# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.4163 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.202 0.022 0.013 0.072 0.122 0.120 0.068 0.002 0.001 0.006 0.373 2 K 0.004 0.002 0.001 0.025 0.018 0.035 0.034 0.001 0.001 0.001 0.881 3 L 0.021 0.004 0.002 0.065 0.097 0.347 0.026 0.001 0.001 0.001 0.437 4 S 0.015 0.011 0.001 0.089 0.046 0.128 0.156 0.001 0.001 0.007 0.548 5 R 0.233 0.009 0.004 0.030 0.036 0.084 0.133 0.002 0.001 0.020 0.449 6 L 0.529 0.025 0.033 0.108 0.029 0.100 0.036 0.004 0.001 0.007 0.129 7 V 0.031 0.022 0.008 0.080 0.152 0.091 0.207 0.003 0.001 0.002 0.405 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 9 G 0.037 0.001 0.006 0.058 0.051 0.288 0.111 0.001 0.001 0.013 0.437 10 V 0.919 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.018 0.001 0.001 0.003 0.046 11 P 0.002 0.001 0.001 0.016 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.965 12 A 0.007 0.001 0.001 0.061 0.264 0.544 0.017 0.001 0.001 0.001 0.107 13 R 0.005 0.001 0.001 0.293 0.167 0.214 0.078 0.001 0.001 0.001 0.242 14 I 0.001 0.001 0.001 0.120 0.190 0.511 0.012 0.001 0.001 0.001 0.166 15 K 0.002 0.001 0.001 0.302 0.278 0.357 0.013 0.001 0.001 0.001 0.047 16 R 0.001 0.001 0.001 0.136 0.144 0.282 0.037 0.001 0.001 0.001 0.399 17 L 0.004 0.001 0.001 0.178 0.269 0.357 0.045 0.001 0.001 0.002 0.143 18 E 0.004 0.001 0.001 0.101 0.091 0.176 0.161 0.001 0.001 0.003 0.462 19 V 0.009 0.001 0.001 0.034 0.025 0.038 0.170 0.001 0.001 0.004 0.718 20 S 0.014 0.002 0.001 0.013 0.007 0.019 0.256 0.001 0.001 0.006 0.682 21 G 0.076 0.003 0.001 0.004 0.003 0.008 0.137 0.001 0.001 0.016 0.753 22 E 0.090 0.012 0.002 0.003 0.001 0.002 0.411 0.001 0.001 0.007 0.472 23 L 0.093 0.084 0.002 0.003 0.004 0.006 0.326 0.001 0.001 0.002 0.480 24 H 0.030 0.419 0.003 0.005 0.009 0.019 0.132 0.001 0.001 0.001 0.381 25 E 0.011 0.632 0.001 0.004 0.004 0.008 0.047 0.001 0.001 0.001 0.291 26 K 0.022 0.806 0.001 0.004 0.003 0.005 0.031 0.003 0.001 0.001 0.124 27 L 0.020 0.932 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 0.024 28 V 0.003 0.979 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 29 G 0.029 0.897 0.003 0.003 0.003 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 0.030 30 M 0.209 0.556 0.017 0.013 0.011 0.014 0.003 0.111 0.001 0.001 0.064 31 G 0.399 0.090 0.053 0.011 0.035 0.044 0.011 0.170 0.001 0.003 0.183 32 F 0.030 0.007 0.775 0.033 0.007 0.017 0.013 0.005 0.001 0.001 0.111 33 V 0.010 0.003 0.011 0.145 0.176 0.092 0.164 0.002 0.001 0.001 0.396 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 35 G 0.015 0.001 0.003 0.190 0.046 0.264 0.109 0.001 0.001 0.009 0.363 36 E 0.830 0.001 0.002 0.011 0.016 0.016 0.033 0.001 0.001 0.015 0.075 37 E 0.021 0.001 0.001 0.231 0.034 0.037 0.104 0.001 0.001 0.001 0.572 38 I 0.010 0.001 0.001 0.134 0.282 0.463 0.017 0.001 0.001 0.001 0.092 39 E 0.001 0.001 0.001 0.222 0.340 0.329 0.037 0.001 0.001 0.001 0.069 40 I 0.001 0.001 0.001 0.058 0.265 0.568 0.005 0.001 0.001 0.001 0.104 41 V 0.001 0.001 0.001 0.151 0.278 0.534 0.008 0.001 0.001 0.001 0.028 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.078 0.240 0.484 0.026 0.001 0.001 0.001 0.168 43 V 0.007 0.002 0.002 0.082 0.148 0.437 0.041 0.001 0.001 0.003 0.277 44 A 0.018 0.002 0.004 0.071 0.235 0.319 0.083 0.001 0.001 0.004 0.263 45 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.983 46 L 0.016 0.001 0.002 0.030 0.026 0.059 0.044 0.001 0.001 0.002 0.820 47 G 0.221 0.001 0.004 0.021 0.027 0.059 0.070 0.001 0.001 0.036 0.560 48 D 0.261 0.002 0.005 0.033 0.118 0.029 0.153 0.001 0.001 0.010 0.389 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 50 I 0.001 0.001 0.001 0.036 0.271 0.641 0.025 0.001 0.001 0.001 0.026 51 V 0.021 0.001 0.001 0.047 0.094 0.258 0.032 0.001 0.001 0.005 0.542 52 C 0.007 0.002 0.001 0.120 0.478 0.328 0.007 0.001 0.001 0.001 0.057 53 K 0.001 0.001 0.001 0.040 0.218 0.362 0.014 0.001 0.001 0.001 0.364 54 I 0.001 0.001 0.001 0.048 0.331 0.517 0.016 0.001 0.001 0.001 0.086 55 G 0.005 0.001 0.001 0.043 0.132 0.376 0.063 0.001 0.001 0.002 0.377 56 N 0.009 0.001 0.001 0.036 0.019 0.038 0.124 0.001 0.001 0.005 0.768 57 R 0.453 0.003 0.006 0.016 0.072 0.049 0.113 0.001 0.001 0.018 0.270 58 N 0.057 0.006 0.002 0.033 0.067 0.084 0.244 0.001 0.001 0.005 0.502 59 I 0.030 0.010 0.002 0.031 0.292 0.472 0.059 0.001 0.001 0.002 0.101 60 T 0.009 0.018 0.002 0.041 0.263 0.551 0.041 0.001 0.001 0.001 0.074 61 L 0.005 0.023 0.001 0.037 0.329 0.516 0.023 0.001 0.001 0.001 0.066 62 R 0.014 0.043 0.002 0.036 0.217 0.542 0.029 0.001 0.001 0.001 0.115 63 K 0.035 0.059 0.002 0.048 0.132 0.492 0.030 0.002 0.001 0.002 0.197 64 R 0.055 0.082 0.006 0.026 0.071 0.204 0.103 0.003 0.001 0.004 0.447 65 E 0.234 0.093 0.011 0.029 0.054 0.164 0.099 0.007 0.001 0.006 0.303 66 A 0.252 0.130 0.028 0.039 0.060 0.110 0.035 0.008 0.001 0.006 0.333 67 D 0.100 0.073 0.010 0.061 0.116 0.140 0.055 0.007 0.001 0.003 0.435 68 L 0.122 0.035 0.011 0.073 0.048 0.062 0.042 0.005 0.001 0.002 0.599 69 I 0.089 0.022 0.015 0.280 0.191 0.203 0.022 0.003 0.001 0.001 0.175 70 E 0.003 0.004 0.001 0.314 0.211 0.240 0.031 0.001 0.001 0.001 0.195 71 V 0.002 0.003 0.003 0.354 0.217 0.286 0.011 0.001 0.001 0.001 0.123 72 E 0.002 0.004 0.001 0.459 0.200 0.197 0.023 0.001 0.001 0.001 0.112 73 V 0.001 0.001 0.001 0.090 0.103 0.262 0.022 0.001 0.001 0.001 0.519 74 V 0.002 0.001 0.001 0.190 0.146 0.426 0.039 0.001 0.001 0.001 0.193 75 G 0.009 0.001 0.001 0.068 0.026 0.069 0.086 0.001 0.001 0.005 0.735 76 G 0.104 0.003 0.002 0.036 0.016 0.027 0.090 0.001 0.001 0.011 0.712 77 E 0.138 0.002 0.005 0.018 0.009 0.017 0.117 0.001 0.001 0.009 0.684 78 L 0.127 0.003 0.003 0.016 0.049 0.032 0.129 0.001 0.001 0.005 0.634 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.989 80 L 0.021 0.005 0.001 0.040 0.096 0.310 0.075 0.001 0.001 0.001 0.451 81 I 0.118 0.020 0.001 0.041 0.083 0.127 0.096 0.001 0.001 0.008 0.504 82 L 0.088 0.045 0.004 0.036 0.116 0.187 0.048 0.002 0.001 0.004 0.471 83 A 0.061 0.028 0.009 0.073 0.128 0.291 0.044 0.002 0.001 0.004 0.360 84 D 0.045 0.023 0.002 0.055 0.104 0.123 0.102 0.003 0.001 0.003 0.540 85 D 0.077 0.028 0.006 0.034 0.062 0.081 0.048 0.003 0.001 0.010 0.651 86 G 0.120 0.012 0.011 0.030 0.052 0.088 0.183 0.002 0.001 0.046 0.456 87 T 0.206 0.007 0.014 0.025 0.022 0.021 0.411 0.001 0.001 0.023 0.271 88 Y 0.074 0.016 0.009 0.040 0.114 0.129 0.114 0.001 0.001 0.007 0.495 89 E 0.011 0.010 0.003 0.053 0.185 0.234 0.134 0.001 0.001 0.004 0.365 90 I 0.020 0.011 0.002 0.054 0.121 0.276 0.051 0.001 0.001 0.003 0.461 91 T 0.018 0.015 0.001 0.076 0.257 0.338 0.057 0.001 0.001 0.003 0.234 92 K 0.026 0.018 0.003 0.045 0.155 0.254 0.060 0.001 0.001 0.005 0.433 93 L 0.041 0.039 0.005 0.089 0.156 0.299 0.093 0.002 0.001 0.006 0.269 94 N 0.060 0.038 0.005 0.043 0.094 0.132 0.191 0.003 0.001 0.011 0.424 95 G 0.132 0.036 0.009 0.022 0.032 0.044 0.135 0.002 0.001 0.022 0.566 96 G 0.165 0.031 0.018 0.023 0.027 0.043 0.227 0.002 0.001 0.022 0.442 97 R 0.112 0.030 0.008 0.017 0.031 0.038 0.259 0.001 0.001 0.006 0.497 98 R 0.027 0.056 0.004 0.014 0.032 0.046 0.163 0.001 0.001 0.003 0.654 99 F 0.030 0.131 0.004 0.018 0.054 0.099 0.178 0.001 0.001 0.003 0.482 100 L 0.051 0.298 0.004 0.016 0.038 0.084 0.116 0.002 0.001 0.003 0.389 101 F 0.045 0.456 0.005 0.017 0.037 0.062 0.080 0.003 0.001 0.003 0.292 102 R 0.062 0.603 0.005 0.010 0.027 0.042 0.053 0.007 0.001 0.002 0.190 103 M 0.073 0.724 0.008 0.005 0.018 0.031 0.015 0.010 0.001 0.001 0.114 104 K 0.058 0.723 0.009 0.007 0.022 0.042 0.019 0.015 0.001 0.001 0.103 105 N 0.178 0.487 0.014 0.008 0.017 0.030 0.022 0.025 0.001 0.002 0.217 106 L 0.235 0.331 0.037 0.019 0.047 0.057 0.024 0.031 0.001 0.004 0.214 107 G 0.071 0.113 0.026 0.012 0.068 0.084 0.054 0.026 0.001 0.004 0.543 108 I 0.062 0.040 0.045 0.034 0.092 0.228 0.047 0.009 0.001 0.004 0.440 109 E 0.030 0.025 0.007 0.059 0.090 0.126 0.116 0.004 0.001 0.003 0.540 110 S 0.070 0.019 0.007 0.020 0.044 0.063 0.054 0.002 0.001 0.007 0.713 111 G 0.161 0.004 0.013 0.053 0.028 0.079 0.107 0.001 0.001 0.046 0.509 112 K 0.715 0.001 0.012 0.030 0.032 0.027 0.078 0.001 0.001 0.011 0.094 113 K 0.014 0.001 0.001 0.143 0.033 0.037 0.105 0.001 0.001 0.001 0.666 114 I 0.010 0.001 0.003 0.194 0.295 0.386 0.016 0.001 0.001 0.001 0.094 115 Q 0.001 0.001 0.001 0.514 0.142 0.211 0.031 0.001 0.001 0.001 0.100 116 V 0.001 0.001 0.001 0.323 0.191 0.317 0.018 0.001 0.001 0.001 0.150 117 S 0.002 0.001 0.001 0.448 0.192 0.267 0.024 0.001 0.001 0.001 0.065 118 G 0.003 0.001 0.001 0.209 0.079 0.201 0.079 0.001 0.001 0.005 0.423 119 R 0.013 0.001 0.001 0.194 0.092 0.172 0.165 0.001 0.001 0.004 0.358 120 R 0.005 0.001 0.001 0.050 0.022 0.043 0.112 0.001 0.001 0.002 0.765 121 Y 0.047 0.002 0.002 0.058 0.082 0.097 0.128 0.001 0.001 0.014 0.571 122 Y 0.074 0.005 0.003 0.063 0.045 0.079 0.125 0.001 0.001 0.008 0.598 123 I 0.026 0.008 0.003 0.095 0.102 0.162 0.121 0.001 0.001 0.003 0.479 124 E 0.016 0.007 0.001 0.074 0.061 0.092 0.138 0.001 0.001 0.004 0.607 125 G 0.048 0.009 0.002 0.051 0.057 0.109 0.118 0.001 0.001 0.011 0.595 126 R 0.158 0.014 0.004 0.078 0.078 0.101 0.144 0.001 0.001 0.007 0.414 127 E 0.042 0.032 0.006 0.077 0.050 0.101 0.155 0.001 0.001 0.003 0.533 128 I 0.024 0.049 0.003 0.158 0.143 0.207 0.131 0.002 0.001 0.004 0.280 129 D 0.075 0.078 0.005 0.066 0.135 0.218 0.084 0.005 0.001 0.008 0.325 130 L 0.098 0.167 0.014 0.133 0.077 0.139 0.081 0.006 0.001 0.007 0.279 131 G 0.057 0.084 0.007 0.081 0.062 0.112 0.213 0.007 0.001 0.006 0.371 132 Y 0.185 0.103 0.017 0.068 0.060 0.092 0.123 0.012 0.001 0.018 0.323 133 G 0.114 0.055 0.017 0.052 0.071 0.113 0.111 0.009 0.001 0.019 0.439 134 E 0.094 0.029 0.030 0.054 0.046 0.064 0.220 0.003 0.001 0.007 0.454 135 A 0.031 0.022 0.005 0.048 0.036 0.073 0.123 0.001 0.001 0.005 0.656 136 T 0.144 0.017 0.011 0.076 0.174 0.229 0.092 0.002 0.001 0.011 0.244 137 K 0.094 0.014 0.006 0.106 0.044 0.075 0.076 0.002 0.001 0.004 0.579 138 I 0.060 0.010 0.013 0.203 0.196 0.203 0.043 0.002 0.001 0.002 0.268 139 W 0.005 0.002 0.001 0.245 0.171 0.202 0.046 0.001 0.001 0.001 0.327 140 V 0.006 0.001 0.001 0.099 0.177 0.408 0.024 0.001 0.001 0.001 0.283 141 R 0.006 0.002 0.001 0.212 0.108 0.192 0.111 0.001 0.001 0.002 0.366 142 R 0.032 0.001 0.002 0.042 0.049 0.124 0.078 0.001 0.001 0.013 0.659 143 V 0.173 0.005 0.007 0.179 0.096 0.143 0.105 0.001 0.001 0.007 0.283 144 S 0.007 0.002 0.001 0.112 0.065 0.081 0.180 0.001 0.001 0.002 0.550 145 D 0.013 0.003 0.002 0.087 0.097 0.103 0.065 0.001 0.001 0.005 0.624 146 A 0.007 0.004 0.001 0.057 0.043 0.079 0.326 0.001 0.001 0.017 0.465 147 G 0.084 0.002 0.003 0.044 0.050 0.074 0.273 0.001 0.001 0.030 0.439 148 E 0.055 0.012 0.003 0.055 0.032 0.040 0.177 0.001 0.001 0.006 0.619 149 E 0.027 0.017 0.004 0.057 0.068 0.122 0.173 0.001 0.001 0.009 0.523 150 S 0.172 0.022 0.007 0.057 0.065 0.130 0.103 0.003 0.001 0.020 0.418 151 H 0.105 0.022 0.009 0.041 0.110 0.098 0.089 0.002 0.001 0.006 0.519 152 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.963 153 Q 0.020 0.004 0.002 0.027 0.076 0.186 0.098 0.001 0.001 0.003 0.584 154 K 0.129 0.011 0.001 0.018 0.031 0.056 0.091 0.001 0.001 0.011 0.652