 0.114 0.215 0.254 0.247 141 R 0.098 0.150 0.160 0.275 0.171 0.070 0.040 0.018 0.010 0.005 0.003 142 R 0.169 0.163 0.110 0.214 0.133 0.078 0.068 0.035 0.017 0.009 0.005 143 V 0.032 0.021 0.016 0.034 0.052 0.068 0.139 0.164 0.163 0.148 0.164 144 S 0.138 0.310 0.105 0.182 0.109 0.059 0.051 0.023 0.013 0.007 0.003 145 D 0.279 0.127 0.134 0.165 0.107 0.067 0.058 0.028 0.018 0.011 0.006 146 A 0.440 0.163 0.083 0.130 0.067 0.043 0.039 0.018 0.009 0.005 0.002 147 G 0.098 0.106 0.077 0.186 0.133 0.102 0.115 0.076 0.058 0.033 0.016 148 E 0.021 0.041 0.056 0.080 0.098 0.138 0.190 0.143 0.105 0.086 0.043 149 E 0.044 0.127 0.205 0.264 0.161 0.092 0.051 0.027 0.015 0.009 0.004 150 S 0.133 0.048 0.069 0.076 0.082 0.111 0.171 0.137 0.085 0.059 0.031 151 H 0.090 0.100 0.073 0.175 0.138 0.093 0.121 0.093 0.062 0.035 0.021 152 P 0.055 0.043 0.037 0.056 0.069 0.077 0.178 0.160 0.140 0.112 0.074 153 Q 0.215 0.262 0.174 0.196 0.087 0.032 0.018 0.008 0.005 0.002 0.002 154 K 0.467 0.155 0.066 0.114 0.074 0.042 0.043 0.022 0.010 0.005 0.003