# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.4163 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.023 0.088 0.116 0.133 0.066 0.010 0.476 2 K 0.026 0.006 0.024 0.028 0.047 0.100 0.004 0.766 3 L 0.015 0.009 0.050 0.082 0.109 0.052 0.002 0.679 4 S 0.031 0.024 0.064 0.082 0.118 0.258 0.006 0.417 5 R 0.168 0.017 0.025 0.025 0.033 0.221 0.010 0.503 6 L 0.250 0.070 0.090 0.055 0.113 0.067 0.026 0.328 7 V 0.078 0.021 0.035 0.059 0.059 0.131 0.009 0.608 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.035 0.003 0.041 0.028 0.116 0.081 0.011 0.684 10 V 0.472 0.001 0.022 0.076 0.043 0.073 0.005 0.307 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 12 A 0.013 0.001 0.068 0.309 0.434 0.039 0.001 0.137 13 R 0.054 0.001 0.186 0.267 0.253 0.020 0.001 0.218 14 I 0.006 0.001 0.208 0.196 0.332 0.010 0.001 0.247 15 K 0.002 0.001 0.278 0.294 0.390 0.011 0.001 0.024 16 R 0.004 0.001 0.201 0.106 0.241 0.020 0.001 0.427 17 L 0.005 0.001 0.290 0.234 0.330 0.034 0.001 0.104 18 E 0.011 0.002 0.182 0.101 0.171 0.104 0.003 0.425 19 V 0.016 0.003 0.099 0.056 0.128 0.120 0.003 0.576 20 S 0.011 0.003 0.021 0.007 0.025 0.171 0.004 0.757 21 G 0.037 0.003 0.004 0.002 0.004 0.092 0.005 0.853 22 E 0.094 0.016 0.004 0.002 0.003 0.371 0.006 0.504 23 L 0.064 0.131 0.004 0.002 0.006 0.465 0.005 0.322 24 H 0.057 0.578 0.006 0.006 0.023 0.063 0.004 0.262 25 E 0.015 0.842 0.008 0.002 0.005 0.026 0.001 0.100 26 K 0.014 0.893 0.002 0.001 0.002 0.012 0.004 0.071 27 L 0.027 0.949 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.015 28 V 0.011 0.965 0.005 0.003 0.004 0.001 0.003 0.009 29 G 0.035 0.897 0.005 0.004 0.004 0.003 0.018 0.034 30 M 0.132 0.661 0.012 0.004 0.003 0.003 0.132 0.053 31 G 0.571 0.112 0.048 0.019 0.009 0.008 0.126 0.107 32 F 0.021 0.036 0.450 0.052 0.030 0.023 0.007 0.381 33 V 0.019 0.012 0.121 0.162 0.141 0.128 0.005 0.413 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.009 0.002 0.032 0.024 0.076 0.098 0.004 0.754 36 E 0.664 0.001 0.013 0.039 0.027 0.082 0.007 0.168 37 E 0.024 0.001 0.018 0.028 0.050 0.020 0.001 0.859 38 I 0.005 0.001 0.025 0.340 0.532 0.012 0.001 0.085 39 E 0.009 0.001 0.081 0.433 0.401 0.015 0.001 0.059 40 I 0.002 0.001 0.046 0.376 0.420 0.005 0.001 0.149 41 V 0.001 0.001 0.073 0.390 0.522 0.003 0.001 0.011 42 Q 0.002 0.001 0.050 0.348 0.505 0.009 0.001 0.085 43 V 0.002 0.002 0.059 0.190 0.593 0.009 0.001 0.144 44 A 0.015 0.002 0.086 0.214 0.477 0.045 0.003 0.158 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 46 L 0.011 0.001 0.020 0.053 0.184 0.047 0.004 0.681 47 G 0.287 0.001 0.013 0.019 0.053 0.065 0.017 0.544 48 D 0.330 0.002 0.030 0.115 0.094 0.095 0.007 0.326 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 I 0.009 0.001 0.020 0.317 0.496 0.086 0.001 0.069 51 V 0.215 0.004 0.071 0.191 0.267 0.049 0.004 0.199 52 C 0.011 0.003 0.052 0.508 0.381 0.006 0.001 0.038 53 K 0.003 0.003 0.091 0.292 0.466 0.014 0.001 0.132 54 I 0.003 0.002 0.050 0.342 0.491 0.011 0.001 0.102 55 G 0.003 0.003 0.039 0.223 0.552 0.027 0.002 0.151 56 N 0.028 0.005 0.038 0.080 0.185 0.136 0.009 0.519 57 R 0.091 0.008 0.050 0.155 0.234 0.103 0.018 0.341 58 N 0.051 0.011 0.047 0.130 0.231 0.146 0.010 0.374 59 I 0.017 0.008 0.040 0.357 0.348 0.036 0.002 0.191 60 T 0.008 0.025 0.059 0.301 0.476 0.042 0.001 0.087 61 L 0.021 0.041 0.043 0.248 0.433 0.066 0.003 0.144 62 R 0.029 0.091 0.032 0.176 0.439 0.058 0.005 0.170 63 K 0.038 0.118 0.024 0.119 0.244 0.057 0.009 0.390 64 R 0.031 0.101 0.010 0.041 0.073 0.315 0.017 0.412 65 E 0.239 0.169 0.013 0.026 0.063 0.157 0.049 0.284 66 A 0.139 0.325 0.078 0.065 0.114 0.027 0.025 0.227 67 D 0.047 0.225 0.106 0.206 0.141 0.058 0.018 0.200 68 L 0.164 0.096 0.077 0.070 0.110 0.041 0.036 0.407 69 I 0.060 0.049 0.271 0.305 0.240 0.013 0.007 0.055 70 E 0.007 0.015 0.224 0.347 0.284 0.023 0.003 0.097 71 V 0.006 0.005 0.253 0.265 0.316 0.008 0.001 0.145 72 E 0.003 0.003 0.338 0.231 0.312 0.020 0.001 0.091 73 V 0.003 0.001 0.065 0.099 0.213 0.016 0.001 0.602 74 V 0.006 0.003 0.091 0.203 0.474 0.066 0.002 0.155 75 G 0.020 0.003 0.020 0.036 0.073 0.058 0.005 0.785 76 G 0.097 0.005 0.022 0.039 0.067 0.079 0.020 0.671 77 E 0.165 0.007 0.020 0.015 0.037 0.132 0.022 0.602 78 L 0.101 0.009 0.031 0.089 0.123 0.107 0.008 0.532 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994 80 L 0.021 0.005 0.015 0.160 0.290 0.074 0.002 0.434 81 I 0.107 0.026 0.035 0.188 0.261 0.059 0.004 0.321 82 L 0.063 0.046 0.018 0.138 0.265 0.043 0.005 0.421 83 A 0.054 0.062 0.039 0.173 0.361 0.043 0.008 0.260 84 D 0.052 0.033 0.021 0.078 0.121 0.078 0.014 0.603 85 D 0.047 0.017 0.017 0.031 0.040 0.071 0.026 0.751 86 G 0.196 0.013 0.032 0.024 0.030 0.164 0.063 0.477 87 T 0.158 0.010 0.030 0.030 0.026 0.492 0.020 0.234 88 Y 0.062 0.018 0.066 0.140 0.170 0.119 0.007 0.418 89 E 0.026 0.013 0.056 0.140 0.268 0.153 0.003 0.342 90 I 0.020 0.010 0.046 0.133 0.214 0.051 0.002 0.524 91 T 0.015 0.018 0.057 0.193 0.377 0.072 0.002 0.267 92 K 0.033 0.021 0.032 0.120 0.223 0.080 0.005 0.487 93 L 0.064 0.065 0.064 0.126 0.255 0.086 0.011 0.329 94 N 0.060 0.066 0.036 0.068 0.108 0.205 0.019 0.440 95 G 0.072 0.029 0.021 0.017 0.034 0.089 0.022 0.715 96 G 0.140 0.043 0.049 0.023 0.041 0.150 0.034 0.519 97 R 0.110 0.041 0.036 0.061 0.054 0.177 0.015 0.507 98 R 0.038 0.058 0.028 0.044 0.071 0.126 0.005 0.630 99 F 0.042 0.122 0.034 0.082 0.171 0.136 0.004 0.409 100 L 0.043 0.305 0.033 0.078 0.167 0.072 0.005 0.298 101 F 0.039 0.391 0.022 0.068 0.125 0.060 0.005 0.291 102 R 0.041 0.575 0.016 0.032 0.067 0.068 0.009 0.192 103 M 0.062 0.701 0.019 0.026 0.067 0.012 0.012 0.102 104 K 0.052 0.653 0.024 0.031 0.057 0.026 0.019 0.138 105 N 0.137 0.413 0.022 0.033 0.040 0.043 0.055 0.257 106 L 0.262 0.249 0.047 0.061 0.063 0.026 0.066 0.226 107 G 0.133 0.099 0.075 0.096 0.085 0.061 0.029 0.423 108 I 0.034 0.044 0.096 0.159 0.147 0.039 0.007 0.474 109 E 0.032 0.037 0.061 0.111 0.120 0.134 0.007 0.497 110 S 0.033 0.010 0.022 0.021 0.028 0.105 0.007 0.773 111 G 0.220 0.013 0.062 0.025 0.042 0.107 0.081 0.449 112 K 0.480 0.003 0.088 0.059 0.030 0.200 0.026 0.114 113 K 0.017 0.002 0.145 0.068 0.076 0.074 0.003 0.615 114 I 0.005 0.001 0.170 0.257 0.438 0.030 0.001 0.100 115 Q 0.005 0.001 0.407 0.193 0.281 0.026 0.001 0.088 116 V 0.003 0.001 0.413 0.155 0.217 0.022 0.001 0.188 117 S 0.002 0.001 0.448 0.198 0.257 0.033 0.001 0.060 118 G 0.005 0.001 0.183 0.124 0.220 0.067 0.001 0.399 119 R 0.011 0.002 0.151 0.116 0.199 0.175 0.004 0.342 120 R 0.020 0.002 0.047 0.027 0.061 0.086 0.007 0.749 121 Y 0.134 0.004 0.050 0.075 0.131 0.118 0.021 0.466 122 Y 0.146 0.007 0.068 0.065 0.084 0.084 0.010 0.536 123 I 0.035 0.007 0.118 0.199 0.231 0.052 0.003 0.355 124 E 0.014 0.005 0.100 0.119 0.218 0.072 0.002 0.470 125 G 0.006 0.003 0.060 0.037 0.102 0.024 0.001 0.767 126 R 0.035 0.007 0.180 0.125 0.218 0.150 0.005 0.279 127 E 0.046 0.008 0.162 0.086 0.127 0.102 0.005 0.465 128 I 0.035 0.013 0.301 0.172 0.215 0.089 0.004 0.171 129 D 0.017 0.016 0.162 0.187 0.196 0.133 0.004 0.287 130 L 0.022 0.022 0.150 0.082 0.157 0.098 0.005 0.464 131 G 0.035 0.037 0.055 0.059 0.124 0.399 0.010 0.282 132 Y 0.182 0.057 0.031 0.063 0.093 0.160 0.032 0.383 133 G 0.143 0.110 0.064 0.053 0.088 0.074 0.028 0.441 134 E 0.071 0.079 0.065 0.093 0.117 0.115 0.017 0.444 135 A 0.053 0.064 0.048 0.069 0.113 0.071 0.015 0.566 136 T 0.089 0.064 0.051 0.209 0.260 0.069 0.021 0.238 137 K 0.141 0.048 0.088 0.124 0.145 0.065 0.022 0.369 138 I 0.044 0.021 0.196 0.322 0.252 0.024 0.004 0.138 139 W 0.007 0.012 0.153 0.238 0.341 0.024 0.002 0.223 140 V 0.010 0.006 0.151 0.166 0.278 0.027 0.001 0.361 141 R 0.007 0.005 0.107 0.087 0.241 0.045 0.002 0.506 142 R 0.027 0.004 0.105 0.066 0.181 0.068 0.006 0.543 143 V 0.095 0.006 0.245 0.108 0.129 0.115 0.005 0.298 144 S 0.012 0.005 0.063 0.056 0.065 0.074 0.003 0.720 145 D 0.012 0.008 0.063 0.060 0.134 0.073 0.002 0.647 146 A 0.011 0.007 0.008 0.008 0.019 0.610 0.002 0.336 147 G 0.136 0.031 0.008 0.013 0.020 0.423 0.025 0.344 148 E 0.380 0.125 0.014 0.008 0.014 0.053 0.030 0.376 149 E 0.092 0.217 0.024 0.018 0.016 0.317 0.022 0.294 150 S 0.306 0.156 0.018 0.013 0.033 0.035 0.073 0.365 151 H 0.342 0.078 0.039 0.025 0.043 0.082 0.026 0.367 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.992 153 Q 0.035 0.014 0.037 0.050 0.104 0.107 0.006 0.647 154 K 0.141 0.017 0.030 0.028 0.030 0.064 0.005 0.685